# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 23 11:46:11 2020
#   Inital geometry file: a 63 line input string
#   Ligand name: 2,6-diethylphenol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCc1cccc(CC)c1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DIE  DIE  '2,6-diethylphenol        '  ligand  25  11  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_DIE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DIE  C10   C  CH3   0  -0.656   3.1931  -0.9957  -0.5723
 DIE  C9    C  CH2   0  -0.489   2.4926  -0.4546   0.6739
 DIE  C6    C  CR6   0   0.038   1.2168   0.2750   0.3508
 DIE  C5    C  CR16  0  -0.320   1.1869   1.6641   0.3062
 DIE  C4    C  CR16  0  -0.257   0.0309   2.3530  -0.0323
 DIE  C3    C  CR16  0  -0.327  -1.1205   1.6396  -0.3250
 DIE  C2    C  CR6   0   0.033  -1.1408   0.2482  -0.2850
 DIE  C7    C  CH2   0  -0.555  -2.4211  -0.5000  -0.5516
 DIE  C8    C  CH3   0  -0.647  -3.1070  -0.9755   0.7303
 DIE  C1    C  CR6   0   0.262   0.0406  -0.4223   0.0521
 DIE  O1    O  OH1   0  -0.626   0.1070  -1.7742   0.1146
 DIE  H10   H  HCH3  0   0.228   4.1189  -1.5076  -0.3065
 DIE  H10A  H  HCH3  0   0.227   2.5622  -1.7038  -1.1081
 DIE  H10B  H  HCH3  0   0.222   3.4446  -0.1853  -1.2577
 DIE  H9    H  HCH2  0   0.236   2.3012  -1.2736   1.3709
 DIE  H9A   H  HCH2  0   0.237   3.1663   0.2318   1.1914
 DIE  H5    H  HCR6  0   0.243   2.0925   2.2122   0.5408
 DIE  H4    H  HCR6  0   0.245   0.0280   3.4346  -0.0662
 DIE  H3    H  HCR6  0   0.246  -2.0305   2.1654  -0.5906
 DIE  H7    H  HCH2  0   0.262  -3.1016   0.1552  -1.0976
 DIE  H7A   H  HCH2  0   0.238  -2.2518  -1.3499  -1.2222
 DIE  H8    H  HCH3  0   0.236  -4.0319  -1.5057   0.5020
 DIE  H8A   H  HCH3  0   0.220  -2.4726  -1.6493   1.3076
 DIE  H8B   H  HCH3  0   0.231  -3.3543  -0.1279   1.3699
 DIE  HO1   H  HOH1  0   0.474  -0.7031  -2.1774  -0.2141

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DIE  C10  C9    single    1.529  0.020  1.529
 DIE  C9   C6    single    1.505  0.020  1.505
 DIE  C6   C5    aromatic  1.390  0.020  1.390
 DIE  C6   C1    aromatic  1.400  0.020  1.400
 DIE  C5   C4    aromatic  1.388  0.020  1.388
 DIE  C4   C3    aromatic  1.386  0.020  1.386
 DIE  C3   C2    aromatic  1.392  0.020  1.392
 DIE  C2   C7    single    1.507  0.020  1.507
 DIE  C2   C1    aromatic  1.400  0.020  1.400
 DIE  C7   C8    single    1.530  0.020  1.530
 DIE  C1   O1    single    1.355  0.020  1.355
 DIE  C10  H10   single    0.970  0.020  1.090
 DIE  C10  H10A  single    0.970  0.020  1.090
 DIE  C10  H10B  single    0.970  0.020  1.090
 DIE  C9   H9    single    0.970  0.020  1.090
 DIE  C9   H9A   single    0.970  0.020  1.090
 DIE  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 DIE  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 DIE  C3   H3    single    0.930  0.020  1.080
 DIE  C7   H7    single    0.970  0.020  1.090
 DIE  C7   H7A   single    0.970  0.020  1.090
 DIE  C8   H8    single    0.970  0.020  1.090
 DIE  C8   H8A   single    0.970  0.020  1.090
 DIE  C8   H8B   single    0.970  0.020  1.090
 DIE  O1   HO1   single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DIE  H10B  C10  H10A  107.91  3.000
 DIE  H10B  C10  H10   107.83  3.000
 DIE  H10A  C10  H10   107.84  3.000
 DIE  H10B  C10  C9    110.79  3.000
 DIE  H10A  C10  C9    111.45  3.000
 DIE  H10   C10  C9    110.88  3.000
 DIE  H9A   C9   H9    106.08  3.000
 DIE  H9A   C9   C6    108.66  3.000
 DIE  H9    C9   C6    110.61  3.000
 DIE  H9A   C9   C10   109.03  3.000
 DIE  H9    C9   C10   109.58  3.000
 DIE  C6    C9   C10   112.65  3.000
 DIE  C1    C6   C5    118.23  3.000
 DIE  C1    C6   C9    121.11  3.000
 DIE  C5    C6   C9    120.64  3.000
 DIE  H5    C5   C4    119.84  3.000
 DIE  H5    C5   C6    118.71  3.000
 DIE  C4    C5   C6    121.45  3.000
 DIE  H4    C4   C3    120.38  3.000
 DIE  H4    C4   C5    120.40  3.000
 DIE  C3    C4   C5    119.21  3.000
 DIE  H3    C3   C2    118.66  3.000
 DIE  H3    C3   C4    119.97  3.000
 DIE  C2    C3   C4    121.38  3.000
 DIE  C1    C2   C7    121.47  3.000
 DIE  C1    C2   C3    118.25  3.000
 DIE  C7    C2   C3    120.24  3.000
 DIE  H7A   C7   H7    104.82  3.000
 DIE  H7A   C7   C8    109.94  3.000
 DIE  H7    C7   C8    109.05  3.000
 DIE  H7A   C7   C2    111.23  3.000
 DIE  H7    C7   C2    108.68  3.000
 DIE  C8    C7   C2    112.78  3.000
 DIE  H8B   C8   H8A   107.55  3.000
 DIE  H8B   C8   H8    107.97  3.000
 DIE  H8A   C8   H8    107.69  3.000
 DIE  H8B   C8   C7    110.59  3.000
 DIE  H8A   C8   C7    112.01  3.000
 DIE  H8    C8   C7    110.86  3.000
 DIE  O1    C1   C2    122.03  3.000
 DIE  O1    C1   C6    116.49  3.000
 DIE  C2    C1   C6    121.47  3.000
 DIE  HO1   O1   C1    111.15  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DIE  CONST_01  C3   C4   C5  C6      0.00   0.0  0
 DIE  CONST_02  C3   C2   C1  C6      0.00   0.0  0
 DIE  CONST_03  C2   C1   C6  C5      0.00   0.0  0
 DIE  CONST_04  C2   C3   C4  C5      0.00   0.0  0
 DIE  CONST_05  C1   C6   C5  C4      0.00   0.0  0
 DIE  CONST_06  C1   C2   C3  C4      0.00   0.0  0
 DIE  CONST_07  C4   C5   C6  C9    180.00   0.0  0
 DIE  CONST_08  C2   C1   C6  C9    180.00   0.0  0
 DIE  CONST_09  C7   C2   C1  C6    180.00   0.0  0
 DIE  CONST_10  O1   C1   C6  C5    180.00   0.0  0
 DIE  CONST_11  C7   C2   C3  C4    180.00   0.0  0
 DIE  CONST_12  O1   C1   C2  C3    180.00   0.0  0
 DIE  CONST_13  H4   C4   C5  C6    180.00   0.0  0
 DIE  CONST_14  H3   C3   C4  C5    180.00   0.0  0
 DIE  CONST_15  H5   C5   C4  C3    180.00   0.0  0
 DIE  Var_01    C5   C6   C9  C10  -100.24  30.0  2
 DIE  Var_02    C8   C7   C2  C3   -100.59  30.0  2
 DIE  Var_03    H10  C10  C9  C6    179.31  30.0  3
 DIE  Var_04    H8   C8   C7  C2    179.59  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DIE  plan-1  C9  0.020
 DIE  plan-1  C6  0.020
 DIE  plan-1  C5  0.020
 DIE  plan-1  C4  0.020
 DIE  plan-1  C3  0.020
 DIE  plan-1  C2  0.020
 DIE  plan-1  C7  0.020
 DIE  plan-1  C1  0.020
 DIE  plan-1  O1  0.020
 DIE  plan-1  H5  0.020
 DIE  plan-1  H4  0.020
 DIE  plan-1  H3  0.020

