# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 23 10:35:20 2020
#   Inital geometry file: a 56 line input string
#   Ligand name: (3,4-dihydroxyphenyl)acetic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)Cc1ccc(O)c(O)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DHY  DHY  '(3,4-dihydroxyphenyl)acetic acid'  ligand  19  12  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_DHY
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DHY  C1   C  CR6    0   0.165   0.1902  -0.6641   0.5012
 DHY  C2   C  CR16   0  -0.357  -0.9655  -0.6173  -0.2777
 DHY  C3   C  CR6    0   0.150  -0.9178  -0.3318  -1.6337
 DHY  C4   C  CR6    0   0.317   0.3186  -0.0928  -2.2441
 DHY  C5   C  CR16   0  -0.339   1.4733  -0.1463  -1.4812
 DHY  C6   C  CR16   0  -0.330   1.4090  -0.4260  -0.1208
 DHY  C7   C  CH2    0  -0.676   0.0985  -0.9385   1.9704
 DHY  C8   C  C      0   0.437  -0.0166   0.3337   2.8472
 DHY  O1   O  O      0  -0.702   0.4915   1.3778   2.4013
 DHY  O2   O  OC    -1  -0.628  -0.5791   0.1853   3.9504
 DHY  O3   O  OH1    0  -0.647  -2.0738  -0.2952  -2.3350
 DHY  O4   O  OH1    0  -0.611   0.2929   0.1746  -3.5745
 DHY  H2   H  HCR6   0   0.249  -1.9334  -0.8151   0.1743
 DHY  H5   H  HCR6   0   0.263   2.4340   0.0322  -1.9519
 DHY  H6   H  HCR6   0   0.225   2.3261  -0.4689   0.4535
 DHY  H71  H  HCH2   0   0.255   0.9990  -1.4685   2.3008
 DHY  H72  H  HCH2   0   0.287  -0.7385  -1.6071   2.1820
 DHY  HO3  H  HOH1   0   0.473  -1.8992  -0.0928  -3.2612
 DHY  HO4  H  HOH1   0   0.468   1.1830   0.3325  -3.9059

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DHY  C1  C2   aromatic  1.394  0.020  1.394
 DHY  C1  C6   aromatic  1.389  0.020  1.389
 DHY  C1  C7   single    1.497  0.020  1.497
 DHY  C2  C3   aromatic  1.387  0.020  1.387
 DHY  C2  H2   single    0.930  0.020  1.080
 DHY  C3  C4   aromatic  1.399  0.020  1.399
 DHY  C3  O3   single    1.353  0.020  1.353
 DHY  C4  C5   aromatic  1.385  0.020  1.385
 DHY  C4  O4   single    1.357  0.020  1.357
 DHY  C5  C6   aromatic  1.390  0.020  1.390
 DHY  C5  H5   single    0.930  0.020  1.080
 DHY  C6  H6   single    0.930  0.020  1.080
 DHY  C7  C8   single    1.549  0.020  1.549
 DHY  C7  H71  single    0.970  0.020  1.090
 DHY  C7  H72  single    0.970  0.020  1.090
 DHY  C8  O1   deloc     1.244  0.020  1.244
 DHY  C8  O2   deloc     1.247  0.020  1.247
 DHY  O3  HO3  single    0.850  0.020  0.980
 DHY  O4  HO4  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DHY  C7   C1  C6   121.64  3.000
 DHY  C7   C1  C2   120.23  3.000
 DHY  C6   C1  C2   118.13  3.000
 DHY  H2   C2  C3   118.36  3.000
 DHY  H2   C2  C1   120.00  3.000
 DHY  C3   C2  C1   121.64  3.000
 DHY  O3   C3  C4   121.62  3.000
 DHY  O3   C3  C2   118.90  3.000
 DHY  C4   C3  C2   119.49  3.000
 DHY  O4   C4  C5   124.29  3.000
 DHY  O4   C4  C3   116.40  3.000
 DHY  C5   C4  C3   119.32  3.000
 DHY  H5   C5  C6   119.91  3.000
 DHY  H5   C5  C4   119.54  3.000
 DHY  C6   C5  C4   120.55  3.000
 DHY  H6   C6  C5   119.19  3.000
 DHY  H6   C6  C1   119.93  3.000
 DHY  C5   C6  C1   120.88  3.000
 DHY  H72  C7  H71  105.98  3.000
 DHY  H72  C7  C8   109.64  3.000
 DHY  H71  C7  C8   106.71  3.000
 DHY  H72  C7  C1   110.44  3.000
 DHY  H71  C7  C1   109.52  3.000
 DHY  C8   C7  C1   114.16  3.000
 DHY  O2   C8  O1   126.96  3.000
 DHY  O2   C8  C7   115.87  3.000
 DHY  O1   C8  C7   117.13  3.000
 DHY  HO3  O3  C3   110.43  3.000
 DHY  HO4  O4  C4   110.62  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DHY  CONST_01  C4  C3  C2  C1    0.00   0.0  0
 DHY  CONST_02  C4  C5  C6  C1    0.00   0.0  0
 DHY  CONST_03  C5  C6  C1  C2    0.00   0.0  0
 DHY  CONST_04  C5  C4  C3  C2    0.00   0.0  0
 DHY  CONST_05  C6  C1  C2  C3    0.00   0.0  0
 DHY  CONST_06  C6  C5  C4  C3    0.00   0.0  0
 DHY  CONST_07  O3  C3  C2  C1  180.00   0.0  0
 DHY  CONST_08  O4  C4  C3  C2  180.00   0.0  0
 DHY  CONST_09  C7  C1  C2  C3  180.00   0.0  0
 DHY  CONST_10  O3  C3  C4  C5  180.00   0.0  0
 DHY  CONST_11  C7  C1  C6  C5  180.00   0.0  0
 DHY  CONST_12  O4  C4  C5  C6  180.00   0.0  0
 DHY  CONST_13  H5  C5  C6  C1  180.00   0.0  0
 DHY  CONST_14  H6  C6  C1  C2  180.00   0.0  0
 DHY  CONST_15  H2  C2  C3  C4  180.00   0.0  0
 DHY  Var_01    C8  C7  C1  C2  -91.52  30.0  2
 DHY  Var_02    O1  C8  C7  C1  -27.96  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DHY  plan-1  C1  0.020
 DHY  plan-1  C2  0.020
 DHY  plan-1  C3  0.020
 DHY  plan-1  C4  0.020
 DHY  plan-1  C5  0.020
 DHY  plan-1  C6  0.020
 DHY  plan-1  C7  0.020
 DHY  plan-1  O3  0.020
 DHY  plan-1  O4  0.020
 DHY  plan-1  H2  0.020
 DHY  plan-1  H5  0.020
 DHY  plan-1  H6  0.020
 DHY  plan-2  C7  0.020
 DHY  plan-2  C8  0.020
 DHY  plan-2  O1  0.020
 DHY  plan-2  O2  0.020

