# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 23 04:48:30 2020
#   Inital geometry file: a 103 line input string
#   Ligand name: 4,4'-(3E)-hex-3-ene-3,4-diyldiphenol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC\C(c1ccc(O)cc1)=C(CC)/c2ccc(O)cc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DES  DES  4,4'-(3E)-hex-3-ene-3,4-diyldiphenol  ligand  40  20  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_DES
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DES  CP9   C  CH3   0  -0.658   2.8897   0.9459  -0.1532
 DES  CP8   C  CH2   0  -0.496   1.9604  -0.2146   0.1975
 DES  CP7   C  C     0   0.029   0.5635  -0.0183  -0.3368
 DES  CP6   C  CR6   0   0.027   0.4877   0.0473  -1.8208
 DES  CP1   C  CR16  0  -0.268   0.2474   1.2431  -2.4917
 DES  CP2   C  CR16  0  -0.375   0.2067   1.3020  -3.8774
 DES  CP3   C  CR6   0   0.339   0.4138   0.1493  -4.6291
 DES  OP3   O  OH1   0  -0.635   0.3871   0.1442  -5.9786
 DES  CP4   C  CR16  0  -0.325   0.6628  -1.0553  -3.9757
 DES  CP5   C  CR16  0  -0.284   0.7023  -1.0949  -2.5910
 DES  C7    C  C     0   0.030  -0.5279   0.1095   0.4333
 DES  C6    C  CR6   0   0.032  -0.4650   0.0234   1.9160
 DES  C5    C  CR16  0  -0.287  -0.7663   1.1325   2.7062
 DES  C4    C  CR16  0  -0.325  -0.7417   1.0679   4.0899
 DES  C3    C  CR6   0   0.339  -0.4213  -0.1304   4.7239
 DES  O3    O  OH1   0  -0.634  -0.4108  -0.1499   6.0732
 DES  C2    C  CR16  0  -0.374  -0.1295  -1.2515   3.9528
 DES  C1    C  CR16  0  -0.271  -0.1560  -1.1674   2.5681
 DES  C8    C  CH2   0  -0.497  -1.9217   0.3021  -0.1109
 DES  C9    C  CH3   0  -0.655  -2.8128  -0.9120   0.1436
 DES  HP91  H  HCH3  0   0.221   2.5152   1.8844   0.2581
 DES  HP92  H  HCH3  0   0.230   3.8862   0.7745   0.2555
 DES  HP93  H  HCH3  0   0.225   2.9914   1.0724  -1.2312
 DES  HP81  H  HCH2  0   0.230   2.3761  -1.1386  -0.2194
 DES  HP82  H  HCH2  0   0.240   1.9487  -0.3467   1.2786
 DES  HP1   H  HCR6  0   0.252   0.0854   2.1502  -1.9220
 DES  HP2   H  HCR6  0   0.267   0.0143   2.2487  -4.3700
 DES  HOP3  H  HOH1  0   0.472   0.1955   1.0279  -6.3112
 DES  HP4   H  HCR6  0   0.260   0.8238  -1.9576  -4.5529
 DES  HP5   H  HCR6  0   0.248   0.8972  -2.0422  -2.1023
 DES  H5    H  HCR6  0   0.249  -1.0170   2.0752   2.2346
 DES  H4    H  HCR6  0   0.260  -0.9697   1.9461   4.6814
 DES  HO3   H  HOH1  0   0.473  -0.1661  -1.0255   6.3922
 DES  H2    H  HCR6  0   0.268   0.1179  -2.1936   4.4293
 DES  H1    H  HCR6  0   0.252   0.0692  -2.0516   1.9843
 DES  H81   H  HCH2  0   0.230  -2.3737   1.1799   0.3628
 DES  H82   H  HCH2  0   0.240  -1.8976   0.5108  -1.1795
 DES  H91   H  HCH3  0   0.229  -3.8139  -0.7460  -0.2563
 DES  H92   H  HCH3  0   0.221  -2.4024  -1.8021  -0.3357
 DES  H93   H  HCH3  0   0.224  -2.9121  -1.1236   1.2087

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DES  CP9  CP8   single    1.528  0.020  1.528
 DES  CP9  HP91  single    0.970  0.020  1.090
 DES  CP9  HP92  single    0.970  0.020  1.090
 DES  CP9  HP93  single    0.970  0.020  1.090
 DES  CP8  CP7   single    1.508  0.020  1.508
 DES  CP8  HP81  single    0.970  0.020  1.090
 DES  CP8  HP82  single    0.970  0.020  1.090
 DES  CP7  CP6   single    1.487  0.020  1.487
 DES  CP7  C7    double    1.342  0.020  1.342
 DES  CP6  CP1   aromatic  1.392  0.020  1.392
 DES  CP6  CP5   aromatic  1.394  0.020  1.394
 DES  CP1  CP2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 DES  CP1  HP1   single    0.930  0.020  1.080
 DES  CP2  CP3   aromatic  1.392  0.020  1.392
 DES  CP2  HP2   single    0.930  0.020  1.080
 DES  CP3  OP3   single    1.350  0.020  1.350
 DES  CP3  CP4   aromatic  1.393  0.020  1.393
 DES  OP3  HOP3  single    0.850  0.020  0.980
 DES  CP4  CP5   aromatic  1.386  0.020  1.386
 DES  CP4  HP4   single    0.930  0.020  1.080
 DES  CP5  HP5   single    0.930  0.020  1.080
 DES  C7   C6    single    1.487  0.020  1.487
 DES  C7   C8    single    1.509  0.020  1.509
 DES  C6   C5    aromatic  1.395  0.020  1.395
 DES  C6   C1    aromatic  1.392  0.020  1.392
 DES  C5   C4    aromatic  1.385  0.020  1.385
 DES  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 DES  C4   C3    aromatic  1.393  0.020  1.393
 DES  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 DES  C3   O3    single    1.350  0.020  1.350
 DES  C3   C2    aromatic  1.392  0.020  1.392
 DES  O3   HO3   single    0.850  0.020  0.980
 DES  C2   C1    aromatic  1.388  0.020  1.388
 DES  C2   H2    single    0.930  0.020  1.080
 DES  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 DES  C8   C9    single    1.527  0.020  1.527
 DES  C8   H81   single    0.970  0.020  1.090
 DES  C8   H82   single    0.970  0.020  1.090
 DES  C9   H91   single    0.970  0.020  1.090
 DES  C9   H92   single    0.970  0.020  1.090
 DES  C9   H93   single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DES  HP93  CP9  HP92  107.67  3.000
 DES  HP93  CP9  HP91  107.76  3.000
 DES  HP92  CP9  HP91  107.91  3.000
 DES  HP93  CP9  CP8   111.84  3.000
 DES  HP92  CP9  CP8   110.52  3.000
 DES  HP91  CP9  CP8   110.99  3.000
 DES  HP82  CP8  HP81  106.23  3.000
 DES  HP82  CP8  CP7   110.94  3.000
 DES  HP81  CP8  CP7   109.05  3.000
 DES  HP82  CP8  CP9   109.06  3.000
 DES  HP81  CP8  CP9   108.82  3.000
 DES  CP7   CP8  CP9   112.53  3.000
 DES  C7    CP7  CP6   121.80  3.000
 DES  C7    CP7  CP8   124.22  3.000
 DES  CP6   CP7  CP8   113.97  3.000
 DES  CP5   CP6  CP1   117.65  3.000
 DES  CP5   CP6  CP7   120.48  3.000
 DES  CP1   CP6  CP7   121.84  3.000
 DES  HP1   CP1  CP2   119.03  3.000
 DES  HP1   CP1  CP6   119.45  3.000
 DES  CP2   CP1  CP6   121.52  3.000
 DES  HP2   CP2  CP3   120.27  3.000
 DES  HP2   CP2  CP1   119.73  3.000
 DES  CP3   CP2  CP1   120.00  3.000
 DES  CP4   CP3  OP3   117.99  3.000
 DES  CP4   CP3  CP2   119.31  3.000
 DES  OP3   CP3  CP2   122.70  3.000
 DES  HOP3  OP3  CP3   110.22  3.000
 DES  HP4   CP4  CP5   120.29  3.000
 DES  HP4   CP4  CP3   119.80  3.000
 DES  CP5   CP4  CP3   119.90  3.000
 DES  HP5   CP5  CP4   118.74  3.000
 DES  HP5   CP5  CP6   119.65  3.000
 DES  CP4   CP5  CP6   121.62  3.000
 DES  C8    C7   C6    113.97  3.000
 DES  C8    C7   CP7   123.82  3.000
 DES  C6    C7   CP7   122.17  3.000
 DES  C1    C6   C5    117.56  3.000
 DES  C1    C6   C7    121.74  3.000
 DES  C5    C6   C7    120.65  3.000
 DES  H5    C5   C4    118.64  3.000
 DES  H5    C5   C6    119.70  3.000
 DES  C4    C5   C6    121.66  3.000
 DES  H4    C4   C3    119.83  3.000
 DES  H4    C4   C5    120.26  3.000
 DES  C3    C4   C5    119.92  3.000
 DES  C2    C3   O3    122.73  3.000
 DES  C2    C3   C4    119.28  3.000
 DES  O3    C3   C4    117.99  3.000
 DES  HO3   O3   C3    110.25  3.000
 DES  H2    C2   C1    119.71  3.000
 DES  H2    C2   C3    120.29  3.000
 DES  C1    C2   C3    120.00  3.000
 DES  H1    C1   C2    118.97  3.000
 DES  H1    C1   C6    119.46  3.000
 DES  C2    C1   C6    121.57  3.000
 DES  H82   C8   H81   106.26  3.000
 DES  H82   C8   C9    109.20  3.000
 DES  H81   C8   C9    108.92  3.000
 DES  H82   C8   C7    110.97  3.000
 DES  H81   C8   C7    109.13  3.000
 DES  C9    C8   C7    112.17  3.000
 DES  H93   C9   H92   107.76  3.000
 DES  H93   C9   H91   107.71  3.000
 DES  H92   C9   H91   107.96  3.000
 DES  H93   C9   C8    111.72  3.000
 DES  H92   C9   C8    110.84  3.000
 DES  H91   C9   C8    110.69  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DES  CONST_01  CP3   CP2  CP1  CP6     0.00   0.0  0
 DES  CONST_02  CP3   CP4  CP5  CP6     0.00   0.0  0
 DES  CONST_03  CP4   CP5  CP6  CP1     0.00   0.0  0
 DES  CONST_04  CP4   CP3  CP2  CP1     0.00   0.0  0
 DES  CONST_05  CP5   CP6  CP1  CP2     0.00   0.0  0
 DES  CONST_06  CP5   CP4  CP3  CP2     0.00   0.0  0
 DES  CONST_07  C3    C4   C5   C6      0.00   0.0  0
 DES  CONST_08  C3    C2   C1   C6      0.00   0.0  0
 DES  CONST_09  C2    C1   C6   C5      0.00   0.0  0
 DES  CONST_10  C2    C3   C4   C5      0.00   0.0  0
 DES  CONST_11  C1    C6   C5   C4      0.00   0.0  0
 DES  CONST_12  C1    C2   C3   C4      0.00   0.0  0
 DES  CONST_13  CP2   CP1  CP6  CP7   180.00   0.0  0
 DES  CONST_14  CP4   CP5  CP6  CP7   180.00   0.0  0
 DES  CONST_15  OP3   CP3  CP2  CP1   180.00   0.0  0
 DES  CONST_16  CP5   CP4  CP3  OP3   180.00   0.0  0
 DES  CONST_17  C4    C5   C6   C7    180.00   0.0  0
 DES  CONST_18  C2    C1   C6   C7    180.00   0.0  0
 DES  CONST_19  O3    C3   C4   C5    180.00   0.0  0
 DES  CONST_20  C1    C2   C3   O3    180.00   0.0  0
 DES  CONST_21  HP2   CP2  CP1  CP6   180.00   0.0  0
 DES  CONST_22  HP4   CP4  CP5  CP6   180.00   0.0  0
 DES  CONST_23  HP5   CP5  CP6  CP1   180.00   0.0  0
 DES  CONST_24  HP1   CP1  CP2  CP3   180.00   0.0  0
 DES  CONST_25  H4    C4   C5   C6    180.00   0.0  0
 DES  CONST_26  H2    C2   C1   C6    180.00   0.0  0
 DES  CONST_27  H1    C1   C6   C5    180.00   0.0  0
 DES  CONST_28  H5    C5   C4   C3    180.00   0.0  0
 DES  Var_01    C6    C7   CP7  CP6   178.99   0.0  2
 DES  Var_02    CP1   CP6  CP7  CP8  -107.08  30.0  2
 DES  Var_03    C5    C6   C7   CP7   114.77  30.0  2
 DES  Var_04    CP6   CP7  CP8  CP9    62.69  30.0  3
 DES  Var_05    C9    C8   C7   C6    -66.24  30.0  3
 DES  Var_06    HP91  CP9  CP8  CP7    59.82  30.0  3
 DES  Var_07    H91   C9   C8   C7    179.83  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DES  plan-1  CP7  0.020
 DES  plan-1  CP6  0.020
 DES  plan-1  CP1  0.020
 DES  plan-1  CP2  0.020
 DES  plan-1  CP3  0.020
 DES  plan-1  OP3  0.020
 DES  plan-1  CP4  0.020
 DES  plan-1  CP5  0.020
 DES  plan-1  HP1  0.020
 DES  plan-1  HP2  0.020
 DES  plan-1  HP4  0.020
 DES  plan-1  HP5  0.020
 DES  plan-2  C7   0.020
 DES  plan-2  C6   0.020
 DES  plan-2  C5   0.020
 DES  plan-2  C4   0.020
 DES  plan-2  C3   0.020
 DES  plan-2  O3   0.020
 DES  plan-2  C2   0.020
 DES  plan-2  C1   0.020
 DES  plan-2  H5   0.020
 DES  plan-2  H4   0.020
 DES  plan-2  H2   0.020
 DES  plan-2  H1   0.020
 DES  plan-3  CP8  0.020
 DES  plan-3  CP7  0.020
 DES  plan-3  CP6  0.020
 DES  plan-3  C7   0.020
 DES  plan-3  C6   0.020
 DES  plan-3  C8   0.020

