# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 22 22:31:19 2020
#   Inital geometry file: a 81 line input string
#   Ligand name: (decyloxy)methanol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCCOCO
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DEM  DEM  '(decyloxy)methanol       '  ligand  37  13  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_DEM
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DEM  CM    C  CH2   0   0.046  -0.3234   0.3813  -6.1518
 DEM  C1    C  CH2   0  -0.145   0.1797   0.1935  -3.8442
 DEM  C2    C  CH2   0  -0.458  -0.4911  -0.2337  -2.5542
 DEM  C3    C  CH2   0  -0.424   0.3441   0.1097  -1.3258
 DEM  C4    C  CH2   0  -0.411  -0.4045  -0.1429  -0.0227
 DEM  C5    C  CH2   0  -0.412   0.4395   0.1014   1.2216
 DEM  C6    C  CH2   0  -0.411  -0.3405  -0.0938   2.5158
 DEM  C7    C  CH2   0  -0.411   0.4990   0.1148   3.7696
 DEM  C8    C  CH2   0  -0.406  -0.2929  -0.0724   5.0575
 DEM  C9    C  CH2   0  -0.418   0.5415   0.1230   6.3172
 DEM  C10   C  CH3   0  -0.662  -0.2615  -0.0757   7.5952
 DEM  O1    O  O2    0  -0.494  -0.5960  -0.2526  -4.9403
 DEM  O5    O  OH1   0  -0.671   0.9103   0.0375  -6.7043
 DEM  HCM1  H  HCH2  0   0.221  -1.0919   0.0378  -6.8451
 DEM  HCM2  H  HCH2  0   0.190  -0.4075   1.4717  -6.0355
 DEM  HC11  H  HCH2  0   0.198   0.2752   1.2889  -3.8643
 DEM  HC12  H  HCH2  0   0.202   1.1969  -0.2169  -3.8906
 DEM  HC21  H  HCH2  0   0.223  -0.6724  -1.3126  -2.5769
 DEM  HC22  H  HCH2  0   0.219  -1.4706   0.2489  -2.4817
 DEM  HC31  H  HCH2  0   0.212   0.6507   1.1605  -1.3653
 DEM  HC32  H  HCH2  0   0.214   1.2673  -0.4788  -1.3388
 DEM  HC41  H  HCH2  0   0.209  -0.7767  -1.1731  -0.0099
 DEM  HC42  H  HCH2  0   0.209  -1.2908   0.5000   0.0080
 DEM  HC51  H  HCH2  0   0.207   0.8482   1.1176   1.1940
 DEM  HC52  H  HCH2  0   0.207   1.3027  -0.5733   1.2121
 DEM  HC61  H  HCH2  0   0.206  -0.7694  -1.1021   2.5313
 DEM  HC62  H  HCH2  0   0.206  -1.1915   0.5963   2.5308
 DEM  HC71  H  HCH2  0   0.206   0.9346   1.1202   3.7539
 DEM  HC72  H  HCH2  0   0.206   1.3450  -0.5816   3.7599
 DEM  HC81  H  HCH2  0   0.205  -0.7350  -1.0752   5.0684
 DEM  HC82  H  HCH2  0   0.205  -1.1356   0.6282   5.0699
 DEM  HC91  H  HCH2  0   0.209   0.9792   1.1262   6.3097
 DEM  HC92  H  HCH2  0   0.209   1.3850  -0.5745   6.3045
 DEM  H101  H  HCH3  0   0.225   0.3556   0.0626   8.4839
 DEM  H102  H  HCH3  0   0.215  -1.0908   0.6317   7.6558
 DEM  H103  H  HCH3  0   0.215  -0.6848  -1.0811   7.6406
 DEM  HO5   H  HOH1  0   0.457   1.5945   0.6099  -6.3444

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DEM  CM   O1    single  1.394  0.020  1.394
 DEM  CM   O5    single  1.395  0.020  1.395
 DEM  CM   HCM1  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  CM   HCM2  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C1   C2    single  1.515  0.020  1.515
 DEM  C1   O1    single  1.415  0.020  1.415
 DEM  C1   HC11  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C1   HC12  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C2   C3    single  1.525  0.020  1.525
 DEM  C2   HC21  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C2   HC22  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C3   C4    single  1.524  0.020  1.524
 DEM  C3   HC31  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C3   HC32  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C4   C5    single  1.523  0.020  1.523
 DEM  C4   HC41  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C4   HC42  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C5   C6    single  1.524  0.020  1.524
 DEM  C5   HC51  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C5   HC52  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C6   C7    single  1.523  0.020  1.523
 DEM  C6   HC61  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C6   HC62  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C7   C8    single  1.523  0.020  1.523
 DEM  C7   HC71  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C7   HC72  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C8   C9    single  1.524  0.020  1.524
 DEM  C8   HC81  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C8   HC82  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C9   C10   single  1.522  0.020  1.522
 DEM  C9   HC91  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C9   HC92  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  C10  H103  single  0.970  0.020  1.090
 DEM  O5   HO5   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DEM  HCM2  CM   HCM1  109.00  3.000
 DEM  HCM2  CM   O5    110.73  3.000
 DEM  HCM1  CM   O5    107.08  3.000
 DEM  HCM2  CM   O1    110.12  3.000
 DEM  HCM1  CM   O1    105.75  3.000
 DEM  O5    CM   O1    113.90  3.000
 DEM  HC12  C1   HC11  106.93  3.000
 DEM  HC12  C1   O1    110.94  3.000
 DEM  HC11  C1   O1    110.33  3.000
 DEM  HC12  C1   C2    109.92  3.000
 DEM  HC11  C1   C2    109.56  3.000
 DEM  O1    C1   C2    109.14  3.000
 DEM  HC22  C2   HC21  106.73  3.000
 DEM  HC22  C2   C3    109.73  3.000
 DEM  HC21  C2   C3    109.24  3.000
 DEM  HC22  C2   C1    109.16  3.000
 DEM  HC21  C2   C1    109.49  3.000
 DEM  C3    C2   C1    112.33  3.000
 DEM  HC32  C3   HC31  106.21  3.000
 DEM  HC32  C3   C4    109.59  3.000
 DEM  HC31  C3   C4    109.11  3.000
 DEM  HC32  C3   C2    109.34  3.000
 DEM  HC31  C3   C2    109.90  3.000
 DEM  C4    C3   C2    112.49  3.000
 DEM  HC42  C4   HC41  106.06  3.000
 DEM  HC42  C4   C5    109.35  3.000
 DEM  HC41  C4   C5    109.24  3.000
 DEM  HC42  C4   C3    108.92  3.000
 DEM  HC41  C4   C3    109.44  3.000
 DEM  C5    C4   C3    113.56  3.000
 DEM  HC52  C5   HC51  106.08  3.000
 DEM  HC52  C5   C6    109.38  3.000
 DEM  HC51  C5   C6    109.34  3.000
 DEM  HC52  C5   C4    109.31  3.000
 DEM  HC51  C5   C4    109.56  3.000
 DEM  C6    C5   C4    112.93  3.000
 DEM  HC62  C6   HC61  105.98  3.000
 DEM  HC62  C6   C7    109.30  3.000
 DEM  HC61  C6   C7    109.27  3.000
 DEM  HC62  C6   C5    109.18  3.000
 DEM  HC61  C6   C5    109.29  3.000
 DEM  C7    C6   C5    113.55  3.000
 DEM  HC72  C7   HC71  106.03  3.000
 DEM  HC72  C7   C8    109.31  3.000
 DEM  HC71  C7   C8    109.36  3.000
 DEM  HC72  C7   C6    109.34  3.000
 DEM  HC71  C7   C6    109.44  3.000
 DEM  C8    C7   C6    113.11  3.000
 DEM  HC82  C8   HC81  105.94  3.000
 DEM  HC82  C8   C9    109.25  3.000
 DEM  HC81  C8   C9    109.27  3.000
 DEM  HC82  C8   C7    109.31  3.000
 DEM  HC81  C8   C7    109.30  3.000
 DEM  C9    C8   C7    113.49  3.000
 DEM  HC92  C9   HC91  106.01  3.000
 DEM  HC92  C9   C10   109.46  3.000
 DEM  HC91  C9   C10   109.65  3.000
 DEM  HC92  C9   C8    109.31  3.000
 DEM  HC91  C9   C8    109.32  3.000
 DEM  C10   C9   C8    112.86  3.000
 DEM  H103  C10  H102  107.46  3.000
 DEM  H103  C10  H101  107.59  3.000
 DEM  H102  C10  H101  107.60  3.000
 DEM  H103  C10  C9    111.08  3.000
 DEM  H102  C10  C9    111.26  3.000
 DEM  H101  C10  C9    111.65  3.000
 DEM  C1    O1   CM    115.00  3.000
 DEM  HO5   O5   CM    109.53  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DEM  Var_01  C2    C1   O1  CM   162.33  30.0  1
 DEM  Var_02  C4    C3   C2  C1   172.19  30.0  3
 DEM  Var_03  O5    CM   O1  C1    70.88  30.0  1
 DEM  Var_04  C5    C4   C3  C2   176.05  30.0  3
 DEM  Var_05  O1    C1   C2  C3   175.26  30.0  1
 DEM  Var_06  C6    C5   C4  C3   177.38  30.0  3
 DEM  Var_07  C7    C6   C5  C4   178.63  30.0  3
 DEM  Var_08  C8    C7   C6  C5   179.57  30.0  3
 DEM  Var_09  C9    C8   C7  C6   179.52  30.0  3
 DEM  Var_10  C10   C9   C8  C7  -179.65  30.0  3
 DEM  Var_11  H101  C10  C9  C8   179.65  30.0  3

