# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 22 21:14:20 2020
#   Inital geometry file: a 42 line input string
#   Ligand name: (2Z)-2-hydroxy-3-(methylsulfanyl)prop-2-enoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CS\C=C(O)\C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DEI  DEI  '(2Z)-2-hydroxy-3-(methylsulfanyl)prop-2-enoic acid'  ligand  13  8  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_DEI
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DEI  CAA   C  CH3    0  -0.773   3.2524   0.9596  -0.0207
 DEI  SAF   S  S2     0   0.005   2.1233  -0.4501   0.0123
 DEI  CAE   C  C1     0  -0.520   0.5747   0.3719   0.0276
 DEI  CAH   C  C      0   0.206  -0.5778  -0.2996  -0.0112
 DEI  CAG   C  C      0   0.377  -1.9487   0.3504   0.0097
 DEI  OAB   O  OC    -1  -0.616  -2.8818  -0.4861  -0.0281
 DEI  OAC   O  O      0  -0.574  -2.0287   1.5848   0.0594
 DEI  OAD   O  OH1    0  -0.641  -0.6089  -1.6455  -0.0719
 DEI  HAA   H  HCH3   0   0.276   4.2632   0.5567  -0.0200
 DEI  HAAA  H  HCH3   0   0.267   3.1168   1.5575  -0.9199
 DEI  HAAB  H  HCH3   0   0.266   3.1286   1.5878   0.8595
 DEI  HAE   H  H      0   0.280   0.5739   1.4517   0.0787
 DEI  HOAD  H  HOH1   0   0.447  -1.5661  -1.8444  -0.0919

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DEI  CAA  SAF   single  1.806  0.020  1.806
 DEI  SAF  CAE   single  1.753  0.020  1.753
 DEI  CAE  CAH   double  1.334  0.020  1.334
 DEI  CAH  CAG   single  1.517  0.020  1.517
 DEI  CAH  OAD   single  1.348  0.020  1.348
 DEI  CAG  OAB   deloc   1.254  0.020  1.254
 DEI  CAG  OAC   deloc   1.238  0.020  1.238
 DEI  CAA  HAA   single  0.970  0.020  1.090
 DEI  CAA  HAAA  single  0.970  0.020  1.090
 DEI  CAA  HAAB  single  0.970  0.020  1.090
 DEI  CAE  HAE   single  0.930  0.020  1.080
 DEI  OAD  HOAD  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DEI  HAAB  CAA  HAAA  109.68  3.000
 DEI  HAAB  CAA  HAA   108.59  3.000
 DEI  HAAA  CAA  HAA   108.64  3.000
 DEI  HAAB  CAA  SAF   111.38  3.000
 DEI  HAAA  CAA  SAF   111.47  3.000
 DEI  HAA   CAA  SAF   106.96  3.000
 DEI  CAE   SAF  CAA   100.74  3.000
 DEI  HAE   CAE  CAH   120.23  3.000
 DEI  HAE   CAE  SAF   117.99  3.000
 DEI  CAH   CAE  SAF   121.78  3.000
 DEI  OAD   CAH  CAG   114.05  3.000
 DEI  OAD   CAH  CAE   121.59  3.000
 DEI  CAG   CAH  CAE   124.36  3.000
 DEI  OAC   CAG  OAB   128.20  3.000
 DEI  OAC   CAG  CAH   119.08  3.000
 DEI  OAB   CAG  CAH   112.72  3.000
 DEI  HOAD  OAD  CAH   103.10  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DEI  Var_01  CAG  CAH  CAE  SAF   179.52   0.0  2
 DEI  Var_02  CAH  CAE  SAF  CAA   176.76  30.0  3
 DEI  Var_03  OAB  CAG  CAH  CAE  -179.64  30.0  2
 DEI  Var_04  HAA  CAA  SAF  CAE   179.34  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DEI  plan-1  CAH  0.020
 DEI  plan-1  CAG  0.020
 DEI  plan-1  OAB  0.020
 DEI  plan-1  OAC  0.020
 DEI  plan-2  SAF  0.020
 DEI  plan-2  CAE  0.020
 DEI  plan-2  CAH  0.020
 DEI  plan-2  CAG  0.020
 DEI  plan-2  OAD  0.020
 DEI  plan-2  HAE  0.020

