# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 22 15:01:29 2020
#   Inital geometry file: a 89 line input string
#   Ligand name: decyl(dimethyl)amine oxide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCC[N+](C)(C)[O-]
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DDQ  DDQ  'decyl(dimethyl)amine oxide'  ligand  41  14  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_DDQ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DDQ  N1    N  NT     1  -0.073  -4.8261  -0.0787  -0.0162
 DDQ  O1    O  O     -1  -0.693  -4.8740  -0.8380  -1.1347
 DDQ  CM1   C  CH3    0  -0.526  -5.0411  -0.9274   1.1839
 DDQ  CM2   C  CH3    0  -0.517  -5.9047   0.9419  -0.0589
 DDQ  C1    C  CH2    0  -0.268  -3.5139   0.6446   0.0804
 DDQ  C2    C  CH2    0  -0.448  -2.3003  -0.2616   0.0519
 DDQ  C3    C  CH2    0  -0.418  -1.0183   0.5651   0.0352
 DDQ  C4    C  CH2    0  -0.413   0.2380  -0.2967   0.0222
 DDQ  C5    C  CH2    0  -0.413   1.5218   0.5236   0.0100
 DDQ  C6    C  CH2    0  -0.412   2.7825  -0.3319   0.0022
 DDQ  C7    C  CH2    0  -0.412   4.0661   0.4893  -0.0041
 DDQ  C8    C  CH2    0  -0.406   5.3269  -0.3660  -0.0088
 DDQ  C9    C  CH2    0  -0.419   6.6130   0.4518  -0.0108
 DDQ  C10   C  CH3    0  -0.662   7.8629  -0.4180  -0.0171
 DDQ  HM11  H  HCH3   0   0.242  -4.9896  -0.3386   2.0987
 DDQ  HM12  H  HCH3   0   0.264  -6.0256  -1.3805   1.0996
 DDQ  HM13  H  HCH3   0   0.268  -4.2900  -1.7106   1.2071
 DDQ  HM21  H  HCH3   0   0.263  -5.7615   1.5544  -0.9453
 DDQ  HM22  H  HCH3   0   0.263  -6.8592   0.4259  -0.1221
 DDQ  HM23  H  HCH3   0   0.242  -5.8859   1.5713   0.8294
 DDQ  H11   H  HCH2   0   0.243  -3.5213   1.2504   0.9900
 DDQ  H12   H  HCH2   0   0.257  -3.4893   1.3251  -0.7725
 DDQ  H21   H  HCH2   0   0.231  -2.3460  -0.8998  -0.8315
 DDQ  H22   H  HCH2   0   0.228  -2.2834  -0.9179   0.9262
 DDQ  H31   H  HCH2   0   0.215  -0.9937   1.2249   0.9094
 DDQ  H32   H  HCH2   0   0.216  -1.0161   1.2214  -0.8419
 DDQ  H41   H  HCH2   0   0.210   0.2174  -0.9558  -0.8528
 DDQ  H42   H  HCH2   0   0.210   0.2358  -0.9547   0.8983
 DDQ  H51   H  HCH2   0   0.207   1.5379   1.1842   0.8843
 DDQ  H52   H  HCH2   0   0.208   1.5241   1.1818  -0.8663
 DDQ  H61   H  HCH2   0   0.207   2.7689  -0.9909  -0.8733
 DDQ  H62   H  HCH2   0   0.207   2.7783  -0.9915   0.8774
 DDQ  H71   H  HCH2   0   0.206   4.0787   1.1490   0.8710
 DDQ  H72   H  HCH2   0   0.206   4.0712   1.1485  -0.8797
 DDQ  H81   H  HCH2   0   0.206   5.3159  -1.0247  -0.8848
 DDQ  H82   H  HCH2   0   0.206   5.3209  -1.0270   0.8655
 DDQ  H91   H  HCH2   0   0.210   6.6257   1.1075   0.8655
 DDQ  H92   H  HCH2   0   0.210   6.6206   1.1126  -0.8834
 DDQ  H101  H  HCH3   0   0.215   7.8940  -1.0662   0.8610
 DDQ  H102  H  HCH3   0   0.216   7.8900  -1.0592  -0.9003
 DDQ  H103  H  HCH3   0   0.225   8.7734   0.1824  -0.0166

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DDQ  N1   O1    single  1.353  0.020  1.353
 DDQ  N1   CM1   single  1.485  0.020  1.485
 DDQ  N1   CM2   single  1.486  0.020  1.486
 DDQ  N1   C1    single  1.501  0.020  1.501
 DDQ  CM1  HM11  single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  CM1  HM12  single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  CM1  HM13  single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  CM2  HM21  single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  CM2  HM22  single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  CM2  HM23  single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C1   C2    single  1.515  0.020  1.515
 DDQ  C1   H11   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C1   H12   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C2   C3    single  1.526  0.020  1.526
 DDQ  C2   H21   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C2   H22   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C3   C4    single  1.524  0.020  1.524
 DDQ  C3   H31   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C3   H32   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C4   C5    single  1.524  0.020  1.524
 DDQ  C4   H41   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C4   H42   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C5   C6    single  1.524  0.020  1.524
 DDQ  C5   H51   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C5   H52   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C6   C7    single  1.524  0.020  1.524
 DDQ  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C7   C8    single  1.524  0.020  1.524
 DDQ  C7   H71   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C7   H72   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C8   C9    single  1.524  0.020  1.524
 DDQ  C8   H81   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C8   H82   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C9   C10   single  1.523  0.020  1.523
 DDQ  C9   H91   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C9   H92   single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 DDQ  C10  H103  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DDQ  C1    N1   CM2   107.78  3.000
 DDQ  C1    N1   CM1   110.48  3.000
 DDQ  CM2   N1   CM1   108.10  3.000
 DDQ  C1    N1   O1    110.77  3.000
 DDQ  CM2   N1   O1    109.64  3.000
 DDQ  CM1   N1   O1    110.01  3.000
 DDQ  HM13  CM1  HM12  109.13  3.000
 DDQ  HM13  CM1  HM11  109.84  3.000
 DDQ  HM12  CM1  HM11  109.47  3.000
 DDQ  HM13  CM1  N1    109.23  3.000
 DDQ  HM12  CM1  N1    107.86  3.000
 DDQ  HM11  CM1  N1    111.27  3.000
 DDQ  HM23  CM2  HM22  109.69  3.000
 DDQ  HM23  CM2  HM21  109.71  3.000
 DDQ  HM22  CM2  HM21  109.63  3.000
 DDQ  HM23  CM2  N1    111.17  3.000
 DDQ  HM22  CM2  N1    108.25  3.000
 DDQ  HM21  CM2  N1    108.36  3.000
 DDQ  H12   C1   H11   107.76  3.000
 DDQ  H12   C1   C2    109.89  3.000
 DDQ  H11   C1   C2    110.65  3.000
 DDQ  H12   C1   N1    105.66  3.000
 DDQ  H11   C1   N1    108.34  3.000
 DDQ  C2    C1   N1    114.25  3.000
 DDQ  H22   C2   H21   107.28  3.000
 DDQ  H22   C2   C3    108.73  3.000
 DDQ  H21   C2   C3    110.08  3.000
 DDQ  H22   C2   C1    110.88  3.000
 DDQ  H21   C2   C1    109.37  3.000
 DDQ  C3    C2   C1    110.45  3.000
 DDQ  H32   C3   H31   106.14  3.000
 DDQ  H32   C3   C4    109.30  3.000
 DDQ  H31   C3   C4    109.21  3.000
 DDQ  H32   C3   C2    109.58  3.000
 DDQ  H31   C3   C2    109.66  3.000
 DDQ  C4    C3   C2    112.74  3.000
 DDQ  H42   C4   H41   106.10  3.000
 DDQ  H42   C4   C5    109.36  3.000
 DDQ  H41   C4   C5    109.47  3.000
 DDQ  H42   C4   C3    109.34  3.000
 DDQ  H41   C4   C3    109.36  3.000
 DDQ  C5    C4   C3    112.97  3.000
 DDQ  H52   C5   H51   106.01  3.000
 DDQ  H52   C5   C6    109.35  3.000
 DDQ  H51   C5   C6    109.29  3.000
 DDQ  H52   C5   C4    109.36  3.000
 DDQ  H51   C5   C4    109.30  3.000
 DDQ  C6    C5   C4    113.26  3.000
 DDQ  H62   C6   H61   106.02  3.000
 DDQ  H62   C6   C7    109.32  3.000
 DDQ  H61   C6   C7    109.34  3.000
 DDQ  H62   C6   C5    109.31  3.000
 DDQ  H61   C6   C5    109.36  3.000
 DDQ  C7    C6   C5    113.23  3.000
 DDQ  H72   C7   H71   106.01  3.000
 DDQ  H72   C7   C8    109.35  3.000
 DDQ  H71   C7   C8    109.32  3.000
 DDQ  H72   C7   C6    109.35  3.000
 DDQ  H71   C7   C6    109.32  3.000
 DDQ  C8    C7   C6    113.24  3.000
 DDQ  H82   C8   H81   105.96  3.000
 DDQ  H82   C8   C9    109.22  3.000
 DDQ  H81   C8   C9    109.26  3.000
 DDQ  H82   C8   C7    109.36  3.000
 DDQ  H81   C8   C7    109.36  3.000
 DDQ  C9    C8   C7    113.40  3.000
 DDQ  H92   C9   H91   106.05  3.000
 DDQ  H92   C9   C10   109.62  3.000
 DDQ  H91   C9   C10   109.63  3.000
 DDQ  H92   C9   C8    109.32  3.000
 DDQ  H91   C9   C8    109.28  3.000
 DDQ  C10   C9   C8    112.72  3.000
 DDQ  H103  C10  H102  107.63  3.000
 DDQ  H103  C10  H101  107.62  3.000
 DDQ  H102  C10  H101  107.54  3.000
 DDQ  H103  C10  C9    111.76  3.000
 DDQ  H102  C10  C9    111.05  3.000
 DDQ  H101  C10  C9    111.05  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DDQ  Var_01  C3    C2   C1  N1   175.20  30.0  3
 DDQ  Var_02  C2    C1   N1  O1   -56.66  30.0  3
 DDQ  Var_03  C4    C3   C2  C1   179.35  30.0  3
 DDQ  Var_04  C5    C4   C3  C2  -179.82  30.0  3
 DDQ  Var_05  C6    C5   C4  C3   179.78  30.0  3
 DDQ  Var_06  C7    C6   C5  C4  -179.76  30.0  3
 DDQ  Var_07  C8    C7   C6  C5   179.88  30.0  3
 DDQ  Var_08  C9    C8   C7  C6  -179.82  30.0  3
 DDQ  Var_09  C10   C9   C8  C7  -179.94  30.0  3
 DDQ  Var_10  HM11  CM1  N1  O1   179.03  30.0  3
 DDQ  Var_11  HM21  CM2  N1  O1   -59.09  30.0  3
 DDQ  Var_12  H101  C10  C9  C8   -59.71  30.0  3

