# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 22 14:03:14 2020
#   Inital geometry file: a 134 line input string
#   Ligand name: icosanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DCR  DCR  'icosanoic acid           '  ligand  61  22  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_DCR
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DCR  O1    O  OC    -1  -0.635  -11.9672  -0.6493  -0.2057
 DCR  C1    C  C      0   0.409  -10.9532   0.0679  -0.0634
 DCR  O2    O  O      0  -0.610  -10.9433   1.3080   0.0655
 DCR  C2    C  CH2    0  -0.581   -9.6037  -0.6714  -0.0382
 DCR  C3    C  CH2    0  -0.402   -8.3600   0.2021  -0.0037
 DCR  C4    C  CH2    0  -0.409   -7.0693  -0.6087   0.0099
 DCR  C5    C  CH2    0  -0.410   -5.8146   0.2558   0.0280
 DCR  C6    C  CH2    0  -0.411   -4.5238  -0.5537   0.0345
 DCR  C7    C  CH2    0  -0.412   -3.2691   0.3110   0.0414
 DCR  C8    C  CH2    0  -0.412   -1.9792  -0.5000   0.0410
 DCR  C9    C  CH2    0  -0.412   -0.7238   0.3638   0.0416
 DCR  C10   C  CH2    0  -0.412    0.5652  -0.4486   0.0333
 DCR  C11   C  CH2    0  -0.412    1.8217   0.4136   0.0318
 DCR  C12   C  CH2    0  -0.412    3.1093  -0.4009   0.0201
 DCR  C13   C  CH2    0  -0.412    4.3676   0.4586   0.0168
 DCR  C14   C  CH2    0  -0.412    5.6531  -0.3590   0.0045
 DCR  C15   C  CH2    0  -0.412    6.9138   0.4971  -0.0017
 DCR  C16   C  CH2    0  -0.411    8.1968  -0.3247  -0.0143
 DCR  C17   C  CH2    0  -0.412    9.4604   0.5271  -0.0181
 DCR  C18   C  CH2    0  -0.406   10.7402  -0.2994  -0.0289
 DCR  C19   C  CH2    0  -0.419   12.0083   0.5462  -0.0322
 DCR  C20   C  CH3    0  -0.662   13.2764  -0.2966  -0.0430
 DCR  H2    H  HCH2   0   0.217   -9.6029  -1.3417   0.8305
 DCR  H2A   H  HCH2   0   0.213   -9.5605  -1.3392  -0.9065
 DCR  H3    H  HCH2   0   0.199   -8.3533   0.8713  -0.8701
 DCR  H3A   H  HCH2   0   0.200   -8.3870   0.8519   0.8762
 DCR  H4    H  HCH2   0   0.202   -7.0638  -1.2731   0.8821
 DCR  H4A   H  HCH2   0   0.201   -7.0412  -1.2660  -0.8672
 DCR  H5    H  HCH2   0   0.204   -5.8206   0.9208  -0.8432
 DCR  H5A   H  HCH2   0   0.204   -5.8374   0.9104   0.9069
 DCR  H6    H  HCH2   0   0.205   -4.5139  -1.2150   0.9084
 DCR  H6A   H  HCH2   0   0.205   -4.5045  -1.2117  -0.8419
 DCR  H7    H  HCH2   0   0.206   -3.2811   0.9733  -0.8318
 DCR  H7A   H  HCH2   0   0.206   -3.2854   0.9676   0.9187
 DCR  H8    H  HCH2   0   0.206   -1.9654  -1.1607   0.9153
 DCR  H8A   H  HCH2   0   0.206   -1.9653  -1.1582  -0.8351
 DCR  H9    H  HCH2   0   0.206   -0.7401   1.0272  -0.8305
 DCR  H9A   H  HCH2   0   0.206   -0.7345   1.0192   0.9200
 DCR  H10   H  HCH2   0   0.206    0.5818  -1.1123   0.9053
 DCR  H10A  H  HCH2   0   0.206    0.5748  -1.1039  -0.8452
 DCR  H11   H  HCH2   0   0.206    1.8044   1.0778  -0.8397
 DCR  H11A  H  HCH2   0   0.206    1.8138   1.0682   0.9108
 DCR  H12   H  HCH2   0   0.206    3.1263  -1.0651   0.8915
 DCR  H12A  H  HCH2   0   0.206    3.1158  -1.0558  -0.8588
 DCR  H13   H  HCH2   0   0.206    4.3509   1.1226  -0.8550
 DCR  H13A  H  HCH2   0   0.206    4.3620   1.1134   0.8956
 DCR  H14   H  HCH2   0   0.206    5.6698  -1.0216   0.8773
 DCR  H14A  H  HCH2   0   0.206    5.6568  -1.0156  -0.8731
 DCR  H15   H  HCH2   0   0.206    6.8983   1.1598  -0.8745
 DCR  H15A  H  HCH2   0   0.206    6.9113   1.1532   0.8762
 DCR  H16   H  HCH2   0   0.206    8.2106  -0.9887   0.8574
 DCR  H16A  H  HCH2   0   0.206    8.1988  -0.9799  -0.8929
 DCR  H17   H  HCH2   0   0.206    9.4487   1.1906  -0.8903
 DCR  H17A  H  HCH2   0   0.206    9.4587   1.1826   0.8602
 DCR  H18   H  HCH2   0   0.205   10.7512  -0.9627   0.8436
 DCR  H18A  H  HCH2   0   0.205   10.7416  -0.9559  -0.9066
 DCR  H19   H  HCH2   0   0.210   11.9992   1.2085  -0.9036
 DCR  H19A  H  HCH2   0   0.210   12.0088   1.2005   0.8453
 DCR  H20   H  HCH3   0   0.226   14.1739   0.3226  -0.0436
 DCR  H20A  H  HCH3   0   0.215   13.3235  -0.9456   0.8338
 DCR  H20B  H  HCH3   0   0.215   13.3155  -0.9358  -0.9273

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DCR  C1   O1    deloc   1.250  0.020  1.250
 DCR  C2   C1    single  1.539  0.020  1.539
 DCR  O2   C1    deloc   1.247  0.020  1.247
 DCR  C3   C2    single  1.520  0.020  1.520
 DCR  C2   H2    single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C2   H2A   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C4   C3    single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C3   H3    single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C3   H3A   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C4   C5    single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C4   H4    single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C4   H4A   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C6   C5    single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C5   H5    single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C5   H5A   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C6   C7    single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C6   H6    single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C6   H6A   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C8   C7    single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C7   H7    single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C7   H7A   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C9   C8    single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C8   H8    single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C8   H8A   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C10  C9    single  1.524  0.020  1.524
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 DCR  C11  C10   single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C10  H10   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C10  H10A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C12  C11   single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C11  H11   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C11  H11A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C13  C12   single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C12  H12   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C12  H12A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C14  C13   single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C13  H13   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C13  H13A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C15  C14   single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C14  H14   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C14  H14A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C15  C16   single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C15  H15   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C15  H15A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C16  C17   single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C16  H16   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C16  H16A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C18  C17   single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C17  H17   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C17  H17A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C18  C19   single  1.524  0.020  1.524
 DCR  C18  H18   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C18  H18A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C20  C19   single  1.523  0.020  1.523
 DCR  C19  H19   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C19  H19A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C20  H20   single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C20  H20A  single  0.970  0.020  1.090
 DCR  C20  H20B  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DCR  C2    C1   O2    117.98  3.000
 DCR  O2    C1   O1    126.07  3.000
 DCR  C2    C1   O1    115.95  3.000
 DCR  H2A   C2   H2    104.77  3.000
 DCR  H2A   C2   C3    109.62  3.000
 DCR  H2    C2   C3    109.42  3.000
 DCR  H2A   C2   C1    108.31  3.000
 DCR  H2    C2   C1    107.88  3.000
 DCR  C3    C2   C1    116.22  3.000
 DCR  H3A   C3   H3    105.88  3.000
 DCR  H3A   C3   C4    109.24  3.000
 DCR  H3    C3   C4    109.09  3.000
 DCR  H3A   C3   C2    109.84  3.000
 DCR  H3    C3   C2    109.77  3.000
 DCR  C4    C3   C2    112.78  3.000
 DCR  H4A   C4   H4    105.85  3.000
 DCR  H4A   C4   C5    109.18  3.000
 DCR  H4    C4   C5    109.28  3.000
 DCR  H4A   C4   C3    109.47  3.000
 DCR  H4    C4   C3    109.49  3.000
 DCR  C5    C4   C3    113.30  3.000
 DCR  H5A   C5   H5    105.95  3.000
 DCR  H5A   C5   C6    109.36  3.000
 DCR  H5    C5   C6    109.29  3.000
 DCR  H5A   C5   C4    109.35  3.000
 DCR  H5    C5   C4    109.28  3.000
 DCR  C6    C5   C4    113.34  3.000
 DCR  H6A   C6   H6    105.97  3.000
 DCR  H6A   C6   C7    109.26  3.000
 DCR  H6    C6   C7    109.35  3.000
 DCR  H6A   C6   C5    109.30  3.000
 DCR  H6    C6   C5    109.36  3.000
 DCR  C7    C6   C5    113.34  3.000
 DCR  H7A   C7   H7    105.99  3.000
 DCR  H7A   C7   C8    109.37  3.000
 DCR  H7    C7   C8    109.31  3.000
 DCR  H7A   C7   C6    109.35  3.000
 DCR  H7    C7   C6    109.28  3.000
 DCR  C8    C7   C6    113.27  3.000
 DCR  H8A   C8   H8    105.99  3.000
 DCR  H8A   C8   C9    109.29  3.000
 DCR  H8    C8   C9    109.33  3.000
 DCR  H8A   C8   C7    109.30  3.000
 DCR  H8    C8   C7    109.35  3.000
 DCR  C9    C8   C7    113.31  3.000
 DCR  H9A   C9   H9    106.00  3.000
 DCR  H9A   C9   C10   109.36  3.000
 DCR  H9    C9   C10   109.33  3.000
 DCR  H9A   C9   C8    109.34  3.000
 DCR  H9    C9   C8    109.30  3.000
 DCR  C10   C9   C8    113.25  3.000
 DCR  H10A  C10  H10   106.00  3.000
 DCR  H10A  C10  C11   109.28  3.000
 DCR  H10   C10  C11   109.32  3.000
 DCR  H10A  C10  C9    109.31  3.000
 DCR  H10   C10  C9    109.35  3.000
 DCR  C11   C10  C9    113.32  3.000
 DCR  H11A  C11  H11   106.00  3.000
 DCR  H11A  C11  C12   109.37  3.000
 DCR  H11   C11  C12   109.34  3.000
 DCR  H11A  C11  C10   109.34  3.000
 DCR  H11   C11  C10   109.31  3.000
 DCR  C12   C11  C10   113.23  3.000
 DCR  H12A  C12  H12   105.99  3.000
 DCR  H12A  C12  C13   109.29  3.000
 DCR  H12   C12  C13   109.31  3.000
 DCR  H12A  C12  C11   109.31  3.000
 DCR  H12   C12  C11   109.33  3.000
 DCR  C13   C12  C11   113.34  3.000
 DCR  H13A  C13  H13   106.01  3.000
 DCR  H13A  C13  C14   109.35  3.000
 DCR  H13   C13  C14   109.36  3.000
 DCR  H13A  C13  C12   109.34  3.000
 DCR  H13   C13  C12   109.32  3.000
 DCR  C14   C13  C12   113.21  3.000
 DCR  H14A  C14  H14   105.98  3.000
 DCR  H14A  C14  C15   109.30  3.000
 DCR  H14   C14  C15   109.29  3.000
 DCR  H14A  C14  C13   109.32  3.000
 DCR  H14   C14  C13   109.32  3.000
 DCR  C15   C14  C13   113.37  3.000
 DCR  H15A  C15  H15   106.01  3.000
 DCR  H15A  C15  C16   109.35  3.000
 DCR  H15   C15  C16   109.35  3.000
 DCR  H15A  C15  C14   109.34  3.000
 DCR  H15   C15  C14   109.35  3.000
 DCR  C16   C15  C14   113.18  3.000
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 DCR  H16A  C16  C17   109.31  3.000
 DCR  H16   C16  C17   109.28  3.000
 DCR  H16A  C16  C15   109.31  3.000
 DCR  H16   C16  C15   109.31  3.000
 DCR  C17   C16  C15   113.38  3.000
 DCR  H17A  C17  H17   106.00  3.000
 DCR  H17A  C17  C18   109.35  3.000
 DCR  H17   C17  C18   109.38  3.000
 DCR  H17A  C17  C16   109.33  3.000
 DCR  H17   C17  C16   109.36  3.000
 DCR  C18   C17  C16   113.17  3.000
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 DCR  H18A  C18  C19   109.24  3.000
 DCR  H18   C18  C19   109.22  3.000
 DCR  H18A  C18  C17   109.37  3.000
 DCR  H18   C18  C17   109.33  3.000
 DCR  C19   C18  C17   113.45  3.000
 DCR  H19A  C19  H19   106.05  3.000
 DCR  H19A  C19  C20   109.64  3.000
 DCR  H19   C19  C20   109.65  3.000
 DCR  H19A  C19  C18   109.28  3.000
 DCR  H19   C19  C18   109.30  3.000
 DCR  C20   C19  C18   112.70  3.000
 DCR  H20B  C20  H20A  107.51  3.000
 DCR  H20B  C20  H20   107.61  3.000
 DCR  H20A  C20  H20   107.61  3.000
 DCR  H20B  C20  C19   111.07  3.000
 DCR  H20A  C20  C19   111.05  3.000
 DCR  H20   C20  C19   111.79  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DCR  Var_01  C3   C2   C1   O1    174.17  30.0  2
 DCR  Var_02  C4   C3   C2   C1   -179.60  30.0  1
 DCR  Var_03  C5   C4   C3   C2    179.33  30.0  1
 DCR  Var_04  C6   C5   C4   C3   -179.70  30.0  3
 DCR  Var_05  C7   C6   C5   C4    179.54  30.0  1
 DCR  Var_06  C8   C7   C6   C5   -179.72  30.0  3
 DCR  Var_07  C9   C8   C7   C6    179.74  30.0  1
 DCR  Var_08  C10  C9   C8   C7   -179.67  30.0  1
 DCR  Var_09  C11  C10  C9   C8    179.92  30.0  1
 DCR  Var_10  C12  C11  C10  C9   -179.86  30.0  1
 DCR  Var_11  C13  C12  C11  C10   179.93  30.0  1
 DCR  Var_12  C14  C13  C12  C11  -179.98  30.0  2
 DCR  Var_13  C15  C14  C13  C12   179.88  30.0  1
 DCR  Var_14  C16  C15  C14  C13  -179.99  30.0  2
 DCR  Var_15  C17  C16  C15  C14  -179.90  30.0  3
 DCR  Var_16  C18  C17  C16  C15   179.92  30.0  3
 DCR  Var_17  C19  C18  C17  C16  -179.98  30.0  1
 DCR  Var_18  C20  C19  C18  C17  -180.00  30.0  3
 DCR  Var_19  H20  C20  C19  C18  -179.91  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DCR  plan-1  O1  0.020
 DCR  plan-1  C1  0.020
 DCR  plan-1  O2  0.020
 DCR  plan-1  C2  0.020

