# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Jul 21 14:07:32 2021
#   Inital geometry file: a 99 line input string
#   Ligand name: 2'-deoxyadenosine 5'-(trihydrogen diphosphate)
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1ncnc2n(cnc12)[C@H]3C[C@H](O)[C@@H](CO[P@@](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DAT  DAT  '2'-deoxyadenosine 5'-(trihydrogen diphosphate)'  ligand  41  26  .  2022-11-17  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_DAT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DAT  PB    P  P     0   1.478  17.6021  70.8118  37.9047
 DAT  O1B   O  O     0  -0.686  16.4103  70.9897  37.0686
 DAT  O2B   O  OH1   0  -0.725  17.5620  69.4648  38.7372
 DAT  O3B   O  OH1   0  -0.717  17.8640  72.0330  38.8752
 DAT  PA    P  P     0   1.501  19.2713  69.9354  35.6979
 DAT  O1A   O  O     0  -0.675  18.4759  68.7169  35.5071
 DAT  O2A   O  OH1   0  -0.729  19.0459  71.0096  34.5525
 DAT  O3A   O  O2    0  -0.704  19.0056  70.7464  37.0755
 DAT  O5'   O  O2    0  -0.572  20.8162  69.6174  35.7902
 DAT  C5'   C  CH2   0  -0.214  21.8871  70.5666  35.8071
 DAT  C4'   C  CH1   0   0.006  22.9824  70.1020  34.8736
 DAT  O4'   O  O2    0  -0.494  23.4610  68.8278  35.2781
 DAT  C3'   C  CH1   0  -0.013  22.5649  69.9597  33.4048
 DAT  O3'   O  OH1   0  -0.669  23.6737  70.3428  32.6247
 DAT  C2'   C  CH2   0  -0.551  22.2702  68.4712  33.2882
 DAT  C1'   C  CH1   0   0.225  23.2754  67.8700  34.2604
 DAT  N9    N  NR5   0  -0.544  22.8624  66.6204  34.8470
 DAT  C8    C  CR15  0   0.116  21.6633  66.3164  35.4388
 DAT  N7    N  N     0  -0.449  21.6190  65.1146  35.9289
 DAT  C5    C  CR56  0  -0.010  22.8559  64.5880  35.6572
 DAT  C6    C  CR6   0   0.459  23.4415  63.3362  35.9212
 DAT  N6    N  NH2   0  -0.816  22.7914  62.3530  36.5450
 DAT  N1    N  N     0  -0.474  24.7013  63.1369  35.5172
 DAT  C2    C  CR16  0   0.045  25.3423  64.1184  34.8887
 DAT  N3    N  N     0  -0.459  24.9006  65.3266  34.5846
 DAT  C4    C  CR56  0   0.491  23.6470  65.5096  34.9920
 DAT  HOB2  H  HOH1  0   0.506  18.3235  69.2515  39.2942
 DAT  HOB3  H  HOH1  0   0.508  18.6148  71.9843  39.4827
 DAT  HOA2  H  HOH1  0   0.508  19.2334  71.9388  34.7413
 DAT  H5'1  H  HCH2  0   0.248  21.5587  71.5631  35.5023
 DAT  H5'2  H  HCH2  0   0.278  22.2599  70.6361  36.8296
 DAT  H4'   H  HCH1  0   0.270  23.7884  70.8400  34.9550
 DAT  H3'   H  HCH1  0   0.246  21.6838  70.5676  33.1685
 DAT  HO3'  H  HOH1  0   0.456  23.4665  70.1709  31.7005
 DAT  H2'1  H  HCH2  0   0.261  21.2444  68.2594  33.5887
 DAT  H2'2  H  HCH2  0   0.287  22.3992  68.0858  32.2767
 DAT  H1'   H  HCH1  0   0.260  24.2252  67.6610  33.7611
 DAT  H8    H  HCR5  0   0.286  20.8491  67.0233  35.4814
 DAT  HN61  H  HNH2  0   0.404  23.2595  61.4881  36.7535
 DAT  HN62  H  HNH2  0   0.411  21.8648  62.4922  36.9080
 DAT  H2    H  HCR6  0   0.252  26.3603  63.8930  34.5897

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DAT  PB   O1B   double    1.467  0.020  1.467
 DAT  PB   O2B   single    1.584  0.020  1.584
 DAT  PB   O3B   single    1.582  0.020  1.582
 DAT  PB   O3A   single    1.632  0.020  1.632
 DAT  O2B  HOB2  single    0.850  0.020  0.980
 DAT  O3B  HOB3  single    0.850  0.020  0.980
 DAT  PA   O1A   double    1.468  0.020  1.468
 DAT  PA   O2A   single    1.586  0.020  1.586
 DAT  PA   O3A   single    1.621  0.020  1.621
 DAT  PA   O5'   single    1.580  0.020  1.580
 DAT  O2A  HOA2  single    0.850  0.020  0.980
 DAT  O5'  C5'   single    1.431  0.020  1.431
 DAT  C5'  C4'   single    1.512  0.020  1.512
 DAT  C5'  H5'1  single    0.970  0.020  1.090
 DAT  C5'  H5'2  single    0.970  0.020  1.090
 DAT  C4'  O4'   single    1.420  0.020  1.420
 DAT  C4'  C3'   single    1.534  0.020  1.534
 DAT  C4'  H4'   single    0.970  0.020  1.090
 DAT  O4'  C1'   single    1.410  0.020  1.410
 DAT  C3'  O3'   single    1.409  0.020  1.409
 DAT  C3'  C2'   single    1.522  0.020  1.522
 DAT  C3'  H3'   single    0.970  0.020  1.090
 DAT  O3'  HO3'  single    0.850  0.020  0.980
 DAT  C2'  C1'   single    1.522  0.020  1.522
 DAT  C2'  H2'1  single    0.970  0.020  1.090
 DAT  C2'  H2'2  single    0.970  0.020  1.090
 DAT  C1'  N9    single    1.441  0.020  1.441
 DAT  C1'  H1'   single    0.970  0.020  1.090
 DAT  N9   C8    aromatic  1.371  0.020  1.371
 DAT  N9   C4    aromatic  1.368  0.020  1.368
 DAT  C8   N7    aromatic  1.299  0.020  1.299
 DAT  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 DAT  N7   C5    aromatic  1.372  0.020  1.372
 DAT  C5   C6    aromatic  1.407  0.020  1.407
 DAT  C5   C4    aromatic  1.385  0.020  1.385
 DAT  C6   N6    single    1.334  0.020  1.334
 DAT  C6   N1    aromatic  1.338  0.020  1.338
 DAT  N6   HN61  single    0.860  0.020  1.020
 DAT  N6   HN62  single    0.860  0.020  1.020
 DAT  N1   C2    aromatic  1.330  0.020  1.330
 DAT  C2   N3    aromatic  1.322  0.020  1.322
 DAT  C2   H2    single    0.930  0.020  1.080
 DAT  N3   C4    aromatic  1.331  0.020  1.331

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DAT  O3A   PB   O3B   101.56  3.000
 DAT  O3A   PB   O2B   104.76  3.000
 DAT  O3B   PB   O2B   109.77  3.000
 DAT  O3A   PB   O1B   114.47  3.000
 DAT  O3B   PB   O1B   113.00  3.000
 DAT  O2B   PB   O1B   112.47  3.000
 DAT  HOB2  O2B  PB    118.05  3.000
 DAT  HOB3  O3B  PB    118.37  3.000
 DAT  O5'   PA   O3A   102.20  3.000
 DAT  O5'   PA   O2A   108.51  3.000
 DAT  O3A   PA   O2A   104.58  3.000
 DAT  O5'   PA   O1A   111.74  3.000
 DAT  O3A   PA   O1A   115.92  3.000
 DAT  O2A   PA   O1A   113.04  3.000
 DAT  HOA2  O2A  PA    118.84  3.000
 DAT  PA    O3A  PB    126.38  3.000
 DAT  C5'   O5'  PA    126.79  3.000
 DAT  H5'2  C5'  H5'1  107.83  3.000
 DAT  H5'2  C5'  C4'   110.53  3.000
 DAT  H5'1  C5'  C4'   109.01  3.000
 DAT  H5'2  C5'  O5'   108.01  3.000
 DAT  H5'1  C5'  O5'   112.13  3.000
 DAT  C4'   C5'  O5'   109.33  3.000
 DAT  H4'   C4'  C3'   109.50  3.000
 DAT  H4'   C4'  O4'   109.59  3.000
 DAT  C3'   C4'  O4'   106.34  3.000
 DAT  H4'   C4'  C5'   106.26  3.000
 DAT  C3'   C4'  C5'   115.00  3.000
 DAT  O4'   C4'  C5'   110.11  3.000
 DAT  C1'   O4'  C4'   111.08  3.000
 DAT  H3'   C3'  C2'   111.73  3.000
 DAT  H3'   C3'  O3'   111.25  3.000
 DAT  C2'   C3'  O3'   112.09  3.000
 DAT  H3'   C3'  C4'   111.95  3.000
 DAT  C2'   C3'  C4'   102.52  3.000
 DAT  O3'   C3'  C4'   106.91  3.000
 DAT  HO3'  O3'  C3'   108.28  3.000
 DAT  H2'2  C2'  H2'1  107.37  3.000
 DAT  H2'2  C2'  C1'   112.02  3.000
 DAT  H2'1  C2'  C1'   111.64  3.000
 DAT  H2'2  C2'  C3'   113.20  3.000
 DAT  H2'1  C2'  C3'   110.57  3.000
 DAT  C1'   C2'  C3'   102.10  3.000
 DAT  H1'   C1'  N9    105.62  3.000
 DAT  H1'   C1'  C2'   110.95  3.000
 DAT  N9    C1'  C2'   114.41  3.000
 DAT  H1'   C1'  O4'   110.20  3.000
 DAT  N9    C1'  O4'   109.45  3.000
 DAT  C2'   C1'  O4'   106.24  3.000
 DAT  C4    N9   C8    106.02  3.000
 DAT  C4    N9   C1'   125.67  3.000
 DAT  C8    N9   C1'   128.21  3.000
 DAT  H8    C8   N7    124.44  3.000
 DAT  H8    C8   N9    122.11  3.000
 DAT  N7    C8   N9    113.44  3.000
 DAT  C5    N7   C8    104.47  3.000
 DAT  C4    C5   C6    116.39  3.000
 DAT  C4    C5   N7    110.78  3.000
 DAT  C6    C5   N7    132.83  3.000
 DAT  N1    C6   N6    119.37  3.000
 DAT  N1    C6   C5    117.89  3.000
 DAT  N6    C6   C5    122.74  3.000
 DAT  HN62  N6   HN61  118.27  3.000
 DAT  HN62  N6   C6    121.09  3.000
 DAT  HN61  N6   C6    120.29  3.000
 DAT  C2    N1   C6    119.11  3.000
 DAT  H2    C2   N3    116.11  3.000
 DAT  H2    C2   N1    115.41  3.000
 DAT  N3    C2   N1    128.47  3.000
 DAT  C4    N3   C2    111.72  3.000
 DAT  N3    C4   C5    126.42  3.000
 DAT  N3    C4   N9    128.29  3.000
 DAT  C5    C4   N9    105.29  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DAT  CONST_01  C5    N7   C8   N9      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_02  N7    C5   C4   N9      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_03  C6    C5   C4   N9    180.00   0.0  0
 DAT  CONST_04  C2    N3   C4   N9    180.00   0.0  0
 DAT  CONST_05  C5    C4   N9   C8      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_06  N3    C4   N9   C8    180.00   0.0  0
 DAT  CONST_07  C6    C5   N7   C8    180.00   0.0  0
 DAT  CONST_08  C4    C5   N7   C8      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_09  C4    N9   C8   N7      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_10  N1    C6   C5   N7    180.00   0.0  0
 DAT  CONST_11  N3    C4   C5   N7    180.00   0.0  0
 DAT  CONST_12  C2    N1   C6   C5      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_13  C2    N3   C4   C5      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_14  N3    C4   C5   C6      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_15  N3    C2   N1   C6      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_16  C4    C5   C6   N1      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_17  C4    N3   C2   N1      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_18  N7    C8   N9   C1'   180.00   0.0  0
 DAT  CONST_19  C5    C4   N9   C1'   180.00   0.0  0
 DAT  CONST_20  N3    C4   N9   C1'     0.00   0.0  0
 DAT  CONST_21  N6    C6   C5   N7      0.00   0.0  0
 DAT  CONST_22  C4    C5   C6   N6    180.00   0.0  0
 DAT  CONST_23  C2    N1   C6   N6    180.00   0.0  0
 DAT  CONST_24  H8    C8   N9   C1'     0.00   0.0  0
 DAT  CONST_25  H2    C2   N1   C6    180.00   0.0  0
 DAT  CONST_26  HN61  N6   C6   C5    180.00   0.0  0
 DAT  CONST_27  HN62  N6   C6   C5      0.00   0.0  0
 DAT  Var_01    C4'   C5'  O5'  PA   -135.15  30.0  3
 DAT  Var_02    O1A   PA   O3A  PB    -30.14  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 DAT  chir_02  C4'  C5'  O4'  C3'  negativ
 DAT  chir_03  C3'  O3'  C4'  C2'  positiv
 DAT  chir_04  C1'  O4'  N9   C2'  negativ
 DAT  chir_05  PA   O2A  O3A  O5'  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DAT  plan-1  C1'   0.020
 DAT  plan-1  N9    0.020
 DAT  plan-1  C8    0.020
 DAT  plan-1  N7    0.020
 DAT  plan-1  C5    0.020
 DAT  plan-1  C6    0.020
 DAT  plan-1  N6    0.020
 DAT  plan-1  N1    0.020
 DAT  plan-1  C2    0.020
 DAT  plan-1  N3    0.020
 DAT  plan-1  C4    0.020
 DAT  plan-1  H8    0.020
 DAT  plan-1  H2    0.020
 DAT  plan-2  C6    0.020
 DAT  plan-2  N6    0.020
 DAT  plan-2  HN61  0.020
 DAT  plan-2  HN62  0.020

