# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar  9 22:06:54 2022
#   Inital geometry file: a 91 line input string
#   Ligand name: 5-(acetylamino)-2,6-anhydro-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)C=C(O[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)CO)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DAN  DAN  '5-(acetylamino)-2,6-anhydro-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid'  D-saccharide  36  20  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_DAN
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DAN  C1    C  C      0   0.371  43.1735  52.0622  45.7103
 DAN  C2    C  CR6    0   0.179  42.9469  51.4741  47.1046
 DAN  C3    C  CR16   0  -0.404  41.7579  51.0578  47.5441
 DAN  C4    C  CR16   0   0.078  41.5382  50.5327  48.9253
 DAN  C5    C  CR16   0  -0.152  42.7233  50.9327  49.8077
 DAN  C6    C  CR16   0   0.040  44.0196  50.6436  49.0434
 DAN  C7    C  CH1    0   0.010  45.2797  50.9484  49.8417
 DAN  C8    C  CH1    0   0.001  46.5569  50.6180  49.0510
 DAN  C9    C  CH2    0  -0.198  47.8146  51.1078  49.7502
 DAN  C11   C  CH3    0  -0.784  42.4765  49.8559  53.4313
 DAN  N5    N  NH1    0  -0.638  42.6797  50.2376  51.0697
 DAN  O1A   O  O      0  -0.583  42.1538  52.2159  45.0144
 DAN  O1B   O  OC    -1  -0.588  44.3498  52.3300  45.4168
 DAN  O4    O  OH1    0  -0.664  40.3209  51.0534  49.4108
 DAN  O6    O  O      0  -0.480  44.0688  51.4161  47.8548
 DAN  O7    O  OH1    0  -0.672  45.2508  52.3050  50.2179
 DAN  O8    O  OH1    0  -0.673  46.5582  49.2162  48.8730
 DAN  O9    O  OH1    0  -0.670  47.8394  50.6418  51.0798
 DAN  O10   O  O      0  -0.482  42.4121  52.0342  52.4246
 DAN  H3    H  HCR6   0   0.243  40.9120  51.1069  46.8729
 DAN  H4    H  HCR6   0   0.209  41.4877  49.4316  48.8996
 DAN  H5    H  HCR6   0   0.268  42.6581  52.0019  50.0124
 DAN  H6    H  HCR6   0   0.239  44.0353  49.5776  48.7733
 DAN  H7    H  HCH1   0   0.229  45.2585  50.2941  50.7212
 DAN  H8    H  HCH1   0   0.218  46.5258  51.1380  48.0844
 DAN  H91   H  HCH2   0   0.212  48.6845  50.7531  49.1786
 DAN  H92   H  HCH2   0   0.202  47.8419  52.2028  49.6991
 DAN  H111  H  HCH3   0   0.259  42.4561  50.3926  54.3759
 DAN  H112  H  HCH3   0   0.265  41.5845  49.2309  53.3667
 DAN  H113  H  HCH3   0   0.260  43.3410  49.1913  53.4210
 DAN  HN5   H  HNH1   0   0.400  42.7459  49.2306  51.0439
 DAN  HO4   H  HOH1   0   0.448  40.1050  50.5973  50.2306
 DAN  HO7   H  HOH1   0   0.454  45.7392  52.4005  51.0405
 DAN  HO8   H  HOH1   0   0.452  47.2272  48.9928  48.2188
 DAN  HO9   H  HOH1   0   0.455  48.6098  51.0151  51.5168
 DAN  C10   C  C      0   0.498  42.5219  50.8280  52.2758

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DAN  C1   C2    single  1.530  0.020  1.530
 DAN  C1   O1A   deloc   1.244  0.020  1.244
 DAN  C1   O1B   deloc   1.242  0.020  1.242
 DAN  C2   C3    double  1.334  0.020  1.334
 DAN  C2   O6    single  1.351  0.020  1.351
 DAN  C3   C4    single  1.494  0.020  1.494
 DAN  C3   H3    single  0.930  0.020  1.080
 DAN  C4   C5    single  1.531  0.020  1.531
 DAN  C4   O4    single  1.410  0.020  1.410
 DAN  C4   H4    single  0.970  0.020  1.090
 DAN  C5   C6    single  1.532  0.020  1.532
 DAN  C5   N5    single  1.441  0.020  1.441
 DAN  C5   H5    single  0.970  0.020  1.090
 DAN  C6   C7    single  1.523  0.020  1.523
 DAN  C6   O6    single  1.418  0.020  1.418
 DAN  C6   H6    single  0.970  0.020  1.090
 DAN  C7   C8    single  1.538  0.020  1.538
 DAN  C7   O7    single  1.408  0.020  1.408
 DAN  C7   H7    single  0.970  0.020  1.090
 DAN  C8   C9    single  1.520  0.020  1.520
 DAN  C8   O8    single  1.413  0.020  1.413
 DAN  C8   H8    single  0.970  0.020  1.090
 DAN  C9   O9    single  1.409  0.020  1.409
 DAN  C9   H91   single  0.970  0.020  1.090
 DAN  C9   H92   single  0.970  0.020  1.090
 DAN  C10  C11   single  1.511  0.020  1.511
 DAN  C10  N5    single  1.352  0.020  1.352
 DAN  C10  O10   double  1.220  0.020  1.220
 DAN  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 DAN  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 DAN  C11  H113  single  0.970  0.020  1.090
 DAN  N5   HN5   single  0.860  0.020  1.020
 DAN  O4   HO4   single  0.850  0.020  0.980
 DAN  O7   HO7   single  0.850  0.020  0.980
 DAN  O8   HO8   single  0.850  0.020  0.980
 DAN  O9   HO9   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DAN  O1B   C1   O1A   128.15  3.000
 DAN  O1B   C1   C2    116.02  3.000
 DAN  O1A   C1   C2    115.83  3.000
 DAN  O6    C2   C3    122.94  3.000
 DAN  O6    C2   C1    113.55  3.000
 DAN  C3    C2   C1    123.51  3.000
 DAN  H3    C3   C4    118.35  3.000
 DAN  H3    C3   C2    118.60  3.000
 DAN  C4    C3   C2    123.05  3.000
 DAN  H4    C4   O4    109.71  3.000
 DAN  H4    C4   C5    108.05  3.000
 DAN  O4    C4   C5    111.92  3.000
 DAN  H4    C4   C3    109.65  3.000
 DAN  O4    C4   C3    108.39  3.000
 DAN  C5    C4   C3    109.10  3.000
 DAN  H5    C5   N5    107.86  3.000
 DAN  H5    C5   C6    109.22  3.000
 DAN  N5    C5   C6    111.80  3.000
 DAN  H5    C5   C4    108.54  3.000
 DAN  N5    C5   C4    110.81  3.000
 DAN  C6    C5   C4    108.54  3.000
 DAN  H6    C6   O6    108.76  3.000
 DAN  H6    C6   C7    108.12  3.000
 DAN  O6    C6   C7    107.55  3.000
 DAN  H6    C6   C5    108.51  3.000
 DAN  O6    C6   C5    110.16  3.000
 DAN  C7    C6   C5    113.63  3.000
 DAN  H7    C7   O7    111.12  3.000
 DAN  H7    C7   C8    107.47  3.000
 DAN  O7    C7   C8    111.19  3.000
 DAN  H7    C7   C6    106.56  3.000
 DAN  O7    C7   C6    108.42  3.000
 DAN  C8    C7   C6    112.01  3.000
 DAN  H8    C8   O8    111.04  3.000
 DAN  H8    C8   C9    106.01  3.000
 DAN  O8    C8   C9    112.14  3.000
 DAN  H8    C8   C7    109.10  3.000
 DAN  O8    C8   C7    106.18  3.000
 DAN  C9    C8   C7    112.42  3.000
 DAN  H92   C9   H91   106.15  3.000
 DAN  H92   C9   O9    111.95  3.000
 DAN  H91   C9   O9    111.71  3.000
 DAN  H92   C9   C8    108.72  3.000
 DAN  H91   C9   C8    108.15  3.000
 DAN  O9    C9   C8    110.00  3.000
 DAN  H113  C11  H112  107.36  3.000
 DAN  H113  C11  H111  108.91  3.000
 DAN  H112  C11  H111  108.60  3.000
 DAN  H113  C11  C10   111.17  3.000
 DAN  H112  C11  C10   110.36  3.000
 DAN  H111  C11  C10   110.35  3.000
 DAN  HN5   N5   C10   117.78  3.000
 DAN  HN5   N5   C5    117.17  3.000
 DAN  C10   N5   C5    125.03  3.000
 DAN  HO4   O4   C4    108.17  3.000
 DAN  C6    O6   C2    117.38  3.000
 DAN  HO7   O7   C7    108.29  3.000
 DAN  HO8   O8   C8    108.46  3.000
 DAN  HO9   O9   C9    108.35  3.000
 DAN  O10   C10  N5    123.43  3.000
 DAN  O10   C10  C11   122.69  3.000
 DAN  N5    C10  C11   113.88  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DAN  CONST_01  C11   C10  N5   C5   180.00   0.0  0
 DAN  CONST_02  O10   C10  N5   C5     0.00   0.0  0
 DAN  CONST_03  HN5   N5   C10  C11    0.00   0.0  0
 DAN  Var_01    O6    C2   C3   C4     2.30  30.0  1
 DAN  Var_02    O1A   C1   C2   C3     4.42  30.0  2
 DAN  Var_03    H111  C11  C10  N5   173.94  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 DAN  chir_01  C4  C3  C5  O4  negativ
 DAN  chir_02  C5  N5  C6  C4  negativ
 DAN  chir_03  C6  O6  C5  C7  positiv
 DAN  chir_04  C7  O7  C6  C8  negativ
 DAN  chir_05  C8  O8  C7  C9  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DAN  plan-1  C5   0.020
 DAN  plan-1  C11  0.020
 DAN  plan-1  N5   0.020
 DAN  plan-1  O10  0.020
 DAN  plan-1  HN5  0.020
 DAN  plan-1  C10  0.020
 DAN  plan-2  C1   0.020
 DAN  plan-2  C2   0.020
 DAN  plan-2  O1A  0.020
 DAN  plan-2  O1B  0.020

