# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri May  1 04:09:42 2020
#   Inital geometry file: a 36 line input string
#   Ligand name: D-alanine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@@H](N)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DAL  DAL  'D-alanine                '  D-peptide  13  6  .  2022-03-18  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_DAL
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DAL  N    N  NH2   0  -0.793  -1.5385  -0.9765   0.1238
 DAL  CA   C  CH1   0  -0.201  -0.6918   0.1736   0.3635
 DAL  CB   C  CH3   0  -0.663  -1.1849   1.3576  -0.4685
 DAL  C    C  C     0   0.544   0.7377  -0.1688  -0.0027
 DAL  O    O  O     0  -0.440   1.1031  -1.2119  -0.4819
 DAL  OXT  O  OH1   0  -0.597   1.5658   0.8315   0.2807
 DAL  H    H  HNH2  0   0.350  -1.2720  -1.7436   0.7281
 DAL  H2   H  HNH2  0   0.352  -2.4868  -0.7372   0.3840
 DAL  HA   H  HCH1  0   0.250  -0.6727   0.4915   1.4172
 DAL  HB1  H  HCH3  0   0.234  -1.1446   1.1298  -1.5342
 DAL  HB2  H  HCH3  0   0.244  -2.2210   1.5769  -0.2085
 DAL  HB3  H  HCH3  0   0.241  -0.6002   2.2559  -0.2804
 DAL  HXT  H  HOH1  0   0.480   2.4713   0.5913   0.0342

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DAL  N    CA   single  1.458  0.019  1.458
 DAL  N    H    single  0.860  0.020  0.860
 DAL  N    H2   single  0.890  0.020  1.040
 DAL  CA   CB   single  1.521  0.033  1.521
 DAL  CA   C    single  1.525  0.021  1.525
 DAL  CA   HA   single  0.970  0.020  0.970
 DAL  CB   HB1  single  0.970  0.020  1.090
 DAL  CB   HB2  single  0.970  0.020  1.090
 DAL  CB   HB3  single  0.970  0.020  1.090
 DAL  C    O    double  1.231  0.020  1.231
 DAL  C    OXT  single  1.329  0.020  1.329
 DAL  OXT  HXT  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DAL  H2   N    H    105.80  3.000
 DAL  H2   N    CA   108.51  3.000
 DAL  H    N    CA   114.00  3.000
 DAL  HA   CA   C    110.00  3.000
 DAL  HA   CA   CB   109.00  3.000
 DAL  C    CA   CB   110.50  1.500
 DAL  HA   CA   N    110.00  3.000
 DAL  C    CA   N    111.00  2.800
 DAL  CB   CA   N    110.40  1.500
 DAL  HB3  CB   HB2  107.66  3.000
 DAL  HB3  CB   HB1  108.75  3.000
 DAL  HB2  CB   HB1  108.07  3.000
 DAL  HB3  CB   CA   111.84  3.000
 DAL  HB2  CB   CA   109.42  3.000
 DAL  HB1  CB   CA   110.98  3.000
 DAL  OXT  C    O    123.20  3.000
 DAL  OXT  C    CA   120.80  1.700
 DAL  O    C    CA   120.80  1.700
 DAL  HXT  OXT  C    109.97  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DAL  CONST_01  HXT  OXT  C  CA  180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 DAL  chir_01  CA  N  CB  C  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DAL  plan-1  CA   0.020
 DAL  plan-1  C    0.020
 DAL  plan-1  O    0.020
 DAL  plan-1  OXT  0.020
 DAL  plan-1  HXT  0.020

