# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 22 15:10:57 2020
#   Inital geometry file: a 157 line input string
#   Ligand name: 3-[cis-3-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclobutyl]-1-(2-phenylquinolin-7-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-8-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN1CCN(CC1)[C@H]2C[C@H](C2)c3nc(c4ccc5ccc(nc5c4)c6ccccc6)c7n3ccnc7N
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D94  D94  3-[cis-3-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclobutyl]-1-(2-phenylquinolin-7-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-8-amine  ligand  68  37  .  2022-09-22  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_D94
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D94  N5    N  NH2   0  -0.828   2.0638   3.2781  -0.8760
 D94  C3    C  CR6   0   0.357   0.8355   3.5710  -0.3985
 D94  C4    C  CR56  0   0.256  -0.1037   2.5129  -0.1419
 D94  N2    N  N     0  -0.543  -1.3809   2.8905   0.2433
 D94  C2    C  CR16  0  -0.101  -1.6907   4.2150   0.4863
 D94  C1    C  CR16  0  -0.145  -0.7113   5.1190   0.2932
 D94  N1    N  N     0  -0.452   0.5365   4.8219  -0.1650
 D94  C5    C  CR5   0   0.513  -2.1361   1.7704   0.3287
 D94  C22   C  C     0  -0.407  -3.5754   1.7390   0.6732
 D94  C23   C  C     0  -0.424  -4.0712   0.5862   1.5713
 D94  C24   C  C     0  -0.057  -5.3227   0.4870   0.6846
 D94  N6    N  NT    0  -0.429  -5.7944  -0.8337   0.3626
 D94  C26   C  CH2   0  -0.291  -6.8228  -0.8029  -0.6592
 D94  C27   C  CH2   0  -0.284  -7.2443  -2.2127  -1.0272
 D94  N7    N  NT    0  -0.412  -7.7226  -2.9252   0.1409
 D94  C30   C  CH3   0  -0.518  -8.1654  -4.2583  -0.1951
 D94  C28   C  CH2   0  -0.284  -6.6999  -2.9454   1.1679
 D94  C29   C  CH2   0  -0.292  -6.2798  -1.5348   1.5355
 D94  C25   C  C     0  -0.428  -4.5589   1.2425  -0.4150
 D94  N3    N  N     0  -0.450  -1.4139   0.7130   0.0303
 D94  C6    C  CR5   0   0.116  -0.1576   1.1290  -0.2469
 D94  C7    C  CR6   0   0.012   0.8792   0.1459  -0.5649
 D94  C8    C  CR16  0  -0.412   2.1602   0.2471  -0.0742
 D94  C12   C  CR66  0   0.241   3.1348  -0.7281  -0.3818
 D94  C11   C  CR66  0   0.072   2.7745  -1.8345  -1.1866
 D94  C9    C  CR16  0  -0.306   1.4488  -1.9378  -1.6620
 D94  C10   C  CR16  0  -0.287   0.5269  -0.9780  -1.3581
 D94  N4    N  N     0  -0.467   4.3788  -0.5751   0.1208
 D94  C13   C  CR6   0   0.209   5.2975  -1.4714  -0.1469
 D94  C14   C  CR16  0  -0.331   5.0329  -2.6047  -0.9594
 D94  C15   C  CR16  0  -0.182   3.7801  -2.7812  -1.4697
 D94  C16   C  CR6   0   0.068   6.6450  -1.2455   0.4207
 D94  C17   C  CR16  0  -0.285   7.0556   0.0480   0.7498
 D94  C18   C  CR16  0  -0.241   8.3157   0.2752   1.2791
 D94  C19   C  CR16  0  -0.260   9.1847  -0.7867   1.4999
 D94  C20   C  CR16  0  -0.238   8.7831  -2.0775   1.1852
 D94  C21   C  CR16  0  -0.318   7.5247  -2.3049   0.6466
 D94  HN5   H  HNH2  0   0.397   2.6161   4.0565  -1.1987
 D94  HN5A  H  HNH2  0   0.407   2.2158   2.4120  -1.3646
 D94  H2    H  HCR6  0   0.306  -2.6878   4.4574   0.8145
 D94  H1    H  HCR6  0   0.268  -0.9149   6.1641   0.4857
 D94  H22   H  H     0   0.285  -3.9041   2.7000   1.0707
 D94  H23   H  H     0   0.237  -3.4427  -0.2977   1.4513
 D94  H23A  H  H     0   0.249  -4.1994   0.7997   2.6318
 D94  H24   H  H     0   0.205  -6.1279   1.1231   1.0923
 D94  H26   H  HCH2  0   0.190  -7.7086  -0.2338  -0.3265
 D94  H26A  H  HCH2  0   0.243  -6.4347  -0.3043  -1.5504
 D94  H27   H  HCH2  0   0.235  -8.0426  -2.1659  -1.7718
 D94  H27A  H  HCH2  0   0.187  -6.3906  -2.7319  -1.4979
 D94  H30   H  HCH3  0   0.190  -7.3635  -4.8890  -0.6107
 D94  H30A  H  HCH3  0   0.232  -8.5547  -4.7601   0.6921
 D94  H30B  H  HCH3  0   0.232  -8.9689  -4.2132  -0.9318
 D94  H28   H  HCH2  0   0.234  -7.0929  -3.4475   2.0552
 D94  H28A  H  HCH2  0   0.187  -5.8091  -3.5115   0.8422
 D94  H29   H  HCH2  0   0.243  -5.4860  -1.5846   2.2847
 D94  H29A  H  HCH2  0   0.190  -7.1332  -1.0092   1.9985
 D94  H25   H  H     0   0.248  -5.0900   1.9957  -0.9957
 D94  H25A  H  H     0   0.236  -4.0643   0.5428  -1.0916
 D94  H8    H  HCR6  0   0.267   2.4481   1.0633   0.5763
 D94  H9    H  HCR6  0   0.263   1.1715  -2.7877  -2.2736
 D94  H10   H  HCR6  0   0.257  -0.4858  -1.0627  -1.7289
 D94  H14   H  HCR6  0   0.271   5.8171  -3.3116  -1.1901
 D94  H15   H  HCR6  0   0.272   3.5540  -3.6354  -2.0961
 D94  H17   H  HCR6  0   0.254   6.3833   0.8785   0.5810
 D94  H18   H  HCR6  0   0.260   8.6229   1.2850   1.5178
 D94  H19   H  HCR6  0   0.261  10.1670  -0.6078   1.9173
 D94  H20   H  HCR6  0   0.260   9.4475  -2.9130   1.3626
 D94  H21   H  HCR6  0   0.256   7.2270  -3.3219   0.4266

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D94  N5   C3    single    1.350  0.020  1.350
 D94  N5   HN5   single    0.890  0.020  1.040
 D94  N5   HN5A  single    0.890  0.020  1.040
 D94  C3   N1    aromatic  1.307  0.020  1.307
 D94  C3   C4    aromatic  1.438  0.020  1.438
 D94  C6   C4    aromatic  1.389  0.020  1.389
 D94  C4   N2    aromatic  1.386  0.020  1.386
 D94  N2   C2    aromatic  1.382  0.020  1.382
 D94  N2   C5    aromatic  1.354  0.020  1.354
 D94  C1   C2    aromatic  1.347  0.020  1.347
 D94  C2   H2    single    0.930  0.020  1.080
 D94  N1   C1    aromatic  1.362  0.020  1.362
 D94  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 D94  N3   C5    aromatic  1.315  0.020  1.315
 D94  C5   C22   single    1.480  0.020  1.480
 D94  C22  C23   single    1.543  0.020  1.543
 D94  C22  C25   single    1.548  0.020  1.548
 D94  C22  H22   single    0.970  0.020  1.090
 D94  C23  C24   single    1.537  0.020  1.537
 D94  C23  H23   single    0.970  0.020  1.090
 D94  C23  H23A  single    0.970  0.020  1.090
 D94  C25  C24   single    1.537  0.020  1.537
 D94  C24  N6    single    1.439  0.020  1.439
 D94  C24  H24   single    0.970  0.020  1.090
 D94  C26  N6    single    1.450  0.020  1.450
 D94  N6   C29   single    1.450  0.020  1.450
 D94  C26  C27   single    1.517  0.020  1.517
 D94  C26  H26   single    0.970  0.020  1.090
 D94  C26  H26A  single    0.970  0.020  1.090
 D94  C27  N7    single    1.449  0.020  1.449
 D94  C27  H27   single    0.970  0.020  1.090
 D94  C27  H27A  single    0.970  0.020  1.090
 D94  N7   C28   single    1.449  0.020  1.449
 D94  N7   C30   single    1.444  0.020  1.444
 D94  C30  H30   single    0.970  0.020  1.090
 D94  C30  H30A  single    0.970  0.020  1.090
 D94  C30  H30B  single    0.970  0.020  1.090
 D94  C29  C28   single    1.517  0.020  1.517
 D94  C28  H28   single    0.970  0.020  1.090
 D94  C28  H28A  single    0.970  0.020  1.090
 D94  C29  H29   single    0.970  0.020  1.090
 D94  C29  H29A  single    0.970  0.020  1.090
 D94  C25  H25   single    0.970  0.020  1.090
 D94  C25  H25A  single    0.970  0.020  1.090
 D94  C6   N3    aromatic  1.352  0.020  1.352
 D94  C7   C6    single    1.464  0.020  1.464
 D94  C8   C7    aromatic  1.376  0.020  1.376
 D94  C10  C7    aromatic  1.420  0.020  1.420
 D94  C12  C8    aromatic  1.413  0.020  1.413
 D94  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 D94  N4   C12   aromatic  1.350  0.020  1.350
 D94  C11  C12   aromatic  1.415  0.020  1.415
 D94  C15  C11   aromatic  1.410  0.020  1.410
 D94  C11  C9    aromatic  1.412  0.020  1.412
 D94  C9   C10   aromatic  1.365  0.020  1.365
 D94  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 D94  C10  H10   single    0.930  0.020  1.080
 D94  C13  N4    aromatic  1.311  0.020  1.311
 D94  C16  C13   single    1.480  0.020  1.480
 D94  C14  C13   aromatic  1.419  0.020  1.419
 D94  C14  C15   aromatic  1.364  0.020  1.364
 D94  C14  H14   single    0.930  0.020  1.080
 D94  C15  H15   single    0.930  0.020  1.080
 D94  C21  C16   aromatic  1.395  0.020  1.395
 D94  C17  C16   aromatic  1.396  0.020  1.396
 D94  C18  C17   aromatic  1.386  0.020  1.386
 D94  C17  H17   single    0.930  0.020  1.080
 D94  C19  C18   aromatic  1.390  0.020  1.390
 D94  C18  H18   single    0.930  0.020  1.080
 D94  C19  C20   aromatic  1.388  0.020  1.388
 D94  C19  H19   single    0.930  0.020  1.080
 D94  C20  C21   aromatic  1.388  0.020  1.388
 D94  C20  H20   single    0.930  0.020  1.080
 D94  C21  H21   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D94  HN5A  N5   HN5   115.26  3.000
 D94  HN5A  N5   C3    119.74  3.000
 D94  HN5   N5   C3    116.39  3.000
 D94  N1    C3   C4    121.53  3.000
 D94  C4    C3   N5    119.85  3.000
 D94  N1    C3   N5    118.62  3.000
 D94  C6    C4   N2    104.87  3.000
 D94  N2    C4   C3    116.80  3.000
 D94  C6    C4   C3    138.17  3.000
 D94  C5    N2   C2    131.07  3.000
 D94  C5    N2   C4    107.83  3.000
 D94  C2    N2   C4    121.10  3.000
 D94  H2    C2   C1    124.45  3.000
 D94  H2    C2   N2    118.47  3.000
 D94  C1    C2   N2    117.08  3.000
 D94  H1    C1   N1    116.28  3.000
 D94  H1    C1   C2    119.08  3.000
 D94  N1    C1   C2    124.61  3.000
 D94  C1    N1   C3    118.58  3.000
 D94  N3    C5   C22   124.74  3.000
 D94  C22   C5   N2    125.08  3.000
 D94  N3    C5   N2    110.16  3.000
 D94  H22   C22  C25   110.32  3.000
 D94  H22   C22  C23   110.44  3.000
 D94  C25   C22  C23    88.02  3.000
 D94  H22   C22  C5    111.05  3.000
 D94  C25   C22  C5    117.44  3.000
 D94  C23   C22  C5    117.62  3.000
 D94  H23A  C23  H23   109.49  3.000
 D94  H23A  C23  C24   118.59  3.000
 D94  H23   C23  C24   110.68  3.000
 D94  H23A  C23  C22   117.26  3.000
 D94  H23   C23  C22   110.86  3.000
 D94  C24   C23  C22    88.51  3.000
 D94  H24   C24  C25   110.08  3.000
 D94  H24   C24  N6    111.86  3.000
 D94  C25   C24  N6    117.00  3.000
 D94  H24   C24  C23   110.09  3.000
 D94  N6    C24  C23   117.08  3.000
 D94  C25   C24  C23    88.64  3.000
 D94  C29   N6   C26   110.05  3.000
 D94  C29   N6   C24   111.87  3.000
 D94  C26   N6   C24   111.75  3.000
 D94  H26A  C26  H26   107.19  3.000
 D94  H26A  C26  C27   108.97  3.000
 D94  H26   C26  C27   109.22  3.000
 D94  H26A  C26  N6    109.43  3.000
 D94  H26   C26  N6    111.57  3.000
 D94  C27   C26  N6    110.38  3.000
 D94  H27A  C27  H27   107.12  3.000
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 D94  H27   C27  N7    109.22  3.000
 D94  H27A  C27  C26   109.00  3.000
 D94  H27   C27  C26   109.18  3.000
 D94  N7    C27  C26   110.68  3.000
 D94  C28   N7   C30   111.61  3.000
 D94  C30   N7   C27   111.56  3.000
 D94  C28   N7   C27   110.19  3.000
 D94  H30B  C30  H30A  107.77  3.000
 D94  H30B  C30  H30   107.76  3.000
 D94  H30A  C30  H30   107.65  3.000
 D94  H30B  C30  N7    110.17  3.000
 D94  H30A  C30  N7    110.17  3.000
 D94  H30   C30  N7    113.14  3.000
 D94  H28A  C28  H28   107.10  3.000
 D94  H28A  C28  C29   108.94  3.000
 D94  H28   C28  C29   109.27  3.000
 D94  H28A  C28  N7    111.54  3.000
 D94  H28   C28  N7    109.15  3.000
 D94  C29   C28  N7    110.74  3.000
 D94  H29A  C29  H29   107.20  3.000
 D94  H29A  C29  C28   109.29  3.000
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 D94  C28   C29  N6    110.26  3.000
 D94  H25A  C25  H25   109.49  3.000
 D94  H25A  C25  C24   110.70  3.000
 D94  H25   C25  C24   118.61  3.000
 D94  H25A  C25  C22   110.69  3.000
 D94  H25   C25  C22   117.55  3.000
 D94  C24   C25  C22    88.31  3.000
 D94  C6    N3   C5    108.03  3.000
 D94  C7    C6   N3    119.74  3.000
 D94  C7    C6   C4    131.16  3.000
 D94  N3    C6   C4    109.09  3.000
 D94  C10   C7   C8    119.24  3.000
 D94  C10   C7   C6    118.51  3.000
 D94  C8    C7   C6    122.19  3.000
 D94  H8    C8   C12   117.89  3.000
 D94  H8    C8   C7    121.16  3.000
 D94  C12   C8   C7    120.94  3.000
 D94  N4    C12  C11   122.34  3.000
 D94  C11   C12  C8    119.21  3.000
 D94  N4    C12  C8    118.45  3.000
 D94  C15   C11  C9    123.57  3.000
 D94  C9    C11  C12   119.19  3.000
 D94  C15   C11  C12   117.24  3.000
 D94  H9    C9   C10   120.29  3.000
 D94  H9    C9   C11   119.20  3.000
 D94  C10   C9   C11   120.51  3.000
 D94  H10   C10  C9    120.06  3.000
 D94  H10   C10  C7    119.06  3.000
 D94  C9    C10  C7    120.88  3.000
 D94  C13   N4   C12   119.48  3.000
 D94  C16   C13  C14   120.75  3.000
 D94  C14   C13  N4    122.15  3.000
 D94  C16   C13  N4    117.10  3.000
 D94  H14   C14  C15   120.12  3.000
 D94  H14   C14  C13   120.61  3.000
 D94  C15   C14  C13   119.26  3.000
 D94  H15   C15  C14   120.67  3.000
 D94  H15   C15  C11   119.79  3.000
 D94  C14   C15  C11   119.54  3.000
 D94  C21   C16  C17   118.67  3.000
 D94  C17   C16  C13   119.97  3.000
 D94  C21   C16  C13   121.35  3.000
 D94  H17   C17  C18   119.93  3.000
 D94  H17   C17  C16   119.45  3.000
 D94  C18   C17  C16   120.62  3.000
 D94  H18   C18  C19   120.03  3.000
 D94  H18   C18  C17   119.70  3.000
 D94  C19   C18  C17   120.27  3.000
 D94  H19   C19  C20   120.25  3.000
 D94  H19   C19  C18   120.16  3.000
 D94  C20   C19  C18   119.58  3.000
 D94  H20   C20  C21   119.60  3.000
 D94  H20   C20  C19   120.22  3.000
 D94  C21   C20  C19   120.18  3.000
 D94  H21   C21  C20   118.84  3.000
 D94  H21   C21  C16   120.47  3.000
 D94  C20   C21  C16   120.67  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D94  CONST_01  C2   C1   N1   C3      0.00   0.0  0
 D94  CONST_02  N3   C6   C4   C3    180.00   0.0  0
 D94  CONST_03  C7   C6   C4   C3      0.00   0.0  0
 D94  CONST_04  C2   N2   C4   C3      0.00   0.0  0
 D94  CONST_05  C5   N2   C4   C3    180.00   0.0  0
 D94  CONST_06  C1   N1   C3   C4      0.00   0.0  0
 D94  CONST_07  C5   N3   C6   C4      0.00   0.0  0
 D94  CONST_10  C1   C2   N2   C4      0.00   0.0  0
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 D94  CONST_16  C6   N3   C5   N2      0.00   0.0  0
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 D94  CONST_18  N3   C5   N2   C2    180.00   0.0  0
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 D94  CONST_29  C11  C9   C10  C7      0.00   0.0  0
 D94  CONST_30  C9   C10  C7   C8      0.00   0.0  0
 D94  CONST_31  C13  N4   C12  C8    180.00   0.0  0
 D94  CONST_32  C15  C11  C12  C8    180.00   0.0  0
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 D94  CONST_37  C14  C15  C11  C12     0.00   0.0  0
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 D94  CONST_41  N4   C12  C11  C9    180.00   0.0  0
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 D94  CONST_61  C6   N3   C5   C22   180.00   0.0  0
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 D94  CONST_65  H1   C1   N1   C3    180.00   0.0  0
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 D94  CONST_73  H17  C17  C16  C13     0.00   0.0  0
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 D94  CONST_77  HN5  N5   C3   C4    180.00   0.0  0
 D94  Var_01    C27  C26  N6   C24   176.99  30.0  1
 D94  Var_02    C28  C29  N6   C24  -177.06  30.0  1
 D94  Var_03    N7   C27  C26  N6     57.80  30.0  1
 D94  Var_04    N7   C28  C29  N6    -57.90  30.0  1
 D94  Var_05    C28  N7   C27  C26   -57.11  30.0  1
 D94  Var_06    C29  C28  N7   C27    57.21  30.0  1
 D94  Var_07    H30  C30  N7   C27    61.57  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 D94  chir_01  C22  C5  C23  C25  positiv
 D94  chir_02  C24  N6  C23  C25  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 D94  plan-1  N5    0.020
 D94  plan-1  C3    0.020
 D94  plan-1  HN5   0.020
 D94  plan-1  HN5A  0.020
 D94  plan-2  C13   0.020
 D94  plan-2  C16   0.020
 D94  plan-2  C17   0.020
 D94  plan-2  C18   0.020
 D94  plan-2  C19   0.020
 D94  plan-2  C20   0.020
 D94  plan-2  C21   0.020
 D94  plan-2  H17   0.020
 D94  plan-2  H18   0.020
 D94  plan-2  H19   0.020
 D94  plan-2  H20   0.020
 D94  plan-2  H21   0.020
 D94  plan-3  N5    0.020
 D94  plan-3  C3    0.020
 D94  plan-3  C4    0.020
 D94  plan-3  N2    0.020
 D94  plan-3  C2    0.020
 D94  plan-3  C1    0.020
 D94  plan-3  N1    0.020
 D94  plan-3  C5    0.020
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 D94  plan-3  N3    0.020
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 D94  plan-3  H1    0.020
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 D94  plan-4  H9    0.020
 D94  plan-4  H10   0.020
 D94  plan-4  H14   0.020
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