# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 21:38:54 2020
#   Inital geometry file: a 124 line input string
#   Ligand name: 2-[4-[[(3~{R})-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methylcarbamoyl]phenoxy]ethyl-dimethyl-azanium
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[NH+](C)CCOc1ccc(cc1)C(=O)NC[C@@H]2COc3ccccc3O2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D2Z  D2Z  2-[4-[[(3~{R})-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methylcarbamoyl]phenoxy]ethyl-dimethyl-azanium  ligand  51  26  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_D2Z
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D2Z  C1   C  CR16  0  -0.264   6.7358   2.6958  -0.7123
 D2Z  C2   C  CR16  0  -0.268   5.4988   3.2280  -0.3704
 D2Z  C3   C  CR16  0  -0.359   4.4479   2.3834  -0.0461
 D2Z  C4   C  CR16  0  -0.363   6.9251   1.3221  -0.7082
 D2Z  C5   C  CR6   0   0.314   5.8789   0.4715  -0.3743
 D2Z  C6   C  CR6   0   0.316   4.6304   1.0070  -0.0490
 D2Z  O7   O  O2    0  -0.493   3.5796   0.2108   0.2683
 D2Z  C8   C  CH1   0  -0.067   3.7290  -1.1593  -0.0870
 D2Z  C9   C  CH2   0  -0.188   5.1171  -1.6284   0.3006
 D2Z  O10  O  O2    0  -0.480   6.0999  -0.8655  -0.3757
 D2Z  C11  C  CH2   0  -0.262   2.6530  -1.9379   0.6369
 D2Z  N12  N  NH1   0  -0.671   1.3425  -1.4501   0.2739
 D2Z  C13  C  C     0   0.548   0.2247  -2.1617   0.4980
 D2Z  C14  C  CR6   0  -0.054  -1.0711  -1.4857   0.1977
 D2Z  O15  O  O     0  -0.493   0.2568  -3.3121   0.9173
 D2Z  C16  C  CR16  0  -0.252  -2.2074  -2.2797   0.0284
 D2Z  C17  C  CR16  0  -0.330  -3.4390  -1.7165  -0.2321
 D2Z  C18  C  CR6   0   0.399  -3.5678  -0.3293  -0.3165
 D2Z  C19  C  CR16  0  -0.363  -2.4495   0.4787  -0.1381
 D2Z  C20  C  CR16  0  -0.278  -1.2171  -0.1054   0.1171
 D2Z  O21  O  O2    0  -0.476  -4.8048   0.1410  -0.5715
 D2Z  C22  C  CH2   0  -0.237  -5.0047   1.5379  -0.6435
 D2Z  C23  C  CH2   0  -0.335  -6.4657   1.7740  -0.9300
 D2Z  N24  N  NT1   1  -0.506  -7.3794   1.1453   0.0710
 D2Z  C25  C  CH3   0  -0.549  -7.1010   1.5630   1.4680
 D2Z  C26  C  CH3   0  -0.537  -8.7951   1.4140  -0.2914
 D2Z  H1   H  HCR6  0   0.257   7.5589   3.3475  -0.9732
 D2Z  H2   H  HCR6  0   0.257   5.3456   4.2988  -0.3648
 D2Z  H3   H  HCR6  0   0.267   3.4755   2.7828   0.2142
 D2Z  H4   H  HCR6  0   0.267   7.8869   0.8956  -0.9649
 D2Z  H5   H  HCH1  0   0.266   3.5982  -1.2680  -1.1718
 D2Z  H6   H  HCH2  0   0.241   5.2517  -1.5486   1.3855
 D2Z  H7   H  HCH2  0   0.266   5.2661  -2.6673   0.0101
 D2Z  H8   H  HCH2  0   0.263   2.7424  -2.9889   0.3601
 D2Z  H9   H  HCH2  0   0.251   2.8095  -1.8721   1.7191
 D2Z  H10  H  HNH1  0   0.408   1.2737  -0.5048  -0.0641
 D2Z  H11  H  HCR6  0   0.263  -2.1252  -3.3560   0.0961
 D2Z  H12  H  HCR6  0   0.273  -4.3098  -2.3446  -0.3697
 D2Z  H13  H  HCR6  0   0.293  -2.5102   1.5570  -0.1856
 D2Z  H14  H  HCR6  0   0.258  -0.3797   0.5619   0.2764
 D2Z  H15  H  HCH2  0   0.261  -4.6916   2.0321   0.2810
 D2Z  H16  H  HCH2  0   0.284  -4.4348   1.9846  -1.4640
 D2Z  H17  H  HCH2  0   0.314  -6.6661   2.8448  -0.9309
 D2Z  H18  H  HCH2  0   0.316  -6.7417   1.3675  -1.9017
 D2Z  H19  H  HNT1  0   0.469  -7.2421   0.1340   0.0197
 D2Z  H20  H  HCH3  0   0.294  -7.1426   2.6472   1.5270
 D2Z  H21  H  HCH3  0   0.302  -7.8563   1.1270   2.1143
 D2Z  H22  H  HCH3  0   0.296  -6.1233   1.2066   1.7745
 D2Z  H23  H  HCH3  0   0.291  -8.9783   2.4818  -0.2106
 D2Z  H24  H  HCH3  0   0.296  -8.9685   1.0806  -1.3098
 D2Z  H25  H  HCH3  0   0.298  -9.4399   0.8698   0.3913

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D2Z  C2   C3   aromatic  1.387  0.020  1.387
 D2Z  C2   C1   aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2Z  C3   C6   aromatic  1.388  0.020  1.388
 D2Z  C1   C4   aromatic  1.387  0.020  1.387
 D2Z  O7   C8   single    1.423  0.020  1.423
 D2Z  O7   C6   single    1.356  0.020  1.356
 D2Z  C8   C11  single    1.513  0.020  1.513
 D2Z  C8   C9   single    1.516  0.020  1.516
 D2Z  C6   C5   aromatic  1.397  0.020  1.397
 D2Z  C11  N12  single    1.445  0.020  1.445
 D2Z  C4   C5   aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2Z  C5   O10  single    1.355  0.020  1.355
 D2Z  O10  C9   single    1.416  0.020  1.416
 D2Z  N12  C13  single    1.344  0.020  1.344
 D2Z  C20  C19  aromatic  1.387  0.020  1.387
 D2Z  C20  C14  aromatic  1.390  0.020  1.390
 D2Z  C13  C14  single    1.492  0.020  1.492
 D2Z  C13  O15  double    1.225  0.020  1.225
 D2Z  C19  C18  aromatic  1.391  0.020  1.391
 D2Z  C14  C16  aromatic  1.397  0.020  1.397
 D2Z  C22  C23  single    1.507  0.020  1.507
 D2Z  C22  O21  single    1.413  0.020  1.413
 D2Z  C26  N24  single    1.486  0.020  1.486
 D2Z  C18  O21  single    1.348  0.020  1.348
 D2Z  C18  C17  aromatic  1.396  0.020  1.396
 D2Z  C16  C17  aromatic  1.379  0.020  1.379
 D2Z  C23  N24  single    1.494  0.020  1.494
 D2Z  N24  C25  single    1.484  0.020  1.484
 D2Z  C1   H1   single    0.930  0.020  1.080
 D2Z  C2   H2   single    0.930  0.020  1.080
 D2Z  C3   H3   single    0.930  0.020  1.080
 D2Z  C4   H4   single    0.930  0.020  1.080
 D2Z  C8   H5   single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C9   H6   single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C9   H7   single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C11  H8   single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C11  H9   single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  N12  H10  single    0.860  0.020  1.020
 D2Z  C16  H11  single    0.930  0.020  1.080
 D2Z  C17  H12  single    0.930  0.020  1.080
 D2Z  C19  H13  single    0.930  0.020  1.080
 D2Z  C20  H14  single    0.930  0.020  1.080
 D2Z  C22  H15  single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C22  H16  single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C23  H17  single    0.970  0.020  1.090
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 D2Z  N24  H19  single    0.890  0.020  1.040
 D2Z  C25  H20  single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C25  H21  single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C25  H22  single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C26  H23  single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C26  H24  single    0.970  0.020  1.090
 D2Z  C26  H25  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D2Z  H1   C1   C4   119.58  3.000
 D2Z  H1   C1   C2   120.40  3.000
 D2Z  C4   C1   C2   120.02  3.000
 D2Z  H2   C2   C3   119.63  3.000
 D2Z  H2   C2   C1   120.43  3.000
 D2Z  C3   C2   C1   119.93  3.000
 D2Z  H3   C3   C6   118.95  3.000
 D2Z  H3   C3   C2   120.80  3.000
 D2Z  C6   C3   C2   120.25  3.000
 D2Z  H4   C4   C5   119.00  3.000
 D2Z  H4   C4   C1   120.70  3.000
 D2Z  C5   C4   C1   120.30  3.000
 D2Z  O10  C5   C6   121.61  3.000
 D2Z  O10  C5   C4   118.75  3.000
 D2Z  C6   C5   C4   119.63  3.000
 D2Z  O7   C6   C5   121.47  3.000
 D2Z  C5   C6   C3   119.86  3.000
 D2Z  O7   C6   C3   118.67  3.000
 D2Z  C8   O7   C6   115.18  3.000
 D2Z  H5   C8   C11  109.70  3.000
 D2Z  H5   C8   C9   109.34  3.000
 D2Z  C11  C8   C9   111.70  3.000
 D2Z  H5   C8   O7   109.23  3.000
 D2Z  C9   C8   O7   109.28  3.000
 D2Z  C11  C8   O7   107.54  3.000
 D2Z  H7   C9   H6   108.46  3.000
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 D2Z  H7   C9   C8   110.63  3.000
 D2Z  H6   C9   C8   110.06  3.000
 D2Z  O10  C9   C8   110.28  3.000
 D2Z  C9   O10  C5   114.70  3.000
 D2Z  H9   C11  H8   107.27  3.000
 D2Z  H9   C11  N12  110.95  3.000
 D2Z  H8   C11  N12  109.63  3.000
 D2Z  H9   C11  C8   109.89  3.000
 D2Z  H8   C11  C8   108.44  3.000
 D2Z  N12  C11  C8   110.57  3.000
 D2Z  H10  N12  C13  119.77  3.000
 D2Z  H10  N12  C11  117.62  3.000
 D2Z  C13  N12  C11  122.27  3.000
 D2Z  O15  C13  C14  121.14  3.000
 D2Z  O15  C13  N12  122.18  3.000
 D2Z  C14  C13  N12  116.68  3.000
 D2Z  C20  C14  C16  118.16  3.000
 D2Z  C16  C14  C13  118.26  3.000
 D2Z  C20  C14  C13  123.55  3.000
 D2Z  H11  C16  C17  119.09  3.000
 D2Z  H11  C16  C14  119.76  3.000
 D2Z  C17  C16  C14  121.15  3.000
 D2Z  H12  C17  C18  119.65  3.000
 D2Z  H12  C17  C16  120.36  3.000
 D2Z  C18  C17  C16  119.99  3.000
 D2Z  O21  C18  C19  124.01  3.000
 D2Z  O21  C18  C17  116.30  3.000
 D2Z  C19  C18  C17  119.69  3.000
 D2Z  H13  C19  C20  118.55  3.000
 D2Z  H13  C19  C18  121.91  3.000
 D2Z  C20  C19  C18  119.55  3.000
 D2Z  H14  C20  C19  117.05  3.000
 D2Z  H14  C20  C14  121.48  3.000
 D2Z  C19  C20  C14  121.46  3.000
 D2Z  C22  O21  C18  118.98  3.000
 D2Z  H16  C22  H15  107.47  3.000
 D2Z  H16  C22  C23  107.36  3.000
 D2Z  H15  C22  C23  111.55  3.000
 D2Z  H16  C22  O21  111.59  3.000
 D2Z  H15  C22  O21  111.28  3.000
 D2Z  C23  C22  O21  107.56  3.000
 D2Z  H18  C23  H17  108.64  3.000
 D2Z  H18  C23  N24  106.60  3.000
 D2Z  H17  C23  N24  107.56  3.000
 D2Z  H18  C23  C22  110.90  3.000
 D2Z  H17  C23  C22  109.42  3.000
 D2Z  N24  C23  C22  113.55  3.000
 D2Z  H19  N24  C26  107.14  3.000
 D2Z  H19  N24  C25  107.49  3.000
 D2Z  C26  N24  C25  110.94  3.000
 D2Z  H19  N24  C23  107.50  3.000
 D2Z  C25  N24  C23  113.42  3.000
 D2Z  C26  N24  C23  110.07  3.000
 D2Z  H22  C25  H21  109.08  3.000
 D2Z  H22  C25  H20  110.30  3.000
 D2Z  H21  C25  H20  109.99  3.000
 D2Z  H22  C25  N24  110.03  3.000
 D2Z  H21  C25  N24  108.47  3.000
 D2Z  H20  C25  N24  108.94  3.000
 D2Z  H25  C26  H24  109.95  3.000
 D2Z  H25  C26  H23  110.23  3.000
 D2Z  H24  C26  H23  110.16  3.000
 D2Z  H25  C26  N24  108.78  3.000
 D2Z  H24  C26  N24  108.99  3.000
 D2Z  H23  C26  N24  108.68  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D2Z  CONST_01  C6   C3   C2   C1      0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_02  C6   C5   C4   C1      0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_03  C5   C6   C3   C2      0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_04  C5   C4   C1   C2      0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_05  C4   C1   C2   C3      0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_06  C4   C5   C6   C3      0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_07  C18  C19  C20  C14     0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_08  C18  C17  C16  C14     0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_09  C19  C20  C14  C16     0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_10  C19  C18  C17  C16     0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_11  C20  C19  C18  C17     0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_12  C20  C14  C16  C17     0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_13  C19  C20  C14  C13   180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_14  C17  C16  C14  C13   180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_15  O21  C18  C17  C16   180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_16  O21  C18  C19  C20   180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_17  H3   C3   C2   C1    180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_18  H4   C4   C1   C2    180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_19  H1   C1   C2   C3    180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_20  H2   C2   C1   C4    180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_21  H13  C19  C20  C14   180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_22  H12  C17  C16  C14   180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_23  H14  C20  C14  C16   180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_24  H11  C16  C17  C18   180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_25  C14  C13  N12  C11   180.00   0.0  0
 D2Z  CONST_26  H10  N12  C13  C14     0.00   0.0  0
 D2Z  CONST_27  O15  C13  N12  C11     0.00   0.0  0
 D2Z  Var_01    C8   C9   O10  C5     45.31  30.0  1
 D2Z  Var_02    C20  C14  C13  N12   -20.82  30.0  2
 D2Z  Var_03    C13  N12  C11  C8    162.85  30.0  3
 D2Z  Var_04    C23  C22  O21  C18  -179.72  30.0  2
 D2Z  Var_05    N24  C23  C22  O21    56.36  30.0  3
 D2Z  Var_06    C26  N24  C23  C22  -179.46  30.0  3
 D2Z  Var_07    H23  C26  N24  C23   -65.39  30.0  3
 D2Z  Var_08    H20  C25  N24  C23    55.70  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 D2Z  chir_01  C8  O7  C11  C9  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 D2Z  plan-1  C13  0.020
 D2Z  plan-1  C14  0.020
 D2Z  plan-1  C16  0.020
 D2Z  plan-1  C17  0.020
 D2Z  plan-1  C18  0.020
 D2Z  plan-1  C19  0.020
 D2Z  plan-1  C20  0.020
 D2Z  plan-1  O21  0.020
 D2Z  plan-1  H11  0.020
 D2Z  plan-1  H12  0.020
 D2Z  plan-1  H13  0.020
 D2Z  plan-1  H14  0.020
 D2Z  plan-2  C1   0.020
 D2Z  plan-2  C2   0.020
 D2Z  plan-2  C3   0.020
 D2Z  plan-2  C4   0.020
 D2Z  plan-2  C5   0.020
 D2Z  plan-2  C6   0.020
 D2Z  plan-2  O7   0.020
 D2Z  plan-2  O10  0.020
 D2Z  plan-2  H1   0.020
 D2Z  plan-2  H2   0.020
 D2Z  plan-2  H3   0.020
 D2Z  plan-2  H4   0.020
 D2Z  plan-3  C11  0.020
 D2Z  plan-3  N12  0.020
 D2Z  plan-3  C13  0.020
 D2Z  plan-3  C14  0.020
 D2Z  plan-3  O15  0.020
 D2Z  plan-3  H10  0.020

