# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 22 00:20:32 2020
#   Inital geometry file: a 153 line input string
#   Ligand name: 4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1cccc(n1)c2cccc3OC[C@@H](CNC(=O)c4ccc(OCCN(C)C)cc4)Oc23
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D2W  D2W  4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide  ligand  63  34  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_D2W
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D2W  O14  O  O     0  -0.490  -0.0758  -4.3753   0.5583
 D2W  C13  C  C     0   0.537  -0.0624  -3.2017   0.2120
 D2W  C15  C  CR6   0  -0.068  -1.3161  -2.4340  -0.0301
 D2W  C28  C  CR16  0  -0.253  -2.4942  -2.8656   0.5823
 D2W  C27  C  CR16  0  -0.337  -3.6722  -2.1666   0.4272
 D2W  C26  C  CR6   0   0.396  -3.7106  -1.0160  -0.3670
 D2W  O29  O  O2    0  -0.458  -4.8935  -0.3930  -0.4552
 D2W  C30  C  CH2   0  -0.219  -4.9827   0.8109  -1.1991
 D2W  C31  C  CH2   0  -0.292  -6.4005   1.3287  -1.1134
 D2W  N32  N  NT    0  -0.399  -6.8531   1.6045   0.2335
 D2W  C34  C  CH3   0  -0.525  -6.1046   2.6672   0.8692
 D2W  C33  C  CH3   0  -0.520  -8.2717   1.8893   0.2462
 D2W  C25  C  CR16  0  -0.357  -2.5488  -0.5931  -1.0096
 D2W  C24  C  CR16  0  -0.274  -1.3693  -1.2985  -0.8319
 D2W  N12  N  NH1   0  -0.673   1.0779  -2.5062   0.0404
 D2W  C11  C  CH2   0  -0.278   2.3824  -3.0256   0.3774
 D2W  C9   C  CH1   0  -0.051   3.4466  -2.1421  -0.2510
 D2W  C8   C  CH2   0  -0.188   4.8146  -2.3599   0.3600
 D2W  O7   O  O2    0  -0.483   5.7515  -1.4502  -0.1922
 D2W  C6   C  CR6   0   0.326   5.3186  -0.1758  -0.3440
 D2W  C3   C  CR16  0  -0.369   6.2530   0.8140  -0.6135
 D2W  C2   C  CR16  0  -0.254   5.8361   2.1215  -0.8087
 D2W  O10  O  O2    0  -0.486   3.0444  -0.8026  -0.0057
 D2W  C5   C  CR6   0   0.308   3.9635   0.1513  -0.2565
 D2W  C4   C  CR6   0  -0.066   3.5340   1.4633  -0.4709
 D2W  C1   C  CR16  0  -0.315   4.4892   2.4426  -0.7384
 D2W  C16  C  CR6   0   0.225   2.0941   1.8101  -0.4699
 D2W  N21  N  N     0  -0.474   1.3288   1.3382   0.5224
 D2W  C20  C  CR6   0   0.515   0.0515   1.6469   0.5436
 D2W  O22  O  O2    0  -0.467  -0.7222   1.1989   1.5329
 D2W  C23  C  CH3   0  -0.410  -0.1512   0.3375   2.5033
 D2W  C19  C  CR16  0  -0.383  -0.5676   2.4446  -0.4280
 D2W  C18  C  CR16  0  -0.148   0.2215   2.9238  -1.4475
 D2W  C17  C  CR16  0  -0.353   1.5785   2.6074  -1.4796
 D2W  H1   H  HCR6  0   0.259  -2.4831  -3.7519   1.2028
 D2W  H2   H  HCR6  0   0.266  -4.5750  -2.5003   0.9232
 D2W  H3   H  HCH2  0   0.224  -4.2647   1.5467  -0.8199
 D2W  H4   H  HCH2  0   0.246  -4.7396   0.6367  -2.2527
 D2W  H5   H  HCH2  0   0.205  -6.4494   2.2211  -1.7614
 D2W  H6   H  HCH2  0   0.244  -7.0704   0.5877  -1.5580
 D2W  H8   H  HCH3  0   0.194  -6.1129   3.6083   0.2964
 D2W  H9   H  HCH3  0   0.238  -6.5279   2.8736   1.8524
 D2W  H10  H  HCH3  0   0.231  -5.0642   2.3810   1.0262
 D2W  H11  H  HCH3  0   0.233  -8.8263   1.0530  -0.1822
 D2W  H12  H  HCH3  0   0.234  -8.6162   2.0244   1.2726
 D2W  H13  H  HCH3  0   0.191  -8.5446   2.7950  -0.3188
 D2W  H14  H  HCR6  0   0.280  -2.5416   0.2732  -1.6555
 D2W  H15  H  HCR6  0   0.259  -0.4929  -0.9489  -1.3647
 D2W  H16  H  HNH1  0   0.407   1.0174  -1.5024  -0.0293
 D2W  H17  H  HCH2  0   0.247   2.5169  -3.0639   1.4643
 D2W  H18  H  HCH2  0   0.268   2.4950  -4.0415  -0.0000
 D2W  H19  H  HCH1  0   0.268   3.4887  -2.3132  -1.3339
 D2W  H20  H  HCH2  0   0.242   4.7630  -2.2344   1.4473
 D2W  H21  H  HCH2  0   0.267   5.1806  -3.3634   0.1457
 D2W  H22  H  HCR6  0   0.270   7.3017   0.5503  -0.6713
 D2W  H23  H  HCR6  0   0.260   6.5672   2.8928  -1.0093
 D2W  H24  H  HCR6  0   0.258   4.1701   3.4656  -0.8903
 D2W  H25  H  HCH3  0   0.213   0.1818  -0.6041   2.0636
 D2W  H26  H  HCH3  0   0.229   0.6925   0.7992   3.0176
 D2W  H27  H  HCH3  0   0.245  -0.9413   0.1323   3.2209
 D2W  H28  H  HCR6  0   0.267  -1.6246   2.6655  -0.3696
 D2W  H29  H  HCR6  0   0.274  -0.2121   3.5369  -2.2265
 D2W  H30  H  HCR6  0   0.267   2.2089   2.9631  -2.2822

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D2W  C3   C2   aromatic  1.386  0.020  1.386
 D2W  C3   C6   aromatic  1.388  0.020  1.388
 D2W  C2   C1   aromatic  1.386  0.020  1.386
 D2W  O7   C6   single    1.354  0.020  1.354
 D2W  O7   C8   single    1.418  0.020  1.418
 D2W  C6   C5   aromatic  1.397  0.020  1.397
 D2W  C25  C24  aromatic  1.386  0.020  1.386
 D2W  C25  C26  aromatic  1.393  0.020  1.393
 D2W  C8   C9   single    1.514  0.020  1.514
 D2W  C1   C4   aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2W  C24  C15  aromatic  1.391  0.020  1.391
 D2W  O29  C26  single    1.340  0.020  1.340
 D2W  O29  C30  single    1.418  0.020  1.418
 D2W  C5   C4   aromatic  1.397  0.020  1.397
 D2W  C5   O10  single    1.348  0.020  1.348
 D2W  C26  C27  aromatic  1.399  0.020  1.399
 D2W  C4   C16  single    1.481  0.020  1.481
 D2W  C30  C31  single    1.512  0.020  1.512
 D2W  C33  N32  single    1.447  0.020  1.447
 D2W  O14  C13  double    1.224  0.020  1.224
 D2W  C15  C13  single    1.490  0.020  1.490
 D2W  C15  C28  aromatic  1.396  0.020  1.396
 D2W  O10  C9   single    1.420  0.020  1.420
 D2W  C13  N12  single    1.347  0.020  1.347
 D2W  C9   C11  single    1.519  0.020  1.519
 D2W  C31  N32  single    1.447  0.020  1.447
 D2W  C17  C16  aromatic  1.386  0.020  1.386
 D2W  C17  C18  aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2W  C27  C28  aromatic  1.379  0.020  1.379
 D2W  C16  N21  aromatic  1.339  0.020  1.339
 D2W  N12  C11  single    1.444  0.020  1.444
 D2W  N32  C34  single    1.447  0.020  1.447
 D2W  C18  C19  aromatic  1.375  0.020  1.375
 D2W  N21  C20  aromatic  1.314  0.020  1.314
 D2W  C19  C20  aromatic  1.401  0.020  1.401
 D2W  C20  O22  single    1.333  0.020  1.333
 D2W  O22  C23  single    1.418  0.020  1.418
 D2W  C28  H1   single    0.930  0.020  1.080
 D2W  C27  H2   single    0.930  0.020  1.080
 D2W  C30  H3   single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C30  H4   single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C31  H5   single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C31  H6   single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C34  H8   single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C34  H9   single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C34  H10  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C33  H11  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C33  H12  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C33  H13  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C25  H14  single    0.930  0.020  1.080
 D2W  C24  H15  single    0.930  0.020  1.080
 D2W  N12  H16  single    0.890  0.020  1.040
 D2W  C11  H17  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C11  H18  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C9   H19  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C8   H20  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C8   H21  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C3   H22  single    0.930  0.020  1.080
 D2W  C2   H23  single    0.930  0.020  1.080
 D2W  C1   H24  single    0.930  0.020  1.080
 D2W  C23  H25  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C23  H26  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C23  H27  single    0.970  0.020  1.090
 D2W  C19  H28  single    0.930  0.020  1.080
 D2W  C18  H29  single    0.930  0.020  1.080
 D2W  C17  H30  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D2W  N12  C13  C15  115.20  3.000
 D2W  N12  C13  O14  122.73  3.000
 D2W  C15  C13  O14  122.07  3.000
 D2W  C24  C15  C28  118.22  3.000
 D2W  C28  C15  C13  118.65  3.000
 D2W  C24  C15  C13  123.12  3.000
 D2W  H1   C28  C27  119.25  3.000
 D2W  H1   C28  C15  119.74  3.000
 D2W  C27  C28  C15  121.00  3.000
 D2W  H2   C27  C26  119.40  3.000
 D2W  H2   C27  C28  120.31  3.000
 D2W  C26  C27  C28  120.29  3.000
 D2W  C25  C26  O29  124.38  3.000
 D2W  O29  C26  C27  116.36  3.000
 D2W  C25  C26  C27  119.26  3.000
 D2W  C30  O29  C26  119.00  3.000
 D2W  H4   C30  H3   107.12  3.000
 D2W  H4   C30  C31  108.49  3.000
 D2W  H3   C30  C31  111.40  3.000
 D2W  H4   C30  O29  110.83  3.000
 D2W  H3   C30  O29  110.32  3.000
 D2W  C31  C30  O29  108.67  3.000
 D2W  H6   C31  H5   106.38  3.000
 D2W  H6   C31  N32  108.42  3.000
 D2W  H5   C31  N32  112.23  3.000
 D2W  H6   C31  C30  108.63  3.000
 D2W  H5   C31  C30  106.57  3.000
 D2W  N32  C31  C30  114.29  3.000
 D2W  C33  N32  C34  111.02  3.000
 D2W  C34  N32  C31  112.77  3.000
 D2W  C33  N32  C31  110.62  3.000
 D2W  H10  C34  H9   106.88  3.000
 D2W  H10  C34  H8   107.83  3.000
 D2W  H9   C34  H8   107.72  3.000
 D2W  H10  C34  N32  111.35  3.000
 D2W  H9   C34  N32  109.54  3.000
 D2W  H8   C34  N32  113.26  3.000
 D2W  H13  C33  H12  107.60  3.000
 D2W  H13  C33  H11  107.62  3.000
 D2W  H12  C33  H11  107.69  3.000
 D2W  H13  C33  N32  113.59  3.000
 D2W  H12  C33  N32  110.01  3.000
 D2W  H11  C33  N32  110.12  3.000
 D2W  H14  C25  C24  118.62  3.000
 D2W  H14  C25  C26  121.64  3.000
 D2W  C24  C25  C26  119.74  3.000
 D2W  H15  C24  C25  117.46  3.000
 D2W  H15  C24  C15  121.05  3.000
 D2W  C25  C24  C15  121.46  3.000
 D2W  H16  N12  C11  115.38  3.000
 D2W  H16  N12  C13  118.18  3.000
 D2W  C11  N12  C13  123.33  3.000
 D2W  H18  C11  H17  107.36  3.000
 D2W  H18  C11  C9   109.06  3.000
 D2W  H17  C11  C9   110.16  3.000
 D2W  H18  C11  N12  110.36  3.000
 D2W  H17  C11  N12  110.79  3.000
 D2W  C9   C11  N12  109.09  3.000
 D2W  H19  C9   O10  109.18  3.000
 D2W  H19  C9   C8   109.95  3.000
 D2W  O10  C9   C8   108.78  3.000
 D2W  H19  C9   C11  110.15  3.000
 D2W  O10  C9   C11  106.18  3.000
 D2W  C8   C9   C11  112.48  3.000
 D2W  H21  C8   H20  108.45  3.000
 D2W  H21  C8   O7   107.00  3.000
 D2W  H20  C8   O7   110.13  3.000
 D2W  H21  C8   C9   110.89  3.000
 D2W  H20  C8   C9   109.97  3.000
 D2W  O7   C8   C9   110.34  3.000
 D2W  C6   O7   C8   115.86  3.000
 D2W  C5   C6   C3   119.90  3.000
 D2W  C5   C6   O7   121.56  3.000
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 D2W  H22  C3   C2   120.89  3.000
 D2W  H22  C3   C6   119.27  3.000
 D2W  C2   C3   C6   119.84  3.000
 D2W  H23  C2   C1   120.06  3.000
 D2W  H23  C2   C3   119.71  3.000
 D2W  C1   C2   C3   120.23  3.000
 D2W  C5   O10  C9   116.25  3.000
 D2W  C4   C5   O10  118.91  3.000
 D2W  O10  C5   C6   120.49  3.000
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 D2W  C16  C4   C5   121.24  3.000
 D2W  C1   C4   C5   118.59  3.000
 D2W  H24  C1   C4   119.27  3.000
 D2W  H24  C1   C2   119.88  3.000
 D2W  C4   C1   C2   120.85  3.000
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 D2W  N21  C16  C4   118.27  3.000
 D2W  C17  C16  C4   119.73  3.000
 D2W  C20  N21  C16  118.99  3.000
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 D2W  C19  C20  N21  123.50  3.000
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 D2W  H30  C17  C16  120.88  3.000
 D2W  C18  C17  C16  118.42  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 D2W  CONST_41  H30  C17  C16  C4      0.00   0.0  0
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 D2W  CONST_46  C11  N12  C13  O14     0.00   0.0  0
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 D2W  Var_03    H20  C8   O7   C6    -78.97  30.0  1
 D2W  Var_04    C24  C15  C13  O14  -157.45  30.0  2
 D2W  Var_05    C25  C26  O29  C30    -2.86  30.0  2
 D2W  Var_06    C19  C20  O22  C23   177.10  30.0  2
 D2W  Var_07    C9   C11  N12  C13   166.12  30.0  3
 D2W  Var_08    C31  C30  O29  C26  -178.50  30.0  3
 D2W  Var_09    H25  C23  O22  C20   -63.50  30.0  3
 D2W  Var_10    N32  C31  C30  O29    59.49  30.0  3
 D2W  Var_11    C33  N32  C31  C30  -170.95  30.0  3
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 D2W  Var_13    H8   C34  N32  C31    56.17  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 D2W  chir_01  C9  C8  O10  C11  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 D2W  plan-1  C13  0.020
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 D2W  plan-3  C3   0.020
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 D2W  plan-3  C1   0.020
 D2W  plan-3  C16  0.020
 D2W  plan-3  H22  0.020
 D2W  plan-3  H23  0.020
 D2W  plan-3  H24  0.020
 D2W  plan-4  O14  0.020
 D2W  plan-4  C13  0.020
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 D2W  plan-4  C11  0.020
 D2W  plan-4  H16  0.020

