# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Aug  2 18:56:38 2021
#   Inital geometry file: a 197 line input string
#   Ligand name: (2~{S})-2-[[(2~{R})-2-[(3,5-dimethylphenyl)carbonyl-methyl-amino]-3-(4-phenylphenyl)propanoyl]amino]-3-(1~{H}-indol-3-yl)propanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN([C@H](Cc1ccc(cc1)c2ccccc2)C(=O)N[C@@H](Cc3c[nH]c4ccccc34)C(O)=O)C(=O)c5cc(C)cc(C)c5
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D2U  D2U  '(2~{S})-2-[[(2~{R})-2-[(3,5-dimethylphenyl)carbonyl-methyl-amino]-3-(4-phenylphenyl)propanoyl]amino]-3-(1~{H}-indol-3-yl)propanoic acid'  ligand  78  43  .  2021-08-08  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_D2U
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D2U  C1   C  CR6   0   0.130  36.7746  33.4737  24.0411
 D2U  C2   C  CR16  0  -0.328  36.9552  34.8158  23.7250
 D2U  C3   C  CR6   0  -0.019  37.5028  35.6913  24.6562
 D2U  C4   C  CR16  0  -0.344  37.8813  35.2299  25.9102
 D2U  C5   C  CR6   0   0.133  37.6894  33.8960  26.2583
 D2U  C6   C  CR16  0  -0.350  37.1363  33.0366  25.3137
 D2U  C7   C  CH3   0  -0.724  36.2190  32.5125  23.0310
 D2U  C8   C  CH3   0  -0.729  38.0999  33.3924  27.6113
 D2U  C9   C  C     0   0.525  37.7776  37.1215  24.3213
 D2U  N10  N  NT    0  -0.457  36.7185  37.8890  23.9607
 D2U  C11  C  CH1   0  -0.255  36.9264  39.3014  23.6979
 D2U  C12  C  CH2   0  -0.527  36.4713  40.1853  24.8681
 D2U  C13  C  CR6   0   0.124  37.0634  39.7002  26.1607
 D2U  C14  C  CR16  0  -0.266  38.3717  40.0170  26.5147
 D2U  C15  C  CR16  0  -0.300  38.9440  39.5101  27.6688
 D2U  C16  C  CR6   0   0.075  38.2269  38.6600  28.5133
 D2U  C17  C  CR16  0  -0.299  36.9118  38.3536  28.1651
 D2U  C18  C  CR16  0  -0.286  36.3422  38.8679  27.0105
 D2U  C19  C  CR6   0   0.102  38.8421  38.0991  29.7328
 D2U  C20  C  CR16  0  -0.321  38.5265  36.8088  30.1639
 D2U  C21  C  CR16  0  -0.239  39.1092  36.2732  31.3029
 D2U  C22  C  CR16  0  -0.269  40.0214  37.0192  32.0379
 D2U  C23  C  CR16  0  -0.239  40.3424  38.3049  31.6227
 D2U  C24  C  CR16  0  -0.316  39.7586  38.8389  30.4831
 D2U  C25  C  CH3   0  -0.561  35.3388  37.4302  24.0242
 D2U  O26  O  O     0  -0.469  38.9210  37.5460  24.3765
 D2U  C27  C  C     0   0.594  36.2685  39.7023  22.3746
 D2U  O28  O  O     0  -0.474  35.5815  40.7040  22.2689
 D2U  N29  N  NH1   0  -0.618  36.5453  38.8731  21.3533
 D2U  C30  C  CH1   0  -0.229  36.1195  39.0992  20.0012
 D2U  C31  C  C     0   0.563  35.1492  38.0461  19.4889
 D2U  C32  C  CH2   0  -0.530  37.3171  39.1887  19.0404
 D2U  C33  C  CR5   0   0.017  38.3005  40.2448  19.4260
 D2U  C34  C  CR15  0  -0.070  38.0535  41.4751  19.9687
 D2U  N35  N  NR15  0  -0.691  39.2266  42.1521  20.1509
 D2U  C36  C  CR56  0   0.351  40.2674  41.3771  19.7348
 D2U  C37  C  CR56  0   0.021  39.7218  40.1608  19.2669
 D2U  C38  C  CR16  0  -0.305  41.6392  41.6273  19.7285
 D2U  C39  C  CR16  0  -0.285  42.4664  40.6339  19.2409
 D2U  C40  C  CR16  0  -0.269  41.9451  39.4169  18.7694
 D2U  C41  C  CR16  0  -0.373  40.5857  39.1737  18.7770
 D2U  O42  O  O     0  -0.443  34.6060  38.1401  18.4171
 D2U  O43  O  OH1   0  -0.574  34.9842  37.0260  20.3126
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 D2U  H9   H  HCH3  0   0.248  37.5457  32.4980  27.8931
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 D2U  H33  H  HCR6  0   0.245  42.6231  38.6605  18.3950
 D2U  H34  H  HCR6  0   0.240  40.1992  38.2316  18.4073
 D2U  H35  H  HOH1  0   0.487  34.3779  36.3787  19.9207

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D2U  C40  C39  aromatic  1.405  0.020  1.405
 D2U  C40  C41  aromatic  1.381  0.020  1.381
 D2U  C39  C38  aromatic  1.382  0.020  1.382
 D2U  C41  C37  aromatic  1.400  0.020  1.400
 D2U  C38  C36  aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2U  C37  C36  aromatic  1.413  0.020  1.413
 D2U  C37  C33  aromatic  1.433  0.020  1.433
 D2U  O42  C31  double    1.205  0.020  1.205
 D2U  C36  N35  aromatic  1.363  0.020  1.363
 D2U  C32  C33  single    1.494  0.020  1.494
 D2U  C32  C30  single    1.538  0.020  1.538
 D2U  C33  C34  aromatic  1.367  0.020  1.367
 D2U  C31  C30  single    1.521  0.020  1.521
 D2U  C31  O43  single    1.322  0.020  1.322
 D2U  N35  C34  aromatic  1.367  0.020  1.367
 D2U  C30  N29  single    1.435  0.020  1.435
 D2U  N29  C27  single    1.344  0.020  1.344
 D2U  O28  C27  double    1.219  0.020  1.219
 D2U  C27  C11  single    1.531  0.020  1.531
 D2U  C7   C1   single    1.501  0.020  1.501
 D2U  C2   C1   aromatic  1.391  0.020  1.391
 D2U  C2   C3   aromatic  1.390  0.020  1.390
 D2U  O26  C9   double    1.221  0.020  1.221
 D2U  C1   C6   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D2U  C11  N10  single    1.452  0.020  1.452
 D2U  C11  C12  single    1.536  0.020  1.536
 D2U  C9   N10  single    1.357  0.020  1.357
 D2U  C9   C3   single    1.494  0.020  1.494
 D2U  N10  C25  single    1.455  0.020  1.455
 D2U  C3   C4   aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2U  C6   C5   aromatic  1.392  0.020  1.392
 D2U  C12  C13  single    1.502  0.020  1.502
 D2U  C4   C5   aromatic  1.392  0.020  1.392
 D2U  C5   C8   single    1.501  0.020  1.501
 D2U  C13  C14  aromatic  1.392  0.020  1.392
 D2U  C13  C18  aromatic  1.391  0.020  1.391
 D2U  C14  C15  aromatic  1.384  0.020  1.384
 D2U  C18  C17  aromatic  1.386  0.020  1.386
 D2U  C15  C16  aromatic  1.396  0.020  1.396
 D2U  C17  C16  aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2U  C16  C19  single    1.477  0.020  1.477
 D2U  C19  C24  aromatic  1.396  0.020  1.396
 D2U  C19  C20  aromatic  1.396  0.020  1.396
 D2U  C24  C23  aromatic  1.387  0.020  1.387
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 D2U  C23  C22  aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2U  C21  C22  aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2U  C2   H1   single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C4   H2   single    0.930  0.020  1.080
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 D2U  C8   H7   single    0.970  0.020  1.090
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 D2U  C20  H17  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C21  H18  single    0.930  0.020  1.080
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 D2U  C23  H20  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C24  H21  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C25  H22  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C25  H23  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C25  H24  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  N29  H25  single    0.860  0.020  1.020
 D2U  C30  H26  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C32  H27  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C32  H28  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C34  H29  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  N35  H30  single    0.860  0.020  1.020
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 D2U  C39  H32  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C40  H33  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C41  H34  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  O43  H35  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D2U  C7   C1   C6   120.65  3.000
 D2U  C6   C1   C2   118.47  3.000
 D2U  C7   C1   C2   120.87  3.000
 D2U  H1   C2   C3   120.19  3.000
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_chem_comp_chir.volume_sign
 D2U  chir_01  C11  C27  N10  C12  positiv
 D2U  chir_02  C30  N29  C31  C32  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 D2U  plan-1  C1   0.020
 D2U  plan-1  C2   0.020
 D2U  plan-1  C3   0.020
 D2U  plan-1  C4   0.020
 D2U  plan-1  C5   0.020
 D2U  plan-1  C6   0.020
 D2U  plan-1  C7   0.020
 D2U  plan-1  C8   0.020
 D2U  plan-1  C9   0.020
 D2U  plan-1  H1   0.020
 D2U  plan-1  H2   0.020
 D2U  plan-1  H3   0.020
 D2U  plan-2  C12  0.020
 D2U  plan-2  C13  0.020
 D2U  plan-2  C14  0.020
 D2U  plan-2  C15  0.020
 D2U  plan-2  C16  0.020
 D2U  plan-2  C17  0.020
 D2U  plan-2  C18  0.020
 D2U  plan-2  C19  0.020
 D2U  plan-2  H13  0.020
 D2U  plan-2  H14  0.020
 D2U  plan-2  H15  0.020
 D2U  plan-2  H16  0.020
 D2U  plan-3  C16  0.020
 D2U  plan-3  C19  0.020
 D2U  plan-3  C20  0.020
 D2U  plan-3  C21  0.020
 D2U  plan-3  C22  0.020
 D2U  plan-3  C23  0.020
 D2U  plan-3  C24  0.020
 D2U  plan-3  H17  0.020
 D2U  plan-3  H18  0.020
 D2U  plan-3  H19  0.020
 D2U  plan-3  H20  0.020
 D2U  plan-3  H21  0.020
 D2U  plan-4  C32  0.020
 D2U  plan-4  C33  0.020
 D2U  plan-4  C34  0.020
 D2U  plan-4  N35  0.020
 D2U  plan-4  C36  0.020
 D2U  plan-4  C37  0.020
 D2U  plan-4  C38  0.020
 D2U  plan-4  C39  0.020
 D2U  plan-4  C40  0.020
 D2U  plan-4  C41  0.020
 D2U  plan-4  H29  0.020
 D2U  plan-4  H30  0.020
 D2U  plan-4  H31  0.020
 D2U  plan-4  H32  0.020
 D2U  plan-4  H33  0.020
 D2U  plan-4  H34  0.020
 D2U  plan-5  C3   0.020
 D2U  plan-5  C9   0.020
 D2U  plan-5  N10  0.020
 D2U  plan-5  C11  0.020
 D2U  plan-5  C25  0.020
 D2U  plan-5  O26  0.020
 D2U  plan-6  C11  0.020
 D2U  plan-6  C27  0.020
 D2U  plan-6  O28  0.020
 D2U  plan-6  N29  0.020
 D2U  plan-6  C30  0.020
 D2U  plan-6  H25  0.020
 D2U  plan-7  C30  0.020
 D2U  plan-7  C31  0.020
 D2U  plan-7  O42  0.020
 D2U  plan-7  O43  0.020
 D2U  plan-7  H35  0.020

