# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 24 01:33:48 2020
#   Inital geometry file: a 197 line input string
#   Ligand name: (2~{S})-2-[[(2~{R})-2-[(3,5-dimethylphenyl)carbonyl-methyl-amino]-3-(4-phenylphenyl)propanoyl]amino]-3-(1~{H}-indol-3-yl)propanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN([C@H](Cc1ccc(cc1)c2ccccc2)C(=O)N[C@@H](Cc3c[nH]c4ccccc34)C(O)=O)C(=O)c5cc(C)cc(C)c5
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D2U  D2U  '(2~{S})-2-[[(2~{R})-2-[(3,5-dimethylphenyl)carbonyl-methyl-amino]-3-(4-phenylphenyl)propanoyl]amino]-3-(1~{H}-indol-3-yl)propanoic acid'  ligand  77  43  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_D2U
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D2U  C1   C  CR6    0   0.128   3.1639  -4.0499  -1.1874
 D2U  C2   C  CR16   0  -0.356   1.9136  -3.4448  -1.2075
 D2U  C3   C  CR6    0  -0.019   1.6776  -2.2931  -0.4631
 D2U  C4   C  CR16   0  -0.318   2.7016  -1.7207   0.2805
 D2U  C5   C  CR6    0   0.129   3.9731  -2.2894   0.2888
 D2U  C6   C  CR16   0  -0.352   4.1816  -3.4533  -0.4422
 D2U  C7   C  CH3    0  -0.724   3.4202  -5.3180  -1.9487
 D2U  C8   C  CH3    0  -0.733   5.0818  -1.6513   1.0744
 D2U  C9   C  C      0   0.518   0.3735  -1.5759  -0.5880
 D2U  N10  N  NT     0  -0.444  -0.2580  -1.2349   0.5585
 D2U  C11  C  CH1    0  -0.247  -1.2616  -0.1820   0.5236
 D2U  C12  C  CH2    0  -0.532  -0.9333   0.9452   1.5055
 D2U  C13  C  CR6    0   0.131   0.4879   1.4066   1.3391
 D2U  C14  C  CR16   0  -0.279   0.9515   1.8791   0.1121
 D2U  C15  C  CR16   0  -0.292   2.2820   2.2159  -0.0690
 D2U  C16  C  CR6    0   0.063   3.2007   2.1027   0.9767
 D2U  C17  C  CR16   0  -0.297   2.7301   1.6692   2.2149
 D2U  C18  C  CR16   0  -0.314   1.3969   1.3263   2.3894
 D2U  C19  C  CR6    0   0.088   4.6301   2.4095   0.7732
 D2U  C20  C  CR16   0  -0.305   5.2692   2.0603  -0.4182
 D2U  C21  C  CR16   0  -0.240   6.6172   2.3274  -0.6070
 D2U  C22  C  CR16   0  -0.267   7.3534   2.9500   0.3923
 D2U  C23  C  CR16   0  -0.240   6.7289   3.3037   1.5814
 D2U  C24  C  CR16   0  -0.313   5.3808   3.0363   1.7694
 D2U  C25  C  CH3    0  -0.544   0.0060  -1.8739   1.8346
 D2U  O26  O  O      0  -0.483  -0.0478  -1.2727  -1.6971
 D2U  C27  C  C      0   0.603  -2.6729  -0.7395   0.7436
 D2U  O28  O  O      0  -0.493  -3.2466  -0.6393   1.8194
 D2U  N29  N  NH1    0  -0.627  -3.1856  -1.3362  -0.3379
 D2U  C30  C  CH1    0  -0.203  -4.5468  -1.7946  -0.4636
 D2U  C31  C  C      0   0.413  -4.6278  -3.0328  -1.3835
 D2U  C32  C  CH2    0  -0.534  -5.4516  -0.6796  -1.0405
 D2U  C33  C  CR5    0   0.026  -5.2921   0.6234  -0.3330
 D2U  C34  C  CR15   0  -0.072  -5.9846   1.0588   0.7599
 D2U  N35  N  NR15   0  -0.687  -5.4766   2.2495   1.2007
 D2U  C36  C  CR56   0   0.359  -4.4392   2.6212   0.3991
 D2U  C37  C  CR56   0   0.007  -4.2942   1.6199  -0.5877
 D2U  C38  C  CR16   0  -0.312  -3.6155   3.7461   0.4426
 D2U  C39  C  CR16   0  -0.281  -2.6345   3.8586  -0.5241
 D2U  C40  C  CR16   0  -0.272  -2.4781   2.8789  -1.5198
 D2U  C41  C  CR16   0  -0.369  -3.2955   1.7662  -1.5577
 D2U  O42  O  O      0  -0.593  -3.6252  -3.2934  -2.0742
 D2U  O43  O  OC    -1  -0.610  -5.7197  -3.6308  -1.3765
 D2U  H1   H  HCR6   0   0.250   1.1180  -3.8767  -1.8033
 D2U  H2   H  HCR6   0   0.267   2.5234  -0.8048   0.8332
 D2U  H3   H  HCR6   0   0.243   5.1685  -3.9044  -0.4451
 D2U  H4   H  HCH3   0   0.249   3.4092  -6.1830  -1.2825
 D2U  H5   H  HCH3   0   0.245   2.6622  -5.4843  -2.7129
 D2U  H6   H  HCH3   0   0.245   4.3952  -5.3010  -2.4361
 D2U  H7   H  HCH3   0   0.249   4.9463  -1.8105   2.1459
 D2U  H8   H  HCH3   0   0.245   6.0540  -2.0587   0.8000
 D2U  H9   H  HCH3   0   0.251   5.1109  -0.5727   0.9138
 D2U  H10  H  HCH1   0   0.287  -1.2335   0.2366  -0.4817
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 D2U  H14  H  HCR6   0   0.251   2.6067   2.5819  -1.0352
 D2U  H15  H  HCR6   0   0.252   3.4166   1.5608   3.0455
 D2U  H16  H  HCR6   0   0.254   1.0657   0.9700   3.3581
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 D2U  H18  H  HCR6   0   0.257   7.0945   2.0400  -1.5350
 D2U  H19  H  HCR6   0   0.256   8.4051   3.1586   0.2452
 D2U  H20  H  HCR6   0   0.256   7.2907   3.7960   2.3647
 D2U  H21  H  HCR6   0   0.253   4.9041   3.3342   2.6953
 D2U  H22  H  HCH3   0   0.245   0.6901  -1.2999   2.4614
 D2U  H23  H  HCH3   0   0.263  -0.9317  -1.9924   2.3758
 D2U  H24  H  HCH3   0   0.268   0.4242  -2.8656   1.6875
 D2U  H25  H  HNH1   0   0.381  -2.6103  -1.4307  -1.1628
 D2U  H26  H  HCH1   0   0.240  -4.9154  -2.0517   0.5308
 D2U  H27  H  HCH2   0   0.229  -5.2143  -0.5504  -2.1018
 D2U  H28  H  HCH2   0   0.245  -6.4864  -1.0221  -0.9913
 D2U  H29  H  HCR5   0   0.274  -6.8105   0.5940   1.2760
 D2U  H30  H  HNR5   0   0.404  -5.8410   2.7794   1.9740
 D2U  H31  H  HCR6   0   0.255  -3.7357   4.5023   1.2084
 D2U  H32  H  HCR6   0   0.245  -1.9741   4.7161  -0.5140
 D2U  H33  H  HCR6   0   0.243  -1.7023   2.9995  -2.2654
 D2U  H34  H  HCR6   0   0.241  -3.1644   1.0177  -2.3309

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D2U  C40  C39  aromatic  1.406  0.020  1.406
 D2U  C40  C41  aromatic  1.381  0.020  1.381
 D2U  C39  C38  aromatic  1.382  0.020  1.382
 D2U  C41  C37  aromatic  1.400  0.020  1.400
 D2U  C38  C36  aromatic  1.395  0.020  1.395
 D2U  C37  C36  aromatic  1.413  0.020  1.413
 D2U  C37  C33  aromatic  1.433  0.020  1.433
 D2U  O42  C31  deloc     1.245  0.020  1.245
 D2U  C36  N35  aromatic  1.363  0.020  1.363
 D2U  C32  C33  single    1.491  0.020  1.491
 D2U  C32  C30  single    1.547  0.020  1.547
 D2U  C33  C34  aromatic  1.365  0.020  1.365
 D2U  C31  C30  single    1.545  0.020  1.545
 D2U  C31  O43  deloc     1.245  0.020  1.245
 D2U  N35  C34  aromatic  1.368  0.020  1.368
 D2U  C30  N29  single    1.442  0.020  1.442
 D2U  N29  C27  single    1.337  0.020  1.337
 D2U  O28  C27  double    1.223  0.020  1.223
 D2U  C27  C11  single    1.533  0.020  1.533
 D2U  C7   C1   single    1.501  0.020  1.501
 D2U  C2   C1   aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2U  C2   C3   aromatic  1.391  0.020  1.391
 D2U  O26  C9   double    1.225  0.020  1.225
 D2U  C1   C6   aromatic  1.395  0.020  1.395
 D2U  C11  N10  single    1.455  0.020  1.455
 D2U  C11  C12  single    1.531  0.020  1.531
 D2U  C9   N10  single    1.353  0.020  1.353
 D2U  C9   C3   single    1.493  0.020  1.493
 D2U  N10  C25  single    1.451  0.020  1.451
 D2U  C3   C4   aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2U  C6   C5   aromatic  1.390  0.020  1.390
 D2U  C12  C13  single    1.503  0.020  1.503
 D2U  C4   C5   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D2U  C5   C8   single    1.501  0.020  1.501
 D2U  C13  C14  aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2U  C13  C18  aromatic  1.391  0.020  1.391
 D2U  C14  C15  aromatic  1.384  0.020  1.384
 D2U  C18  C17  aromatic  1.388  0.020  1.388
 D2U  C15  C16  aromatic  1.397  0.020  1.397
 D2U  C17  C16  aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2U  C16  C19  single    1.476  0.020  1.476
 D2U  C19  C24  aromatic  1.396  0.020  1.396
 D2U  C19  C20  aromatic  1.396  0.020  1.396
 D2U  C24  C23  aromatic  1.387  0.020  1.387
 D2U  C20  C21  aromatic  1.387  0.020  1.387
 D2U  C23  C22  aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2U  C21  C22  aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2U  C2   H1   single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C4   H2   single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C6   H3   single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C7   H4   single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C7   H5   single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C7   H6   single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C8   H7   single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C8   H8   single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C8   H9   single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C11  H10  single    0.970  0.020  1.090
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 D2U  C12  H12  single    0.970  0.020  1.090
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 D2U  C18  H16  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C20  H17  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C21  H18  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C22  H19  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C23  H20  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C24  H21  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C25  H22  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C25  H23  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C25  H24  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  N29  H25  single    0.860  0.020  1.020
 D2U  C30  H26  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C32  H27  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C32  H28  single    0.970  0.020  1.090
 D2U  C34  H29  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  N35  H30  single    0.860  0.020  1.020
 D2U  C38  H31  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C39  H32  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C40  H33  single    0.930  0.020  1.080
 D2U  C41  H34  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D2U  C7   C1   C6   120.50  3.000
 D2U  C6   C1   C2   118.55  3.000
 D2U  C7   C1   C2   120.95  3.000
 D2U  H1   C2   C3   119.96  3.000
 D2U  H1   C2   C1   119.68  3.000
 D2U  C3   C2   C1   120.36  3.000
 D2U  C9   C3   C4   119.38  3.000
 D2U  C4   C3   C2   120.16  3.000
 D2U  C9   C3   C2   120.06  3.000
 D2U  H2   C4   C5   119.46  3.000
 D2U  H2   C4   C3   119.99  3.000
 D2U  C5   C4   C3   120.52  3.000
 D2U  C8   C5   C6   121.35  3.000
 D2U  C8   C5   C4   120.25  3.000
 D2U  C6   C5   C4   118.40  3.000
 D2U  H3   C6   C5   119.07  3.000
 D2U  H3   C6   C1   118.96  3.000
 D2U  C5   C6   C1   121.96  3.000
 D2U  H6   C7   H5   108.12  3.000
 D2U  H6   C7   H4   107.11  3.000
 D2U  H5   C7   H4   107.46  3.000
 D2U  H6   C7   C1   111.48  3.000
 D2U  H5   C7   C1   111.47  3.000
 D2U  H4   C7   C1   110.98  3.000
 D2U  H9   C8   H8   107.99  3.000
 D2U  H9   C8   H7   106.98  3.000
 D2U  H8   C8   H7   107.67  3.000
 D2U  H9   C8   C5   111.28  3.000
 D2U  H8   C8   C5   111.62  3.000
 D2U  H7   C8   C5   111.10  3.000
 D2U  O26  C9   N10  123.00  3.000
 D2U  N10  C9   C3   117.25  3.000
 D2U  O26  C9   C3   119.67  3.000
 D2U  C25  N10  C11  117.72  3.000
 D2U  C25  N10  C9   123.32  3.000
 D2U  C11  N10  C9   118.95  3.000
 D2U  H10  C11  C27  107.21  3.000
 D2U  H10  C11  C12  107.67  3.000
 D2U  C27  C11  C12  111.91  3.000
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 D2U  C27  C11  N10  111.61  3.000
 D2U  H12  C12  H11  106.55  3.000
 D2U  H12  C12  C13  110.15  3.000
 D2U  H11  C12  C13  110.69  3.000
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 D2U  H11  C12  C11  107.31  3.000
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 D2U  C18  C13  C12  121.09  3.000
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 D2U  H13  C14  C15  119.13  3.000
 D2U  H13  C14  C13  119.72  3.000
 D2U  C15  C14  C13  121.15  3.000
 D2U  H14  C15  C16  119.87  3.000
 D2U  H14  C15  C14  119.16  3.000
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 D2U  C19  C16  C15  121.13  3.000
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 D2U  H15  C17  C16  119.89  3.000
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 D2U  C17  C18  C13  121.23  3.000
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 D2U  C20  C19  C16  120.59  3.000
 D2U  C24  C19  C16  121.04  3.000
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 D2U  H18  C21  C20  119.61  3.000
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 D2U  H20  C23  C24  119.61  3.000
 D2U  H20  C23  C22  120.13  3.000
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 D2U  H21  C24  C23  119.37  3.000
 D2U  H21  C24  C19  119.79  3.000
 D2U  C23  C24  C19  120.83  3.000
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 D2U  H24  C25  H22  108.46  3.000
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 D2U  H23  C25  N10  109.16  3.000
 D2U  H22  C25  N10  112.81  3.000
 D2U  N29  C27  O28  124.61  3.000
 D2U  O28  C27  C11  121.87  3.000
 D2U  N29  C27  C11  113.52  3.000
 D2U  H25  N29  C30  115.90  3.000
 D2U  H25  N29  C27  118.93  3.000
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 D2U  H26  C30  C32  108.18  3.000
 D2U  H26  C30  C31  109.64  3.000
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 D2U  H26  C30  N29  108.32  3.000
 D2U  C31  C30  N29  110.87  3.000
 D2U  C32  C30  N29  110.82  3.000
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 D2U  O43  C31  C30  115.32  3.000
 D2U  O42  C31  C30  117.13  3.000
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 D2U  H28  C32  C30  108.15  3.000
 D2U  H27  C32  C30  108.64  3.000
 D2U  C33  C32  C30  112.97  3.000
 D2U  C37  C33  C34  105.89  3.000
 D2U  C34  C33  C32  127.17  3.000
 D2U  C37  C33  C32  126.71  3.000
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 D2U  H29  C34  C33  129.33  3.000
 D2U  N35  C34  C33  110.32  3.000
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 D2U  H30  N35  C34  124.89  3.000
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 D2U  C38  C36  N35  130.63  3.000
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 D2U  C36  C37  C33  107.28  3.000
 D2U  C41  C37  C33  133.84  3.000
 D2U  H31  C38  C39  121.11  3.000
 D2U  H31  C38  C36  121.31  3.000
 D2U  C39  C38  C36  117.58  3.000
 D2U  H32  C39  C40  119.40  3.000
 D2U  H32  C39  C38  119.41  3.000
 D2U  C40  C39  C38  121.19  3.000
 D2U  H33  C40  C41  119.66  3.000
 D2U  H33  C40  C39  119.34  3.000
 D2U  C41  C40  C39  121.00  3.000
 D2U  H34  C41  C40  120.28  3.000
 D2U  H34  C41  C37  120.55  3.000
 D2U  C40  C41  C37  119.17  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D2U  CONST_01  C4   C3   C2   C1      0.00   0.0  0
 D2U  CONST_02  C4   C5   C6   C1      0.00   0.0  0
 D2U  CONST_03  C5   C6   C1   C2      0.00   0.0  0
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 D2U  CONST_10  C17  C16  C15  C14     0.00   0.0  0
 D2U  CONST_11  C19  C16  C15  C14   180.00   0.0  0
 D2U  CONST_12  C18  C13  C14  C15     0.00   0.0  0
 D2U  CONST_13  C18  C17  C16  C15     0.00   0.0  0
 D2U  CONST_16  C23  C24  C19  C16   180.00   0.0  0
 D2U  CONST_17  C21  C20  C19  C16   180.00   0.0  0
 D2U  CONST_20  C19  C16  C17  C18   180.00   0.0  0
 D2U  CONST_21  C22  C23  C24  C19     0.00   0.0  0
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 D2U  CONST_29  N35  C36  C37  C33     0.00   0.0  0
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 D2U  CONST_32  C36  C37  C33  C34     0.00   0.0  0
 D2U  CONST_33  C38  C36  N35  C34   180.00   0.0  0
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 D2U  CONST_35  C39  C38  C36  N35   180.00   0.0  0
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 D2U  CONST_38  C40  C39  C38  C36     0.00   0.0  0
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 D2U  CONST_54  N35  C34  C33  C32   180.00   0.0  0
 D2U  CONST_55  H3   C6   C1   C2    180.00   0.0  0
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 D2U  CONST_57  H1   C2   C3   C4    180.00   0.0  0
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 D2U  CONST_67  H34  C41  C37  C33     0.00   0.0  0
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 D2U  CONST_69  H31  C38  C36  N35     0.00   0.0  0
 D2U  CONST_70  H32  C39  C38  C36   180.00   0.0  0
 D2U  CONST_71  H29  C34  N35  C36   180.00   0.0  0
 D2U  CONST_72  H33  C40  C41  C37   180.00   0.0  0
 D2U  CONST_75  C30  N29  C27  C11   180.00   0.0  0
 D2U  CONST_78  C30  N29  C27  O28     0.00   0.0  0
 D2U  CONST_79  H25  N29  C27  C11     0.00   0.0  0
 D2U  Var_01    O26  C9   C3   C2    -51.40  30.0  2
 D2U  Var_02    C14  C13  C12  C11    57.64  30.0  2
 D2U  Var_03    C37  C33  C32  C30    84.31  30.0  2
 D2U  Var_04    H4   C7   C1   C2   -101.57  30.0  2
 D2U  Var_05    H7   C8   C5   C4     73.47  30.0  2
 D2U  Var_06    H22  C25  N10  C9     98.50  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 D2U  chir_01  C11  C27  N10  C12  positiv
 D2U  chir_02  C30  N29  C31  C32  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 D2U  plan-1  C1   0.020
 D2U  plan-1  C2   0.020
 D2U  plan-1  C3   0.020
 D2U  plan-1  C4   0.020
 D2U  plan-1  C5   0.020
 D2U  plan-1  C6   0.020
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 D2U  plan-1  H1   0.020
 D2U  plan-1  H2   0.020
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 D2U  plan-2  C12  0.020
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