# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 21:16:45 2020
#   Inital geometry file: a 136 line input string
#   Ligand name: 6-[2-methoxy-5-(2-phenylethoxy)benzyl]-5-methylpyrido[2,3-d]pyrimidine-2,4-diamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc(OCCc2ccccc2)cc1Cc3cnc4nc(N)nc(N)c4c3C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D2O  D2O  6-[2-methoxy-5-(2-phenylethoxy)benzyl]-5-methylpyrido[2,3-d]pyrimidine-2,4-diamine  ligand  56  31  .  2021-08-08  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_D2O
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D2O  N1    N  N     0  -0.504  -5.4745  -2.3552  -0.6338
 D2O  C2    C  CR6   0   0.532  -6.4102  -1.3970  -0.7446
 D2O  N3    N  N     0  -0.496  -6.2450  -0.1141  -0.5007
 D2O  C4    C  CR66  0   0.346  -5.0562   0.2505   0.0107
 D2O  C5    C  CR66  0  -0.182  -4.0188  -0.6759   0.2944
 D2O  C6    C  CR6   0   0.453  -4.2911  -2.0201  -0.1659
 D2O  NAC   N  NH2   0  -0.818  -7.6297  -1.8148  -1.1468
 D2O  NAD   N  NH2   0  -0.820  -3.3693  -2.9968  -0.1588
 D2O  CAE   C  CR16  0  -0.270   8.8111  -1.3908  -0.9893
 D2O  CAF   C  CR16  0  -0.240   8.6975  -0.3191  -0.1133
 D2O  CAG   C  CR16  0  -0.240   7.7532  -2.2806  -1.1236
 D2O  CAH   C  CR16  0  -0.304   7.5324  -0.1395   0.6209
 D2O  CAI   C  CR16  0  -0.302   6.5907  -2.0972  -0.3868
 D2O  CAJ   C  CR16  0  -0.384   2.0365   1.4574  -0.6307
 D2O  CAK   C  CR16  0  -0.370   0.9223   2.1523  -1.1006
 D2O  CAL   C  CR16  0  -0.087  -3.7832   1.9686   0.7827
 D2O  CAM   C  CR16  0  -0.418   0.8535   1.0023   1.4025
 D2O  CAN   C  CH2   0  -0.160   4.2154   0.0173   0.4294
 D2O  CAO   C  CH2   0  -0.542   5.1877  -0.8060   1.2581
 D2O  NAQ   N  N     0  -0.437  -4.9104   1.5650   0.2552
 D2O  OAT   O  O2    0  -0.465  -1.3255   2.9531  -0.7004
 D2O  CAV   C  CR6   0   0.107   6.4656  -1.0265   0.4959
 D2O  CAW   C  CR6   0   0.379   2.0104   0.8823   0.6293
 D2O  CAY   C  CR6   0   0.030  -2.7221   1.1419   1.1742
 D2O  CAZ   C  CR6   0   0.097  -0.2633   1.6767   0.9456
 D2O  CBB   C  CR6   0   0.166  -2.8527  -0.2224   0.9602
 D2O  CBC   C  CR6   0   0.340  -0.2198   2.2747  -0.3254
 D2O  HAA   H  HCH3  0   0.257  -2.3472   3.9741  -2.0998
 D2O  HAAA  H  HCH3  0   0.224  -0.6025   4.2843  -2.1329
 D2O  HAAB  H  HCH3  0   0.224  -1.2466   2.7577  -2.7729
 D2O  HAB   H  HCH3  0   0.266  -1.0422  -1.3817   0.7313
 D2O  HABA  H  HCH3  0   0.272  -1.2754  -0.7086   2.3253
 D2O  HABB  H  HCH3  0   0.270  -2.2256  -2.0904   1.8421
 D2O  HNAC  H  HNH2  0   0.391  -7.7071  -2.7239  -1.5689
 D2O  HNAA  H  HNH2  0   0.391  -8.2899  -1.1205  -1.4516
 D2O  HNAD  H  HNH2  0   0.420  -2.3873  -2.7951  -0.1185
 D2O  HNAB  H  HNH2  0   0.400  -3.6183  -3.8504  -0.6327
 D2O  HAF   H  HCR6  0   0.255   9.5186   0.3766   0.0027
 D2O  HAG   H  HCR6  0   0.255   7.8332  -3.1209  -1.8012
 D2O  HAH   H  HCR6  0   0.249   7.4551   0.6977   1.3050
 D2O  HAI   H  HCR6  0   0.250   5.7714  -2.7985  -0.4969
 D2O  HAJ   H  HCR6  0   0.279   2.9048   1.3902  -1.2719
 D2O  HAK   H  HCR6  0   0.278   0.9818   2.5979  -2.0842
 D2O  HAL   H  HCR6  0   0.254  -3.6914   3.0383   0.9493
 D2O  HAM   H  HCR6  0   0.255   0.8336   0.5466   2.3864
 D2O  HAN   H  HCH2  0   0.225   4.6642   0.9858   0.1775
 D2O  HANA  H  HCH2  0   0.224   3.9945  -0.4978  -0.5132
 D2O  HAO   H  HCH2  0   0.256   5.3948  -0.2871   2.1967
 D2O  HAOA  H  HCH2  0   0.256   4.7281  -1.7645   1.5100
 D2O  CAB   C  CH3   0  -0.807  -1.8008  -1.1552   1.4852
 D2O  CAP   C  CH2   0  -0.634  -1.5042   1.7776   1.7986
 D2O  OAU   O  O2    0  -0.484   3.0344   0.1953   1.1871
 D2O  CAA   C  CH3   0  -0.433  -1.3673   3.5150  -1.9932
 D2O  HAE   H  HCR6  0   0.255   9.7193  -1.5336  -1.5607
 D2O  HAP   H  HCH2  0   0.276  -1.7299   2.8284   1.9978
 D2O  HAPA  H  HCH2  0   0.272  -1.2960   1.3339   2.7755

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D2O  N1   C2    aromatic  1.344  0.020  1.344
 D2O  N1   C6    aromatic  1.316  0.020  1.316
 D2O  C2   N3    aromatic  1.316  0.020  1.316
 D2O  C2   NAC   single    1.350  0.020  1.350
 D2O  N3   C4    aromatic  1.345  0.020  1.345
 D2O  C4   C5    aromatic  1.419  0.020  1.419
 D2O  C4   NAQ   aromatic  1.345  0.020  1.345
 D2O  C5   C6    aromatic  1.447  0.020  1.447
 D2O  C5   CBB   aromatic  1.417  0.020  1.417
 D2O  C6   NAD   single    1.343  0.020  1.343
 D2O  CAA  OAT   single    1.410  0.020  1.410
 D2O  CAB  CBB   single    1.501  0.020  1.501
 D2O  CAE  CAF   aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2O  CAE  CAG   aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2O  CAF  CAH   aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2O  CAG  CAI   aromatic  1.388  0.020  1.388
 D2O  CAH  CAV   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D2O  CAI  CAV   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D2O  CAJ  CAK   aromatic  1.395  0.020  1.395
 D2O  CAJ  CAW   aromatic  1.385  0.020  1.385
 D2O  CAK  CBC   aromatic  1.386  0.020  1.386
 D2O  CAL  NAQ   aromatic  1.308  0.020  1.308
 D2O  CAL  CAY   aromatic  1.401  0.020  1.401
 D2O  CAM  CAW   aromatic  1.397  0.020  1.397
 D2O  CAM  CAZ   aromatic  1.382  0.020  1.382
 D2O  CAN  CAO   single    1.520  0.020  1.520
 D2O  CAN  OAU   single    1.414  0.020  1.414
 D2O  CAO  CAV   single    1.504  0.020  1.504
 D2O  CAP  CAY   single    1.509  0.020  1.509
 D2O  CAP  CAZ   single    1.509  0.020  1.509
 D2O  OAT  CBC   single    1.350  0.020  1.350
 D2O  OAU  CAW   single    1.353  0.020  1.353
 D2O  CAY  CBB   aromatic  1.387  0.020  1.387
 D2O  CAZ  CBC   aromatic  1.405  0.020  1.405
 D2O  CAA  HAA   single    0.970  0.020  1.090
 D2O  CAA  HAAA  single    0.970  0.020  1.090
 D2O  CAA  HAAB  single    0.970  0.020  1.090
 D2O  CAB  HAB   single    0.970  0.020  1.090
 D2O  CAB  HABA  single    0.970  0.020  1.090
 D2O  CAB  HABB  single    0.970  0.020  1.090
 D2O  NAC  HNAC  single    0.890  0.020  1.040
 D2O  NAC  HNAA  single    0.890  0.020  1.040
 D2O  NAD  HNAD  single    0.890  0.020  1.040
 D2O  NAD  HNAB  single    0.890  0.020  1.040
 D2O  CAE  HAE   single    0.930  0.020  1.080
 D2O  CAF  HAF   single    0.930  0.020  1.080
 D2O  CAG  HAG   single    0.930  0.020  1.080
 D2O  CAH  HAH   single    0.930  0.020  1.080
 D2O  CAI  HAI   single    0.930  0.020  1.080
 D2O  CAJ  HAJ   single    0.930  0.020  1.080
 D2O  CAK  HAK   single    0.930  0.020  1.080
 D2O  CAL  HAL   single    0.930  0.020  1.080
 D2O  CAM  HAM   single    0.930  0.020  1.080
 D2O  CAN  HAN   single    0.970  0.020  1.090
 D2O  CAN  HANA  single    0.970  0.020  1.090
 D2O  CAO  HAO   single    0.970  0.020  1.090
 D2O  CAO  HAOA  single    0.970  0.020  1.090
 D2O  CAP  HAP   single    0.970  0.020  1.090
 D2O  CAP  HAPA  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D2O  C6    N1   C2    118.29  3.000
 D2O  NAC   C2   N3    118.04  3.000
 D2O  NAC   C2   N1    115.64  3.000
 D2O  N3    C2   N1    126.32  3.000
 D2O  C4    N3   C2    116.47  3.000
 D2O  NAQ   C4   C5    121.49  3.000
 D2O  NAQ   C4   N3    115.47  3.000
 D2O  C5    C4   N3    123.04  3.000
 D2O  CBB   C5   C6    126.99  3.000
 D2O  CBB   C5   C4    119.10  3.000
 D2O  C6    C5   C4    113.91  3.000
 D2O  NAD   C6   C5    123.02  3.000
 D2O  NAD   C6   N1    115.71  3.000
 D2O  C5    C6   N1    121.26  3.000
 D2O  HNAA  NAC  HNAC  116.53  3.000
 D2O  HNAA  NAC  C2    118.01  3.000
 D2O  HNAC  NAC  C2    118.32  3.000
 D2O  HNAB  NAD  HNAD  115.54  3.000
 D2O  HNAB  NAD  C6    116.36  3.000
 D2O  HNAD  NAD  C6    121.72  3.000
 D2O  HAE   CAE  CAG   120.23  3.000
 D2O  HAE   CAE  CAF   120.23  3.000
 D2O  CAG   CAE  CAF   119.54  3.000
 D2O  HAF   CAF  CAH   119.78  3.000
 D2O  HAF   CAF  CAE   120.09  3.000
 D2O  CAH   CAF  CAE   120.13  3.000
 D2O  HAG   CAG  CAI   119.78  3.000
 D2O  HAG   CAG  CAE   120.10  3.000
 D2O  CAI   CAG  CAE   120.12  3.000
 D2O  HAH   CAH  CAV   119.59  3.000
 D2O  HAH   CAH  CAF   119.56  3.000
 D2O  CAV   CAH  CAF   120.84  3.000
 D2O  HAI   CAI  CAV   119.58  3.000
 D2O  HAI   CAI  CAG   119.57  3.000
 D2O  CAV   CAI  CAG   120.86  3.000
 D2O  HAJ   CAJ  CAW   121.91  3.000
 D2O  HAJ   CAJ  CAK   118.21  3.000
 D2O  CAW   CAJ  CAK   119.88  3.000
 D2O  HAK   CAK  CBC   121.18  3.000
 D2O  HAK   CAK  CAJ   117.89  3.000
 D2O  CBC   CAK  CAJ   120.93  3.000
 D2O  HAL   CAL  CAY   118.30  3.000
 D2O  HAL   CAL  NAQ   116.00  3.000
 D2O  CAY   CAL  NAQ   125.68  3.000
 D2O  HAM   CAM  CAZ   119.34  3.000
 D2O  HAM   CAM  CAW   118.78  3.000
 D2O  CAZ   CAM  CAW   121.88  3.000
 D2O  HANA  CAN  HAN   107.45  3.000
 D2O  HANA  CAN  OAU   110.57  3.000
 D2O  HAN   CAN  OAU   110.71  3.000
 D2O  HANA  CAN  CAO   110.07  3.000
 D2O  HAN   CAN  CAO   109.99  3.000
 D2O  OAU   CAN  CAO   108.07  3.000
 D2O  HAOA  CAO  HAO   107.37  3.000
 D2O  HAOA  CAO  CAV   110.22  3.000
 D2O  HAO   CAO  CAV   110.12  3.000
 D2O  HAOA  CAO  CAN   109.38  3.000
 D2O  HAO   CAO  CAN   109.42  3.000
 D2O  CAV   CAO  CAN   110.28  3.000
 D2O  CAL   NAQ  C4    117.91  3.000
 D2O  CBC   OAT  CAA   118.62  3.000
 D2O  CAO   CAV  CAI   120.66  3.000
 D2O  CAO   CAV  CAH   120.79  3.000
 D2O  CAI   CAV  CAH   118.52  3.000
 D2O  OAU   CAW  CAM   116.24  3.000
 D2O  OAU   CAW  CAJ   124.85  3.000
 D2O  CAM   CAW  CAJ   118.91  3.000
 D2O  CBB   CAY  CAP   123.65  3.000
 D2O  CBB   CAY  CAL   117.77  3.000
 D2O  CAP   CAY  CAL   118.58  3.000
 D2O  CBC   CAZ  CAP   120.54  3.000
 D2O  CBC   CAZ  CAM   118.79  3.000
 D2O  CAP   CAZ  CAM   120.67  3.000
 D2O  CAY   CBB  CAB   119.43  3.000
 D2O  CAY   CBB  C5    117.69  3.000
 D2O  CAB   CBB  C5    122.83  3.000
 D2O  CAZ   CBC  OAT   116.08  3.000
 D2O  CAZ   CBC  CAK   119.59  3.000
 D2O  OAT   CBC  CAK   124.33  3.000
 D2O  HABB  CAB  HABA  106.77  3.000
 D2O  HABB  CAB  HAB   108.62  3.000
 D2O  HABA  CAB  HAB   106.42  3.000
 D2O  HABB  CAB  CBB   112.06  3.000
 D2O  HABA  CAB  CBB   110.72  3.000
 D2O  HAB   CAB  CBB   111.96  3.000
 D2O  HAPA  CAP  HAP   105.47  3.000
 D2O  HAPA  CAP  CAZ   108.75  3.000
 D2O  HAP   CAP  CAZ   109.69  3.000
 D2O  HAPA  CAP  CAY   110.65  3.000
 D2O  HAP   CAP  CAY   108.28  3.000
 D2O  CAZ   CAP  CAY   113.67  3.000
 D2O  CAW   OAU  CAN   118.35  3.000
 D2O  HAAB  CAA  HAAA  108.59  3.000
 D2O  HAAB  CAA  HAA   108.78  3.000
 D2O  HAAA  CAA  HAA   108.70  3.000
 D2O  HAAB  CAA  OAT   111.99  3.000
 D2O  HAAA  CAA  OAT   112.12  3.000
 D2O  HAA   CAA  OAT   106.55  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D2O  CONST_01  C4    N3   C2   N1      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_02  C4    C5   C6   N1      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_03  CBB   C5   C6   N1    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_04  C5    C6   N1   C2      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_05  C5    C4   N3   C2      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_06  NAQ   C4   N3   C2    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_07  C6    N1   C2   N3      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_08  C6    C5   C4   N3      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_09  CBB   C5   C4   N3    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_10  CAL   NAQ  C4   N3    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_11  CAY   CBB  C5   C4      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_12  CAY   CAL  NAQ  C4      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_13  CAL   NAQ  C4   C5      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_14  CAL   CAY  CBB  C5      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_15  NAQ   C4   C5   C6    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_16  CAY   CBB  C5   C6    180.00   0.0  0
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 D2O  CONST_18  CAV   CAI  CAG  CAE     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_19  CAI   CAG  CAE  CAF     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_20  CAI   CAV  CAH  CAF     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_21  CAH   CAF  CAE  CAG     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_22  CAH   CAV  CAI  CAG     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_23  CAZ   CBC  CAK  CAJ     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_24  CAZ   CAM  CAW  CAJ     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_25  CAM   CAW  CAJ  CAK     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_26  CAM   CAZ  CBC  CAK     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_27  CBB   C5   C4   NAQ     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_28  CBB   CAY  CAL  NAQ     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_29  CBC   CAK  CAJ  CAW     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_30  CBC   CAZ  CAM  CAW     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_31  NAD   C6   N1   C2    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_32  NAC   C2   N3   C4    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_33  NAD   C6   C5   C4    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_34  CAB   CBB  C5   C4    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_35  CAP   CAY  CBB  C5    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_36  NAC   C2   N1   C6    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_37  CAB   CBB  C5   C6      0.00   0.0  0
 D2O  CONST_38  CAL   CAY  CBB  CAB   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_39  CBB   C5   C6   NAD     0.00   0.0  0
 D2O  CONST_40  CAO   CAV  CAH  CAF   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_41  CAO   CAV  CAI  CAG   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_42  OAT   CBC  CAK  CAJ   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_43  OAU   CAW  CAJ  CAK   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_44  CAP   CAZ  CBC  CAK   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_45  OAT   CBC  CAZ  CAM   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_46  NAQ   CAL  CAY  CAP   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_47  CAW   CAM  CAZ  CAP   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_48  CAZ   CAM  CAW  OAU   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_49  HAL   CAL  NAQ  C4    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_50  HAH   CAH  CAF  CAE   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_51  HAI   CAI  CAG  CAE   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_52  HAG   CAG  CAE  CAF   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_53  HAF   CAF  CAE  CAG   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_54  HAE   CAE  CAF  CAH   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_55  HAM   CAM  CAW  CAJ   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_56  HAJ   CAJ  CAW  CAM   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_57  HAK   CAK  CAJ  CAW   180.00   0.0  0
 D2O  CONST_59  HNAA  NAC  C2   N1    180.00   0.0  0
 D2O  CONST_61  HNAB  NAD  C6   N1      0.00   0.0  0
 D2O  Var_01    CAZ   CAP  CAY  CAL  -112.84  30.0  1
 D2O  Var_02    CAY   CAP  CAZ  CAM  -118.72  30.0  2
 D2O  Var_03    CAK   CBC  OAT  CAA     3.85  30.0  2
 D2O  Var_04    CAN   CAO  CAV  CAH    91.17  30.0  2
 D2O  Var_05    HAB   CAB  CBB  C5     88.38  30.0  2
 D2O  Var_06    CAV   CAO  CAN  OAU   179.97  30.0  3
 D2O  Var_07    HAA   CAA  OAT  CBC   177.79  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 D2O  plan-1  CAE   0.020
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 D2O  plan-1  HAE   0.020
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 D2O  plan-5  HNAD  0.020
 D2O  plan-5  HNAB  0.020

