# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 17:58:13 2020
#   Inital geometry file: a 99 line input string
#   Ligand name: 4-(2,6-dimethoxyphenoxy)-2,6-dimethoxyphenol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1cc(Oc2c(OC)cccc2OC)cc(OC)c1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D2M  D2M  4-(2,6-dimethoxyphenoxy)-2,6-dimethoxyphenol  ligand  40  22  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_D2M
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D2M  O29   O  OH1   0  -0.632  -4.0605  -0.2337  -1.5094
 D2M  C28   C  CR6   0   0.154  -2.9093  -0.1409  -0.7999
 D2M  C26   C  CR6   0   0.327  -2.8953   0.0304   0.5855
 D2M  O32   O  O2    0  -0.490  -4.1176   0.0996   1.1525
 D2M  C34   C  CH3   0  -0.432  -4.2103   0.2743   2.5527
 D2M  C23   C  CR16  0  -0.502  -1.6971   0.1187   1.2844
 D2M  C21   C  CR6   0   0.413  -0.5032   0.0332   0.5824
 D2M  C22   C  CR16  0  -0.505  -0.4869  -0.1388  -0.7927
 D2M  C24   C  CR6   0   0.346  -1.6970  -0.2243  -1.4812
 D2M  O31   O  O2    0  -0.469  -1.7940  -0.3889  -2.8141
 D2M  C33   C  CH3   0  -0.439  -0.6046  -0.5273  -3.5639
 D2M  O20   O  O2    0  -0.501   0.6322   0.1287   1.3353
 D2M  C3    C  CR6   0   0.129   1.8452   0.0669   0.7092
 D2M  C4    C  CR6   0   0.350   2.4726  -1.1692   0.5515
 D2M  O10   O  O2    0  -0.458   1.7817  -2.2311   0.9916
 D2M  C11   C  CH3   0  -0.436   2.3696  -3.5124   0.8679
 D2M  C5    C  CR16  0  -0.417   3.7353  -1.2230  -0.0375
 D2M  C6    C  CR16  0  -0.233   4.3318  -0.0461  -0.4632
 D2M  C1    C  CR16  0  -0.416   3.7113   1.1856  -0.3217
 D2M  C2    C  CR6   0   0.350   2.4494   1.2450   0.2683
 D2M  O15   O  O2    0  -0.457   1.7384   2.3663   0.4565
 D2M  C16   C  CH3   0  -0.436   2.3034   3.5973   0.0473
 D2M  HO29  H  HOH1  0   0.469  -4.8127  -0.1491  -0.9122
 D2M  H34   H  HCH3  0   0.232  -3.7611  -0.5605   3.0966
 D2M  H34A  H  HCH3  0   0.232  -3.7375   1.2047   2.8761
 D2M  H34B  H  HCH3  0   0.264  -5.2704   0.3170   2.7885
 D2M  H23   H  HCR6  0   0.287  -1.6753   0.2501   2.3576
 D2M  H22   H  HCR6  0   0.280   0.4506  -0.2063  -1.3260
 D2M  H33   H  HCH3  0   0.228  -0.0279  -1.4041  -3.2572
 D2M  H33A  H  HCH3  0   0.263  -0.9066  -0.6533  -4.6006
 D2M  H33B  H  HCH3  0   0.227   0.0330   0.3579  -3.4906
 D2M  H11   H  HCH3  0   0.231   2.5688  -3.7704  -0.1752
 D2M  H11A  H  HCH3  0   0.231   3.2999  -3.5899   1.4362
 D2M  H11B  H  HCH3  0   0.261   1.6505  -4.2197   1.2729
 D2M  H5    H  HCR6  0   0.282   4.2535  -2.1619  -0.1713
 D2M  H6    H  HCR6  0   0.264   5.3110  -0.0908  -0.9216
 D2M  H1    H  HCR6  0   0.282   4.2101   2.0788  -0.6706
 D2M  H16   H  HCH3  0   0.261   1.5807   4.3669   0.3061
 D2M  H16A  H  HCH3  0   0.231   3.2425   3.8072   0.5652
 D2M  H16B  H  HCH3  0   0.231   2.4794   3.6275  -1.0308

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D2M  C28  O29   single    1.355  0.020  1.355
 D2M  O29  HO29  single    0.850  0.020  0.980
 D2M  C26  C28   aromatic  1.396  0.020  1.396
 D2M  C28  C24   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D2M  O32  C26   single    1.349  0.020  1.349
 D2M  C23  C26   aromatic  1.390  0.020  1.390
 D2M  C34  O32   single    1.414  0.020  1.414
 D2M  C34  H34   single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C34  H34A  single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C34  H34B  single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C23  C21   aromatic  1.388  0.020  1.388
 D2M  C23  H23   single    0.930  0.020  1.080
 D2M  O20  C21   single    1.366  0.020  1.366
 D2M  C21  C22   aromatic  1.386  0.020  1.386
 D2M  C22  C24   aromatic  1.395  0.020  1.395
 D2M  C22  H22   single    0.930  0.020  1.080
 D2M  C24  O31   single    1.346  0.020  1.346
 D2M  O31  C33   single    1.413  0.020  1.413
 D2M  C33  H33   single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C33  H33A  single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C33  H33B  single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C3   O20   single    1.366  0.020  1.366
 D2M  C4   C3    aromatic  1.395  0.020  1.395
 D2M  C3   C2    aromatic  1.396  0.020  1.396
 D2M  O10  C4    single    1.341  0.020  1.341
 D2M  C5   C4    aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2M  C11  O10   single    1.415  0.020  1.415
 D2M  C11  H11   single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C11  H11A  single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C11  H11B  single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C5   C6    aromatic  1.386  0.020  1.386
 D2M  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 D2M  C6   C1    aromatic  1.386  0.020  1.386
 D2M  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 D2M  C1   C2    aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2M  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 D2M  C2   O15   single    1.341  0.020  1.341
 D2M  O15  C16   single    1.415  0.020  1.415
 D2M  C16  H16   single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C16  H16A  single    0.970  0.020  1.090
 D2M  C16  H16B  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D2M  HO29  O29  C28   109.41  3.000
 D2M  C24   C28  C26   118.94  3.000
 D2M  C24   C28  O29   118.62  3.000
 D2M  C26   C28  O29   122.44  3.000
 D2M  C23   C26  O32   124.50  3.000
 D2M  C23   C26  C28   121.02  3.000
 D2M  O32   C26  C28   114.47  3.000
 D2M  C34   O32  C26   118.81  3.000
 D2M  H34B  C34  H34A  108.93  3.000
 D2M  H34B  C34  H34   108.83  3.000
 D2M  H34A  C34  H34   108.99  3.000
 D2M  H34B  C34  O32   106.48  3.000
 D2M  H34A  C34  O32   111.71  3.000
 D2M  H34   C34  O32   111.81  3.000
 D2M  H23   C23  C21   119.49  3.000
 D2M  H23   C23  C26   121.60  3.000
 D2M  C21   C23  C26   118.91  3.000
 D2M  O20   C21  C22   123.09  3.000
 D2M  C22   C21  C23   121.32  3.000
 D2M  O20   C21  C23   115.60  3.000
 D2M  H22   C22  C24   120.34  3.000
 D2M  H22   C22  C21   120.50  3.000
 D2M  C24   C22  C21   119.15  3.000
 D2M  O31   C24  C22   123.96  3.000
 D2M  O31   C24  C28   115.38  3.000
 D2M  C22   C24  C28   120.65  3.000
 D2M  C33   O31  C24   118.47  3.000
 D2M  H33B  C33  H33A  108.65  3.000
 D2M  H33B  C33  H33   108.84  3.000
 D2M  H33A  C33  H33   108.73  3.000
 D2M  H33B  C33  O31   112.09  3.000
 D2M  H33A  C33  O31   106.47  3.000
 D2M  H33   C33  O31   111.95  3.000
 D2M  C3    O20  C21   118.83  3.000
 D2M  C2    C3   C4    121.16  3.000
 D2M  C2    C3   O20   119.40  3.000
 D2M  C4    C3   O20   119.41  3.000
 D2M  C5    C4   O10   125.07  3.000
 D2M  C5    C4   C3    119.29  3.000
 D2M  O10   C4   C3    115.64  3.000
 D2M  C11   O10  C4    118.31  3.000
 D2M  H11B  C11  H11A  108.86  3.000
 D2M  H11B  C11  H11   108.82  3.000
 D2M  H11A  C11  H11   108.93  3.000
 D2M  H11B  C11  O10   106.36  3.000
 D2M  H11A  C11  O10   111.86  3.000
 D2M  H11   C11  O10   111.90  3.000
 D2M  H5    C5   C6    119.54  3.000
 D2M  H5    C5   C4    121.34  3.000
 D2M  C6    C5   C4    119.12  3.000
 D2M  H6    C6   C1    119.01  3.000
 D2M  H6    C6   C5    118.97  3.000
 D2M  C1    C6   C5    122.02  3.000
 D2M  H1    C1   C2    121.27  3.000
 D2M  H1    C1   C6    119.64  3.000
 D2M  C2    C1   C6    119.09  3.000
 D2M  O15   C2   C1    125.09  3.000
 D2M  O15   C2   C3    115.59  3.000
 D2M  C1    C2   C3    119.32  3.000
 D2M  C16   O15  C2    118.37  3.000
 D2M  H16B  C16  H16A  108.89  3.000
 D2M  H16B  C16  H16   108.81  3.000
 D2M  H16A  C16  H16   108.81  3.000
 D2M  H16B  C16  O15   111.94  3.000
 D2M  H16A  C16  O15   111.91  3.000
 D2M  H16   C16  O15   106.36  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D2M  CONST_01  C21  C23  C26  C28     0.00   0.0  0
 D2M  CONST_02  C21  C22  C24  C28     0.00   0.0  0
 D2M  CONST_03  C22  C24  C28  C26     0.00   0.0  0
 D2M  CONST_04  C22  C21  C23  C26     0.00   0.0  0
 D2M  CONST_05  C24  C28  C26  C23     0.00   0.0  0
 D2M  CONST_06  C24  C22  C21  C23     0.00   0.0  0
 D2M  CONST_07  C6   C5   C4   C3      0.00   0.0  0
 D2M  CONST_08  C6   C1   C2   C3      0.00   0.0  0
 D2M  CONST_09  C1   C2   C3   C4      0.00   0.0  0
 D2M  CONST_10  C1   C6   C5   C4      0.00   0.0  0
 D2M  CONST_11  C2   C3   C4   C5      0.00   0.0  0
 D2M  CONST_12  C2   C1   C6   C5      0.00   0.0  0
 D2M  CONST_13  C23  C26  C28  O29   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_14  C22  C24  C28  O29   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_15  O31  C24  C28  C26   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_16  O20  C21  C23  C26   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_17  C24  C28  C26  O32   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_18  C21  C23  C26  O32   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_19  O31  C24  C22  C21   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_20  O20  C21  C22  C24   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_21  C5   C4   C3   O20   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_22  C1   C2   C3   O20   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_23  O15  C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 D2M  CONST_24  C2   C3   C4   O10   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_25  C6   C5   C4   O10   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_26  O15  C2   C1   C6    180.00   0.0  0
 D2M  CONST_27  H23  C23  C26  C28   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_28  H22  C22  C24  C28   180.00   0.0  0
 D2M  CONST_29  H5   C5   C4   C3    180.00   0.0  0
 D2M  CONST_30  H1   C1   C2   C3    180.00   0.0  0
 D2M  CONST_31  H6   C6   C5   C4    180.00   0.0  0
 D2M  Var_01    C4   C3   O20  C21   -90.96  30.0  2
 D2M  Var_02    C23  C26  O32  C34     0.02  30.0  2
 D2M  Var_03    C5   C4   O10  C11     0.62  30.0  2
 D2M  Var_04    H34  C34  O32  C26   -62.05  30.0  3
 D2M  Var_05    H33  C33  O31  C24    60.96  30.0  3
 D2M  Var_06    H11  C11  O10  C4    -60.92  30.0  3
 D2M  Var_07    H16  C16  O15  C2   -178.90  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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