# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 18:16:20 2020
#   Inital geometry file: a 119 line input string
#   Ligand name: 2-(4'-carbamimidoylbiphenyl-4-yl)-1H-benzimidazole-6-carboximidamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC(=N)c1ccc(cc1)c2ccc(cc2)c3[nH]c4cc(ccc4n3)C(N)=N
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D2A  D2A  2-(4'-carbamimidoylbiphenyl-4-yl)-1H-benzimidazole-6-carboximidamide  ligand  45  27  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_D2A
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D2A  C1    C  CR16  0  -0.275  -5.9809  -0.8899  -0.6639
 D2A  C2    C  CR16  0  -0.297  -4.5966  -0.9525  -0.6684
 D2A  C3    C  CR6   0   0.088  -3.8337  -0.0153   0.0274
 D2A  C4    C  CR16  0  -0.298  -4.5050   0.9837   0.7366
 D2A  C5    C  CR16  0  -0.257  -5.8868   1.0398   0.7509
 D2A  C6    C  CR6   0   0.037  -6.6455   0.1087   0.0446
 D2A  C7    C  CR6   0   0.087  -2.3611  -0.0781   0.0145
 D2A  C8    C  CR16  0  -0.293  -1.6945  -1.3059   0.0092
 D2A  C9    C  CR16  0  -0.271  -0.3147  -1.3676  -0.0032
 D2A  C10   C  CR6   0   0.002   0.4496  -0.1997  -0.0139
 D2A  C11   C  CR16  0  -0.287  -0.2098   1.0290  -0.0084
 D2A  C12   C  CR16  0  -0.292  -1.5926   1.0864   0.0067
 D2A  C13   C  CR5   0   0.491   1.9053  -0.3049  -0.0273
 D2A  N14   N  N     0  -0.482   2.5605  -1.4388   0.0220
 D2A  C15   C  CR56  0   0.159   3.8841  -1.0984  -0.0106
 D2A  C16   C  CR56  0   0.366   4.0210   0.2989  -0.0843
 D2A  N17   N  NR15  0  -0.737   2.7367   0.7704  -0.0909
 D2A  C18   C  CR16  0  -0.348   5.2514   0.9327  -0.1350
 D2A  C19   C  CR16  0  -0.329   5.0254  -1.8986   0.0164
 D2A  C20   C  CR16  0  -0.300   6.2572  -1.2752  -0.0235
 D2A  C21   C  CR6   0   0.020   6.3820   0.1269  -0.0962
 D2A  C22   C  C     0   0.337   7.7212   0.7756  -0.1531
 D2A  N23   N  NH2   0  -0.824   8.7511   0.0391   0.3604
 D2A  N24   N  N     0  -0.655   7.8263   1.9242  -0.7046
 D2A  C25   C  C     0   0.333  -8.1313   0.1925   0.0796
 D2A  N26   N  NH2   0  -0.822  -8.7729  -0.3899  -0.9763
 D2A  N27   N  N     0  -0.650  -8.6879   0.7431   1.0892
 D2A  H1    H  HCR6  0   0.262  -6.5355  -1.6424  -1.2096
 D2A  H2    H  HCR6  0   0.260  -4.1102  -1.7340  -1.2381
 D2A  H4    H  HCR6  0   0.259  -3.9437   1.7184   1.3000
 D2A  H5    H  HCR6  0   0.257  -6.3880   1.8168   1.3118
 D2A  H8    H  HCR6  0   0.262  -2.2604  -2.2283   0.0368
 D2A  H9    H  HCR6  0   0.261   0.1801  -2.3294   0.0013
 D2A  H11   H  HCR6  0   0.250   0.3400   1.9614  -0.0210
 D2A  H12   H  HCR6  0   0.264  -2.0749   2.0553  -0.0082
 D2A  H17   H  HNR5  0   0.426   2.4711   1.7405  -0.1464
 D2A  H18   H  HCR6  0   0.265   5.3433   2.0087  -0.1942
 D2A  H19   H  HCR6  0   0.259   4.9496  -2.9770   0.0609
 D2A  H20   H  HCR6  0   0.256   7.1459  -1.8922  -0.0213
 D2A  H231  H  HNH2  0   0.394   8.5491  -0.6142   1.0992
 D2A  H232  H  HNH2  0   0.390   9.6389   0.5038   0.4675
 D2A  H24   H  H     0   0.322   8.7807   2.2693  -0.6482
 D2A  H261  H  HNH2  0   0.395  -8.2990  -0.4227  -1.8641
 D2A  H262  H  HNH2  0   0.392  -9.7645  -0.2293  -1.0586
 D2A  H27   H  H     0   0.324  -9.6991   0.7647   0.9847

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D2A  C1   C2    aromatic  1.386  0.020  1.386
 D2A  C1   C6    aromatic  1.393  0.020  1.393
 D2A  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C2   C3    aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2A  C2   H2    single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C3   C4    aromatic  1.397  0.020  1.397
 D2A  C3   C7    single    1.474  0.020  1.474
 D2A  C4   C5    aromatic  1.383  0.020  1.383
 D2A  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C5   C6    aromatic  1.393  0.020  1.393
 D2A  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C6   C25   single    1.489  0.020  1.489
 D2A  C7   C8    aromatic  1.397  0.020  1.397
 D2A  C7   C12   aromatic  1.395  0.020  1.395
 D2A  C8   C9    aromatic  1.381  0.020  1.381
 D2A  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C9   C10   aromatic  1.396  0.020  1.396
 D2A  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C10  C11   aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2A  C10  C13   single    1.460  0.020  1.460
 D2A  C11  C12   aromatic  1.384  0.020  1.384
 D2A  C11  H11   single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C12  H12   single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C13  N14   aromatic  1.310  0.020  1.310
 D2A  C13  N17   aromatic  1.361  0.020  1.361
 D2A  N14  C15   aromatic  1.367  0.020  1.367
 D2A  C15  C16   aromatic  1.406  0.020  1.406
 D2A  C15  C19   aromatic  1.394  0.020  1.394
 D2A  C16  N17   aromatic  1.368  0.020  1.368
 D2A  C16  C18   aromatic  1.385  0.020  1.385
 D2A  N17  H17   single    0.860  0.020  1.020
 D2A  C18  C21   aromatic  1.389  0.020  1.389
 D2A  C18  H18   single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C19  C20   aromatic  1.381  0.020  1.381
 D2A  C19  H19   single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C20  C21   aromatic  1.409  0.020  1.409
 D2A  C20  H20   single    0.930  0.020  1.080
 D2A  C21  C22   single    1.489  0.020  1.489
 D2A  C22  N23   single    1.366  0.020  1.366
 D2A  C22  N24   double    1.278  0.020  1.278
 D2A  N23  H231  single    0.890  0.020  1.040
 D2A  N23  H232  single    0.890  0.020  1.040
 D2A  N24  H24   single    0.890  0.020  1.040
 D2A  C25  N26   single    1.366  0.020  1.366
 D2A  C25  N27   double    1.278  0.020  1.278
 D2A  N26  H261  single    0.890  0.020  1.040
 D2A  N26  H262  single    0.890  0.020  1.040
 D2A  N27  H27   single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D2A  H1    C1   C6    120.68  3.000
 D2A  H1    C1   C2    118.61  3.000
 D2A  C6    C1   C2    120.70  3.000
 D2A  H2    C2   C3    120.13  3.000
 D2A  H2    C2   C1    118.89  3.000
 D2A  C3    C2   C1    120.97  3.000
 D2A  C7    C3   C4    121.00  3.000
 D2A  C7    C3   C2    120.90  3.000
 D2A  C4    C3   C2    118.10  3.000
 D2A  H4    C4   C5    119.02  3.000
 D2A  H4    C4   C3    120.02  3.000
 D2A  C5    C4   C3    120.96  3.000
 D2A  H5    C5   C6    119.38  3.000
 D2A  H5    C5   C4    119.84  3.000
 D2A  C6    C5   C4    120.78  3.000
 D2A  C25   C6   C5    119.60  3.000
 D2A  C25   C6   C1    121.90  3.000
 D2A  C5    C6   C1    118.49  3.000
 D2A  C12   C7   C8    118.08  3.000
 D2A  C12   C7   C3    120.98  3.000
 D2A  C8    C7   C3    120.94  3.000
 D2A  H8    C8   C9    118.97  3.000
 D2A  H8    C8   C7    119.96  3.000
 D2A  C9    C8   C7    121.06  3.000
 D2A  H9    C9   C10   119.57  3.000
 D2A  H9    C9   C8    119.78  3.000
 D2A  C10   C9   C8    120.64  3.000
 D2A  C13   C10  C11   122.36  3.000
 D2A  C13   C10  C9    119.07  3.000
 D2A  C11   C10  C9    118.57  3.000
 D2A  H11   C11  C12   118.16  3.000
 D2A  H11   C11  C10   121.24  3.000
 D2A  C12   C11  C10   120.60  3.000
 D2A  H12   C12  C11   118.82  3.000
 D2A  H12   C12  C7    120.11  3.000
 D2A  C11   C12  C7    121.05  3.000
 D2A  N17   C13  N14   112.34  3.000
 D2A  N17   C13  C10   123.56  3.000
 D2A  N14   C13  C10   124.10  3.000
 D2A  C15   N14  C13   105.53  3.000
 D2A  C19   C15  C16   119.45  3.000
 D2A  C19   C15  N14   130.49  3.000
 D2A  C16   C15  N14   110.06  3.000
 D2A  C18   C16  N17   132.53  3.000
 D2A  C18   C16  C15   122.91  3.000
 D2A  N17   C16  C15   104.56  3.000
 D2A  H17   N17  C16   125.43  3.000
 D2A  H17   N17  C13   127.05  3.000
 D2A  C16   N17  C13   107.52  3.000
 D2A  H18   C18  C21   120.64  3.000
 D2A  H18   C18  C16   122.19  3.000
 D2A  C21   C18  C16   117.17  3.000
 D2A  H19   C19  C20   120.90  3.000
 D2A  H19   C19  C15   121.03  3.000
 D2A  C20   C19  C15   118.07  3.000
 D2A  H20   C20  C21   119.65  3.000
 D2A  H20   C20  C19   118.37  3.000
 D2A  C21   C20  C19   121.97  3.000
 D2A  C22   C21  C20   121.00  3.000
 D2A  C22   C21  C18   118.57  3.000
 D2A  C20   C21  C18   120.43  3.000
 D2A  N24   C22  N23   125.76  3.000
 D2A  N24   C22  C21   118.81  3.000
 D2A  N23   C22  C21   115.38  3.000
 D2A  H232  N23  H231  113.46  3.000
 D2A  H232  N23  C22   117.09  3.000
 D2A  H231  N23  C22   118.31  3.000
 D2A  H24   N24  C22   111.00  3.000
 D2A  N27   C25  N26   126.16  3.000
 D2A  N27   C25  C6    118.54  3.000
 D2A  N26   C25  C6    115.25  3.000
 D2A  H262  N26  H261  113.35  3.000
 D2A  H262  N26  C25   117.21  3.000
 D2A  H261  N26  C25   118.33  3.000
 D2A  H27   N27  C25   111.18  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D2A  CONST_01  C4    C3   C2   C1     0.00   0.0  0
 D2A  CONST_02  C7    C3   C2   C1   180.00   0.0  0
 D2A  CONST_03  C4    C5   C6   C1     0.00   0.0  0
 D2A  CONST_04  C5    C6   C1   C2     0.00   0.0  0
 D2A  CONST_05  C5    C4   C3   C2     0.00   0.0  0
 D2A  CONST_08  C6    C1   C2   C3     0.00   0.0  0
 D2A  CONST_09  C6    C5   C4   C3     0.00   0.0  0
 D2A  CONST_10  C9    C8   C7   C3   180.00   0.0  0
 D2A  CONST_11  C11   C12  C7   C3   180.00   0.0  0
 D2A  CONST_14  C7    C3   C4   C5   180.00   0.0  0
 D2A  CONST_15  C10   C9   C8   C7     0.00   0.0  0
 D2A  CONST_16  C10   C11  C12  C7     0.00   0.0  0
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loop_
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 D2A  plan-5  H27   0.020

