# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 22:26:49 2020
#   Inital geometry file: a 92 line input string
#   Ligand name: (Z)-{[(3E)-4-{(R)-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]sulfinyl}but-3-en-1-yl]imino}methanethiol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: FC(F)(F)c1cc(cc(c1)C(F)(F)F)[S@](=O)/C=C/CCN=CS
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D29  D29  (Z)-{[(3E)-4-{(R)-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]sulfinyl}but-3-en-1-yl]imino}methanethiol  ligand  34  23  .  2021-08-08  2022-09-16
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_D29
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D29  F6   F  F     0  -0.298  -1.8385  -3.2601  -0.8365
 D29  C7   C  CT    0   1.064  -2.7954  -2.3307  -0.8429
 D29  F4   F  F     0  -0.310  -3.1483  -2.1307  -2.1186
 D29  F5   F  F     0  -0.311  -3.8624  -2.8564  -0.2271
 D29  C6   C  CR6   0  -0.171  -2.3602  -1.0545  -0.1888
 D29  C1   C  CR16  0  -0.322  -3.2334   0.0301  -0.2153
 D29  C5   C  CR16  0  -0.268  -1.1310  -0.9549   0.4369
 D29  C4   C  CR6   0  -0.186  -0.7803   0.2497   1.0307
 D29  C3   C  CR16  0  -0.273  -1.6310   1.3351   1.0299
 D29  C2   C  CR6   0  -0.168  -2.8632   1.2163   0.3926
 D29  C8   C  CT    0   1.062  -3.8038   2.3830   0.4214
 D29  F3   F  F     0  -0.311  -4.4357   2.4683   1.6001
 D29  F2   F  F     0  -0.307  -3.1581   3.5407   0.2453
 D29  F1   F  F     0  -0.300  -4.7443   2.3040  -0.5223
 D29  S1   S  S3    0   0.771   0.7962   0.3728   1.8925
 D29  O    O  O     0  -0.751   0.8547   1.7667   2.4571
 D29  C9   C  C1    0  -0.484   1.8214   0.3256   0.4512
 D29  C10  C  C1    0  -0.150   2.6618  -0.6918   0.2977
 D29  C11  C  CH2   0  -0.491   3.5658  -0.8592  -0.8771
 D29  C12  C  CH2   0  -0.303   5.0299  -0.8908  -0.4543
 D29  N    N  N     0  -0.317   5.8801  -1.1408  -1.5947
 D29  C13  C  C1    0  -0.158   7.1280  -1.1249  -1.4470
 D29  S2   S  S2    0  -0.173   7.9687  -0.8172   0.0770
 D29  H1   H  HCR6  0   0.332  -4.1909  -0.0589  -0.7108
 D29  H2   H  HCR6  0   0.334  -0.4460  -1.7927   0.4582
 D29  H3   H  HCR6  0   0.333  -1.3340   2.2573   1.5141
 D29  H5   H  H     0   0.361   1.7113   1.1453  -0.2517
 D29  H6   H  H     0   0.323   2.7108  -1.4693   1.0551
 D29  H7   H  HCH2  0   0.259   3.3157  -1.8077  -1.3566
 D29  H8   H  HCH2  0   0.244   3.4047  -0.0646  -1.6072
 D29  H9   H  HCH2  0   0.233   5.2923   0.0624   0.0234
 D29  H10  H  HCH2  0   0.237   5.1775  -1.6661   0.3085
 D29  H11  H  H     0   0.272   7.7766  -1.3150  -2.2975
 D29  H12  H  HSH1  0   0.227   9.2059  -0.9076  -0.4182

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D29  F1   C8   single    1.335  0.020  1.335
 D29  F5   C7   single    1.339  0.020  1.339
 D29  C8   F3   single    1.340  0.020  1.340
 D29  C8   C2   single    1.499  0.020  1.499
 D29  C8   F2   single    1.337  0.020  1.337
 D29  C2   C1   aromatic  1.383  0.020  1.383
 D29  C2   C3   aromatic  1.392  0.020  1.392
 D29  C1   C6   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D29  O    S1   double    1.505  0.020  1.505
 D29  F6   C7   single    1.334  0.020  1.334
 D29  C3   C4   aromatic  1.379  0.020  1.379
 D29  C6   C7   single    1.499  0.020  1.499
 D29  C6   C5   aromatic  1.383  0.020  1.383
 D29  C7   F4   single    1.339  0.020  1.339
 D29  C11  C10  single    1.492  0.020  1.492
 D29  C11  C12  single    1.524  0.020  1.524
 D29  C10  C9   double    1.329  0.020  1.329
 D29  C4   C5   aromatic  1.388  0.020  1.388
 D29  C4   S1   single    1.801  0.020  1.801
 D29  C12  N    single    1.444  0.020  1.444
 D29  C9   S1   single    1.769  0.020  1.769
 D29  N    C13  double    1.257  0.020  1.257
 D29  C13  S2   single    1.767  0.020  1.767
 D29  C1   H1   single    0.930  0.020  1.080
 D29  C5   H2   single    0.930  0.020  1.080
 D29  C3   H3   single    0.930  0.020  1.080
 D29  C9   H5   single    0.930  0.020  1.080
 D29  C10  H6   single    0.930  0.020  1.080
 D29  C11  H7   single    0.970  0.020  1.090
 D29  C11  H8   single    0.970  0.020  1.090
 D29  C12  H9   single    0.970  0.020  1.090
 D29  C12  H10  single    0.970  0.020  1.090
 D29  C13  H11  single    0.930  0.020  1.080
 D29  S2   H12  single    1.200  0.020  1.300

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D29  C6   C7   F5   111.40  3.000
 D29  C6   C7   F4   111.43  3.000
 D29  F5   C7   F4   106.67  3.000
 D29  F4   C7   F6   107.32  3.000
 D29  C6   C7   F6   112.51  3.000
 D29  F5   C7   F6   107.20  3.000
 D29  C5   C6   C1   120.65  3.000
 D29  C5   C6   C7   121.13  3.000
 D29  C1   C6   C7   118.22  3.000
 D29  H1   C1   C2   120.58  3.000
 D29  H1   C1   C6   119.97  3.000
 D29  C2   C1   C6   119.45  3.000
 D29  H2   C5   C4   120.22  3.000
 D29  H2   C5   C6   121.04  3.000
 D29  C4   C5   C6   118.73  3.000
 D29  S1   C4   C3   119.11  3.000
 D29  S1   C4   C5   119.03  3.000
 D29  C3   C4   C5   121.79  3.000
 D29  H3   C3   C2   121.32  3.000
 D29  H3   C3   C4   120.05  3.000
 D29  C2   C3   C4   118.63  3.000
 D29  C8   C2   C3   118.70  3.000
 D29  C3   C2   C1   120.74  3.000
 D29  C8   C2   C1   120.53  3.000
 D29  F1   C8   F2   107.36  3.000
 D29  F2   C8   F3   106.76  3.000
 D29  F1   C8   F3   107.06  3.000
 D29  F2   C8   C2   111.61  3.000
 D29  F3   C8   C2   111.24  3.000
 D29  F1   C8   C2   112.49  3.000
 D29  C9   S1   O    107.92  3.000
 D29  C9   S1   C4    96.64  3.000
 D29  O    S1   C4   106.08  3.000
 D29  H5   C9   C10  124.58  3.000
 D29  H5   C9   S1   116.66  3.000
 D29  C10  C9   S1   118.76  3.000
 D29  H6   C10  C11  116.19  3.000
 D29  H6   C10  C9   119.73  3.000
 D29  C11  C10  C9   124.08  3.000
 D29  H8   C11  H7   107.75  3.000
 D29  H8   C11  C12  110.03  3.000
 D29  H7   C11  C12  108.90  3.000
 D29  H8   C11  C10  110.84  3.000
 D29  H7   C11  C10  107.73  3.000
 D29  C12  C11  C10  111.47  3.000
 D29  H10  C12  H9   106.18  3.000
 D29  H10  C12  N    110.32  3.000
 D29  H9   C12  N    110.68  3.000
 D29  H10  C12  C11  109.67  3.000
 D29  H9   C12  C11  109.41  3.000
 D29  N    C12  C11  110.49  3.000
 D29  C13  N    C12  119.31  3.000
 D29  H11  C13  S2   114.93  3.000
 D29  H11  C13  N    119.91  3.000
 D29  S2   C13  N    125.16  3.000
 D29  H12  S2   C13   96.27  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D29  CONST_01  C3   C2   C1   C6      0.00   0.0  0
 D29  CONST_02  C3   C4   C5   C6      0.00   0.0  0
 D29  CONST_03  C4   C3   C2   C1      0.00   0.0  0
 D29  CONST_04  C4   C5   C6   C1      0.00   0.0  0
 D29  CONST_05  C2   C1   C6   C5      0.00   0.0  0
 D29  CONST_06  C2   C3   C4   C5      0.00   0.0  0
 D29  CONST_07  C2   C1   C6   C7    180.00   0.0  0
 D29  CONST_08  C4   C5   C6   C7    180.00   0.0  0
 D29  CONST_09  C8   C2   C1   C6    180.00   0.0  0
 D29  CONST_10  S1   C4   C5   C6    180.00   0.0  0
 D29  CONST_11  C8   C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 D29  CONST_12  S1   C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 D29  CONST_13  H3   C3   C2   C1    180.00   0.0  0
 D29  CONST_14  H2   C5   C6   C1    180.00   0.0  0
 D29  CONST_15  H1   C1   C6   C5    180.00   0.0  0
 D29  Var_01    C1   C6   C7   F6    175.42  30.0  3
 D29  Var_02    F1   C8   C2   C1    -20.73  30.0  3
 D29  Var_03    O    S1   C4   C5   -178.05  30.0  2
 D29  Var_04    C10  C9   S1   C4   -116.65  30.0  2
 D29  Var_05    C11  C10  C9   S1    179.19   0.0  2
 D29  Var_06    S2   C13  N    C12     0.10   0.0  2
 D29  Var_07    C12  C11  C10  C9    120.09  30.0  2
 D29  Var_08    N    C12  C11  C10   176.25  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 D29  plan-1  C7   0.020
 D29  plan-1  C6   0.020
 D29  plan-1  C1   0.020
 D29  plan-1  C5   0.020
 D29  plan-1  C4   0.020
 D29  plan-1  C3   0.020
 D29  plan-1  C2   0.020
 D29  plan-1  C8   0.020
 D29  plan-1  S1   0.020
 D29  plan-1  H1   0.020
 D29  plan-1  H2   0.020
 D29  plan-1  H3   0.020
 D29  plan-2  C4   0.020
 D29  plan-2  S1   0.020
 D29  plan-2  O    0.020
 D29  plan-2  C9   0.020
 D29  plan-3  S1   0.020
 D29  plan-3  C9   0.020
 D29  plan-3  C10  0.020
 D29  plan-3  C11  0.020
 D29  plan-3  H5   0.020
 D29  plan-3  H6   0.020
 D29  plan-4  C12  0.020
 D29  plan-4  N    0.020
 D29  plan-4  C13  0.020
 D29  plan-4  S2   0.020
 D29  plan-4  H11  0.020

