# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 23 01:39:06 2020
#   Inital geometry file: a 157 line input string
#   Ligand name: (R,S)-(furan-2,5-diyldibenzene-4,1-diyl)bis(N-cyclopenta-2,4-dien-1-ylmethanediamine)
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@H](NC1C=CC=C1)c2ccc(cc2)c3oc(cc3)c4ccc(cc4)[C@@H](N)NC5C=CC=C5
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D24  D24  (R,S)-(furan-2,5-diyldibenzene-4,1-diyl)bis(N-cyclopenta-2,4-dien-1-ylmethanediamine)  ligand  61  33  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_D24
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D24  C7    C  CH1   0  -0.009  -0.6016   0.5414    6.5136
 D24  N2    N  NH1   0  -0.598   0.5917  -0.1884    6.8896
 D24  N1    N  NH2   0  -0.738  -0.3674   1.9576    6.7217
 D24  C8    C  CR15  0  -0.120   0.9189  -0.1336    8.3083
 D24  C9    C  CR15  0  -0.252   1.7020  -1.3308    8.7743
 D24  C10   C  CR15  0  -0.230   2.7987  -0.9254    9.4253
 D24  C11   C  CR15  0  -0.248   2.8573   0.5413    9.4027
 D24  C12   C  CR15  0  -0.234   1.7972   1.0136    8.7354
 D24  C1    C  CR6   0  -0.007  -1.6859  -0.3501    2.4176
 D24  C2    C  CR16  0  -0.285  -0.3881   0.0612    2.7415
 D24  C3    C  CR16  0  -0.275  -0.0400   0.3237    4.0547
 D24  C4    C  CR6   0   0.094  -0.9673   0.1872    5.0859
 D24  C5    C  CR16  0  -0.273  -2.2529  -0.2339    4.7638
 D24  C6    C  CR16  0  -0.285  -2.6116  -0.4976    3.4523
 D24  CA    C  CR5   0   0.414  -2.0835  -0.6098    1.0464
 D24  O1    O  O     0  -0.454  -1.1958  -0.3267    0.0689
 D24  CB    C  CR15  0  -0.340  -3.2293  -1.0899    0.4836
 D24  CB'   C  CR15  0  -0.342  -3.0198  -1.0924   -0.9188
 D24  CA'   C  CR5   0   0.425  -1.7589  -0.6146   -1.1242
 D24  C1'   C  CR6   0   0.009  -0.9723  -0.3750   -2.3198
 D24  C2'   C  CR16  0  -0.258   0.3756  -0.0155   -2.2564
 D24  C3'   C  CR16  0  -0.252   1.1044   0.2060   -3.4144
 D24  C4'   C  CR6   0   0.029   0.5223   0.0806   -4.6732
 D24  C5'   C  CR16  0  -0.252  -0.8254  -0.2746   -4.7329
 D24  C6'   C  CR16  0  -0.284  -1.5589  -0.4990   -3.5815
 D24  C7'   C  CH1   0   0.018   1.3167   0.3776   -5.9342
 D24  N2'   N  NH1   0  -0.574   0.7192  -0.3313   -7.0551
 D24  N1'   N  NH2   0  -0.751   2.7307   0.1769   -5.6928
 D24  C8'   C  CR15  0  -0.150   1.2754  -0.0072   -8.3578
 D24  C9'   C  CR15  0  -0.228   0.7037  -0.8633   -9.4524
 D24  CAX   C  CR15  0  -0.206   0.2176  -0.0833  -10.4254
 D24  CBX   C  CR15  0  -0.217   0.3831   1.3225  -10.0407
 D24  CCX   C  CR15  0  -0.207   0.9644   1.3859   -8.8360
 D24  H7    H  HCH1  0   0.214  -1.4591   0.2770    7.1545
 D24  HN2   H  HNH1  0   0.347   0.4733  -1.1551    6.6163
 D24  H11A  H  HNH2  0   0.329   0.3634   2.2776    6.0955
 D24  H12A  H  HNH2  0   0.339  -1.2022   2.4780    6.4815
 D24  H8    H  HCR5  0   0.236   0.0028  -0.0868    8.9296
 D24  H9    H  HCR5  0   0.239   1.3752  -2.3501    8.6191
 D24  H10   H  HCR5  0   0.241   3.5304  -1.5607    9.9052
 D24  H11   H  HCR5  0   0.238   3.6420   1.1274    9.8613
 D24  H12   H  HCR5  0   0.249   1.5480   2.0460    8.5467
 D24  H3    H  HCR6  0   0.234   0.9723   0.6387    4.2777
 D24  H5    H  HCR6  0   0.227  -2.9922  -0.3500    5.5478
 D24  H6    H  HCR6  0   0.220  -3.6249  -0.8115    3.2355
 D24  HB    H  HCR5  0   0.227  -4.1177  -1.4131    1.0015
 D24  HB'   H  HCR5  0   0.229  -3.7187  -1.4146   -1.6736
 D24  H2'   H  HCR6  0   0.221   0.8731   0.0929   -1.3015
 D24  H3'   H  HCR6  0   0.246   2.1478   0.4783   -3.3356
 D24  H5'   H  HCR6  0   0.250  -1.3099  -0.3780   -5.6940
 D24  H6'   H  HCR6  0   0.211  -2.6048  -0.7643   -3.6730
 D24  H7'   H  HCH1  0   0.251   1.1938   1.4459   -6.1453
 D24  HN2'  H  HNH1  0   0.321   0.7955  -1.3312   -6.8995
 D24  H1'1  H  HNH2  0   0.318   2.9384  -0.8086   -5.5793
 D24  H1'2  H  HNH2  0   0.337   3.2810   0.5114   -6.4728
 D24  H8'   H  HCR5  0   0.205   2.3764  -0.1282   -8.3981
 D24  H9'   H  HCR5  0   0.227   0.7268  -1.9442   -9.4326
 D24  H10'  H  HCR5  0   0.227  -0.2269  -0.4168  -11.3528
 D24  H11'  H  HCR5  0   0.225   0.0826   2.1636  -10.6506
 D24  H12'  H  HCR5  0   0.231   1.2241   2.2861   -8.2971
 D24  H2    H  HCR6  0   0.242   0.3596   0.1783    1.9683

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D24  C7   N2    single    1.448  0.020  1.448
 D24  C7   N1    single    1.450  0.020  1.450
 D24  C7   C4    single    1.516  0.020  1.516
 D24  C7   H7    single    0.970  0.020  1.090
 D24  N2   C8    single    1.457  0.020  1.457
 D24  N2   HN2   single    0.890  0.020  1.040
 D24  N1   H11A  single    0.890  0.020  1.040
 D24  N1   H12A  single    0.890  0.020  1.040
 D24  C8   C9    single    1.505  0.020  1.505
 D24  C8   C12   single    1.507  0.020  1.507
 D24  C8   H8    single    0.970  0.020  1.090
 D24  C9   C10   double    1.338  0.020  1.338
 D24  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 D24  C10  C11   single    1.468  0.020  1.468
 D24  C10  H10   single    0.930  0.020  1.080
 D24  C11  C12   double    1.339  0.020  1.339
 D24  C11  H11   single    0.930  0.020  1.080
 D24  C12  H12   single    0.930  0.020  1.080
 D24  C1   C2    aromatic  1.399  0.020  1.399
 D24  C1   C6    aromatic  1.396  0.020  1.396
 D24  C1   CA    single    1.451  0.020  1.451
 D24  C2   C3    aromatic  1.384  0.020  1.384
 D24  C2   H2    single    0.930  0.020  1.080
 D24  C3   C4    aromatic  1.394  0.020  1.394
 D24  C3   H3    single    0.930  0.020  1.080
 D24  C4   C5    aromatic  1.391  0.020  1.391
 D24  C5   C6    aromatic  1.385  0.020  1.385
 D24  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 D24  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 D24  CA   O1    aromatic  1.350  0.020  1.350
 D24  CA   CB    aromatic  1.364  0.020  1.364
 D24  O1   CA'   aromatic  1.350  0.020  1.350
 D24  CB   CB'   aromatic  1.418  0.020  1.418
 D24  CB   HB    single    0.930  0.020  1.080
 D24  CB'  CA'   aromatic  1.364  0.020  1.364
 D24  CB'  HB'   single    0.930  0.020  1.080
 D24  CA'  C1'   single    1.451  0.020  1.451
 D24  C1'  C2'   aromatic  1.396  0.020  1.396
 D24  C1'  C6'   aromatic  1.397  0.020  1.397
 D24  C2'  C3'   aromatic  1.386  0.020  1.386
 D24  C2'  H2'   single    0.930  0.020  1.080
 D24  C3'  C4'   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D24  C3'  H3'   single    0.930  0.020  1.080
 D24  C4'  C5'   aromatic  1.395  0.020  1.395
 D24  C4'  C7'   single    1.520  0.020  1.520
 D24  C5'  C6'   aromatic  1.383  0.020  1.383
 D24  C5'  H5'   single    0.930  0.020  1.080
 D24  C6'  H6'   single    0.930  0.020  1.080
 D24  C7'  N2'   single    1.455  0.020  1.455
 D24  C7'  N1'   single    1.449  0.020  1.449
 D24  C7'  H7'   single    0.970  0.020  1.090
 D24  N2'  C8'   single    1.453  0.020  1.453
 D24  N2'  HN2'  single    0.890  0.020  1.040
 D24  N1'  H1'1  single    0.890  0.020  1.040
 D24  N1'  H1'2  single    0.890  0.020  1.040
 D24  C8'  C9'   single    1.503  0.020  1.503
 D24  C8'  CCX   single    1.505  0.020  1.505
 D24  C8'  H8'   single    0.970  0.020  1.090
 D24  C9'  CAX   double    1.338  0.020  1.338
 D24  C9'  H9'   single    0.930  0.020  1.080
 D24  CAX  CBX   single    1.467  0.020  1.467
 D24  CAX  H10'  single    0.930  0.020  1.080
 D24  CBX  CCX   double    1.339  0.020  1.339
 D24  CBX  H11'  single    0.930  0.020  1.080
 D24  CCX  H12'  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D24  H7    C7   C4    107.68  3.000
 D24  H7    C7   N1    106.04  3.000
 D24  C4    C7   N1    113.72  3.000
 D24  H7    C7   N2    111.65  3.000
 D24  C4    C7   N2    109.00  3.000
 D24  N1    C7   N2    108.76  3.000
 D24  HN2   N2   C8    108.98  3.000
 D24  HN2   N2   C7    108.36  3.000
 D24  C8    N2   C7    114.76  3.000
 D24  H12A  N1   H11A  106.59  3.000
 D24  H12A  N1   C7    109.55  3.000
 D24  H11A  N1   C7    109.62  3.000
 D24  H8    C8   C12   106.91  3.000
 D24  H8    C8   C9    106.87  3.000
 D24  C12   C8   C9    102.40  3.000
 D24  H8    C8   N2    111.22  3.000
 D24  C12   C8   N2    115.82  3.000
 D24  C9    C8   N2    112.87  3.000
 D24  H9    C9   C10   127.07  3.000
 D24  H9    C9   C8    123.24  3.000
 D24  C10   C9   C8    109.64  3.000
 D24  H10   C10  C11   124.53  3.000
 D24  H10   C10  C9    126.33  3.000
 D24  C11   C10  C9    109.14  3.000
 D24  H11   C11  C12   126.49  3.000
 D24  H11   C11  C10   124.32  3.000
 D24  C12   C11  C10   109.18  3.000
 D24  H12   C12  C11   127.43  3.000
 D24  H12   C12  C8    122.99  3.000
 D24  C11   C12  C8    109.53  3.000
 D24  CA    C1   C6    119.97  3.000
 D24  CA    C1   C2    121.70  3.000
 D24  C6    C1   C2    118.33  3.000
 D24  H2    C2   C3    118.94  3.000
 D24  H2    C2   C1    120.49  3.000
 D24  C3    C2   C1    120.58  3.000
 D24  H3    C3   C4    119.86  3.000
 D24  H3    C3   C2    119.05  3.000
 D24  C4    C3   C2    121.09  3.000
 D24  C5    C4   C3    118.26  3.000
 D24  C5    C4   C7    120.80  3.000
 D24  C3    C4   C7    120.90  3.000
 D24  H5    C5   C6    119.20  3.000
 D24  H5    C5   C4    119.70  3.000
 D24  C6    C5   C4    121.09  3.000
 D24  H6    C6   C5    119.15  3.000
 D24  H6    C6   C1    120.19  3.000
 D24  C5    C6   C1    120.65  3.000
 D24  CB    CA   O1    109.10  3.000
 D24  CB    CA   C1    133.09  3.000
 D24  O1    CA   C1    117.80  3.000
 D24  CA'   O1   CA    108.71  3.000
 D24  HB    CB   CB'   126.62  3.000
 D24  HB    CB   CA    126.84  3.000
 D24  CB'   CB   CA    106.54  3.000
 D24  HB'   CB'  CA'   126.77  3.000
 D24  HB'   CB'  CB    126.67  3.000
 D24  CA'   CB'  CB    106.56  3.000
 D24  C1'   CA'  CB'   133.09  3.000
 D24  C1'   CA'  O1    117.82  3.000
 D24  CB'   CA'  O1    109.09  3.000
 D24  C6'   C1'  C2'   117.98  3.000
 D24  C6'   C1'  CA'   120.12  3.000
 D24  C2'   C1'  CA'   121.90  3.000
 D24  H2'   C2'  C3'   118.65  3.000
 D24  H2'   C2'  C1'   120.63  3.000
 D24  C3'   C2'  C1'   120.72  3.000
 D24  H3'   C3'  C4'   119.46  3.000
 D24  H3'   C3'  C2'   119.13  3.000
 D24  C4'   C3'  C2'   121.40  3.000
 D24  C7'   C4'  C5'   121.28  3.000
 D24  C7'   C4'  C3'   120.93  3.000
 D24  C5'   C4'  C3'   117.74  3.000
 D24  H5'   C5'  C6'   119.12  3.000
 D24  H5'   C5'  C4'   119.69  3.000
 D24  C6'   C5'  C4'   121.19  3.000
 D24  H6'   C6'  C5'   118.78  3.000
 D24  H6'   C6'  C1'   120.24  3.000
 D24  C5'   C6'  C1'   120.97  3.000
 D24  H7'   C7'  N1'   106.06  3.000
 D24  H7'   C7'  N2'   106.29  3.000
 D24  N1'   C7'  N2'   117.50  3.000
 D24  H7'   C7'  C4'   106.97  3.000
 D24  N1'   C7'  C4'   110.18  3.000
 D24  N2'   C7'  C4'   109.24  3.000
 D24  HN2'  N2'  C8'   109.17  3.000
 D24  HN2'  N2'  C7'   109.34  3.000
 D24  C8'   N2'  C7'   115.15  3.000
 D24  H1'2  N1'  H1'1  107.25  3.000
 D24  H1'2  N1'  C7'   110.90  3.000
 D24  H1'1  N1'  C7'   110.70  3.000
 D24  H8'   C8'  CCX   107.14  3.000
 D24  H8'   C8'  C9'   106.81  3.000
 D24  CCX   C8'  C9'   102.55  3.000
 D24  H8'   C8'  N2'   112.86  3.000
 D24  CCX   C8'  N2'   114.34  3.000
 D24  C9'   C8'  N2'   112.36  3.000
 D24  H9'   C9'  CAX   127.13  3.000
 D24  H9'   C9'  C8'   123.24  3.000
 D24  CAX   C9'  C8'   109.62  3.000
 D24  H10'  CAX  CBX   124.54  3.000
 D24  H10'  CAX  C9'   126.38  3.000
 D24  CBX   CAX  C9'   109.08  3.000
 D24  H11'  CBX  CCX   126.23  3.000
 D24  H11'  CBX  CAX   124.48  3.000
 D24  CCX   CBX  CAX   109.29  3.000
 D24  H12'  CCX  CBX   126.32  3.000
 D24  H12'  CCX  C8'   124.25  3.000
 D24  CBX   CCX  C8'   109.37  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D24  CONST_01  C4   C3   C2   C1     0.00   0.0  0
 D24  CONST_02  C4   C5   C6   C1     0.00   0.0  0
 D24  CONST_03  CA'  O1   CA   C1   180.00   0.0  0
 D24  CONST_04  CB'  CB   CA   C1   180.00   0.0  0
 D24  CONST_05  C5   C6   C1   C2     0.00   0.0  0
 D24  CONST_06  O1   CA   C1   C2     0.00   0.0  0
 D24  CONST_07  CB   CA   C1   C2   180.00   0.0  0
 D24  CONST_08  C5   C4   C3   C2     0.00   0.0  0
 D24  CONST_09  C6   C1   C2   C3     0.00   0.0  0
 D24  CONST_10  CA   C1   C2   C3   180.00   0.0  0
 D24  CONST_11  C6   C5   C4   C3     0.00   0.0  0
 D24  CONST_12  CA   C1   C6   C5   180.00   0.0  0
 D24  CONST_13  O1   CA   C1   C6   180.00   0.0  0
 D24  CONST_14  CB   CA   C1   C6     0.00   0.0  0
 D24  CONST_15  CB'  CA'  O1   CA     0.00   0.0  0
 D24  CONST_16  C1'  CA'  O1   CA   180.00   0.0  0
 D24  CONST_17  CA'  CB'  CB   CA     0.00   0.0  0
 D24  CONST_18  CB'  CB   CA   O1     0.00   0.0  0
 D24  CONST_19  CB   CB'  CA'  O1     0.00   0.0  0
 D24  CONST_20  C2'  C1'  CA'  O1     0.00   0.0  0
 D24  CONST_21  C6'  C1'  CA'  O1   180.00   0.0  0
 D24  CONST_22  CA'  O1   CA   CB     0.00   0.0  0
 D24  CONST_23  C1'  CA'  CB'  CB   180.00   0.0  0
 D24  CONST_24  C2'  C1'  CA'  CB'  180.00   0.0  0
 D24  CONST_25  C6'  C1'  CA'  CB'    0.00   0.0  0
 D24  CONST_26  C3'  C2'  C1'  CA'  180.00   0.0  0
 D24  CONST_27  C5'  C6'  C1'  CA'  180.00   0.0  0
 D24  CONST_28  C4'  C3'  C2'  C1'    0.00   0.0  0
 D24  CONST_29  C4'  C5'  C6'  C1'    0.00   0.0  0
 D24  CONST_30  C5'  C6'  C1'  C2'    0.00   0.0  0
 D24  CONST_31  C5'  C4'  C3'  C2'    0.00   0.0  0
 D24  CONST_32  C6'  C1'  C2'  C3'    0.00   0.0  0
 D24  CONST_33  C6'  C5'  C4'  C3'    0.00   0.0  0
 D24  CONST_34  C2   C3   C4   C7   180.00   0.0  0
 D24  CONST_35  C6   C5   C4   C7   180.00   0.0  0
 D24  CONST_36  C7'  C4'  C3'  C2'  180.00   0.0  0
 D24  CONST_37  C7'  C4'  C5'  C6'  180.00   0.0  0
 D24  CONST_38  H3   C3   C2   C1   180.00   0.0  0
 D24  CONST_39  H5   C5   C6   C1   180.00   0.0  0
 D24  CONST_40  HB   CB   CA   C1     0.00   0.0  0
 D24  CONST_41  H6   C6   C1   C2   180.00   0.0  0
 D24  CONST_42  H2   C2   C3   C4   180.00   0.0  0
 D24  CONST_43  HB'  CB'  CB   CA   180.00   0.0  0
 D24  CONST_44  H2'  C2'  C1'  CA'    0.00   0.0  0
 D24  CONST_45  H6'  C6'  C1'  CA'    0.00   0.0  0
 D24  CONST_46  H3'  C3'  C2'  C1'  180.00   0.0  0
 D24  CONST_47  H5'  C5'  C6'  C1'  180.00   0.0  0
 D24  Var_01    C11  C10  C9   C8    -2.00  30.0  1
 D24  Var_02    C10  C11  C12  C8     2.21  30.0  1
 D24  Var_03    C12  C11  C10  C9    -0.14  30.0  1
 D24  Var_04    CBX  CAX  C9'  C8'   -1.88  30.0  1
 D24  Var_05    CAX  CBX  CCX  C8'    2.17  30.0  1
 D24  Var_06    CCX  CBX  CAX  C9'   -0.19  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 D24  chir_01  C7   N2   N1   C4   negativ
 D24  chir_02  C8   N2   C9   C12  negativ
 D24  chir_03  C7'  C4'  N2'  N1'  positiv
 D24  chir_04  C8'  N2'  C9'  CCX  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 D24  plan-1  C1   0.020
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 D24  plan-1  CB   0.020
 D24  plan-1  CB'  0.020
 D24  plan-1  CA'  0.020
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 D24  plan-1  HB   0.020
 D24  plan-1  HB'  0.020
 D24  plan-2  C7   0.020
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 D24  plan-2  C2   0.020
 D24  plan-2  C3   0.020
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 D24  plan-2  CA   0.020
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 D24  plan-2  H2   0.020
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 D24  plan-3  H6'  0.020

