# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 15:15:36 2020
#   Inital geometry file: a 111 line input string
#   Ligand name: N-octyloctan-1-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCNCCCCCCCC
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D22  D22  'N-octyloctan-1-amine     '  ligand  52  17  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_D22
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D22  C2    C  CH2   0  -0.419    8.8435  -0.3655   0.0389
 D22  C3    C  CH2   0  -0.406    7.5473   0.4351   0.0042
 D22  C4    C  CH2   0  -0.412    6.2970  -0.4355   0.0225
 D22  C5    C  CH2   0  -0.411    5.0045   0.3700  -0.0162
 D22  C6    C  CH2   0  -0.416    3.7526  -0.4984   0.0023
 D22  C7    C  CH2   0  -0.441    2.4638   0.3127  -0.0370
 D22  C8    C  CH2   0  -0.247    1.2183  -0.5596  -0.0183
 D22  C10   C  CH2   0  -0.247   -1.2027  -0.5608  -0.0294
 D22  C17   C  CH3   0  -0.662  -10.0665   0.5162  -0.0018
 D22  C16   C  CH2   0  -0.419   -8.8278  -0.3692   0.0155
 D22  C15   C  CH2   0  -0.406   -7.5318   0.4320  -0.0102
 D22  C14   C  CH2   0  -0.412   -6.2810  -0.4381   0.0040
 D22  C13   C  CH2   0  -0.411   -4.9891   0.3690  -0.0240
 D22  C12   C  CH2   0  -0.416   -3.7370  -0.4993  -0.0118
 D22  C11   C  CH2   0  -0.442   -2.4480   0.3122  -0.0370
 D22  N9    N  NH1   0  -0.602    0.0080   0.2382  -0.0671
 D22  C1    C  CH3   0  -0.663   10.0821   0.5198   0.0172
 D22  H2    H  HCH2  0   0.210    8.8561  -0.9942   0.9348
 D22  H2A   H  HCH2  0   0.210    8.8677  -1.0520  -0.8133
 D22  H3    H  HCH2  0   0.206    7.5236   1.1217   0.8583
 D22  H3A   H  HCH2  0   0.206    7.5365   1.0675  -0.8912
 D22  H4    H  HCH2  0   0.207    6.3217  -1.1241  -0.8295
 D22  H4A   H  HCH2  0   0.206    6.3061  -1.0647   0.9200
 D22  H5    H  HCH2  0   0.207    4.9801   1.0582   0.8364
 D22  H5A   H  HCH2  0   0.207    4.9961   0.9996  -0.9131
 D22  H6    H  HCH2  0   0.209    3.7765  -1.1861  -0.8504
 D22  H6A   H  HCH2  0   0.209    3.7614  -1.1276   0.8994
 D22  H7    H  HCH2  0   0.212    2.4405   0.9957   0.8200
 D22  H7A   H  HCH2  0   0.214    2.4486   0.9406  -0.9336
 D22  H8    H  HCH2  0   0.210    1.2282  -1.2205  -0.8919
 D22  H8A   H  HCH2  0   0.181    1.2518  -1.2218   0.8634
 D22  H10   H  HCH2  0   0.181   -1.2365  -1.2343   0.8437
 D22  H10A  H  HCH2  0   0.210   -1.2126  -1.2099  -0.9118
 D22  H17   H  HCH3  0   0.225  -10.9846  -0.0726   0.0144
 D22  H17A  H  HCH3  0   0.216  -10.0853   1.1824   0.8627
 D22  H17B  H  HCH3  0   0.215  -10.0905   1.1396  -0.8978
 D22  H16   H  HCH2  0   0.210   -8.8426  -1.0054   0.9060
 D22  H16A  H  HCH2  0   0.210   -8.8500  -1.0490  -0.8421
 D22  H15   H  HCH2  0   0.206   -7.5190   1.0705  -0.9010
 D22  H15A  H  HCH2  0   0.206   -7.5104   1.1126   0.8487
 D22  H14   H  HCH2  0   0.206   -6.2923  -1.0756   0.8953
 D22  H14A  H  HCH2  0   0.206   -6.3026  -1.1182  -0.8549
 D22  H13   H  HCH2  0   0.207   -4.9786   1.0065  -0.9153
 D22  H13A  H  HCH2  0   0.207   -4.9671   1.0494   0.8347
 D22  H12   H  HCH2  0   0.209   -3.7488  -1.1396   0.8774
 D22  H12A  H  HCH2  0   0.209   -3.7579  -1.1761  -0.8733
 D22  H11   H  HCH2  0   0.211   -2.4254   0.9830   0.8300
 D22  H11A  H  HCH2  0   0.214   -2.4315   0.9529  -0.9244
 D22  HN9   H  HNH1  0   0.332    0.0040   0.8679   0.7280
 D22  H1    H  HCH3  0   0.225   11.0001  -0.0685   0.0429
 D22  H1A   H  HCH3  0   0.216   10.1093   1.1348  -0.8845
 D22  H1B   H  HCH3  0   0.215   10.0979   1.1943   0.8754

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D22  C2   C3    single  1.524  0.020  1.524
 D22  C2   C1    single  1.523  0.020  1.523
 D22  C3   C4    single  1.524  0.020  1.524
 D22  C4   C5    single  1.523  0.020  1.523
 D22  C5   C6    single  1.524  0.020  1.524
 D22  C6   C7    single  1.523  0.020  1.523
 D22  C7   C8    single  1.521  0.020  1.521
 D22  C8   N9    single  1.450  0.020  1.450
 D22  C10  C11   single  1.521  0.020  1.521
 D22  C10  N9    single  1.451  0.020  1.451
 D22  C17  C16   single  1.523  0.020  1.523
 D22  C16  C15   single  1.524  0.020  1.524
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 D22  C13  C12   single  1.524  0.020  1.524
 D22  C12  C11   single  1.523  0.020  1.523
 D22  C2   H2    single  0.970  0.020  1.090
 D22  C2   H2A   single  0.970  0.020  1.090
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 D22  C3   H3A   single  0.970  0.020  1.090
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 D22  C11  H11A  single  0.970  0.020  1.090
 D22  N9   HN9   single  0.890  0.020  1.040
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 D22  C1   H1A   single  0.970  0.020  1.090
 D22  C1   H1B   single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D22  H2A   C2   H2    106.07  3.000
 D22  H2A   C2   C1    109.61  3.000
 D22  H2    C2   C1    109.65  3.000
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 D22  C1    C2   C3    112.71  3.000
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 D22  H3A   C3   C2    109.27  3.000
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 D22  C4    C3   C2    113.42  3.000
 D22  H4A   C4   H4    106.01  3.000
 D22  H4A   C4   C5    109.35  3.000
 D22  H4    C4   C5    109.37  3.000
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 D22  H4    C4   C3    109.34  3.000
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 D22  H5A   C5   H5    106.00  3.000
 D22  H5A   C5   C6    109.33  3.000
 D22  H5    C5   C6    109.28  3.000
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 D22  H5    C5   C4    109.34  3.000
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 D22  H6A   C6   H6    106.06  3.000
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 D22  C7    C6   C5    113.04  3.000
 D22  H7A   C7   H7    106.42  3.000
 D22  H7A   C7   C8    109.12  3.000
 D22  H7    C7   C8    109.29  3.000
 D22  H7A   C7   C6    109.77  3.000
 D22  H7    C7   C6    109.25  3.000
 D22  C8    C7   C6    112.78  3.000
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 D22  H8A   C8   N9    112.48  3.000
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 D22  H8    C8   C7    109.20  3.000
 D22  N9    C8   C7    111.56  3.000
 D22  H10A  C10  H10   105.99  3.000
 D22  H10A  C10  N9    108.23  3.000
 D22  H10   C10  N9    112.47  3.000
 D22  H10A  C10  C11   109.19  3.000
 D22  H10   C10  C11   109.23  3.000
 D22  N9    C10  C11   111.53  3.000
 D22  H17B  C17  H17A  107.52  3.000
 D22  H17B  C17  H17   107.57  3.000
 D22  H17A  C17  H17   107.65  3.000
 D22  H17B  C17  C16   111.05  3.000
 D22  H17A  C17  C16   111.09  3.000
 D22  H17   C17  C16   111.76  3.000
 D22  H16A  C16  H16   106.03  3.000
 D22  H16A  C16  C15   109.30  3.000
 D22  H16   C16  C15   109.31  3.000
 D22  H16A  C16  C17   109.62  3.000
 D22  H16   C16  C17   109.65  3.000
 D22  C15   C16  C17   112.70  3.000
 D22  H15A  C15  H15   105.95  3.000
 D22  H15A  C15  C14   109.35  3.000
 D22  H15   C15  C14   109.31  3.000
 D22  H15A  C15  C16   109.26  3.000
 D22  H15   C15  C16   109.26  3.000
 D22  C14   C15  C16   113.44  3.000
 D22  H14A  C14  H14   106.03  3.000
 D22  H14A  C14  C13   109.34  3.000
 D22  H14   C14  C13   109.38  3.000
 D22  H14A  C14  C15   109.33  3.000
 D22  H14   C14  C15   109.35  3.000
 D22  C13   C14  C15   113.17  3.000
 D22  H13A  C13  H13   106.02  3.000
 D22  H13A  C13  C12   109.34  3.000
 D22  H13   C13  C12   109.28  3.000
 D22  H13A  C13  C14   109.36  3.000
 D22  H13   C13  C14   109.34  3.000
 D22  C12   C13  C14   113.25  3.000
 D22  H12A  C12  H12   106.08  3.000
 D22  H12A  C12  C11   109.40  3.000
 D22  H12   C12  C11   109.50  3.000
 D22  H12A  C12  C13   109.27  3.000
 D22  H12   C12  C13   109.30  3.000
 D22  C11   C12  C13   113.05  3.000
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 D22  H11A  C11  C12   109.75  3.000
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 D22  H11   C11  C10   109.29  3.000
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loop_
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