# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 17:55:13 2020
#   Inital geometry file: a 132 line input string
#   Ligand name: 6-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-yl)-~{N}-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-2-methoxy-pyridin-3-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1nc(ccc1Nc2ccc(CN(C)C)cc2)c3cccc4OCCOc34
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D1W  D1W  6-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-yl)-~{N}-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-2-methoxy-pyridin-3-amine  ligand  54  29  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_D1W
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D1W  C1   C  CR6   0   0.437   0.7565  -1.2305   0.7958
 D1W  N2   N  N     0  -0.448   1.9765  -0.7758   0.7652
 D1W  C3   C  CR6   0   0.199   2.1944   0.5447   0.7064
 D1W  C4   C  CR16  0  -0.340   1.1407   1.4384   0.7017
 D1W  C5   C  CR16  0  -0.226  -0.1646   0.9547   0.7562
 D1W  C6   C  CR6   0   0.207  -0.3992  -0.4090   0.7868
 D1W  C7   C  CR6   0  -0.074   3.5956   1.0131   0.6760
 D1W  C8   C  CR16  0  -0.312   4.0127   2.0117   1.5534
 D1W  C9   C  CR16  0  -0.257   5.3186   2.4771   1.5350
 D1W  C10  C  CR16  0  -0.369   6.2330   1.9351   0.6470
 D1W  C11  C  CR6   0   0.288   4.5144   0.4814  -0.2350
 D1W  C12  C  CR6   0   0.324   5.8376   0.9390  -0.2363
 D1W  O13  O  O2    0  -0.482   6.7633   0.4454  -1.0935
 D1W  C14  C  CH2   0  -0.226   6.3841  -0.7543  -1.7490
 D1W  C15  C  CH2   0  -0.226   4.9574  -0.6476  -2.2269
 D1W  O16  O  O2    0  -0.461   4.0895  -0.4447  -1.1236
 D1W  O17  O  O2    0  -0.480   0.5324  -2.5488   0.8601
 D1W  C18  C  CH3   0  -0.412   1.6589  -3.4117   0.8966
 D1W  N19  N  NH1   0  -0.787  -1.6412  -1.0092   0.8370
 D1W  C20  C  CR6   0   0.348  -2.8689  -0.4297   0.5511
 D1W  C21  C  CR16  0  -0.318  -3.0341   0.5497  -0.4288
 D1W  C22  C  CR16  0  -0.305  -4.2956   1.0640  -0.6954
 D1W  C23  C  CR6   0   0.079  -5.4249   0.6210  -0.0195
 D1W  C24  C  CR16  0  -0.273  -5.2557  -0.3766   0.9387
 D1W  C25  C  CR16  0  -0.337  -4.0044  -0.8883   1.2290
 D1W  C26  C  CH2   0  -0.332  -6.7888   1.1888  -0.3020
 D1W  N27  N  NT    0  -0.398  -7.7524   0.1660  -0.6627
 D1W  C28  C  CH3   0  -0.521  -9.0954   0.7026  -0.6914
 D1W  C29  C  CH3   0  -0.518  -7.4182  -0.4721  -1.9170
 D1W  H1   H  HCR6  0   0.263   1.3154   2.5048   0.6554
 D1W  H2   H  HCR6  0   0.285  -0.9871   1.6560   0.7714
 D1W  H3   H  HCR6  0   0.253   3.3058   2.4198   2.2644
 D1W  H4   H  HCR6  0   0.256   5.6303   3.2511   2.2234
 D1W  H5   H  HCR6  0   0.266   7.2603   2.2770   0.6271
 D1W  H6   H  HCH2  0   0.261   7.0629  -0.8912  -2.5897
 D1W  H7   H  HCH2  0   0.242   6.4952  -1.6069  -1.0704
 D1W  H8   H  HCH2  0   0.242   4.8551   0.1731  -2.9453
 D1W  H9   H  HCH2  0   0.259   4.6463  -1.5711  -2.7131
 D1W  H10  H  HCH3  0   0.231   2.2940  -3.2840   0.0194
 D1W  H11  H  HCH3  0   0.228   2.2643  -3.2485   1.7894
 D1W  H12  H  HCH3  0   0.246   1.2594  -4.4224   0.9121
 D1W  H13  H  HNH1  0   0.398  -1.6788  -1.8973   1.3121
 D1W  H14  H  HCR6  0   0.272  -2.1910   0.8981  -1.0102
 D1W  H15  H  HCR6  0   0.248  -4.3955   1.8213  -1.4643
 D1W  H16  H  HCR6  0   0.245  -6.1185  -0.7558   1.4730
 D1W  H17  H  HCR6  0   0.260  -3.8984  -1.6531   1.9897
 D1W  H18  H  HCH2  0   0.244  -7.1619   1.6927   0.5954
 D1W  H19  H  HCH2  0   0.206  -6.7050   1.9682  -1.0798
 D1W  H21  H  HCH3  0   0.191  -9.2360   1.4913  -1.4476
 D1W  H22  H  HCH3  0   0.233  -9.8096  -0.0933  -0.9080
 D1W  H23  H  HCH3  0   0.232  -9.3513   1.1253   0.2816
 D1W  H24  H  HCH3  0   0.237  -6.4369  -0.9435  -1.8575
 D1W  H25  H  HCH3  0   0.232  -8.1475  -1.2514  -2.1418
 D1W  H26  H  HCH3  0   0.189  -7.4018   0.2288  -2.7674

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D1W  C10  C9   aromatic  1.385  0.020  1.385
 D1W  C10  C12  aromatic  1.389  0.020  1.389
 D1W  O13  C12  single    1.355  0.020  1.355
 D1W  O13  C14  single    1.419  0.020  1.419
 D1W  C9   C8   aromatic  1.386  0.020  1.386
 D1W  C12  C11  aromatic  1.400  0.020  1.400
 D1W  C14  C15  single    1.508  0.020  1.508
 D1W  C8   C7   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D1W  C11  C7   aromatic  1.399  0.020  1.399
 D1W  C11  O16  single    1.352  0.020  1.352
 D1W  C7   C3   single    1.478  0.020  1.478
 D1W  O16  C15  single    1.418  0.020  1.418
 D1W  C4   C3   aromatic  1.382  0.020  1.382
 D1W  C4   C5   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D1W  C3   N2   aromatic  1.340  0.020  1.340
 D1W  C5   C6   aromatic  1.384  0.020  1.384
 D1W  N2   C1   aromatic  1.302  0.020  1.302
 D1W  C6   C1   aromatic  1.418  0.020  1.418
 D1W  C6   N19  single    1.380  0.020  1.380
 D1W  C22  C21  aromatic  1.388  0.020  1.388
 D1W  C22  C23  aromatic  1.389  0.020  1.389
 D1W  C1   O17  single    1.339  0.020  1.339
 D1W  C26  C23  single    1.504  0.020  1.504
 D1W  C26  N27  single    1.451  0.020  1.451
 D1W  C21  C20  aromatic  1.395  0.020  1.395
 D1W  C23  C24  aromatic  1.394  0.020  1.394
 D1W  C20  N19  single    1.387  0.020  1.387
 D1W  C20  C25  aromatic  1.400  0.020  1.400
 D1W  N27  C29  single    1.446  0.020  1.446
 D1W  N27  C28  single    1.447  0.020  1.447
 D1W  C24  C25  aromatic  1.383  0.020  1.383
 D1W  O17  C18  single    1.419  0.020  1.419
 D1W  C4   H1   single    0.930  0.020  1.080
 D1W  C5   H2   single    0.930  0.020  1.080
 D1W  C8   H3   single    0.930  0.020  1.080
 D1W  C9   H4   single    0.930  0.020  1.080
 D1W  C10  H5   single    0.930  0.020  1.080
 D1W  C14  H6   single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C14  H7   single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C15  H8   single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C15  H9   single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C18  H10  single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C18  H11  single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C18  H12  single    0.970  0.020  1.090
 D1W  N19  H13  single    0.860  0.020  1.020
 D1W  C21  H14  single    0.930  0.020  1.080
 D1W  C22  H15  single    0.930  0.020  1.080
 D1W  C24  H16  single    0.930  0.020  1.080
 D1W  C25  H17  single    0.930  0.020  1.080
 D1W  C26  H18  single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C26  H19  single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C28  H21  single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C28  H22  single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C28  H23  single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C29  H24  single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C29  H25  single    0.970  0.020  1.090
 D1W  C29  H26  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D1W  O17  C1   C6   115.75  3.000
 D1W  O17  C1   N2   120.11  3.000
 D1W  C6   C1   N2   124.13  3.000
 D1W  C3   N2   C1   119.84  3.000
 D1W  C7   C3   C4   121.20  3.000
 D1W  C4   C3   N2   120.91  3.000
 D1W  C7   C3   N2   117.87  3.000
 D1W  H1   C4   C5   119.69  3.000
 D1W  H1   C4   C3   120.98  3.000
 D1W  C5   C4   C3   119.33  3.000
 D1W  H2   C5   C6   120.66  3.000
 D1W  H2   C5   C4   119.22  3.000
 D1W  C6   C5   C4   120.12  3.000
 D1W  N19  C6   C5   125.57  3.000
 D1W  N19  C6   C1   118.77  3.000
 D1W  C5   C6   C1   115.65  3.000
 D1W  C11  C7   C8   119.07  3.000
 D1W  C11  C7   C3   121.05  3.000
 D1W  C8   C7   C3   119.87  3.000
 D1W  H3   C8   C9   119.82  3.000
 D1W  H3   C8   C7   119.23  3.000
 D1W  C9   C8   C7   120.95  3.000
 D1W  H4   C9   C10  119.85  3.000
 D1W  H4   C9   C8   120.21  3.000
 D1W  C10  C9   C8   119.93  3.000
 D1W  H5   C10  C12  119.00  3.000
 D1W  H5   C10  C9   120.97  3.000
 D1W  C12  C10  C9   120.03  3.000
 D1W  O16  C11  C12  121.35  3.000
 D1W  O16  C11  C7   118.81  3.000
 D1W  C12  C11  C7   119.81  3.000
 D1W  O13  C12  C11  121.82  3.000
 D1W  C11  C12  C10  120.19  3.000
 D1W  O13  C12  C10  117.99  3.000
 D1W  C14  O13  C12  114.70  3.000
 D1W  H7   C14  H6   108.49  3.000
 D1W  H7   C14  C15  110.32  3.000
 D1W  H6   C14  C15  110.73  3.000
 D1W  H7   C14  O13  110.17  3.000
 D1W  H6   C14  O13  107.24  3.000
 D1W  C15  C14  O13  109.84  3.000
 D1W  H9   C15  H8   108.41  3.000
 D1W  H9   C15  O16  107.09  3.000
 D1W  H8   C15  O16  110.23  3.000
 D1W  H9   C15  C14  110.59  3.000
 D1W  H8   C15  C14  110.43  3.000
 D1W  O16  C15  C14  110.03  3.000
 D1W  C15  O16  C11  114.64  3.000
 D1W  C18  O17  C1   117.84  3.000
 D1W  H12  C18  H11  109.36  3.000
 D1W  H12  C18  H10  109.54  3.000
 D1W  H11  C18  H10  108.52  3.000
 D1W  H12  C18  O17  105.90  3.000
 D1W  H11  C18  O17  111.75  3.000
 D1W  H10  C18  O17  111.73  3.000
 D1W  H13  N19  C20  115.60  3.000
 D1W  H13  N19  C6   115.71  3.000
 D1W  C20  N19  C6   127.38  3.000
 D1W  C25  C20  C21  118.30  3.000
 D1W  C25  C20  N19  118.76  3.000
 D1W  C21  C20  N19  122.87  3.000
 D1W  H14  C21  C22  119.06  3.000
 D1W  H14  C21  C20  120.75  3.000
 D1W  C22  C21  C20  120.17  3.000
 D1W  H15  C22  C23  119.55  3.000
 D1W  H15  C22  C21  118.62  3.000
 D1W  C23  C22  C21  121.83  3.000
 D1W  C26  C23  C24  120.62  3.000
 D1W  C24  C23  C22  117.67  3.000
 D1W  C26  C23  C22  121.71  3.000
 D1W  H16  C24  C25  119.18  3.000
 D1W  H16  C24  C23  119.54  3.000
 D1W  C25  C24  C23  121.27  3.000
 D1W  H17  C25  C24  119.80  3.000
 D1W  H17  C25  C20  119.45  3.000
 D1W  C24  C25  C20  120.74  3.000
 D1W  H19  C26  H18  106.17  3.000
 D1W  H19  C26  N27  111.90  3.000
 D1W  H18  C26  N27  107.58  3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
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_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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