# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 14:01:31 2020
#   Inital geometry file: a 73 line input string
#   Ligand name: decane-1-thiol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCCS
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D1T  D1T  'decane-1-thiol           '  ligand  33  11  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_D1T
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D1T  C10   C  CH3   0  -0.662   7.0224  -0.4819   0.0297
 D1T  C9    C  CH2   0  -0.419   5.7810   0.3998   0.0257
 D1T  C8    C  CH2   0  -0.406   4.4875  -0.4058   0.0217
 D1T  C7    C  CH2   0  -0.412   3.2339   0.4608   0.0146
 D1T  C6    C  CH2   0  -0.412   1.9443  -0.3503   0.0114
 D1T  C5    C  CH2   0  -0.413   0.6886   0.5130   0.0092
 D1T  C4    C  CH2   0  -0.413  -0.5982  -0.3025   0.0046
 D1T  C3    C  CH2   0  -0.411  -1.8543   0.5604   0.0007
 D1T  C2    C  CH2   0  -0.416  -3.1361  -0.2653  -0.0052
 D1T  C1    C  CH2   0  -0.549  -4.3765   0.6148  -0.0093
 D1T  S1    S  S2    0  -0.262  -5.8640  -0.4428  -0.0276
 D1T  H101  H  HCH3  0   0.225   7.9387   0.1097   0.0338
 D1T  H102  H  HCH3  0   0.215   7.0422  -1.1275   0.9098
 D1T  H103  H  HCH3  0   0.216   7.0491  -1.1260  -0.8514
 D1T  H91   H  HCH2  0   0.210   5.7944   1.0577   0.9004
 D1T  H92   H  HCH2  0   0.210   5.8001   1.0582  -0.8486
 D1T  H81   H  HCH2  0   0.206   4.4757  -1.0672  -0.8523
 D1T  H82   H  HCH2  0   0.206   4.4684  -1.0638   0.8981
 D1T  H71   H  HCH2  0   0.206   3.2449   1.1225   0.8882
 D1T  H72   H  HCH2  0   0.206   3.2521   1.1177  -0.8622
 D1T  H61   H  HCH2  0   0.207   1.9323  -1.0087  -0.8646
 D1T  H62   H  HCH2  0   0.207   1.9282  -1.0108   0.8858
 D1T  H51   H  HCH2  0   0.208   0.6992   1.1711   0.8854
 D1T  H52   H  HCH2  0   0.208   0.7037   1.1729  -0.8655
 D1T  H41   H  HCH2  0   0.210  -0.6082  -0.9606  -0.8714
 D1T  H42   H  HCH2  0   0.210  -0.6140  -0.9618   0.8795
 D1T  H31   H  HCH2  0   0.215  -1.8479   1.2169   0.8775
 D1T  H32   H  HCH2  0   0.215  -1.8402   1.2185  -0.8748
 D1T  H21   H  HCH2  0   0.228  -3.1460  -0.9179  -0.8836
 D1T  H22   H  HCH2  0   0.228  -3.1536  -0.9197   0.8717
 D1T  H11   H  HCH2  0   0.262  -4.3959   1.2482   0.8780
 D1T  H12   H  HCH2  0   0.261  -4.3825   1.2600  -0.8882
 D1T  HS1   H  HSH1  0   0.220  -6.7846   0.5272  -0.0338

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D1T  C10  C9    single  1.523  0.020  1.523
 D1T  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C10  H103  single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C9   C8    single  1.524  0.020  1.524
 D1T  C9   H91   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C9   H92   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C8   C7    single  1.524  0.020  1.524
 D1T  C8   H81   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C8   H82   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C7   C6    single  1.524  0.020  1.524
 D1T  C7   H71   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C7   H72   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C6   C5    single  1.524  0.020  1.524
 D1T  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C5   C4    single  1.523  0.020  1.523
 D1T  C5   H51   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C5   H52   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C4   C3    single  1.524  0.020  1.524
 D1T  C4   H41   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C4   H42   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C3   C2    single  1.525  0.020  1.525
 D1T  C3   H31   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C3   H32   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C2   C1    single  1.521  0.020  1.521
 D1T  C2   H21   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C2   H22   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C1   S1    single  1.825  0.020  1.825
 D1T  C1   H11   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  C1   H12   single  0.970  0.020  1.090
 D1T  S1   HS1   single  1.200  0.020  1.300

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D1T  H103  C10  H102  107.53  3.000
 D1T  H103  C10  H101  107.60  3.000
 D1T  H102  C10  H101  107.61  3.000
 D1T  H103  C10  C9    111.07  3.000
 D1T  H102  C10  C9    111.06  3.000
 D1T  H101  C10  C9    111.77  3.000
 D1T  H92   C9   H91   106.05  3.000
 D1T  H92   C9   C8    109.31  3.000
 D1T  H91   C9   C8    109.29  3.000
 D1T  H92   C9   C10   109.64  3.000
 D1T  H91   C9   C10   109.63  3.000
 D1T  C8    C9   C10   112.70  3.000
 D1T  H82   C8   H81   105.96  3.000
 D1T  H82   C8   C7    109.31  3.000
 D1T  H81   C8   C7    109.30  3.000
 D1T  H82   C8   C9    109.27  3.000
 D1T  H81   C8   C9    109.29  3.000
 D1T  C7    C8   C9    113.43  3.000
 D1T  H72   C7   H71   106.01  3.000
 D1T  H72   C7   C6    109.37  3.000
 D1T  H71   C7   C6    109.37  3.000
 D1T  H72   C7   C8    109.33  3.000
 D1T  H71   C7   C8    109.35  3.000
 D1T  C6    C7   C8    113.18  3.000
 D1T  H62   C6   H61   106.00  3.000
 D1T  H62   C6   C5    109.30  3.000
 D1T  H61   C6   C5    109.28  3.000
 D1T  H62   C6   C7    109.37  3.000
 D1T  H61   C6   C7    109.31  3.000
 D1T  C5    C6   C7    113.32  3.000
 D1T  H52   C5   H51   106.04  3.000
 D1T  H52   C5   C4    109.36  3.000
 D1T  H51   C5   C4    109.40  3.000
 D1T  H52   C5   C6    109.33  3.000
 D1T  H51   C5   C6    109.33  3.000
 D1T  C4    C5   C6    113.13  3.000
 D1T  H42   C4   H41   106.07  3.000
 D1T  H42   C4   C3    109.32  3.000
 D1T  H41   C4   C3    109.30  3.000
 D1T  H42   C4   C5    109.38  3.000
 D1T  H41   C4   C5    109.37  3.000
 D1T  C3    C4   C5    113.15  3.000
 D1T  H32   C3   H31   106.24  3.000
 D1T  H32   C3   C2    109.45  3.000
 D1T  H31   C3   C2    109.43  3.000
 D1T  H32   C3   C4    109.37  3.000
 D1T  H31   C3   C4    109.42  3.000
 D1T  C2    C3   C4    112.72  3.000
 D1T  H22   C2   H21   106.64  3.000
 D1T  H22   C2   C1    109.58  3.000
 D1T  H21   C2   C1    109.61  3.000
 D1T  H22   C2   C3    109.53  3.000
 D1T  H21   C2   C3    109.49  3.000
 D1T  C1    C2   C3    111.86  3.000
 D1T  H12   C1   H11   108.18  3.000
 D1T  H12   C1   S1    109.28  3.000
 D1T  H11   C1   S1    109.28  3.000
 D1T  H12   C1   C2    110.43  3.000
 D1T  H11   C1   C2    110.40  3.000
 D1T  S1    C1   C2    109.24  3.000
 D1T  HS1   S1   C1     98.10  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D1T  Var_01  C7    C8   C9  C10  -179.88  30.0  3
 D1T  Var_02  C6    C7   C8  C9   -179.97  30.0  3
 D1T  Var_03  C5    C6   C7  C8    179.80  30.0  3
 D1T  Var_04  C4    C5   C6  C7    179.94  30.0  3
 D1T  Var_05  C3    C4   C5  C6   -179.93  30.0  3
 D1T  Var_06  C2    C3   C4  C5    179.95  30.0  3
 D1T  Var_07  C1    C2   C3  C4   -179.99  30.0  3
 D1T  Var_08  S1    C1   C2  C3    179.62  30.0  3
 D1T  Var_09  H101  C10  C9  C8   -179.93  30.0  3

