# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 17:01:30 2020
#   Inital geometry file: a 141 line input string
#   Ligand name: (S,R)-(furan-2,5-diyldibenzene-4,1-diyl)bis[N-(1-methylethyl)methanediamine]
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)N[C@H](N)c1ccc(cc1)c2oc(cc2)c3ccc(cc3)[C@H](N)NC(C)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D18  D18  (S,R)-(furan-2,5-diyldibenzene-4,1-diyl)bis[N-(1-methylethyl)methanediamine]  ligand  61  29  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_D18
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D18  C10   C  CH3   0  -0.656  -3.7748  -0.1468   7.3448
 D18  C9    C  CH3   0  -0.667  -1.8011  -1.0130   8.6313
 D18  C8    C  CH1   0  -0.099  -2.2783  -0.0057   7.5849
 D18  N2    N  NH1   0  -0.599  -1.5933  -0.1016   6.2999
 D18  C7    C  CH1   0  -0.007  -0.1627   0.1599   6.3071
 D18  N1    N  NH2   0  -0.783   0.1784   1.5034   6.7266
 D18  C1    C  CR6   0  -0.013   1.5448  -0.3521   2.3617
 D18  C2    C  CR16  0  -0.289   0.2155   0.0475   2.5101
 D18  C3    C  CR16  0  -0.286  -0.3434   0.1900   3.7720
 D18  C4    C  CR6   0   0.112   0.4015  -0.0597   4.9188
 D18  C5    C  CR16  0  -0.279   1.7279  -0.4595   4.7686
 D18  C6    C  CR16  0  -0.315   2.2926  -0.6075   3.5163
 D18  CA    C  CR5   0   0.408   2.1569  -0.5022   1.0544
 D18  CB    C  CR15  0  -0.372   3.4065  -0.8669   0.6466
 D18  CB'   C  CR15  0  -0.372   3.4005  -0.8146  -0.7703
 D18  CA'   C  CR5   0   0.407   2.1478  -0.4207  -1.1390
 D18  O1    O  O     0  -0.454   1.3991  -0.2347  -0.0309
 D18  C1'   C  CR6   0  -0.013   1.5247  -0.1792  -2.4273
 D18  C2'   C  CR16  0  -0.290   0.1647   0.1284  -2.5422
 D18  C3'   C  CR16  0  -0.281  -0.4019   0.3617  -3.7833
 D18  C4'   C  CR6   0   0.083   0.3611   0.2934  -4.9479
 D18  C5'   C  CR16  0  -0.298   1.7117  -0.0183  -4.8313
 D18  C6'   C  CR16  0  -0.310   2.2888  -0.2487  -3.5938
 D18  C7'   C  CH1   0   0.006  -0.2500   0.6008  -6.3017
 D18  N1'   N  NH2   0  -0.761  -0.5809   2.0084  -6.4632
 D18  N2'   N  NH1   0  -0.605  -1.4391  -0.2076  -6.4830
 D18  C8'   C  CH1   0  -0.074  -1.8219  -0.5072  -7.8625
 D18  C9'   C  CH3   0  -0.677  -2.7737  -1.6969  -7.8455
 D18  CAX   C  CH3   0  -0.643  -2.4862   0.6796  -8.5476
 D18  H101  H  HCH3  0   0.215  -4.0146  -1.1404   6.9575
 D18  H102  H  HCH3  0   0.225  -4.3341  -0.0107   8.2709
 D18  H103  H  HCH3  0   0.229  -4.1268   0.5903   6.6227
 D18  H91   H  HCH3  0   0.215  -2.0028  -2.0355   8.3022
 D18  H92   H  HCH3  0   0.229  -0.7313  -0.9312   8.8295
 D18  H93   H  HCH3  0   0.226  -2.3187  -0.8609   9.5799
 D18  H8    H  HCH1  0   0.214  -2.0987   1.0027   7.9706
 D18  HN2   H  HNH1  0   0.337  -1.7621  -1.0219   5.9062
 D18  H7    H  HCH1  0   0.218   0.3803  -0.5095   6.9908
 D18  HN11  H  HNH2  0   0.339  -0.3809   2.1749   6.2124
 D18  HN12  H  HNH2  0   0.354  -0.0309   1.6368   7.7080
 D18  H3    H  HCR6  0   0.253  -1.3776   0.4956   3.8609
 D18  H5    H  HCR6  0   0.250   2.3289  -0.6587   5.6482
 D18  H6    H  HCR6  0   0.249   3.3257  -0.9218   3.4372
 D18  HB    H  HCR5  0   0.266   4.2374  -1.1419   1.2760
 D18  HB'   H  HCR5  0   0.266   4.2238  -1.0456  -1.4269
 D18  H2'   H  HCR6  0   0.255  -0.4618   0.1871  -1.6620
 D18  H3'   H  HCR6  0   0.255  -1.4580   0.5964  -3.8421
 D18  H5'   H  HCR6  0   0.255   2.3274  -0.0784  -5.7211
 D18  H6'   H  HCR6  0   0.249   3.3452  -0.4785  -3.5391
 D18  H7'   H  HCH1  0   0.211   0.5133   0.3768  -7.0651
 D18  HN'1  H  HNH2  0   0.339  -1.2631   2.2751  -5.7625
 D18  HN'2  H  HNH2  0   0.345   0.2445   2.5699  -6.2905
 D18  HN2'  H  HNH1  0   0.351  -1.2919  -1.0880  -6.0061
 D18  H8'   H  HCH1  0   0.192  -0.9339  -0.7907  -8.4519
 D18  H9'1  H  HCH3  0   0.231  -3.0616  -1.9736  -8.8596
 D18  H9'2  H  HCH3  0   0.228  -2.3180  -2.5736  -7.3806
 D18  H9'3  H  HCH3  0   0.221  -3.6827  -1.4531  -7.2916
 D18  H1'1  H  HCH3  0   0.206  -3.3770   0.9844  -7.9940
 D18  H1'2  H  HCH3  0   0.238  -1.8214   1.5373  -8.6085
 D18  H1'3  H  HCH3  0   0.211  -2.7929   0.4056  -9.5585
 D18  H2    H  HCR6  0   0.253  -0.3967   0.2519   1.6415

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D18  C10  C8    single    1.522  0.020  1.522
 D18  C10  H101  single    0.970  0.020  1.090
 D18  C10  H102  single    0.970  0.020  1.090
 D18  C10  H103  single    0.970  0.020  1.090
 D18  C9   C8    single    1.529  0.020  1.529
 D18  C9   H91   single    0.970  0.020  1.090
 D18  C9   H92   single    0.970  0.020  1.090
 D18  C9   H93   single    0.970  0.020  1.090
 D18  C8   N2    single    1.459  0.020  1.459
 D18  C8   H8    single    0.970  0.020  1.090
 D18  N2   C7    single    1.454  0.020  1.454
 D18  N2   HN2   single    0.890  0.020  1.040
 D18  C7   N1    single    1.448  0.020  1.448
 D18  C7   C4    single    1.515  0.020  1.515
 D18  C7   H7    single    0.970  0.020  1.090
 D18  N1   HN11  single    0.890  0.020  1.040
 D18  N1   HN12  single    0.890  0.020  1.040
 D18  C1   C2    aromatic  1.396  0.020  1.396
 D18  C1   C6    aromatic  1.399  0.020  1.399
 D18  C1   CA    single    1.451  0.020  1.451
 D18  C2   C3    aromatic  1.387  0.020  1.387
 D18  C2   H2    single    0.930  0.020  1.080
 D18  C3   C4    aromatic  1.390  0.020  1.390
 D18  C3   H3    single    0.930  0.020  1.080
 D18  C4   C5    aromatic  1.393  0.020  1.393
 D18  C5   C6    aromatic  1.382  0.020  1.382
 D18  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 D18  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 D18  CA   CB    aromatic  1.364  0.020  1.364
 D18  CA   O1    aromatic  1.350  0.020  1.350
 D18  CB   CB'   aromatic  1.418  0.020  1.418
 D18  CB   HB    single    0.930  0.020  1.080
 D18  CB'  CA'   aromatic  1.364  0.020  1.364
 D18  CB'  HB'   single    0.930  0.020  1.080
 D18  CA'  O1    aromatic  1.350  0.020  1.350
 D18  CA'  C1'   single    1.451  0.020  1.451
 D18  C1'  C2'   aromatic  1.399  0.020  1.399
 D18  C1'  C6'   aromatic  1.396  0.020  1.396
 D18  C2'  C3'   aromatic  1.384  0.020  1.384
 D18  C2'  H2'   single    0.930  0.020  1.080
 D18  C3'  C4'   aromatic  1.394  0.020  1.394
 D18  C3'  H3'   single    0.930  0.020  1.080
 D18  C4'  C5'   aromatic  1.391  0.020  1.391
 D18  C4'  C7'   single    1.517  0.020  1.517
 D18  C5'  C6'   aromatic  1.385  0.020  1.385
 D18  C5'  H5'   single    0.930  0.020  1.080
 D18  C6'  H6'   single    0.930  0.020  1.080
 D18  C7'  N1'   single    1.455  0.020  1.455
 D18  C7'  N2'   single    1.449  0.020  1.449
 D18  C7'  H7'   single    0.970  0.020  1.090
 D18  N1'  HN'1  single    0.890  0.020  1.040
 D18  N1'  HN'2  single    0.890  0.020  1.040
 D18  N2'  C8'   single    1.463  0.020  1.463
 D18  N2'  HN2'  single    0.890  0.020  1.040
 D18  C8'  C9'   single    1.524  0.020  1.524
 D18  C8'  CAX   single    1.523  0.020  1.523
 D18  C8'  H8'   single    0.970  0.020  1.090
 D18  C9'  H9'1  single    0.970  0.020  1.090
 D18  C9'  H9'2  single    0.970  0.020  1.090
 D18  C9'  H9'3  single    0.970  0.020  1.090
 D18  CAX  H1'1  single    0.970  0.020  1.090
 D18  CAX  H1'2  single    0.970  0.020  1.090
 D18  CAX  H1'3  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D18  H103  C10  H102  108.22  3.000
 D18  H103  C10  H101  108.00  3.000
 D18  H102  C10  H101  107.57  3.000
 D18  H103  C10  C8    111.05  3.000
 D18  H102  C10  C8    111.02  3.000
 D18  H101  C10  C8    110.84  3.000
 D18  H93   C9   H92   107.26  3.000
 D18  H93   C9   H91   107.73  3.000
 D18  H92   C9   H91   107.81  3.000
 D18  H93   C9   C8    110.80  3.000
 D18  H92   C9   C8    112.39  3.000
 D18  H91   C9   C8    110.66  3.000
 D18  H8    C8   N2    107.09  3.000
 D18  H8    C8   C9    108.35  3.000
 D18  N2    C8   C9    114.39  3.000
 D18  H8    C8   C10   107.59  3.000
 D18  N2    C8   C10   108.45  3.000
 D18  C9    C8   C10   110.71  3.000
 D18  HN2   N2   C7    109.18  3.000
 D18  HN2   N2   C8    108.85  3.000
 D18  C7    N2   C8    116.46  3.000
 D18  H7    C7   C4    107.31  3.000
 D18  H7    C7   N1    105.56  3.000
 D18  C4    C7   N1    108.20  3.000
 D18  H7    C7   N2    112.28  3.000
 D18  C4    C7   N2    109.62  3.000
 D18  N1    C7   N2    113.57  3.000
 D18  HN12  N1   HN11  106.88  3.000
 D18  HN12  N1   C7    110.75  3.000
 D18  HN11  N1   C7    109.72  3.000
 D18  CA    C1   C6    119.94  3.000
 D18  CA    C1   C2    121.80  3.000
 D18  C6    C1   C2    118.26  3.000
 D18  H2    C2   C3    118.86  3.000
 D18  H2    C2   C1    120.50  3.000
 D18  C3    C2   C1    120.64  3.000
 D18  H3    C3   C4    119.68  3.000
 D18  H3    C3   C2    119.26  3.000
 D18  C4    C3   C2    121.07  3.000
 D18  C5    C4   C3    118.20  3.000
 D18  C5    C4   C7    119.67  3.000
 D18  C3    C4   C7    122.04  3.000
 D18  H5    C5   C6    119.29  3.000
 D18  H5    C5   C4    119.54  3.000
 D18  C6    C5   C4    121.16  3.000
 D18  H6    C6   C5    119.16  3.000
 D18  H6    C6   C1    120.18  3.000
 D18  C5    C6   C1    120.66  3.000
 D18  O1    CA   CB    109.07  3.000
 D18  O1    CA   C1    117.83  3.000
 D18  CB    CA   C1    133.10  3.000
 D18  HB    CB   CB'   126.59  3.000
 D18  HB    CB   CA    126.85  3.000
 D18  CB'   CB   CA    106.56  3.000
 D18  HB'   CB'  CA'   126.77  3.000
 D18  HB'   CB'  CB    126.69  3.000
 D18  CA'   CB'  CB    106.54  3.000
 D18  C1'   CA'  O1    117.88  3.000
 D18  C1'   CA'  CB'   133.03  3.000
 D18  O1    CA'  CB'   109.10  3.000
 D18  CA'   O1   CA    108.73  3.000
 D18  C6'   C1'  C2'   118.31  3.000
 D18  C6'   C1'  CA'   119.90  3.000
 D18  C2'   C1'  CA'   121.79  3.000
 D18  H2'   C2'  C3'   118.90  3.000
 D18  H2'   C2'  C1'   120.53  3.000
 D18  C3'   C2'  C1'   120.57  3.000
 D18  H3'   C3'  C4'   119.92  3.000
 D18  H3'   C3'  C2'   118.96  3.000
 D18  C4'   C3'  C2'   121.12  3.000
 D18  C7'   C4'  C5'   120.76  3.000
 D18  C7'   C4'  C3'   121.01  3.000
 D18  C5'   C4'  C3'   118.19  3.000
 D18  H5'   C5'  C6'   119.20  3.000
 D18  H5'   C5'  C4'   119.68  3.000
 D18  C6'   C5'  C4'   121.12  3.000
 D18  H6'   C6'  C5'   119.16  3.000
 D18  H6'   C6'  C1'   120.16  3.000
 D18  C5'   C6'  C1'   120.68  3.000
 D18  H7'   C7'  N2'   111.60  3.000
 D18  H7'   C7'  N1'   106.09  3.000
 D18  N2'   C7'  N1'   109.82  3.000
 D18  H7'   C7'  C4'   107.33  3.000
 D18  N2'   C7'  C4'   109.22  3.000
 D18  N1'   C7'  C4'   112.75  3.000
 D18  HN'2  N1'  HN'1  106.54  3.000
 D18  HN'2  N1'  C7'   109.39  3.000
 D18  HN'1  N1'  C7'   109.32  3.000
 D18  HN2'  N2'  C8'   107.71  3.000
 D18  HN2'  N2'  C7'   107.88  3.000
 D18  C8'   N2'  C7'   116.55  3.000
 D18  H8'   C8'  CAX   108.13  3.000
 D18  H8'   C8'  C9'   107.95  3.000
 D18  CAX   C8'  C9'   109.94  3.000
 D18  H8'   C8'  N2'   110.24  3.000
 D18  CAX   C8'  N2'   112.26  3.000
 D18  C9'   C8'  N2'   108.24  3.000
 D18  H9'3  C9'  H9'2  108.10  3.000
 D18  H9'3  C9'  H9'1  107.98  3.000
 D18  H9'2  C9'  H9'1  107.61  3.000
 D18  H9'3  C9'  C8'   110.57  3.000
 D18  H9'2  C9'  C8'   111.78  3.000
 D18  H9'1  C9'  C8'   110.67  3.000
 D18  H1'3  CAX  H1'2  108.55  3.000
 D18  H1'3  CAX  H1'1  108.08  3.000
 D18  H1'2  CAX  H1'1  107.88  3.000
 D18  H1'3  CAX  C8'   110.10  3.000
 D18  H1'2  CAX  C8'   111.93  3.000
 D18  H1'1  CAX  C8'   110.20  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D18  CONST_01  C4    C3   C2   C1      0.00   0.0  0
 D18  CONST_02  C4    C5   C6   C1      0.00   0.0  0
 D18  CONST_03  CB'   CB   CA   C1    180.00   0.0  0
 D18  CONST_04  CA'   O1   CA   C1    180.00   0.0  0
 D18  CONST_05  C5    C6   C1   C2      0.00   0.0  0
 D18  CONST_06  CB    CA   C1   C2    180.00   0.0  0
 D18  CONST_07  O1    CA   C1   C2      0.00   0.0  0
 D18  CONST_08  C5    C4   C3   C2      0.00   0.0  0
 D18  CONST_09  C6    C1   C2   C3      0.00   0.0  0
 D18  CONST_10  CA    C1   C2   C3    180.00   0.0  0
 D18  CONST_11  C6    C5   C4   C3      0.00   0.0  0
 D18  CONST_12  CA    C1   C6   C5    180.00   0.0  0
 D18  CONST_13  CB    CA   C1   C6      0.00   0.0  0
 D18  CONST_14  O1    CA   C1   C6    180.00   0.0  0
 D18  CONST_15  CA'   CB'  CB   CA      0.00   0.0  0
 D18  CONST_16  CB'   CA'  O1   CA      0.00   0.0  0
 D18  CONST_17  C1'   CA'  O1   CA    180.00   0.0  0
 D18  CONST_18  CA'   O1   CA   CB      0.00   0.0  0
 D18  CONST_19  O1    CA'  CB'  CB      0.00   0.0  0
 D18  CONST_20  C1'   CA'  CB'  CB    180.00   0.0  0
 D18  CONST_21  O1    CA   CB   CB'     0.00   0.0  0
 D18  CONST_22  C2'   C1'  CA'  CB'   180.00   0.0  0
 D18  CONST_23  C6'   C1'  CA'  CB'     0.00   0.0  0
 D18  CONST_24  C3'   C2'  C1'  CA'   180.00   0.0  0
 D18  CONST_25  C5'   C6'  C1'  CA'   180.00   0.0  0
 D18  CONST_26  C2'   C1'  CA'  O1      0.00   0.0  0
 D18  CONST_27  C6'   C1'  CA'  O1    180.00   0.0  0
 D18  CONST_28  C4'   C3'  C2'  C1'     0.00   0.0  0
 D18  CONST_29  C4'   C5'  C6'  C1'     0.00   0.0  0
 D18  CONST_30  C5'   C6'  C1'  C2'     0.00   0.0  0
 D18  CONST_31  C5'   C4'  C3'  C2'     0.00   0.0  0
 D18  CONST_32  C6'   C1'  C2'  C3'     0.00   0.0  0
 D18  CONST_33  C6'   C5'  C4'  C3'     0.00   0.0  0
 D18  CONST_34  C2    C3   C4   C7    180.00   0.0  0
 D18  CONST_35  C6    C5   C4   C7    180.00   0.0  0
 D18  CONST_36  C7'   C4'  C3'  C2'   180.00   0.0  0
 D18  CONST_37  C7'   C4'  C5'  C6'   180.00   0.0  0
 D18  CONST_38  H3    C3   C2   C1    180.00   0.0  0
 D18  CONST_39  H5    C5   C6   C1    180.00   0.0  0
 D18  CONST_40  HB    CB   CA   C1      0.00   0.0  0
 D18  CONST_41  H6    C6   C1   C2    180.00   0.0  0
 D18  CONST_42  H2    C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 D18  CONST_43  HB'   CB'  CB   CA    180.00   0.0  0
 D18  CONST_44  H2'   C2'  C1'  CA'     0.00   0.0  0
 D18  CONST_45  H6'   C6'  C1'  CA'     0.00   0.0  0
 D18  CONST_46  H3'   C3'  C2'  C1'   180.00   0.0  0
 D18  CONST_47  H5'   C5'  C6'  C1'   180.00   0.0  0
 D18  Var_01    C7    N2   C8   C10   173.35  30.0  3
 D18  Var_02    C9'   C8'  N2'  C7'   161.73  30.0  3
 D18  Var_03    H91   C9   C8   C10    59.79  30.0  3
 D18  Var_04    H101  C10  C8   C9    -61.74  30.0  3
 D18  Var_05    H9'1  C9'  C8'  N2'  -178.31  30.0  3
 D18  Var_06    H1'1  CAX  C8'  N2'   -58.60  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 D18  chir_01  C7   N2   N1   C4   positiv
 D18  chir_02  C7'  C4'  N1'  N2'  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 D18  plan-1  C1   0.020
 D18  plan-1  CA   0.020
 D18  plan-1  CB   0.020
 D18  plan-1  CB'  0.020
 D18  plan-1  CA'  0.020
 D18  plan-1  O1   0.020
 D18  plan-1  C1'  0.020
 D18  plan-1  HB   0.020
 D18  plan-1  HB'  0.020
 D18  plan-2  C7   0.020
 D18  plan-2  C1   0.020
 D18  plan-2  C2   0.020
 D18  plan-2  C3   0.020
 D18  plan-2  C4   0.020
 D18  plan-2  C5   0.020
 D18  plan-2  C6   0.020
 D18  plan-2  CA   0.020
 D18  plan-2  H3   0.020
 D18  plan-2  H5   0.020
 D18  plan-2  H6   0.020
 D18  plan-2  H2   0.020
 D18  plan-3  CA'  0.020
 D18  plan-3  C1'  0.020
 D18  plan-3  C2'  0.020
 D18  plan-3  C3'  0.020
 D18  plan-3  C4'  0.020
 D18  plan-3  C5'  0.020
 D18  plan-3  C6'  0.020
 D18  plan-3  C7'  0.020
 D18  plan-3  H2'  0.020
 D18  plan-3  H3'  0.020
 D18  plan-3  H5'  0.020
 D18  plan-3  H6'  0.020

