# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri May  1 16:45:33 2020
#   Inital geometry file: a 148 line input string
#   Ligand name: N-({3-[({4-[(Z)-(4-oxo-2-thioxo-1,3-thiazolidin-5-ylidene)methyl]phenyl}amino)methyl]phenyl}carbonyl)-L-glutamic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)CC[C@H](NC(=O)c1cccc(CNc2ccc(cc2)\C=C3/SC(=S)NC3=O)c1)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D17  D17  'N-({3-[({4-[(Z)-(4-oxo-2-thioxo-1,3-thiazolidin-5-ylidene)methyl]phenyl}amino)methyl]phenyl}carbonyl)-L-glutamic acid'  ligand  55  34  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_D17
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D17  OE1   O  O     0  -0.442  -10.5367  -0.4403  -0.5594
 D17  CD    C  C     0   0.554   -9.8178   0.4438  -0.9531
 D17  OE2   O  OH1   0  -0.595  -10.1560   1.2741  -1.9334
 D17  CG    C  CH2   0  -0.577   -8.4476   0.7508  -0.4162
 D17  CB    C  CH2   0  -0.461   -8.0464  -0.1523   0.7390
 D17  CA    C  CH1   0  -0.203   -6.6567   0.2154   1.2681
 D17  C     C  C     0   0.553   -6.3257  -0.5761   2.5269
 D17  OXT   O  OH1   0  -0.590   -7.0746  -0.1884   3.5482
 D17  O     O  O     0  -0.428   -5.5010  -1.4491   2.5848
 D17  N     N  NH1   0  -0.655   -5.6611  -0.0076   0.2571
 D17  CAU   C  C     0   0.560   -4.4480   0.5788   0.3167
 D17  OBC   O  O     0  -0.476   -4.1485   1.3691   1.1984
 D17  CAT   C  CR6   0  -0.023   -3.4870   0.2224  -0.7702
 D17  CAQ   C  CR16  0  -0.310   -2.1322   0.4525  -0.5433
 D17  CAS   C  CR16  0  -0.300   -3.8924  -0.2931  -1.9989
 D17  CAR   C  CR16  0  -0.227   -2.9523  -0.5880  -2.9751
 D17  CAP   C  CR16  0  -0.279   -1.6050  -0.3689  -2.7333
 D17  CAO   C  CR6   0   0.084   -1.1862   0.1597  -1.5153
 D17  CAN   C  CH2   0  -0.341    0.2754   0.3798  -1.2447
 D17  NAY   N  NH1   0  -0.677    0.8742  -0.8415  -0.7509
 D17  CAA   C  CR6   0   0.409    2.1864  -0.9881  -0.4873
 D17  CAC   C  CR16  0  -0.337    2.6774  -2.2145   0.0095
 D17  CAE   C  CR16  0  -0.279    4.0141  -2.3773   0.2631
 D17  CAB   C  CR16  0  -0.337    3.1109   0.0562  -0.6976
 D17  CAG   C  CR16  0  -0.298    4.4490  -0.1263  -0.4366
 D17  CAF   C  CR6   0   0.135    4.9503  -1.3452   0.0489
 D17  CAH   C  C1    0  -0.248    6.3246  -1.6235   0.3407
 D17  CAI   C  CR5   0  -0.347    7.4376  -0.8618   0.2520
 D17  SBG   S  S2    0   0.180    7.5942   0.8075  -0.2659
 D17  CAL   C  CR5   0   0.058    9.3170   0.8025  -0.0260
 D17  SBH   S  S1    0  -0.231   10.2761   2.0970  -0.3143
 D17  NAX   N  NR15  0  -0.633    9.7111  -0.4076   0.4221
 D17  CAK   C  CR5   0   0.636    8.7557  -1.3960   0.6095
 D17  OBE   O  O     0  -0.422    9.0190  -2.5086   1.0056
 D17  HE2   H  HOH1  0   0.480  -11.0418   1.0573  -2.2603
 D17  HG1C  H  HCH2  0   0.286   -7.7363   0.6813  -1.2440
 D17  HG2C  H  HCH2  0   0.288   -8.4287   1.7990  -0.1021
 D17  HB1C  H  HCH2  0   0.274   -8.7692  -0.0553   1.5488
 D17  HB2C  H  HCH2  0   0.259   -8.0560  -1.2010   0.4309
 D17  HA    H  HCH1  0   0.297   -6.6558   1.2757   1.5351
 D17  H     H  HNH1  0   0.410   -5.7879  -0.8067  -0.3440
 D17  HXT   H  HOH1  0   0.487   -6.8741  -0.7192   4.3340
 D17  HAQ   H  HCR6  0   0.260   -1.8106   0.8656   0.4047
 D17  HAS   H  HCR6  0   0.259   -4.9396  -0.4459  -2.2262
 D17  HAR   H  HCR6  0   0.269   -3.2755  -0.9806  -3.9297
 D17  HAP   H  HCR6  0   0.265   -0.8751  -0.5964  -3.5008
 D17  HAN1  H  HCH2  0   0.260    0.7751   0.6916  -2.1666
 D17  HAN2  H  HCH2  0   0.258    0.4028   1.1926  -0.5219
 D17  HAY   H  HNH1  0   0.402    0.2600  -1.6083  -0.5310
 D17  HAC   H  HCR6  0   0.269    1.9896  -3.0322   0.1867
 D17  HAB   H  HCR6  0   0.282    2.7782   1.0168  -1.0656
 D17  HAE   H  HCR6  0   0.265    4.3614  -3.3313   0.6411
 D17  HAG   H  HCR6  0   0.255    5.1008   0.7165  -0.6226
 D17  HAH1  H  H     0   0.282    6.5143  -2.6321   0.6974
 D17  HAX   H  HNR5  0   0.437   10.6893  -0.5877   0.6115

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D17  OE1  CD    double    1.206  0.020  1.206
 D17  CD   OE2   single    1.329  0.020  1.329
 D17  CD   CG    single    1.503  0.020  1.503
 D17  CG   CB    single    1.520  0.020  1.520
 D17  CB   CA    single    1.532  0.020  1.532
 D17  CA   C     single    1.523  0.020  1.523
 D17  CA   N     single    1.436  0.020  1.436
 D17  C    OXT   single    1.325  0.020  1.325
 D17  C    O     double    1.202  0.020  1.202
 D17  N    CAU   single    1.349  0.020  1.349
 D17  CAU  OBC   double    1.221  0.020  1.221
 D17  CAU  CAT   single    1.494  0.020  1.494
 D17  CAT  CAQ   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D17  CAT  CAS   aromatic  1.393  0.020  1.393
 D17  CAQ  CAO   aromatic  1.388  0.020  1.388
 D17  CAS  CAR   aromatic  1.387  0.020  1.387
 D17  CAR  CAP   aromatic  1.386  0.020  1.386
 D17  CAP  CAO   aromatic  1.392  0.020  1.392
 D17  CAO  CAN   single    1.503  0.020  1.503
 D17  CAN  NAY   single    1.447  0.020  1.447
 D17  NAY  CAA   single    1.346  0.020  1.346
 D17  CAA  CAC   aromatic  1.411  0.020  1.411
 D17  CAA  CAB   aromatic  1.410  0.020  1.410
 D17  CAC  CAE   aromatic  1.370  0.020  1.370
 D17  CAE  CAF   aromatic  1.410  0.020  1.410
 D17  CAB  CAG   aromatic  1.376  0.020  1.376
 D17  CAG  CAF   aromatic  1.405  0.020  1.405
 D17  CAF  CAH   single    1.432  0.020  1.432
 D17  CAH  CAI   double    1.352  0.020  1.352
 D17  CAI  SBG   single    1.755  0.020  1.755
 D17  CAI  CAK   single    1.467  0.020  1.467
 D17  SBG  CAL   single    1.739  0.020  1.739
 D17  CAL  SBH   double    1.637  0.020  1.637
 D17  CAL  NAX   single    1.349  0.020  1.349
 D17  NAX  CAK   single    1.387  0.020  1.387
 D17  CAK  OBE   double    1.210  0.020  1.210
 D17  OE2  HE2   single    0.850  0.020  0.980
 D17  CG   HG1C  single    0.970  0.020  1.090
 D17  CG   HG2C  single    0.970  0.020  1.090
 D17  CB   HB1C  single    0.970  0.020  1.090
 D17  CB   HB2C  single    0.970  0.020  1.090
 D17  CA   HA    single    0.970  0.020  1.090
 D17  N    H     single    0.860  0.020  1.020
 D17  OXT  HXT   single    0.850  0.020  0.980
 D17  CAQ  HAQ   single    0.930  0.020  1.080
 D17  CAS  HAS   single    0.930  0.020  1.080
 D17  CAR  HAR   single    0.930  0.020  1.080
 D17  CAP  HAP   single    0.930  0.020  1.080
 D17  CAN  HAN1  single    0.970  0.020  1.090
 D17  CAN  HAN2  single    0.970  0.020  1.090
 D17  NAY  HAY   single    0.860  0.020  1.020
 D17  CAC  HAC   single    0.930  0.020  1.080
 D17  CAB  HAB   single    0.930  0.020  1.080
 D17  CAE  HAE   single    0.930  0.020  1.080
 D17  CAG  HAG   single    0.930  0.020  1.080
 D17  CAH  HAH1  single    0.930  0.020  1.080
 D17  NAX  HAX   single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D17  CG    CD   OE2   111.58  3.000
 D17  CG    CD   OE1   125.22  3.000
 D17  OE2   CD   OE1   123.20  3.000
 D17  HE2   OE2  CD    109.99  3.000
 D17  HG2C  CG   HG1C  105.48  3.000
 D17  HG2C  CG   CB    110.27  3.000
 D17  HG1C  CG   CB    111.45  3.000
 D17  HG2C  CG   CD    108.30  3.000
 D17  HG1C  CG   CD    108.03  3.000
 D17  CB    CG   CD    112.99  3.000
 D17  HB2C  CB   HB1C  106.79  3.000
 D17  HB2C  CB   CA    109.61  3.000
 D17  HB1C  CB   CA    108.89  3.000
 D17  HB2C  CB   CG    110.70  3.000
 D17  HB1C  CB   CG    109.68  3.000
 D17  CA    CB   CG    111.06  3.000
 D17  HA    CA   N     108.78  3.000
 D17  HA    CA   C     107.57  3.000
 D17  N     CA   C     110.51  3.000
 D17  HA    CA   CB    108.53  3.000
 D17  N     CA   CB    110.39  3.000
 D17  C     CA   CB    110.97  3.000
 D17  O     C    OXT   124.27  3.000
 D17  O     C    CA    124.48  3.000
 D17  OXT   C    CA    111.24  3.000
 D17  HXT   OXT  C     110.37  3.000
 D17  H     N    CAU   118.95  3.000
 D17  H     N    CA    117.11  3.000
 D17  CAU   N    CA    121.66  3.000
 D17  CAT   CAU  OBC   121.46  3.000
 D17  CAT   CAU  N     116.28  3.000
 D17  OBC   CAU  N     122.26  3.000
 D17  CAS   CAT  CAQ   119.21  3.000
 D17  CAS   CAT  CAU   122.88  3.000
 D17  CAQ   CAT  CAU   117.89  3.000
 D17  HAQ   CAQ  CAO   119.42  3.000
 D17  HAQ   CAQ  CAT   119.64  3.000
 D17  CAO   CAQ  CAT   120.94  3.000
 D17  HAS   CAS  CAR   118.54  3.000
 D17  HAS   CAS  CAT   121.28  3.000
 D17  CAR   CAS  CAT   120.16  3.000
 D17  HAR   CAR  CAP   120.12  3.000
 D17  HAR   CAR  CAS   119.73  3.000
 D17  CAP   CAR  CAS   120.15  3.000
 D17  HAP   CAP  CAO   119.79  3.000
 D17  HAP   CAP  CAR   119.87  3.000
 D17  CAO   CAP  CAR   120.34  3.000
 D17  CAN   CAO  CAP   120.38  3.000
 D17  CAN   CAO  CAQ   120.41  3.000
 D17  CAP   CAO  CAQ   119.20  3.000
 D17  HAN2  CAN  HAN1  106.95  3.000
 D17  HAN2  CAN  NAY   110.67  3.000
 D17  HAN1  CAN  NAY   109.82  3.000
 D17  HAN2  CAN  CAO   109.92  3.000
 D17  HAN1  CAN  CAO   109.53  3.000
 D17  NAY   CAN  CAO   109.90  3.000
 D17  HAY   NAY  CAA   117.96  3.000
 D17  HAY   NAY  CAN   117.70  3.000
 D17  CAA   NAY  CAN   124.20  3.000
 D17  CAB   CAA  CAC   117.90  3.000
 D17  CAB   CAA  NAY   121.94  3.000
 D17  CAC   CAA  NAY   120.17  3.000
 D17  HAC   CAC  CAE   119.96  3.000
 D17  HAC   CAC  CAA   119.53  3.000
 D17  CAE   CAC  CAA   120.51  3.000
 D17  HAE   CAE  CAF   119.00  3.000
 D17  HAE   CAE  CAC   118.81  3.000
 D17  CAF   CAE  CAC   122.19  3.000
 D17  HAB   CAB  CAG   118.80  3.000
 D17  HAB   CAB  CAA   120.46  3.000
 D17  CAG   CAB  CAA   120.74  3.000
 D17  HAG   CAG  CAF   121.38  3.000
 D17  HAG   CAG  CAB   116.76  3.000
 D17  CAF   CAG  CAB   121.86  3.000
 D17  CAH   CAF  CAG   125.55  3.000
 D17  CAH   CAF  CAE   117.65  3.000
 D17  CAG   CAF  CAE   116.80  3.000
 D17  HAH1  CAH  CAI   113.64  3.000
 D17  HAH1  CAH  CAF   114.50  3.000
 D17  CAI   CAH  CAF   131.86  3.000
 D17  CAK   CAI  SBG   109.77  3.000
 D17  CAK   CAI  CAH   121.26  3.000
 D17  SBG   CAI  CAH   128.97  3.000
 D17  CAL   SBG  CAI    92.58  3.000
 D17  NAX   CAL  SBH   126.63  3.000
 D17  NAX   CAL  SBG   109.74  3.000
 D17  SBH   CAL  SBG   123.63  3.000
 D17  HAX   NAX  CAK   120.88  3.000
 D17  HAX   NAX  CAL   120.26  3.000
 D17  CAK   NAX  CAL   118.86  3.000
 D17  OBE   CAK  NAX   123.33  3.000
 D17  OBE   CAK  CAI   127.61  3.000
 D17  NAX   CAK  CAI   109.06  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D17  CONST_01  CAP  CAO  CAQ  CAT     0.00   0.0  0
 D17  CONST_02  CAP  CAR  CAS  CAT     0.00   0.0  0
 D17  CONST_03  CAR  CAS  CAT  CAQ     0.00   0.0  0
 D17  CONST_04  CAR  CAP  CAO  CAQ     0.00   0.0  0
 D17  CONST_05  CAO  CAQ  CAT  CAS     0.00   0.0  0
 D17  CONST_06  CAO  CAP  CAR  CAS     0.00   0.0  0
 D17  CONST_07  CAF  CAE  CAC  CAA     0.00   0.0  0
 D17  CONST_08  CAF  CAG  CAB  CAA     0.00   0.0  0
 D17  CONST_09  CAG  CAB  CAA  CAC     0.00   0.0  0
 D17  CONST_10  CAG  CAF  CAE  CAC     0.00   0.0  0
 D17  CONST_11  CAB  CAA  CAC  CAE     0.00   0.0  0
 D17  CONST_12  CAB  CAG  CAF  CAE     0.00   0.0  0
 D17  CONST_13  CAL  NAX  CAK  CAI     0.00   0.0  0
 D17  CONST_14  CAO  CAQ  CAT  CAU   180.00   0.0  0
 D17  CONST_15  CAR  CAS  CAT  CAU   180.00   0.0  0
 D17  CONST_16  CAN  CAO  CAQ  CAT   180.00   0.0  0
 D17  CONST_17  CAN  CAO  CAP  CAR   180.00   0.0  0
 D17  CONST_18  CAE  CAC  CAA  NAY   180.00   0.0  0
 D17  CONST_19  CAG  CAB  CAA  NAY   180.00   0.0  0
 D17  CONST_20  CAH  CAF  CAE  CAC   180.00   0.0  0
 D17  CONST_21  CAH  CAF  CAG  CAB   180.00   0.0  0
 D17  CONST_22  OBE  CAK  NAX  CAL   180.00   0.0  0
 D17  CONST_23  HAR  CAR  CAS  CAT   180.00   0.0  0
 D17  CONST_24  HAS  CAS  CAT  CAQ   180.00   0.0  0
 D17  CONST_25  HAP  CAP  CAO  CAQ   180.00   0.0  0
 D17  CONST_26  HAQ  CAQ  CAT  CAS   180.00   0.0  0
 D17  CONST_27  HAE  CAE  CAC  CAA   180.00   0.0  0
 D17  CONST_28  HAG  CAG  CAB  CAA   180.00   0.0  0
 D17  CONST_29  HAB  CAB  CAA  CAC   180.00   0.0  0
 D17  CONST_30  HAC  CAC  CAA  CAB   180.00   0.0  0
 D17  CONST_31  HAX  NAX  CAK  CAI   180.00   0.0  0
 D17  CONST_32  CAC  CAA  NAY  CAN   180.00   0.0  0
 D17  CONST_33  CAB  CAA  NAY  CAN     0.00   0.0  0
 D17  CONST_34  HAY  NAY  CAA  CAC     0.00   0.0  0
 D17  CONST_35  CAT  CAU  N    CA    180.00   0.0  0
 D17  CONST_37  OBC  CAU  N    CA      0.00   0.0  0
 D17  CONST_38  HE2  OE2  CD   OE1     0.00   0.0  0
 D17  CONST_39  HXT  OXT  C    CA    180.00   0.0  0
 D17  Var_01    CAI  CAH  CAF  CAE  -179.53  30.0  2
 D17  Var_02    SBG  CAI  CAH  CAF     0.35  30.0  2
 D17  Var_03    CAQ  CAT  CAU  N    -160.46  30.0  2
 D17  Var_04    NAY  CAN  CAO  CAQ    93.46  30.0  2
 D17  Var_05    CAA  NAY  CAN  CAO   176.14  30.0  3
 D17  Var_06    CB   CG   CD   OE1    -1.92  30.0  3
 D17  Var_07    CA   CB   CG   CD   -178.94  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 D17  chir_01  CA  CB  C  N  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 D17  plan-1  CAH  0.020
 D17  plan-1  CAI  0.020
 D17  plan-1  SBG  0.020
 D17  plan-1  CAL  0.020
 D17  plan-1  SBH  0.020
 D17  plan-1  NAX  0.020
 D17  plan-1  CAK  0.020
 D17  plan-1  OBE  0.020
 D17  plan-1  HAX  0.020
 D17  plan-2  CAU  0.020
 D17  plan-2  CAT  0.020
 D17  plan-2  CAQ  0.020
 D17  plan-2  CAS  0.020
 D17  plan-2  CAR  0.020
 D17  plan-2  CAP  0.020
 D17  plan-2  CAO  0.020
 D17  plan-2  CAN  0.020
 D17  plan-2  HAQ  0.020
 D17  plan-2  HAS  0.020
 D17  plan-2  HAR  0.020
 D17  plan-2  HAP  0.020
 D17  plan-3  NAY  0.020
 D17  plan-3  CAA  0.020
 D17  plan-3  CAC  0.020
 D17  plan-3  CAE  0.020
 D17  plan-3  CAB  0.020
 D17  plan-3  CAG  0.020
 D17  plan-3  CAF  0.020
 D17  plan-3  CAH  0.020
 D17  plan-3  HAC  0.020
 D17  plan-3  HAB  0.020
 D17  plan-3  HAE  0.020
 D17  plan-3  HAG  0.020
 D17  plan-4  CA   0.020
 D17  plan-4  N    0.020
 D17  plan-4  CAU  0.020
 D17  plan-4  OBC  0.020
 D17  plan-4  CAT  0.020
 D17  plan-4  H    0.020
 D17  plan-5  CAN  0.020
 D17  plan-5  NAY  0.020
 D17  plan-5  CAA  0.020
 D17  plan-5  HAY  0.020
 D17  plan-6  OE1  0.020
 D17  plan-6  CD   0.020
 D17  plan-6  OE2  0.020
 D17  plan-6  CG   0.020
 D17  plan-6  HE2  0.020
 D17  plan-7  CA   0.020
 D17  plan-7  C    0.020
 D17  plan-7  OXT  0.020
 D17  plan-7  O    0.020
 D17  plan-7  HXT  0.020

