# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 12:28:17 2020
#   Inital geometry file: a 83 line input string
#   Ligand name: dodecane
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCCCC
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D12  D12  'dodecane                 '  ligand  38  12  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_D12
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D12  C1    C  CH3   0  -0.662  -0.3403  -0.0475   6.9827
 D12  C2    C  CH2   0  -0.419   0.4935  -0.0320   5.7087
 D12  C3    C  CH2   0  -0.406  -0.3608  -0.0298   4.4465
 D12  C4    C  CH2   0  -0.412   0.4577  -0.0179   3.1615
 D12  C5    C  CH2   0  -0.411  -0.4008  -0.0165   1.9024
 D12  C6    C  CH2   0  -0.412   0.4152  -0.0049   0.6158
 D12  C7    C  CH2   0  -0.412  -0.4447  -0.0050  -0.6424
 D12  C8    C  CH2   0  -0.411   0.3721   0.0074  -1.9286
 D12  C9    C  CH2   0  -0.412  -0.4857   0.0106  -3.1882
 D12  C10   C  CH2   0  -0.406   0.3339   0.0105  -4.4723
 D12  C11   C  CH2   0  -0.419  -0.5180   0.0137  -5.7359
 D12  C12   C  CH3   0  -0.662   0.3178   0.0130  -7.0086
 D12  H11   H  HCH3  0   0.215  -0.9748  -0.9350   7.0255
 D12  H12   H  HCH3  0   0.225   0.2854  -0.0459   7.8760
 D12  H13   H  HCH3  0   0.215  -0.9933   0.8260   7.0353
 D12  H21   H  HCH2  0   0.210   1.1451   0.8473   5.7056
 D12  H22   H  HCH2  0   0.210   1.1582  -0.9014   5.6938
 D12  H31   H  HCH2  0   0.205  -1.0157  -0.9087   4.4518
 D12  H32   H  HCH2  0   0.205  -1.0256   0.8415   4.4620
 D12  H41   H  HCH2  0   0.206   1.1120   0.8614   3.1555
 D12  H42   H  HCH2  0   0.206   1.1222  -0.8893   3.1463
 D12  H51   H  HCH2  0   0.206  -1.0546  -0.8962   1.9089
 D12  H52   H  HCH2  0   0.206  -1.0661   0.8542   1.9182
 D12  H61   H  HCH2  0   0.206   1.0688   0.8748   0.6083
 D12  H62   H  HCH2  0   0.206   1.0805  -0.8756   0.6000
 D12  H71   H  HCH2  0   0.206  -1.0972  -0.8855  -0.6355
 D12  H72   H  HCH2  0   0.206  -1.1108   0.8651  -0.6266
 D12  H81   H  HCH2  0   0.206   1.0270   0.8861  -1.9339
 D12  H82   H  HCH2  0   0.206   1.0363  -0.8642  -1.9448
 D12  H91   H  HCH2  0   0.206  -1.1466  -0.8636  -3.1791
 D12  H92   H  HCH2  0   0.206  -1.1439   0.8870  -3.1769
 D12  H101  H  HCH2  0   0.205   0.9970   0.8834  -4.4805
 D12  H102  H  HCH2  0   0.205   0.9916  -0.8665  -4.4826
 D12  H111  H  HCH2  0   0.210  -1.1776  -0.8595  -5.7286
 D12  H112  H  HCH2  0   0.210  -1.1747   0.8893  -5.7275
 D12  H121  H  HCH3  0   0.225  -0.3065   0.0153  -7.9029
 D12  H122  H  HCH3  0   0.215   0.9638   0.8922  -7.0545
 D12  H123  H  HCH3  0   0.215   0.9594  -0.8692  -7.0561

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D12  C1   C2    single  1.523  0.020  1.523
 D12  C1   H11   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C1   H12   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C1   H13   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C2   C3    single  1.524  0.020  1.524
 D12  C2   H21   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C2   H22   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C3   C4    single  1.524  0.020  1.524
 D12  C3   H31   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C3   H32   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C4   C5    single  1.524  0.020  1.524
 D12  C4   H41   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C4   H42   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C5   C6    single  1.524  0.020  1.524
 D12  C5   H51   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C5   H52   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C6   C7    single  1.524  0.020  1.524
 D12  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C7   C8    single  1.524  0.020  1.524
 D12  C7   H71   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C7   H72   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C8   C9    single  1.524  0.020  1.524
 D12  C8   H81   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C8   H82   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C9   C10   single  1.523  0.020  1.523
 D12  C9   H91   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C9   H92   single  0.970  0.020  1.090
 D12  C10  C11   single  1.524  0.020  1.524
 D12  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 D12  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 D12  C11  C12   single  1.523  0.020  1.523
 D12  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 D12  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 D12  C12  H121  single  0.970  0.020  1.090
 D12  C12  H122  single  0.970  0.020  1.090
 D12  C12  H123  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D12  H13   C1   H12   107.61  3.000
 D12  H13   C1   H11   107.51  3.000
 D12  H12   C1   H11   107.60  3.000
 D12  H13   C1   C2    111.08  3.000
 D12  H12   C1   C2    111.78  3.000
 D12  H11   C1   C2    111.06  3.000
 D12  H22   C2   H21   106.05  3.000
 D12  H22   C2   C3    109.29  3.000
 D12  H21   C2   C3    109.28  3.000
 D12  H22   C2   C1    109.63  3.000
 D12  H21   C2   C1    109.67  3.000
 D12  C3    C2   C1    112.71  3.000
 D12  H32   C3   H31   105.95  3.000
 D12  H32   C3   C4    109.37  3.000
 D12  H31   C3   C4    109.35  3.000
 D12  H32   C3   C2    109.23  3.000
 D12  H31   C3   C2    109.25  3.000
 D12  C4    C3   C2    113.42  3.000
 D12  H42   C4   H41   106.01  3.000
 D12  H42   C4   C5    109.32  3.000
 D12  H41   C4   C5    109.34  3.000
 D12  H42   C4   C3    109.34  3.000
 D12  H41   C4   C3    109.36  3.000
 D12  C5    C4   C3    113.22  3.000
 D12  H52   C5   H51   105.98  3.000
 D12  H52   C5   C6    109.34  3.000
 D12  H51   C5   C6    109.30  3.000
 D12  H52   C5   C4    109.32  3.000
 D12  H51   C5   C4    109.30  3.000
 D12  C6    C5   C4    113.33  3.000
 D12  H62   C6   H61   105.99  3.000
 D12  H62   C6   C7    109.31  3.000
 D12  H61   C6   C7    109.32  3.000
 D12  H62   C6   C5    109.34  3.000
 D12  H61   C6   C5    109.35  3.000
 D12  C7    C6   C5    113.27  3.000
 D12  H72   C7   H71   106.01  3.000
 D12  H72   C7   C8    109.36  3.000
 D12  H71   C7   C8    109.33  3.000
 D12  H72   C7   C6    109.33  3.000
 D12  H71   C7   C6    109.32  3.000
 D12  C8    C7   C6    113.24  3.000
 D12  H82   C8   H81   105.98  3.000
 D12  H82   C8   C9    109.31  3.000
 D12  H81   C8   C9    109.31  3.000
 D12  H82   C8   C7    109.32  3.000
 D12  H81   C8   C7    109.32  3.000
 D12  C9    C8   C7    113.33  3.000
 D12  H92   C9   H91   106.00  3.000
 D12  H92   C9   C10   109.38  3.000
 D12  H91   C9   C10   109.35  3.000
 D12  H92   C9   C8    109.34  3.000
 D12  H91   C9   C8    109.32  3.000
 D12  C10   C9   C8    113.20  3.000
 D12  H102  C10  H101  105.91  3.000
 D12  H102  C10  C11   109.23  3.000
 D12  H101  C10  C11   109.28  3.000
 D12  H102  C10  C9    109.31  3.000
 D12  H101  C10  C9    109.37  3.000
 D12  C11   C10  C9    113.46  3.000
 D12  H112  C11  H111  106.06  3.000
 D12  H112  C11  C12   109.65  3.000
 D12  H111  C11  C12   109.64  3.000
 D12  H112  C11  C10   109.31  3.000
 D12  H111  C11  C10   109.25  3.000
 D12  C12   C11  C10   112.72  3.000
 D12  H123  C12  H122  107.53  3.000
 D12  H123  C12  H121  107.60  3.000
 D12  H122  C12  H121  107.61  3.000
 D12  H123  C12  C11   111.06  3.000
 D12  H122  C12  C11   111.07  3.000
 D12  H121  C12  C11   111.78  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D12  Var_01  C4    C3   C2   C1   -179.86  30.0  3
 D12  Var_02  C5    C4   C3   C2    179.97  30.0  3
 D12  Var_03  C6    C5   C4   C3   -179.99  30.0  3
 D12  Var_04  C7    C6   C5   C4    179.94  30.0  3
 D12  Var_05  C8    C7   C6   C5    179.97  30.0  3
 D12  Var_06  C9    C8   C7   C6   -179.86  30.0  3
 D12  Var_07  C10   C9   C8   C7   -179.49  30.0  3
 D12  Var_08  C11   C10  C9   C8    180.00  30.0  3
 D12  Var_09  C12   C11  C10  C9   -179.98  30.0  3
 D12  Var_10  H11   C1   C2   C3     59.98  30.0  3
 D12  Var_11  H121  C12  C11  C10   180.00  30.0  3

