# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 12:01:09 2020
#   Inital geometry file: a 71 line input string
#   Ligand name: decane
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCC
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 D10  D10  'decane                   '  ligand  32  10  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_D10
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 D10  C1    C  CH3   0  -0.662  -0.3069  -0.0107   5.7283
 D10  C2    C  CH2   0  -0.419   0.5181  -0.0108   4.4485
 D10  C3    C  CH2   0  -0.406  -0.3448   0.0028   3.1923
 D10  C4    C  CH2   0  -0.412   0.4647  -0.0076   1.9017
 D10  C5    C  CH2   0  -0.411  -0.4021   0.0066   0.6484
 D10  C6    C  CH2   0  -0.411   0.4056  -0.0016  -0.6435
 D10  C7    C  CH2   0  -0.412  -0.4618   0.0104  -1.8963
 D10  C8    C  CH2   0  -0.406   0.3466   0.0044  -3.1875
 D10  C9    C  CH2   0  -0.419  -0.5170   0.0187  -4.4433
 D10  C10   C  CH3   0  -0.662   0.3070   0.0055  -5.7236
 D10  H11   H  HCH3  0   0.225   0.3250  -0.0177   6.6173
 D10  H12   H  HCH3  0   0.215  -0.9448   0.8737   5.7841
 D10  H13   H  HCH3  0   0.215  -0.9555  -0.8876   5.7774
 D10  H21   H  HCH2  0   0.210   1.1834   0.8582   4.4395
 D10  H22   H  HCH2  0   0.210   1.1691  -0.8905   4.4305
 D10  H31   H  HCH2  0   0.205  -1.0174  -0.8625   3.2062
 D10  H32   H  HCH2  0   0.205  -0.9920   0.8873   3.2082
 D10  H41   H  HCH2  0   0.206   1.1371   0.8577   1.8877
 D10  H42   H  HCH2  0   0.206   1.1110  -0.8926   1.8855
 D10  H51   H  HCH2  0   0.206  -1.0735  -0.8595   0.6625
 D10  H52   H  HCH2  0   0.206  -1.0495   0.8909   0.6655
 D10  H61   H  HCH2  0   0.206   1.0752   0.8658  -0.6581
 D10  H62   H  HCH2  0   0.206   1.0547  -0.8847  -0.6604
 D10  H71   H  HCH2  0   0.206  -1.1308  -0.8575  -1.8827
 D10  H72   H  HCH2  0   0.206  -1.1117   0.8930  -1.8787
 D10  H81   H  HCH2  0   0.205   1.0167   0.8717  -3.2007
 D10  H82   H  HCH2  0   0.205   0.9959  -0.8785  -3.2057
 D10  H91   H  HCH2  0   0.210  -1.1892  -0.8449  -4.4298
 D10  H92   H  HCH2  0   0.210  -1.1608   0.9038  -4.4292
 D10  H101  H  HCH3  0   0.225  -0.3256   0.0173  -6.6120
 D10  H102  H  HCH3  0   0.215   0.9661   0.8746  -5.7756
 D10  H103  H  HCH3  0   0.215   0.9347  -0.8862  -5.7772

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 D10  C1   C2    single  1.523  0.020  1.523
 D10  C1   H11   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C1   H12   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C1   H13   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C2   C3    single  1.524  0.020  1.524
 D10  C2   H21   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C2   H22   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C3   C4    single  1.523  0.020  1.523
 D10  C3   H31   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C3   H32   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C4   C5    single  1.524  0.020  1.524
 D10  C4   H41   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C4   H42   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C5   C6    single  1.524  0.020  1.524
 D10  C5   H51   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C5   H52   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C6   C7    single  1.524  0.020  1.524
 D10  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C7   C8    single  1.523  0.020  1.523
 D10  C7   H71   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C7   H72   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C8   C9    single  1.524  0.020  1.524
 D10  C8   H81   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C8   H82   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C9   C10   single  1.523  0.020  1.523
 D10  C9   H91   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C9   H92   single  0.970  0.020  1.090
 D10  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 D10  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 D10  C10  H103  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 D10  H13   C1   H12   107.53  3.000
 D10  H13   C1   H11   107.60  3.000
 D10  H12   C1   H11   107.58  3.000
 D10  H13   C1   C2    111.08  3.000
 D10  H12   C1   C2    111.07  3.000
 D10  H11   C1   C2    111.79  3.000
 D10  H22   C2   H21   106.05  3.000
 D10  H22   C2   C3    109.29  3.000
 D10  H21   C2   C3    109.29  3.000
 D10  H22   C2   C1    109.64  3.000
 D10  H21   C2   C1    109.65  3.000
 D10  C3    C2   C1    112.71  3.000
 D10  H32   C3   H31   105.94  3.000
 D10  H32   C3   C4    109.36  3.000
 D10  H31   C3   C4    109.36  3.000
 D10  H32   C3   C2    109.24  3.000
 D10  H31   C3   C2    109.26  3.000
 D10  C4    C3   C2    113.41  3.000
 D10  H42   C4   H41   105.99  3.000
 D10  H42   C4   C5    109.31  3.000
 D10  H41   C4   C5    109.34  3.000
 D10  H42   C4   C3    109.35  3.000
 D10  H41   C4   C3    109.36  3.000
 D10  C5    C4   C3    113.23  3.000
 D10  H52   C5   H51   105.99  3.000
 D10  H52   C5   C6    109.31  3.000
 D10  H51   C5   C6    109.36  3.000
 D10  H52   C5   C4    109.30  3.000
 D10  H51   C5   C4    109.30  3.000
 D10  C6    C5   C4    113.31  3.000
 D10  H62   C6   H61   106.00  3.000
 D10  H62   C6   C7    109.32  3.000
 D10  H61   C6   C7    109.30  3.000
 D10  H62   C6   C5    109.35  3.000
 D10  H61   C6   C5    109.33  3.000
 D10  C7    C6   C5    113.28  3.000
 D10  H72   C7   H71   106.00  3.000
 D10  H72   C7   C8    109.35  3.000
 D10  H71   C7   C8    109.35  3.000
 D10  H72   C7   C6    109.31  3.000
 D10  H71   C7   C6    109.33  3.000
 D10  C8    C7   C6    113.25  3.000
 D10  H82   C8   H81   105.96  3.000
 D10  H82   C8   C9    109.24  3.000
 D10  H81   C8   C9    109.21  3.000
 D10  H82   C8   C7    109.37  3.000
 D10  H81   C8   C7    109.36  3.000
 D10  C9    C8   C7    113.43  3.000
 D10  H92   C9   H91   106.06  3.000
 D10  H92   C9   C10   109.64  3.000
 D10  H91   C9   C10   109.63  3.000
 D10  H92   C9   C8    109.28  3.000
 D10  H91   C9   C8    109.29  3.000
 D10  C10   C9   C8    112.71  3.000
 D10  H103  C10  H102  107.50  3.000
 D10  H103  C10  H101  107.60  3.000
 D10  H102  C10  H101  107.62  3.000
 D10  H103  C10  C9    111.07  3.000
 D10  H102  C10  C9    111.09  3.000
 D10  H101  C10  C9    111.77  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 D10  Var_01  C4    C3   C2  C1  -179.57  30.0  3
 D10  Var_02  C5    C4   C3  C2  -179.98  30.0  3
 D10  Var_03  C6    C5   C4  C3   179.91  30.0  3
 D10  Var_04  C7    C6   C5  C4   179.91  30.0  3
 D10  Var_05  C8    C7   C6  C5   179.91  30.0  3
 D10  Var_06  C9    C8   C7  C6  -179.91  30.0  3
 D10  Var_07  C10   C9   C8  C7  -179.72  30.0  3
 D10  Var_08  H11   C1   C2  C3  -179.84  30.0  3
 D10  Var_09  H101  C10  C9  C8  -179.92  30.0  3

