# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar  9 18:12:56 2022
#   Inital geometry file: a 71 line input string
#   Ligand name: 7-chloro-L-tryptophan
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](Cc1c[nH]c2c(Cl)cccc12)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 CTE  CTE  '7-chloro-L-tryptophan    '  L-peptide  26  16  .  2012-08-28  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND (side chain)
;

data_comp_CTE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 CTE  O    O   O      0  -0.607  2.7665  5.8434  14.0246
 CTE  C    C   C      0   0.397  3.9059  5.5785  14.4579
 CTE  OXT  O   OC    -1  -0.609  4.2013  4.7160  15.3089
 CTE  CA   C   CH1    0  -0.154  5.0781  6.4201  13.8978
 CTE  N    N   NH2    0  -0.808  5.0364  6.4704  12.4391
 CTE  CB   C   CH2    0  -0.529  5.0024  7.8596  14.4237
 CTE  CG   C   CR5    0   0.015  5.0761  7.9706  15.9113
 CTE  CD1  C   CR15   0  -0.085  6.2014  7.9460  16.6860
 CTE  NE1  N   NR15   0  -0.684  5.8720  8.0544  18.0111
 CTE  CE2  C   CR56   0   0.458  4.5228  8.1609  18.1222
 CTE  CD2  C   CR56   0   0.019  3.9764  8.1070  16.8204
 CTE  CE3  C   CR16   0  -0.353  2.5900  8.2011  16.6550
 CTE  CZ3  C   CR16   0  -0.278  1.7917  8.3520  17.7705
 CTE  CH2  C   CR16   0  -0.267  2.3405  8.4058  19.0623
 CTE  CZ2  C   CR6    0  -0.122  3.7036  8.3090  19.2378
 CTE  CL   CL  CL     0  -0.131  4.4161  8.3700  20.8165
 CTE  HA   H   HCH1   0   0.173  6.0140  5.9813  14.2740
 CTE  HN1  H   HNH2   0   0.332  5.8823  6.9179  12.1054
 CTE  HN   H   HNH2   0   0.335  5.0660  5.5299  12.0646
 CTE  HB1  H   HCH2   0   0.231  5.8179  8.4358  13.9742
 CTE  HB2  H   HCH2   0   0.226  4.0741  8.3090  14.0623
 CTE  HD1  H   HCR5   0   0.278  7.2352  7.8596  16.3890
 CTE  HE1  H   HNR5   0   0.405  6.5300  8.0711  18.7725
 CTE  HE3  H   HCR6   0   0.240  2.1531  8.1438  15.6669
 CTE  HZ3  H   HCR6   0   0.251  0.7178  8.4264  17.6605
 CTE  HH2  H   HCR6   0   0.267  1.6933  8.5226  19.9212

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 CTE  O    C    deloc     1.231  0.020  1.231
 CTE  C    OXT  deloc     1.247  0.020  1.247
 CTE  C    CA   single    1.525  0.021  1.525
 CTE  CA   N    single    1.458  0.019  1.458
 CTE  CA   CB   single    1.530  0.020  1.530
 CTE  CA   HA   single    0.970  0.020  0.970
 CTE  N    HN1  single    0.890  0.020  1.040
 CTE  N    HN   single    0.890  0.020  1.040
 CTE  CB   CG   single    1.494  0.020  1.494
 CTE  CB   HB1  single    0.970  0.020  1.090
 CTE  CB   HB2  single    0.970  0.020  1.090
 CTE  CG   CD1  aromatic  1.366  0.020  1.366
 CTE  CG   CD2  aromatic  1.433  0.020  1.433
 CTE  CD1  NE1  aromatic  1.370  0.020  1.370
 CTE  CD1  HD1  single    0.930  0.020  1.080
 CTE  NE1  CE2  aromatic  1.358  0.020  1.358
 CTE  NE1  HE1  single    0.860  0.020  1.020
 CTE  CE2  CD2  aromatic  1.413  0.020  1.413
 CTE  CE2  CZ2  aromatic  1.392  0.020  1.392
 CTE  CD2  CE3  aromatic  1.399  0.020  1.399
 CTE  CE3  CZ3  aromatic  1.380  0.020  1.380
 CTE  CE3  HE3  single    0.930  0.020  1.080
 CTE  CZ3  CH2  aromatic  1.405  0.020  1.405
 CTE  CZ3  HZ3  single    0.930  0.020  1.080
 CTE  CH2  CZ2  aromatic  1.378  0.020  1.378
 CTE  CH2  HH2  single    0.930  0.020  1.080
 CTE  CZ2  CL   single    1.733  0.020  1.733

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 CTE  CA   C    OXT  116.33  3.000
 CTE  CA   C    O    120.80  1.700
 CTE  OXT  C    O    126.88  3.000
 CTE  HA   CA   CB   109.00  3.000
 CTE  HA   CA   N    110.00  3.000
 CTE  CB   CA   N    110.50  1.700
 CTE  HA   CA   C    109.00  3.000
 CTE  CB   CA   C    110.10  1.900
 CTE  N    CA   C    111.00  2.800
 CTE  HN   N    HN1  105.30  3.000
 CTE  HN   N    CA   109.67  3.000
 CTE  HN1  N    CA   108.68  3.000
 CTE  HB2  CB   HB1  106.29  3.000
 CTE  HB2  CB   CG   109.93  3.000
 CTE  HB1  CB   CG   109.44  3.000
 CTE  HB2  CB   CA   108.32  3.000
 CTE  HB1  CB   CA   108.43  3.000
 CTE  CG   CB   CA   114.12  3.000
 CTE  CD2  CG   CD1  105.90  3.000
 CTE  CD2  CG   CB   126.93  3.000
 CTE  CD1  CG   CB   127.16  3.000
 CTE  HD1  CD1  NE1  120.20  3.000
 CTE  HD1  CD1  CG   129.37  3.000
 CTE  NE1  CD1  CG   110.43  3.000
 CTE  HE1  NE1  CE2  125.90  3.000
 CTE  HE1  NE1  CD1  125.17  3.000
 CTE  CE2  NE1  CD1  108.92  3.000
 CTE  CZ2  CE2  CD2  121.00  3.000
 CTE  CZ2  CE2  NE1  131.20  3.000
 CTE  CD2  CE2  NE1  107.81  3.000
 CTE  CE3  CD2  CE2  119.31  3.000
 CTE  CE3  CD2  CG   133.75  3.000
 CTE  CE2  CD2  CG   106.94  3.000
 CTE  HE3  CE3  CZ3  120.69  3.000
 CTE  HE3  CE3  CD2  120.30  3.000
 CTE  CZ3  CE3  CD2  119.00  3.000
 CTE  HZ3  CZ3  CH2  118.60  3.000
 CTE  HZ3  CZ3  CE3  119.96  3.000
 CTE  CH2  CZ3  CE3  121.44  3.000
 CTE  HH2  CH2  CZ2  119.89  3.000
 CTE  HH2  CH2  CZ3  120.04  3.000
 CTE  CZ2  CH2  CZ3  120.07  3.000
 CTE  CL   CZ2  CH2  121.35  3.000
 CTE  CL   CZ2  CE2  119.46  3.000
 CTE  CH2  CZ2  CE2  119.18  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 CTE  CONST_01  CE2  NE1  CD1  CG     0.00   0.0  0
 CTE  CONST_02  NE1  CE2  CD2  CG     0.00   0.0  0
 CTE  CONST_03  CZ2  CE2  CD2  CG   180.00   0.0  0
 CTE  CONST_04  CZ3  CE3  CD2  CG   180.00   0.0  0
 CTE  CONST_05  CE2  CD2  CG   CD1    0.00   0.0  0
 CTE  CONST_06  CE3  CD2  CG   CD1  180.00   0.0  0
 CTE  CONST_07  CD2  CE2  NE1  CD1    0.00   0.0  0
 CTE  CONST_08  CZ2  CE2  NE1  CD1  180.00   0.0  0
 CTE  CONST_09  CD2  CG   CD1  NE1    0.00   0.0  0
 CTE  CONST_10  CE3  CD2  CE2  NE1  180.00   0.0  0
 CTE  CONST_11  CH2  CZ2  CE2  NE1  180.00   0.0  0
 CTE  CONST_12  CZ3  CE3  CD2  CE2    0.00   0.0  0
 CTE  CONST_13  CZ3  CH2  CZ2  CE2    0.00   0.0  0
 CTE  CONST_14  CH2  CZ2  CE2  CD2    0.00   0.0  0
 CTE  CONST_15  CH2  CZ3  CE3  CD2    0.00   0.0  0
 CTE  CONST_16  CZ2  CE2  CD2  CE3    0.00   0.0  0
 CTE  CONST_17  CZ2  CH2  CZ3  CE3    0.00   0.0  0
 CTE  CONST_18  NE1  CD1  CG   CB   180.00   0.0  0
 CTE  CONST_19  CE2  CD2  CG   CB   180.00   0.0  0
 CTE  CONST_20  CE3  CD2  CG   CB     0.00   0.0  0
 CTE  CONST_21  CL   CZ2  CE2  NE1    0.00   0.0  0
 CTE  CONST_22  CL   CZ2  CE2  CD2  180.00   0.0  0
 CTE  CONST_23  CL   CZ2  CH2  CZ3  180.00   0.0  0
 CTE  CONST_24  HE1  NE1  CD1  CG   180.00   0.0  0
 CTE  CONST_25  HE3  CE3  CD2  CG     0.00   0.0  0
 CTE  CONST_26  HD1  CD1  NE1  CE2  180.00   0.0  0
 CTE  CONST_27  HH2  CH2  CZ2  CE2  180.00   0.0  0
 CTE  CONST_28  HZ3  CZ3  CE3  CD2  180.00   0.0  0
 CTE  Var_01    CD1  CG   CB   CA    81.30  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 CTE  chir_01  CA  C  N  CB  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 CTE  plan-1  CB   0.020
 CTE  plan-1  CG   0.020
 CTE  plan-1  CD1  0.020
 CTE  plan-1  NE1  0.020
 CTE  plan-1  CE2  0.020
 CTE  plan-1  CD2  0.020
 CTE  plan-1  CE3  0.020
 CTE  plan-1  CZ3  0.020
 CTE  plan-1  CH2  0.020
 CTE  plan-1  CZ2  0.020
 CTE  plan-1  CL   0.020
 CTE  plan-1  HD1  0.020
 CTE  plan-1  HE1  0.020
 CTE  plan-1  HE3  0.020
 CTE  plan-1  HZ3  0.020
 CTE  plan-1  HH2  0.020
 CTE  plan-2  O    0.020
 CTE  plan-2  C    0.020
 CTE  plan-2  OXT  0.020
 CTE  plan-2  CA   0.020

