# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 21 00:08:39 2020
#   Inital geometry file: a 110 line input string
#   Ligand name: 2-(6-amino-9H-purin-9-yl)-N-[2-(4-sulfamoylphenyl)ethyl]acetamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1ncnc2n(CC(=O)NCCc3ccc(cc3)[S](N)(=O)=O)cnc12
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 CQS  CQS  2-(6-amino-9H-purin-9-yl)-N-[2-(4-sulfamoylphenyl)ethyl]acetamide  ligand  43  26  .  2021-08-07  2021-08-07  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_CQS
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 CQS  C10   C  C     0   0.548   2.0263   1.0404   0.1679
 CQS  C11   C  CH2   0  -0.457   3.2820   1.7728  -0.2991
 CQS  C14   C  CR15  0   0.112   5.1283   1.4256   1.3602
 CQS  C16   C  CR56  0  -0.005   6.0979  -0.2650   0.5556
 CQS  C17   C  CR56  0   0.484   5.0677   0.0369  -0.3214
 CQS  C18   C  CR6   0   0.451   6.8987  -1.3692   0.2138
 CQS  C01   C  CR16  0  -0.200  -4.4756  -0.6261  -1.0190
 CQS  C02   C  CR16  0  -0.290  -3.2403  -0.0531  -1.2543
 CQS  C03   C  CR6   0   0.139  -2.8421   1.0998  -0.5762
 CQS  C04   C  CR16  0  -0.298  -3.7102   1.6653   0.3513
 CQS  C05   C  CR16  0  -0.220  -4.9556   1.1046   0.5993
 CQS  C06   C  CR6   0  -0.221  -5.3263  -0.0389  -0.0893
 CQS  C07   C  CH2   0  -0.569  -1.4885   1.6942  -0.8345
 CQS  C20   C  CR16  0   0.042   5.5763  -1.6315  -1.6523
 CQS  N09   N  NH1   0  -0.646   0.8944   1.5020  -0.3724
 CQS  N12   N  NR5   0  -0.484   4.4652   1.1403   0.2018
 CQS  N15   N  N     0  -0.452   6.1180   0.6178   1.6049
 CQS  N19   N  N     0  -0.474   6.6034  -2.0348  -0.9083
 CQS  N21   N  N     0  -0.454   4.7596  -0.6140  -1.4405
 CQS  N26   N  NC2   0  -0.887  -6.5282  -2.1506   0.9587
 CQS  O13   O  O     0  -0.479   2.0753   0.1255   0.9712
 CQS  O24   O  OS    0  -0.652  -7.7029   0.1602   0.9871
 CQS  O25   O  OS    0  -0.668  -7.4713  -1.1734  -1.1158
 CQS  S23   S  S     0   1.360  -6.9218  -0.7560   0.1667
 CQS  H112  H  HCH2  0   0.307   3.3231   1.8012  -1.3890
 CQS  H111  H  HCH2  0   0.320   3.2557   2.8071   0.0469
 CQS  H141  H  HCR5  0   0.294   4.8332   2.2599   1.9800
 CQS  H011  H  HCR6  0   0.285  -4.7686  -1.5181  -1.5565
 CQS  H021  H  HCR6  0   0.267  -2.5793  -0.5029  -1.9847
 CQS  H041  H  HCR6  0   0.266  -3.4200   2.5637   0.8817
 CQS  H051  H  HCR6  0   0.283  -5.6203   1.5644   1.3174
 CQS  H071  H  HCH2  0   0.269  -1.2578   1.6302  -1.9011
 CQS  H072  H  HCH2  0   0.270  -1.4864   2.7529  -0.5656
 CQS  H081  H  HCH2  0   0.248  -0.5998   1.0703   1.0298
 CQS  H082  H  HCH2  0   0.247  -0.4392  -0.1050  -0.2689
 CQS  H201  H  HCR6  0   0.251   5.3917  -2.2156  -2.5478
 CQS  H091  H  HNH1  0   0.412   0.9427   2.2662  -1.0280
 CQS  H222  H  HNH2  0   0.402   8.5303  -2.5064   0.6236
 CQS  H221  H  HNH2  0   0.409   8.2372  -1.2366   1.7484
 CQS  H261  H  HNC2  0   0.415  -6.2750  -1.9976   1.9295
 CQS  H262  H  HNC2  0   0.419  -7.2726  -2.8384   0.8919
 CQS  N22   N  NH2   0  -0.816   7.9205  -1.7845   0.9675
 CQS  C08   C  CH2   0  -0.229  -0.4090   0.9637  -0.0412

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 CQS  N22  C18   single    1.336  0.020  1.336
 CQS  C18  N19   aromatic  1.338  0.020  1.338
 CQS  C18  C16   aromatic  1.406  0.020  1.406
 CQS  N19  C20   aromatic  1.331  0.020  1.331
 CQS  N15  C16   aromatic  1.371  0.020  1.371
 CQS  N15  C14   aromatic  1.301  0.020  1.301
 CQS  C16  C17   aromatic  1.386  0.020  1.386
 CQS  C20  N21   aromatic  1.322  0.020  1.322
 CQS  C14  N12   aromatic  1.365  0.020  1.365
 CQS  C17  N21   aromatic  1.331  0.020  1.331
 CQS  C17  N12   aromatic  1.362  0.020  1.362
 CQS  N12  C11   single    1.432  0.020  1.432
 CQS  C11  C10   single    1.527  0.020  1.527
 CQS  O13  C10   double    1.218  0.020  1.218
 CQS  C10  N09   single    1.336  0.020  1.336
 CQS  N09  C08   single    1.449  0.020  1.449
 CQS  C07  C08   single    1.526  0.020  1.526
 CQS  C07  C03   single    1.501  0.020  1.501
 CQS  C03  C04   aromatic  1.391  0.020  1.391
 CQS  C03  C02   aromatic  1.395  0.020  1.395
 CQS  C04  C05   aromatic  1.388  0.020  1.388
 CQS  C02  C01   aromatic  1.382  0.020  1.382
 CQS  C05  C06   aromatic  1.385  0.020  1.385
 CQS  C01  C06   aromatic  1.390  0.020  1.390
 CQS  C06  S23   single    1.768  0.020  1.768
 CQS  N26  S23   single    1.651  0.020  1.651
 CQS  O25  S23   double    1.456  0.020  1.456
 CQS  S23  O24   double    1.457  0.020  1.457
 CQS  C11  H112  single    0.970  0.020  1.090
 CQS  C11  H111  single    0.970  0.020  1.090
 CQS  C14  H141  single    0.930  0.020  1.080
 CQS  C01  H011  single    0.930  0.020  1.080
 CQS  C02  H021  single    0.930  0.020  1.080
 CQS  C04  H041  single    0.930  0.020  1.080
 CQS  C05  H051  single    0.930  0.020  1.080
 CQS  C07  H071  single    0.970  0.020  1.090
 CQS  C07  H072  single    0.970  0.020  1.090
 CQS  C08  H081  single    0.970  0.020  1.090
 CQS  C08  H082  single    0.970  0.020  1.090
 CQS  C20  H201  single    0.930  0.020  1.080
 CQS  N09  H091  single    0.860  0.020  1.020
 CQS  N22  H222  single    0.860  0.020  1.020
 CQS  N22  H221  single    0.860  0.020  1.020
 CQS  N26  H261  single    0.890  0.020  1.040
 CQS  N26  H262  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 CQS  O13   C10  N09   124.05  3.000
 CQS  N09   C10  C11   114.03  3.000
 CQS  O13   C10  C11   121.92  3.000
 CQS  H111  C11  H112  107.04  3.000
 CQS  H111  C11  N12   109.13  3.000
 CQS  H112  C11  N12   109.25  3.000
 CQS  H111  C11  C10   109.75  3.000
 CQS  H112  C11  C10   110.42  3.000
 CQS  N12   C11  C10   111.14  3.000
 CQS  H141  C14  N15   125.41  3.000
 CQS  H141  C14  N12   121.04  3.000
 CQS  N15   C14  N12   113.55  3.000
 CQS  N15   C16  C18   133.09  3.000
 CQS  N15   C16  C17   110.78  3.000
 CQS  C18   C16  C17   116.14  3.000
 CQS  N21   C17  N12   128.10  3.000
 CQS  N12   C17  C16   105.21  3.000
 CQS  N21   C17  C16   126.69  3.000
 CQS  N22   C18  N19   119.18  3.000
 CQS  N19   C18  C16   117.96  3.000
 CQS  N22   C18  C16   122.86  3.000
 CQS  H011  C01  C06   120.98  3.000
 CQS  H011  C01  C02   119.96  3.000
 CQS  C06   C01  C02   119.06  3.000
 CQS  H021  C02  C03   119.78  3.000
 CQS  H021  C02  C01   119.23  3.000
 CQS  C03   C02  C01   120.99  3.000
 CQS  C07   C03  C04   121.11  3.000
 CQS  C04   C03  C02   118.81  3.000
 CQS  C07   C03  C02   120.07  3.000
 CQS  H041  C04  C05   119.21  3.000
 CQS  H041  C04  C03   119.79  3.000
 CQS  C05   C04  C03   120.99  3.000
 CQS  H051  C05  C06   121.11  3.000
 CQS  H051  C05  C04   119.89  3.000
 CQS  C06   C05  C04   118.99  3.000
 CQS  S23   C06  C05   120.29  3.000
 CQS  S23   C06  C01   118.54  3.000
 CQS  C05   C06  C01   121.15  3.000
 CQS  H072  C07  H071  107.25  3.000
 CQS  H072  C07  C08   109.55  3.000
 CQS  H071  C07  C08   109.26  3.000
 CQS  H072  C07  C03   110.08  3.000
 CQS  H071  C07  C03   109.58  3.000
 CQS  C08   C07  C03   111.04  3.000
 CQS  H201  C20  N21   116.20  3.000
 CQS  H201  C20  N19   115.44  3.000
 CQS  N21   C20  N19   128.36  3.000
 CQS  H091  N09  C08   118.26  3.000
 CQS  H091  N09  C10   118.95  3.000
 CQS  C08   N09  C10   122.78  3.000
 CQS  C17   N12  C14   106.29  3.000
 CQS  C17   N12  C11   126.09  3.000
 CQS  C14   N12  C11   127.29  3.000
 CQS  C16   N15  C14   104.16  3.000
 CQS  C20   N19  C18   119.24  3.000
 CQS  C20   N21  C17   111.61  3.000
 CQS  H262  N26  H261  110.35  3.000
 CQS  H262  N26  S23   111.45  3.000
 CQS  H261  N26  S23   113.01  3.000
 CQS  O25   S23  O24   118.28  3.000
 CQS  O24   S23  N26   112.88  3.000
 CQS  O25   S23  N26   105.68  3.000
 CQS  O24   S23  C06   108.08  3.000
 CQS  O25   S23  C06   109.23  3.000
 CQS  N26   S23  C06   101.35  3.000
 CQS  H221  N22  H222  117.77  3.000
 CQS  H221  N22  C18   120.66  3.000
 CQS  H222  N22  C18   119.61  3.000
 CQS  H082  C08  H081  107.13  3.000
 CQS  H082  C08  N09   109.91  3.000
 CQS  H081  C08  N09   110.17  3.000
 CQS  H082  C08  C07   109.89  3.000
 CQS  H081  C08  C07   109.83  3.000
 CQS  N09   C08  C07   109.87  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 CQS  CONST_01  C18   C16  N15  C14   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_02  C17   C16  N15  C14     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_03  C16   C17  N12  C14     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_04  N21   C17  N12  C14   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_05  C20   N19  C18  C16     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_06  N12   C14  N15  C16     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_07  C20   N21  C17  C16     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_08  N19   C18  C16  C17     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_09  N19   C20  N21  C17     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_10  N15   C14  N12  C17     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_11  N21   C20  N19  C18     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_12  N21   C17  C16  C18     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_13  N12   C17  C16  C18   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_14  C04   C03  C02  C01     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_15  C04   C05  C06  C01     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_16  C05   C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_17  C05   C06  C01  C02     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_18  C06   C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_19  C06   C01  C02  C03     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_20  N12   C17  N21  C20   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_21  N15   C16  C17  N12     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_22  N19   C18  C16  N15   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_23  N21   C17  C16  N15   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_24  N15   C14  N12  C11   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_25  C16   C17  N12  C11   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_26  N21   C17  N12  C11     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_27  N22   C18  C16  C17   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_28  C07   C03  C02  C01   180.00   0.0  0
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 CQS  CONST_30  S23   C06  C05  C04   180.00   0.0  0
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 CQS  CONST_40  H222  N22  C18  C16   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_41  H221  N22  C18  C16     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_42  C08   N09  C10  C11   180.00   0.0  0
 CQS  CONST_43  O13   C10  N09  C08     0.00   0.0  0
 CQS  CONST_44  H091  N09  C10  C11     0.00   0.0  0
 CQS  Var_01    C14   N12  C11  C10   -91.67  30.0  1
 CQS  Var_02    N26   S23  C06  C01    71.32  30.0  2
 CQS  Var_03    C08   C07  C03  C02   -81.39  30.0  2
 CQS  Var_04    N09   C08  C07  C03   176.44  30.0  3
 CQS  Var_05    N12   C11  C10  N09  -173.75  30.0  1
 CQS  Var_06    H261  N26  S23  C06    75.58  30.0  3
 CQS  Var_07    C07   C08  N09  C10  -179.43  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 CQS  plan-1  C01   0.020
 CQS  plan-1  C02   0.020
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 CQS  plan-4  H221  0.020
 CQS  plan-4  N22   0.020

