# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  2 00:21:12 2020
#   Inital geometry file: a 113 line input string
#   Ligand name: [(4Z)-2-[(1R,2R)-1-amino-2-hydroxypropyl]-4-(4-azidobenzylidene)-5-oxo-4,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl]acetic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@@H](O)[C@H](N)C1=N\C(=C/c2ccc(cc2)N=[N+]=[N-])C(=O)N1CC(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 CQ1  CQ1  '[(4Z)-2-[(1R,2R)-1-amino-2-hydroxypropyl]-4-(4-azidobenzylidene)-5-oxo-4,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl]acetic acid'  peptide  41  25  .  2022-11-17  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_CQ1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 CQ1  NY   N  N     -1  -0.190  -8.0878   1.0099   0.3895
 CQ1  NX   N  N      1   0.356  -7.1350   0.4416   0.5399
 CQ1  NW   N  N      0  -0.373  -6.1664  -0.2750   0.7581
 CQ1  CZ   C  CR6    0   0.258  -4.8967   0.2009   0.4137
 CQ1  CE1  C  CR16   0  -0.257  -3.8281  -0.6534   0.6893
 CQ1  CD1  C  CR16   0  -0.284  -2.5358  -0.2781   0.3891
 CQ1  CE2  C  CR16   0  -0.268  -4.6522   1.4433  -0.1703
 CQ1  CD2  C  CR16   0  -0.271  -3.3542   1.8123  -0.4656
 CQ1  CG2  C  CR6    0   0.172  -2.2688   0.9693  -0.1964
 CQ1  CB2  C  C1     0  -0.380  -0.9443   1.4426  -0.5345
 CQ1  CA2  C  CR5    0   0.114   0.2452   0.8256  -0.3967
 CQ1  N2   N  N      0  -0.455   0.5089  -0.4415   0.1043
 CQ1  C2   C  CR5    0   0.544   1.5232   1.4568  -0.7895
 CQ1  O2   O  O      0  -0.399   1.7689   2.5613  -1.2247
 CQ1  N3   N  NR5    0  -0.573   2.4509   0.4656  -0.5299
 CQ1  CA3  C  CH2    0  -0.453   3.8621   0.7030  -0.5529
 CQ1  C3   C  C      0   0.535   4.3565   1.2082   0.7869
 CQ1  O3   O  OH1    0  -0.576   5.6468   1.4858   0.7392
 CQ1  C1   C  CR5    0   0.603   1.7794  -0.6125   0.0220
 CQ1  CA1  C  CH1    0  -0.233   2.4865  -1.8758   0.4056
 CQ1  N1   N  NH2    0  -0.725   1.6722  -2.6043   1.3517
 CQ1  CB1  C  CH1    0   0.048   2.8704  -2.6460  -0.8796
 CQ1  CG1  C  CH3    0  -0.684   3.6540  -3.9081  -0.5602
 CQ1  OG1  O  OH1    0  -0.620   1.6711  -2.9173  -1.5670
 CQ1  H2   H  HCR6   0   0.248  -4.0250  -1.6156   1.1436
 CQ1  H3   H  HCR6   0   0.281  -1.7222  -0.9542   0.6095
 CQ1  H4   H  HCR6   0   0.235  -5.4596   2.1282  -0.3982
 CQ1  H5   H  HCR6   0   0.231  -3.1765   2.7801  -0.9183
 CQ1  H7   H  H      0   0.250  -0.9018   2.4393  -0.9625
 CQ1  H8   H  HCH2   0   0.274   4.4108  -0.1981  -0.8297
 CQ1  H9   H  HCH2   0   0.317   4.0857   1.4405  -1.3258
 CQ1  O1   O  O      0  -0.378   3.6581   1.3284   1.7578
 CQ1  H12  H  HOH1   0   0.460   5.9625   1.7945   1.6022
 CQ1  H14  H  HCH1   0   0.244   3.4240  -1.6130   0.9078
 CQ1  H15  H  HNH2   0   0.345   0.8192  -2.9146   0.9041
 CQ1  H16  H  HNH2   0   0.328   2.1654  -3.4348   1.6516
 CQ1  H18  H  HCH1   0   0.182   3.5196  -1.9979  -1.4867
 CQ1  H19  H  HCH3   0   0.225   3.0575  -4.6220   0.0091
 CQ1  H20  H  HCH3   0   0.227   3.9733  -4.4012  -1.4799
 CQ1  H21  H  HCH3   0   0.220   4.5524  -3.6744   0.0123
 CQ1  H22  H  HOH1   0   0.426   1.8820  -3.4346  -2.3505

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 CQ1  O3   C3   single    1.321  0.020  1.321
 CQ1  C3   CA3  single    1.515  0.020  1.515
 CQ1  CA3  N3   single    1.431  0.020  1.431
 CQ1  N1   CA1  single    1.445  0.020  1.445
 CQ1  N3   C2   single    1.382  0.020  1.382
 CQ1  N3   C1   single    1.385  0.020  1.385
 CQ1  O2   C2   double    1.212  0.020  1.212
 CQ1  CA1  C1   single    1.498  0.020  1.498
 CQ1  CA1  CB1  single    1.547  0.020  1.547
 CQ1  C2   CA2  single    1.479  0.020  1.479
 CQ1  C1   N2   double    1.285  0.020  1.285
 CQ1  CG1  CB1  single    1.520  0.020  1.520
 CQ1  CB1  OG1  single    1.409  0.020  1.409
 CQ1  CA2  N2   single    1.388  0.020  1.388
 CQ1  CA2  CB2  double    1.347  0.020  1.347
 CQ1  CB2  CG2  single    1.447  0.020  1.447
 CQ1  CG2  CD1  aromatic  1.404  0.020  1.404
 CQ1  CG2  CD2  aromatic  1.400  0.020  1.400
 CQ1  CD1  CE1  aromatic  1.379  0.020  1.379
 CQ1  CD2  CE2  aromatic  1.381  0.020  1.381
 CQ1  CE1  CZ   aromatic  1.396  0.020  1.396
 CQ1  CE2  CZ   aromatic  1.394  0.020  1.394
 CQ1  CZ   NW   single    1.399  0.020  1.399
 CQ1  NW   NX   double    1.224  0.020  1.224
 CQ1  NX   NY   double    1.120  0.020  1.120
 CQ1  CE1  H2   single    0.930  0.020  1.080
 CQ1  CD1  H3   single    0.930  0.020  1.080
 CQ1  CE2  H4   single    0.930  0.020  1.080
 CQ1  CD2  H5   single    0.930  0.020  1.080
 CQ1  CB2  H7   single    0.930  0.020  1.080
 CQ1  CA3  H8   single    0.970  0.020  1.090
 CQ1  CA3  H9   single    0.970  0.020  1.090
 CQ1  C3   O1   double    1.202  0.020  1.202
 CQ1  O3   H12  single    0.850  0.020  0.980
 CQ1  CA1  H14  single    0.970  0.020  1.090
 CQ1  N1   H15  single    0.890  0.020  1.040
 CQ1  N1   H16  single    0.890  0.020  1.040
 CQ1  CB1  H18  single    0.970  0.020  1.090
 CQ1  CG1  H19  single    0.970  0.020  1.090
 CQ1  CG1  H20  single    0.970  0.020  1.090
 CQ1  CG1  H21  single    0.970  0.020  1.090
 CQ1  OG1  H22  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 CQ1  NW   NX   NY   173.84  3.000
 CQ1  CZ   NW   NX   118.36  3.000
 CQ1  CE2  CZ   CE1  119.60  3.000
 CQ1  CE2  CZ   NW   124.43  3.000
 CQ1  CE1  CZ   NW   115.98  3.000
 CQ1  H2   CE1  CD1  120.27  3.000
 CQ1  H2   CE1  CZ   119.20  3.000
 CQ1  CD1  CE1  CZ   120.53  3.000
 CQ1  H3   CD1  CG2  119.86  3.000
 CQ1  H3   CD1  CE1  119.40  3.000
 CQ1  CG2  CD1  CE1  120.74  3.000
 CQ1  H4   CE2  CD2  119.12  3.000
 CQ1  H4   CE2  CZ   121.39  3.000
 CQ1  CD2  CE2  CZ   119.49  3.000
 CQ1  H5   CD2  CG2  119.41  3.000
 CQ1  H5   CD2  CE2  118.83  3.000
 CQ1  CG2  CD2  CE2  121.76  3.000
 CQ1  CB2  CG2  CD2  117.89  3.000
 CQ1  CD2  CG2  CD1  117.88  3.000
 CQ1  CB2  CG2  CD1  124.23  3.000
 CQ1  H7   CB2  CA2  115.24  3.000
 CQ1  H7   CB2  CG2  115.36  3.000
 CQ1  CA2  CB2  CG2  129.40  3.000
 CQ1  C2   CA2  N2   108.75  3.000
 CQ1  N2   CA2  CB2  128.53  3.000
 CQ1  C2   CA2  CB2  122.72  3.000
 CQ1  C1   N2   CA2  106.64  3.000
 CQ1  N3   C2   O2   125.79  3.000
 CQ1  O2   C2   CA2  131.26  3.000
 CQ1  N3   C2   CA2  102.95  3.000
 CQ1  C1   N3   CA3  127.85  3.000
 CQ1  C1   N3   C2   107.92  3.000
 CQ1  CA3  N3   C2   122.67  3.000
 CQ1  H9   CA3  H8   105.99  3.000
 CQ1  H9   CA3  C3   109.51  3.000
 CQ1  H8   CA3  C3   109.62  3.000
 CQ1  H9   CA3  N3   108.99  3.000
 CQ1  H8   CA3  N3   111.29  3.000
 CQ1  C3   CA3  N3   111.28  3.000
 CQ1  O1   C3   O3   125.15  3.000
 CQ1  O1   C3   CA3  123.93  3.000
 CQ1  O3   C3   CA3  110.92  3.000
 CQ1  H12  O3   C3   110.67  3.000
 CQ1  CA1  C1   N3   121.99  3.000
 CQ1  CA1  C1   N2   124.26  3.000
 CQ1  N3   C1   N2   113.67  3.000
 CQ1  H14  CA1  CB1  106.74  3.000
 CQ1  H14  CA1  N1   107.64  3.000
 CQ1  CB1  CA1  N1   115.64  3.000
 CQ1  H14  CA1  C1   108.61  3.000
 CQ1  CB1  CA1  C1   108.93  3.000
 CQ1  N1   CA1  C1   109.08  3.000
 CQ1  H16  N1   H15  106.89  3.000
 CQ1  H16  N1   CA1  109.47  3.000
 CQ1  H15  N1   CA1  109.88  3.000
 CQ1  H18  CB1  OG1  110.28  3.000
 CQ1  H18  CB1  CG1  107.52  3.000
 CQ1  OG1  CB1  CG1  112.44  3.000
 CQ1  H18  CB1  CA1  108.16  3.000
 CQ1  OG1  CB1  CA1  106.86  3.000
 CQ1  CG1  CB1  CA1  111.53  3.000
 CQ1  H21  CG1  H20  107.35  3.000
 CQ1  H21  CG1  H19  108.47  3.000
 CQ1  H20  CG1  H19  107.71  3.000
 CQ1  H21  CG1  CB1  110.92  3.000
 CQ1  H20  CG1  CB1  110.43  3.000
 CQ1  H19  CG1  CB1  111.79  3.000
 CQ1  H22  OG1  CB1  108.32  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 CQ1  CONST_01  CG2  CD1  CE1  CZ      0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_02  CG2  CD2  CE2  CZ      0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_03  CD2  CG2  CD1  CE1     0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_04  CD2  CE2  CZ   CE1     0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_05  CE2  CD2  CG2  CD1     0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_06  CE2  CZ   CE1  CD1     0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_07  C1   N3   C2   CA2     0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_08  N3   C1   N2   CA2     0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_09  C2   N3   C1   N2      0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_10  N3   C2   CA2  N2      0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_11  C1   N2   CA2  C2      0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_12  CD1  CE1  CZ   NW    180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_13  CD2  CE2  CZ   NW    180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_14  CB2  CG2  CD1  CE1   180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_15  CB2  CG2  CD2  CE2   180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_16  CA3  N3   C2   CA2   180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_17  CA1  C1   N2   CA2   180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_18  CA3  N3   C1   N2    180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_19  CA1  C1   N3   C2    180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_20  C1   N3   C2   O2    180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_21  H3   CD1  CE1  CZ    180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_22  H5   CD2  CE2  CZ    180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_23  H4   CE2  CZ   CE1   180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_24  H2   CE1  CZ   CE2   180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_25  CE1  CZ   NW   NX    180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_26  CE2  CZ   NW   NX      0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_27  CA3  N3   C2   O2      0.00   0.0  0
 CQ1  CONST_29  CZ   NW   NX   NY    180.00   0.0  0
 CQ1  CONST_30  H12  O3   C3   CA3   180.00   0.0  0
 CQ1  Var_01    CA2  CB2  CG2  CD1     1.33  30.0  3
 CQ1  Var_02    C2   CA2  CB2  CG2  -179.69  30.0  2
 CQ1  Var_03    C3   CA3  N3   C2     86.35  30.0  1
 CQ1  Var_04    O3   C3   CA3  N3   -176.99  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 CQ1  chir_01  CA1  N1   C1   CB1  positiv
 CQ1  chir_02  CB1  OG1  CA1  CG1  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 CQ1  plan-1  CB2  0.020
 CQ1  plan-1  CA2  0.020
 CQ1  plan-1  N2   0.020
 CQ1  plan-1  C2   0.020
 CQ1  plan-1  O2   0.020
 CQ1  plan-1  N3   0.020
 CQ1  plan-1  CA3  0.020
 CQ1  plan-1  C1   0.020
 CQ1  plan-1  CA1  0.020
 CQ1  plan-2  NY   0.020
 CQ1  plan-2  NX   0.020
 CQ1  plan-2  NW   0.020
 CQ1  plan-2  CZ   0.020
 CQ1  plan-2  CE1  0.020
 CQ1  plan-2  CD1  0.020
 CQ1  plan-2  CE2  0.020
 CQ1  plan-2  CD2  0.020
 CQ1  plan-2  CG2  0.020
 CQ1  plan-2  CB2  0.020
 CQ1  plan-2  H2   0.020
 CQ1  plan-2  H3   0.020
 CQ1  plan-2  H4   0.020
 CQ1  plan-2  H5   0.020
 CQ1  plan-3  CA3  0.020
 CQ1  plan-3  C3   0.020
 CQ1  plan-3  O3   0.020
 CQ1  plan-3  O1   0.020
 CQ1  plan-3  H12  0.020

