# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Apr 20 04:46:53 2020
#   Inital geometry file: a 79 line input string
#   Ligand name: (2R)-2-{[4-chloro-6-(ethylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]amino}-2-methylbutanenitrile
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCNc1nc(Cl)nc(N[C@](C)(CC)C#N)n1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 CET  CET  (2R)-2-{[4-chloro-6-(ethylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]amino}-2-methylbutanenitrile  ligand  32  17  .  2021-08-07  2021-08-07  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_CET
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 CET  N1    N   N     0  -0.455   0.7526  -0.0637   2.1716
 CET  C2    C   CR6   0   0.325   1.3565   0.0019   1.0169
 CET  CL2   CL  CL    0  -0.097   3.0865  -0.0172   1.0739
 CET  N3    N   N     0  -0.452   0.8344   0.0797  -0.1794
 CET  C4    C   CR6   0   0.638  -0.5092   0.0901  -0.1681
 CET  N5    N   N     0  -0.501  -1.2627   0.0280   0.9199
 CET  C6    C   CR6   0   0.629  -0.5937  -0.0466   2.0719
 CET  N7    N   NH1   0  -0.678  -1.1397   0.1572  -1.3504
 CET  C8    C   CT    0   0.043  -0.5101   0.2529  -2.6533
 CET  C9    C   CSP   0   0.152   0.4318  -0.8719  -2.8309
 CET  N9    N   NS    0  -0.264   1.1430  -1.7510  -3.0392
 CET  C10   C   CH2   0  -0.459  -1.6343   0.0897  -3.6981
 CET  C11   C   CH3   0  -0.680  -1.1780   0.1272  -5.1470
 CET  C12   C   CH3   0  -0.644   0.2364   1.5761  -2.8425
 CET  N13   N   NH1   0  -0.643  -1.2955  -0.1069   3.1981
 CET  C14   C   CH2   0  -0.262  -0.7187  -0.2178   4.5247
 CET  C15   C   CH3   0  -0.702  -1.8138  -0.1819   5.5725
 CET  HN7   H   HNH1  0   0.414  -2.1473   0.1239  -1.3221
 CET  H101  H   HCH2  0   0.265  -2.1550  -0.8499  -3.4986
 CET  H102  H   HCH2  0   0.266  -2.3497   0.8962  -3.5173
 CET  H111  H   HCH3  0   0.252  -2.0298  -0.0646  -5.7980
 CET  H112  H   HCH3  0   0.237  -0.7678   1.0970  -5.4249
 CET  H113  H   HCH3  0   0.236  -0.4267  -0.6337  -5.3620
 CET  H121  H   HCH3  0   0.254  -0.4776   2.3962  -2.7688
 CET  H122  H   HCH3  0   0.267   1.0052   1.7065  -2.0854
 CET  H123  H   HCH3  0   0.252   0.7135   1.6190  -3.8202
 CET  HN3   H   HNH1  0   0.404  -2.2987  -0.1210   3.1024
 CET  H141  H   HCH2  0   0.241  -0.0144   0.5998   4.6874
 CET  H142  H   HCH2  0   0.239  -0.1499  -1.1470   4.6070
 CET  H151  H   HCH3  0   0.249  -1.3758  -0.2611   6.5661
 CET  H152  H   HCH3  0   0.237  -2.3763   0.7513   5.5286
 CET  H153  H   HCH3  0   0.237  -2.5113  -1.0113   5.4488

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 CET  N1   C2    aromatic  1.305  0.020  1.305
 CET  N1   C6    aromatic  1.350  0.020  1.350
 CET  C2   CL2   single    1.731  0.020  1.731
 CET  C2   N3    aromatic  1.308  0.020  1.308
 CET  N3   C4    aromatic  1.344  0.020  1.344
 CET  C4   N5    aromatic  1.325  0.020  1.325
 CET  C4   N7    single    1.342  0.020  1.342
 CET  N5   C6    aromatic  1.334  0.020  1.334
 CET  C6   N13   single    1.328  0.020  1.328
 CET  N7   C8    single    1.450  0.020  1.450
 CET  N7   HN7   single    0.860  0.020  1.020
 CET  C8   C9    single    1.478  0.020  1.478
 CET  C8   C10   single    1.543  0.020  1.543
 CET  C8   C12   single    1.531  0.020  1.531
 CET  C9   N9    triple    1.150  0.020  1.150
 CET  C10  C11   single    1.520  0.020  1.520
 CET  C10  H101  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C10  H102  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C11  H111  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C11  H112  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C11  H113  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C12  H121  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C12  H122  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C12  H123  single    0.970  0.020  1.090
 CET  N13  C14   single    1.451  0.020  1.451
 CET  N13  HN3   single    0.860  0.020  1.020
 CET  C14  C15   single    1.516  0.020  1.516
 CET  C14  H141  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C14  H142  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C15  H151  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C15  H152  single    0.970  0.020  1.090
 CET  C15  H153  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 CET  C6    N1   C2    113.30  3.000
 CET  N3    C2   CL2   115.46  3.000
 CET  N3    C2   N1    128.89  3.000
 CET  CL2   C2   N1    115.65  3.000
 CET  C4    N3   C2    113.08  3.000
 CET  N7    C4   N5    117.31  3.000
 CET  N7    C4   N3    117.57  3.000
 CET  N5    C4   N3    125.12  3.000
 CET  C6    N5   C4    115.24  3.000
 CET  N13   C6   N5    118.01  3.000
 CET  N13   C6   N1    117.62  3.000
 CET  N5    C6   N1    124.36  3.000
 CET  HN7   N7   C8    117.46  3.000
 CET  HN7   N7   C4    116.30  3.000
 CET  C8    N7   C4    126.23  3.000
 CET  C12   C8   C10   111.28  3.000
 CET  C12   C8   C9    109.40  3.000
 CET  C10   C8   C9    107.60  3.000
 CET  C12   C8   N7    112.32  3.000
 CET  C10   C8   N7    106.56  3.000
 CET  C9    C8   N7    109.54  3.000
 CET  N9    C9   C8    180.00  3.000
 CET  H102  C10  H101  107.00  3.000
 CET  H102  C10  C11   109.63  3.000
 CET  H101  C10  C11   109.78  3.000
 CET  H102  C10  C8    106.66  3.000
 CET  H101  C10  C8    108.33  3.000
 CET  C11   C10  C8    115.10  3.000
 CET  H113  C11  H112  108.15  3.000
 CET  H113  C11  H111  107.34  3.000
 CET  H112  C11  H111  107.39  3.000
 CET  H113  C11  C10   112.18  3.000
 CET  H112  C11  C10   112.24  3.000
 CET  H111  C11  C10   109.31  3.000
 CET  H123  C12  H122  108.11  3.000
 CET  H123  C12  H121  108.55  3.000
 CET  H122  C12  H121  109.03  3.000
 CET  H123  C12  C8    111.02  3.000
 CET  H122  C12  C8    111.26  3.000
 CET  H121  C12  C8    108.82  3.000
 CET  HN3   N13  C14   118.78  3.000
 CET  HN3   N13  C6    116.49  3.000
 CET  C14   N13  C6    124.66  3.000
 CET  H142  C14  H141  106.85  3.000
 CET  H142  C14  C15   110.13  3.000
 CET  H141  C14  C15   110.20  3.000
 CET  H142  C14  N13   109.93  3.000
 CET  H141  C14  N13   109.61  3.000
 CET  C15   C14  N13   110.06  3.000
 CET  H153  C15  H152  108.44  3.000
 CET  H153  C15  H151  107.79  3.000
 CET  H152  C15  H151  107.85  3.000
 CET  H153  C15  C14   111.44  3.000
 CET  H152  C15  C14   111.41  3.000
 CET  H151  C15  C14   109.78  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 CET  CONST_01  C4    N3   C2   N1      0.00   0.0  0
 CET  CONST_02  C4    N5   C6   N1      0.00   0.0  0
 CET  CONST_03  N5    C6   N1   C2      0.00   0.0  0
 CET  CONST_04  N5    C4   N3   C2      0.00   0.0  0
 CET  CONST_05  C6    N1   C2   N3      0.00   0.0  0
 CET  CONST_06  C6    N5   C4   N3      0.00   0.0  0
 CET  CONST_07  N13   C6   N1   C2    180.00   0.0  0
 CET  CONST_08  N7    C4   N3   C2    180.00   0.0  0
 CET  CONST_09  C6    N1   C2   CL2   180.00   0.0  0
 CET  CONST_10  C4    N3   C2   CL2   180.00   0.0  0
 CET  CONST_11  N13   C6   N5   C4    180.00   0.0  0
 CET  CONST_12  N7    C4   N5   C6    180.00   0.0  0
 CET  CONST_13  C14   N13  C6   N1      0.00   0.0  0
 CET  CONST_14  C8    N7   C4   N3      0.00   0.0  0
 CET  CONST_15  C8    N7   C4   N5    180.00   0.0  0
 CET  CONST_16  C14   N13  C6   N5    180.00   0.0  0
 CET  CONST_17  HN3   N13  C6   N1    180.00   0.0  0
 CET  CONST_18  HN7   N7   C4   N3    180.00   0.0  0
 CET  Var_01    C15   C14  N13  C6    176.81  30.0  3
 CET  Var_02    H111  C11  C10  C8    176.12  30.0  3
 CET  Var_03    H151  C15  C14  N13  -179.76  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 CET  chir_01  C8  C9  C10  C12  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 CET  plan-1  N1   0.020
 CET  plan-1  C2   0.020
 CET  plan-1  CL2  0.020
 CET  plan-1  N3   0.020
 CET  plan-1  C4   0.020
 CET  plan-1  N5   0.020
 CET  plan-1  C6   0.020
 CET  plan-1  N7   0.020
 CET  plan-1  N13  0.020
 CET  plan-2  C4   0.020
 CET  plan-2  N7   0.020
 CET  plan-2  C8   0.020
 CET  plan-2  HN7  0.020
 CET  plan-3  C6   0.020
 CET  plan-3  N13  0.020
 CET  plan-3  C14  0.020
 CET  plan-3  HN3  0.020

