# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 17 18:21:14 2020
#   Inital geometry file: a 53 line input string
#   Ligand name: [(1R)-1-amino-3-methylbutyl]boronic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)C[C@H](N)B(O)O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 BLE  BLE  '[(1R)-1-amino-3-methylbutyl]boronic acid'  peptide  23  9  .  2022-09-22  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT (side chain)
;

data_comp_BLE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 BLE  CA    C  CH1   0  -0.242   0.5179   0.2969   0.5390
 BLE  CB    C  CH2   0  -0.459  -0.6282  -0.3974  -0.2128
 BLE  CG    C  CH1   0  -0.211  -2.0567  -0.0663   0.2448
 BLE  CD1   C  CH3   0  -0.652  -2.5909   1.2415  -0.3334
 BLE  CD2   C  CH3   0  -0.658  -2.9968  -1.2139  -0.1200
 BLE  N     N  NH2   0  -0.803   0.4204   1.7595   0.4417
 BLE  B     B  B     0   0.498   1.9019  -0.3253   0.0549
 BLE  O1    O  OH1   0  -0.626   2.6889   0.4163  -0.7757
 BLE  O2    O  OH1   0  -0.632   2.2167  -1.5816   0.4884
 BLE  HA    H  HCH1  0   0.210   0.3828   0.0425   1.5995
 BLE  HB2   H  HCH2  0   0.208  -0.5436  -0.2024  -1.2902
 BLE  HB3   H  HCH2  0   0.227  -0.4819  -1.4763  -0.0997
 BLE  HG    H  HCH1  0   0.205  -2.0446   0.0212   1.3381
 BLE  HD11  H  HCH3  0   0.202  -2.5998   1.2053  -1.4262
 BLE  HD12  H  HCH3  0   0.211  -3.6174   1.4203  -0.0059
 BLE  HD13  H  HCH3  0   0.234  -1.9811   2.0889  -0.0281
 BLE  HD21  H  HCH3  0   0.221  -2.6856  -2.1505   0.3464
 BLE  HD22  H  HCH3  0   0.221  -4.0208  -1.0076   0.1979
 BLE  HD23  H  HCH3  0   0.210  -3.0149  -1.3748  -1.2011
 BLE  H     H  HNH2  0   0.342   1.2306   2.1778   0.8834
 BLE  HN2   H  HNH2  0   0.332   0.4824   2.0349  -0.5320
 BLE  HO1   H  HOH1  0   0.481   3.5054  -0.0003  -1.0686
 BLE  HO2   H  HOH1  0   0.480   3.0434  -1.9474   0.1580

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 BLE  CA   CB    single  1.530  0.020  1.530
 BLE  CA   N     single  1.458  0.019  1.458
 BLE  CA   B     single  1.593  0.020  1.593
 BLE  CA   HA    single  0.970  0.020  0.970
 BLE  CB   CG    single  1.536  0.020  1.536
 BLE  CB   HB2   single  0.970  0.020  1.090
 BLE  CB   HB3   single  0.970  0.020  1.090
 BLE  CG   CD1   single  1.526  0.020  1.526
 BLE  CG   CD2   single  1.528  0.020  1.528
 BLE  CG   HG    single  0.970  0.020  1.090
 BLE  CD1  HD11  single  0.970  0.020  1.090
 BLE  CD1  HD12  single  0.970  0.020  1.090
 BLE  CD1  HD13  single  0.970  0.020  1.090
 BLE  CD2  HD21  single  0.970  0.020  1.090
 BLE  CD2  HD22  single  0.970  0.020  1.090
 BLE  CD2  HD23  single  0.970  0.020  1.090
 BLE  N    H     single  0.860  0.020  0.860
 BLE  N    HN2   single  0.890  0.020  1.040
 BLE  B    O1    single  1.363  0.020  1.363
 BLE  B    O2    single  1.366  0.020  1.366
 BLE  O1   HO1   single  0.850  0.020  0.980
 BLE  O2   HO2   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 BLE  HA    CA   B     108.04  3.000
 BLE  HA    CA   N     110.00  3.000
 BLE  B     CA   N     115.24  3.000
 BLE  HA    CA   CB    109.00  3.000
 BLE  B     CA   CB    108.84  3.000
 BLE  N     CA   CB    110.50  1.700
 BLE  HB3   CB   HB2   105.43  3.000
 BLE  HB3   CB   CG    107.81  3.000
 BLE  HB2   CB   CG    109.01  3.000
 BLE  HB3   CB   CA    107.16  3.000
 BLE  HB2   CB   CA    110.02  3.000
 BLE  CG    CB   CA    116.78  3.000
 BLE  HG    CG   CD2   107.74  3.000
 BLE  HG    CG   CD1   108.25  3.000
 BLE  CD2   CG   CD1   109.74  3.000
 BLE  HG    CG   CB    107.69  3.000
 BLE  CD2   CG   CB    109.83  3.000
 BLE  CD1   CG   CB    113.40  3.000
 BLE  HD13  CD1  HD12  108.37  3.000
 BLE  HD13  CD1  HD11  108.11  3.000
 BLE  HD12  CD1  HD11  107.30  3.000
 BLE  HD13  CD1  CG    111.41  3.000
 BLE  HD12  CD1  CG    110.83  3.000
 BLE  HD11  CD1  CG    110.68  3.000
 BLE  HD23  CD2  HD22  107.47  3.000
 BLE  HD23  CD2  HD21  107.51  3.000
 BLE  HD22  CD2  HD21  107.76  3.000
 BLE  HD23  CD2  CG    110.91  3.000
 BLE  HD22  CD2  CG    111.45  3.000
 BLE  HD21  CD2  CG    111.54  3.000
 BLE  HN2   N    H     104.93  3.000
 BLE  HN2   N    CA    109.27  3.000
 BLE  H     N    CA    114.00  3.000
 BLE  O2    B    O1    124.10  3.000
 BLE  O2    B    CA    117.59  3.000
 BLE  O1    B    CA    118.31  3.000
 BLE  HO1   O1   B     116.08  3.000
 BLE  HO2   O2   B     116.01  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 BLE  Var_01  CD1   CG   CB  CA  81.60  30.0  3
 BLE  Var_02  HD11  CD1  CG  CB  59.36  30.0  3
 BLE  Var_03  HD21  CD2  CG  CB  59.26  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 BLE  chir_01  CA  CB  N  B  positiv

