# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar  9 12:53:00 2022
#   Inital geometry file: a 56 line input string
#   Ligand name: beta-D-mannopyranuronic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O[C@@H]1O[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 BEM  BEM  'beta-D-mannopyranuronic acid'  D-saccharide  22  13  .  2019-10-31  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_BEM
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 BEM  C1   C  CH1    0   0.254  -6.5591   1.1667   0.9704
 BEM  C2   C  CH1    0  -0.087  -6.3226   1.0422  -0.5338
 BEM  O2   O  OH1    0  -0.664  -7.4894   0.5888  -1.1932
 BEM  C3   C  CH1    0   0.009  -5.8091   2.3718  -1.0904
 BEM  O3   O  OH1    0  -0.660  -5.5903   2.3046  -2.4772
 BEM  C4   C  CH1    0   0.012  -6.7215   3.5270  -0.6869
 BEM  O4   O  OH1    0  -0.697  -6.1259   4.7422  -1.0444
 BEM  C5   C  CH1    0  -0.154  -6.9773   3.4669   0.8319
 BEM  O5   O  O2     0  -0.492  -7.4796   2.2070   1.2106
 BEM  C6   C  C      0   0.437  -7.9393   4.5849   1.2896
 BEM  O6B  O  OC    -1  -0.553  -8.8274   4.3129   2.0985
 BEM  O6A  O  O      0  -0.612  -7.6964   5.7122   0.7793
 BEM  O1   O  OH1    0  -0.650  -7.0445   0.0063   1.5337
 BEM  H1   H  HCH1   0   0.205  -5.6045   1.3944   1.4687
 BEM  H2   H  HCH1   0   0.255  -5.5649   0.2720  -0.7087
 BEM  HO2  H  HOH1   0   0.447  -8.2198   1.1904  -1.0048
 BEM  H3   H  HCH1   0   0.230  -4.8282   2.5561  -0.6350
 BEM  HO3  H  HOH1   0   0.438  -6.4108   2.0170  -2.8937
 BEM  H4   H  HCH1   0   0.182  -7.6960   3.4037  -1.1971
 BEM  HO4  H  HOH1   0   0.436  -6.6127   5.3941  -0.4855
 BEM  H5   H  HCH1   0   0.219  -6.0061   3.6478   1.3290
 BEM  HO1  H  HOH1   0   0.446  -7.6961  -0.3837   0.9367

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 BEM  O3   C3   single  1.406  0.020  1.406
 BEM  O2   C2   single  1.415  0.020  1.415
 BEM  C3   C4   single  1.526  0.020  1.526
 BEM  C3   C2   single  1.530  0.020  1.530
 BEM  O4   C4   single  1.400  0.020  1.400
 BEM  C4   C5   single  1.541  0.020  1.541
 BEM  C2   C1   single  1.528  0.020  1.528
 BEM  O6A  C6   deloc   1.261  0.020  1.261
 BEM  C5   O5   single  1.408  0.020  1.408
 BEM  C5   C6   single  1.544  0.020  1.544
 BEM  C1   O5   single  1.410  0.020  1.410
 BEM  C1   O1   single  1.378  0.020  1.378
 BEM  C6   O6B  deloc   1.232  0.020  1.232
 BEM  C1   H1   single  0.970  0.020  1.090
 BEM  C2   H2   single  0.970  0.020  1.090
 BEM  O2   HO2  single  0.850  0.020  0.980
 BEM  C3   H3   single  0.970  0.020  1.090
 BEM  O3   HO3  single  0.850  0.020  0.980
 BEM  C4   H4   single  0.970  0.020  1.090
 BEM  O4   HO4  single  0.850  0.020  0.980
 BEM  C5   H5   single  0.970  0.020  1.090
 BEM  O1   HO1  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 BEM  H1   C1  O1   107.13  3.000
 BEM  H1   C1  O5   109.67  3.000
 BEM  O1   C1  O5   108.76  3.000
 BEM  H1   C1  C2   109.18  3.000
 BEM  O1   C1  C2   112.85  3.000
 BEM  O5   C1  C2   109.21  3.000
 BEM  H2   C2  C3   108.72  3.000
 BEM  H2   C2  O2   105.72  3.000
 BEM  C3   C2  O2   112.69  3.000
 BEM  H2   C2  C1   108.77  3.000
 BEM  C3   C2  C1   109.83  3.000
 BEM  O2   C2  C1   110.94  3.000
 BEM  HO2  O2  C2   109.48  3.000
 BEM  H3   C3  C4   107.31  3.000
 BEM  H3   C3  O3   106.17  3.000
 BEM  C4   C3  O3   112.96  3.000
 BEM  H3   C3  C2   107.16  3.000
 BEM  C4   C3  C2   111.15  3.000
 BEM  O3   C3  C2   111.69  3.000
 BEM  HO3  O3  C3   107.94  3.000
 BEM  H4   C4  C5   107.68  3.000
 BEM  H4   C4  O4   110.71  3.000
 BEM  C5   C4  O4   110.86  3.000
 BEM  H4   C4  C3   108.67  3.000
 BEM  C5   C4  C3   109.28  3.000
 BEM  O4   C4  C3   109.58  3.000
 BEM  HO4  O4  C4   102.64  3.000
 BEM  H5   C5  C6   107.18  3.000
 BEM  H5   C5  O5   109.80  3.000
 BEM  C6   C5  O5   110.23  3.000
 BEM  H5   C5  C4   106.90  3.000
 BEM  C6   C5  C4   111.54  3.000
 BEM  O5   C5  C4   111.04  3.000
 BEM  C5   O5  C1   112.42  3.000
 BEM  O6A  C6  O6B  127.02  3.000
 BEM  O6B  C6  C5   118.94  3.000
 BEM  O6A  C6  C5   114.03  3.000
 BEM  HO1  O1  C1   108.96  3.000

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 BEM  chir_01  C1  C2  O5  O1  negativ
 BEM  chir_02  C2  O2  C1  C3  positiv
 BEM  chir_03  C3  O3  C2  C4  positiv
 BEM  chir_04  C4  O4  C3  C5  negativ
 BEM  chir_05  C5  O5  C4  C6  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 BEM  plan-1  C5   0.020
 BEM  plan-1  C6   0.020
 BEM  plan-1  O6B  0.020
 BEM  plan-1  O6A  0.020

