# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 30 05:02:37 2021
#   Inital geometry file: a 119 line input string
#   Ligand name: a 2 line input string
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O[C@H]1C[C@@H](O[C@@H]1CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)N2C=C(C=O)C(=O)NC2=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 B7A  B7A  '2'-deoxy-5-formyluridine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)'  ligand  45  30  .  2022-11-17  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_B7A
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 B7A  C10  C  CH1   0   0.020  -12.6404   6.2032  64.3451
 B7A  C26  C  CR6   0   0.751   -8.7250   7.1537  62.1316
 B7A  C01  C  C1    0   0.125   -7.3584   7.2519  66.1707
 B7A  O02  O  O     0  -0.358   -8.1100   7.3153  67.1189
 B7A  C03  C  CR6   0  -0.313   -7.7952   7.1925  64.7802
 B7A  C04  C  CR16  0   0.167   -9.1212   7.1357  64.4776
 B7A  N05  N  NR6   0  -0.581   -9.5880   7.0974  63.2215
 B7A  C06  C  CH1   0   0.247  -11.0412   7.0532  62.8941
 B7A  C07  C  CH2   0  -0.569  -11.4759   5.6901  62.3683
 B7A  C08  C  CH1   0  -0.020  -12.0430   5.0032  63.6033
 B7A  O09  O  OH1   0  -0.686  -12.9963   4.0391  63.2731
 B7A  C11  C  CH2   0  -0.209  -12.8299   6.0646  65.8329
 B7A  O12  O  O2    0  -0.542  -11.5729   5.8038  66.4694
 B7A  P13  P  P     0   1.416  -11.3646   4.7756  67.6604
 B7A  O14  O  OH1   0  -0.655  -12.6280   4.8752  68.6094
 B7A  O15  O  O     0  -0.656  -10.0221   4.8582  68.2382
 B7A  O16  O  O2    0  -0.588  -11.6235   3.3356  66.9646
 B7A  P17  P  P     0   1.457  -12.6870   2.2254  66.5638
 B7A  O18  O  O     0  -0.706  -12.7485   1.9841  65.1112
 B7A  O19  O  OH1   0  -0.635  -13.9974   2.7025  67.2987
 B7A  O20  O  O2    0  -0.608  -12.1522   0.9276  67.3296
 B7A  P21  P  P     0   1.442  -12.2887   0.5094  68.9049
 B7A  O22  O  OH1   0  -0.673  -11.1567  -0.5913  69.0124
 B7A  O23  O  O     0  -0.761  -13.6511   0.1305  69.3019
 B7A  O24  O  OH1   0  -0.735  -11.6259   1.7788  69.5804
 B7A  O25  O  O2    0  -0.491  -11.7702   7.2943  64.0566
 B7A  O27  O  O     0  -0.577   -9.1336   7.1612  60.9928
 B7A  N28  N  NR16  0  -0.617   -7.3976   7.1954  62.4473
 B7A  C29  C  CR6   0   0.559   -6.8243   7.2106  63.7082
 B7A  O30  O  O     0  -0.547   -5.6161   7.2443  63.8364
 B7A  H1   H  HCH1  0   0.224  -13.6353   6.4070  63.9269
 B7A  H2   H  H     0   0.222   -6.2669   7.2396  66.3124
 B7A  H3   H  HCR6  0   0.352   -9.8569   7.1199  65.2681
 B7A  H4   H  HCH1  0   0.307  -11.2108   7.8548  62.1746
 B7A  H5   H  HCH2  0   0.277  -12.2725   5.8335  61.6347
 B7A  H6   H  HCH2  0   0.254  -10.6767   5.1293  61.8891
 B7A  H7   H  HCH1  0   0.277  -11.2222   4.5728  64.1912
 B7A  H8   H  HOH1  0   0.446  -12.9337   3.2967  63.8961
 B7A  H9   H  HCH2  0   0.259  -13.2453   6.9787  66.2592
 B7A  H10  H  HCH2  0   0.157  -13.5591   5.2681  66.0041
 B7A  H11  H  HOH1  0   0.554  -12.6075   5.6163  69.2322
 B7A  H12  H  HOH1  0   0.538  -14.8187   2.2908  66.9890
 B7A  H13  H  HOH1  0   0.517  -11.4636  -1.4998  68.8809
 B7A  H14  H  HOH1  0   0.514  -11.9407   1.9767  70.4737
 B7A  H15  H  HNR6  0   0.447   -6.7643   7.2250  61.6568

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 B7A  O27  C26  double  1.210  0.020  1.210
 B7A  C26  N28  single  1.365  0.020  1.365
 B7A  C26  N05  single  1.391  0.020  1.391
 B7A  N28  C29  single  1.385  0.020  1.385
 B7A  C07  C06  single  1.524  0.020  1.524
 B7A  C07  C08  single  1.523  0.020  1.523
 B7A  C06  N05  single  1.490  0.020  1.490
 B7A  C06  O25  single  1.393  0.020  1.393
 B7A  N05  C04  single  1.341  0.020  1.341
 B7A  O09  C08  single  1.395  0.020  1.395
 B7A  C29  O30  double  1.215  0.020  1.215
 B7A  C29  C03  single  1.447  0.020  1.447
 B7A  C08  C10  single  1.532  0.020  1.532
 B7A  O25  C10  single  1.425  0.020  1.425
 B7A  C04  C03  double  1.361  0.020  1.361
 B7A  C10  C11  single  1.506  0.020  1.506
 B7A  C03  C01  single  1.459  0.020  1.459
 B7A  O18  P17  double  1.474  0.020  1.474
 B7A  C01  O02  double  1.212  0.020  1.212
 B7A  C11  O12  single  1.433  0.020  1.433
 B7A  O12  P13  single  1.587  0.020  1.587
 B7A  P17  O16  single  1.589  0.020  1.589
 B7A  P17  O19  single  1.576  0.020  1.576
 B7A  P17  O20  single  1.599  0.020  1.599
 B7A  O16  P13  single  1.620  0.020  1.620
 B7A  O20  P21  single  1.636  0.020  1.636
 B7A  P13  O15  double  1.464  0.020  1.464
 B7A  P13  O14  single  1.583  0.020  1.583
 B7A  P21  O23  double  1.469  0.020  1.469
 B7A  P21  O22  single  1.583  0.020  1.583
 B7A  P21  O24  single  1.583  0.020  1.583
 B7A  C10  H1   single  0.970  0.020  1.090
 B7A  C01  H2   single  0.930  0.020  1.080
 B7A  C04  H3   single  0.930  0.020  1.080
 B7A  C06  H4   single  0.970  0.020  1.090
 B7A  C07  H5   single  0.970  0.020  1.090
 B7A  C07  H6   single  0.970  0.020  1.090
 B7A  C08  H7   single  0.970  0.020  1.090
 B7A  O09  H8   single  0.850  0.020  0.980
 B7A  C11  H9   single  0.970  0.020  1.090
 B7A  C11  H10  single  0.970  0.020  1.090
 B7A  O14  H11  single  0.850  0.020  0.980
 B7A  O19  H12  single  0.850  0.020  0.980
 B7A  O22  H13  single  0.850  0.020  0.980
 B7A  O24  H14  single  0.850  0.020  0.980
 B7A  N28  H15  single  0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 B7A  H1   C10  O25  109.51  3.000
 B7A  H1   C10  C11  106.21  3.000
 B7A  O25  C10  C11  110.32  3.000
 B7A  H1   C10  C08  108.31  3.000
 B7A  C11  C10  C08  117.08  3.000
 B7A  O25  C10  C08  105.28  3.000
 B7A  N28  C26  O27  123.09  3.000
 B7A  N28  C26  N05  115.04  3.000
 B7A  O27  C26  N05  121.87  3.000
 B7A  H2   C01  C03  114.78  3.000
 B7A  H2   C01  O02  121.00  3.000
 B7A  C03  C01  O02  124.22  3.000
 B7A  C29  C03  C04  119.32  3.000
 B7A  C04  C03  C01  120.35  3.000
 B7A  C29  C03  C01  120.33  3.000
 B7A  H3   C04  N05  116.63  3.000
 B7A  H3   C04  C03  120.10  3.000
 B7A  N05  C04  C03  123.27  3.000
 B7A  C06  N05  C04  123.11  3.000
 B7A  C04  N05  C26  121.12  3.000
 B7A  C06  N05  C26  115.73  3.000
 B7A  H4   C06  O25  110.00  3.000
 B7A  H4   C06  C07  112.67  3.000
 B7A  O25  C06  C07  107.06  3.000
 B7A  H4   C06  N05  105.95  3.000
 B7A  O25  C06  N05  108.78  3.000
 B7A  C07  C06  N05  112.36  3.000
 B7A  H6   C07  H5   107.92  3.000
 B7A  H6   C07  C08  113.48  3.000
 B7A  H5   C07  C08  109.40  3.000
 B7A  H6   C07  C06  113.80  3.000
 B7A  H5   C07  C06  108.80  3.000
 B7A  C08  C07  C06  103.28  3.000
 B7A  H7   C08  O09  111.51  3.000
 B7A  H7   C08  C07  109.44  3.000
 B7A  O09  C08  C07  111.97  3.000
 B7A  H7   C08  C10  109.84  3.000
 B7A  O09  C08  C10  112.92  3.000
 B7A  C07  C08  C10  100.64  3.000
 B7A  H8   O09  C08  109.41  3.000
 B7A  H10  C11  H9   107.17  3.000
 B7A  H10  C11  O12  112.52  3.000
 B7A  H9   C11  O12  108.24  3.000
 B7A  H10  C11  C10  107.80  3.000
 B7A  H9   C11  C10  110.90  3.000
 B7A  O12  C11  C10  110.19  3.000
 B7A  P13  O12  C11  124.50  3.000
 B7A  O16  P13  O15  111.49  3.000
 B7A  O15  P13  O14  119.45  3.000
 B7A  O16  P13  O14  100.71  3.000
 B7A  O14  P13  O12  107.72  3.000
 B7A  O15  P13  O12  112.33  3.000
 B7A  O16  P13  O12  103.44  3.000
 B7A  H11  O14  P13  114.63  3.000
 B7A  P17  O16  P13  146.77  3.000
 B7A  O20  P17  O19  107.48  3.000
 B7A  O20  P17  O18  110.68  3.000
 B7A  O19  P17  O18  118.31  3.000
 B7A  O20  P17  O16  102.86  3.000
 B7A  O19  P17  O16  103.14  3.000
 B7A  O18  P17  O16  113.02  3.000
 B7A  H12  O19  P17  115.27  3.000
 B7A  P21  O20  P17  129.86  3.000
 B7A  O24  P21  O23  118.67  3.000
 B7A  O24  P21  O22  103.25  3.000
 B7A  O23  P21  O22  117.76  3.000
 B7A  O24  P21  O20   99.84  3.000
 B7A  O22  P21  O20  100.58  3.000
 B7A  O23  P21  O20  113.81  3.000
 B7A  H13  O22  P21  114.63  3.000
 B7A  H14  O24  P21  114.93  3.000
 B7A  C06  O25  C10  110.85  3.000
 B7A  H15  N28  C29  116.81  3.000
 B7A  H15  N28  C26  115.35  3.000
 B7A  C29  N28  C26  127.83  3.000
 B7A  O30  C29  N28  120.52  3.000
 B7A  O30  C29  C03  126.12  3.000
 B7A  N28  C29  C03  113.37  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 B7A  CONST_01  C03  C29  N28  C26    0.00   0.0  0
 B7A  CONST_02  N28  C26  N05  C04    0.00   0.0  0
 B7A  CONST_03  C29  N28  C26  N05    0.00   0.0  0
 B7A  CONST_04  N28  C26  N05  C06  180.00   0.0  0
 B7A  CONST_05  O30  C29  N28  C26  180.00   0.0  0
 B7A  CONST_06  O27  C26  N05  C04  180.00   0.0  0
 B7A  CONST_07  O27  C26  N05  C06    0.00   0.0  0
 B7A  CONST_08  C29  N28  C26  O27  180.00   0.0  0
 B7A  CONST_09  H15  N28  C29  C03  180.00   0.0  0
 B7A  Var_01    C29  C03  C01  O02  175.77  30.0  2
 B7A  Var_02    O16  P13  O12  C11   67.95  30.0  3
 B7A  Var_03    O18  P17  O16  P13  119.51  30.0  2
 B7A  Var_04    O23  P21  O20  P17   70.87  30.0  3
 B7A  Var_05    H9   C11  O12  P13   98.99  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 B7A  chir_01  C10  C08  O25  C11  positiv
 B7A  chir_02  C06  O25  N05  C07  negativ
 B7A  chir_03  C08  O09  C10  C07  positiv
 B7A  chir_04  P13  O16  O15  O14  both
 B7A  chir_05  P17  O19  O16  O18  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 B7A  plan-1  C26  0.020
 B7A  plan-1  C01  0.020
 B7A  plan-1  C03  0.020
 B7A  plan-1  C04  0.020
 B7A  plan-1  N05  0.020
 B7A  plan-1  C06  0.020
 B7A  plan-1  O27  0.020
 B7A  plan-1  N28  0.020
 B7A  plan-1  C29  0.020
 B7A  plan-1  O30  0.020
 B7A  plan-1  H3   0.020
 B7A  plan-1  H15  0.020
 B7A  plan-2  C01  0.020
 B7A  plan-2  O02  0.020
 B7A  plan-2  C03  0.020
 B7A  plan-2  H2   0.020

