# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 16 02:51:50 2020
#   Inital geometry file: a 165 line input string
#   Ligand name: (1~{S},3~{Z})-3-[(2~{E})-2-[(1~{S},3~{a}~{S},7~{a}~{S})-7~{a}-methyl-1-[(2~{S})-6-methyl-2-oxidanyl-heptan-2-yl]-2,3,3~{a},5,6,7-hexahydro-1~{H}-inden-4-ylidene]ethylidene]-4-methylidene-cyclohexan-1-ol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)CCC[C@](C)(O)[C@H]1CC[C@H]2/C(CCC[C@]12C)=C/C=C3/C[C@@H](O)CCC3=C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 AYT  AYT  (1~{S},3~{Z})-3-[(2~{E})-2-[(1~{S},3~{a}~{S},7~{a}~{S})-7~{a}-methyl-1-[(2~{S})-6-methyl-2-oxidanyl-heptan-2-yl]-2,3,3~{a},5,6,7-hexahydro-1~{H}-inden-4-ylidene]ethylidene]-4-methylidene-cyclohexan-1-ol  ligand  73  29  .  2021-08-06  2022-09-16
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_AYT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 AYT  C4   C  C     0   0.073    5.0795   0.0101  -0.6265
 AYT  C5   C  CH2   0  -0.533    6.4842  -0.3220  -0.1988
 AYT  C6   C  CH1   0   0.075    7.0404   0.7514   0.7416
 AYT  C7   C  C1    0  -0.298    4.0633  -0.8458  -0.4171
 AYT  C10  C  C1    0  -0.358    2.6627  -0.6065  -0.7039
 AYT  C11  C  C     0   0.153    1.6491  -1.4620  -0.4949
 AYT  C12  C  CH1   0  -0.245    0.2248  -1.1176  -0.7940
 AYT  C13  C  CT    0  -0.069   -0.6697  -1.1641   0.4739
 AYT  C14  C  CH2   0  -0.417   -0.5976  -2.5954   1.0184
 AYT  C15  C  CH2   0  -0.437    0.8422  -3.0385   1.2838
 AYT  C1   C  CH2   0  -0.464    6.9723   2.1150   0.0740
 AYT  C2   C  CH2   0  -0.509    5.5395   2.4512  -0.3408
 AYT  C3   C  C     0   0.111    4.9413   1.3655  -1.1980
 AYT  O9   O  OH1   0  -0.673    8.3847   0.4982   1.0890
 AYT  C16  C  CH2   0  -0.504    1.7654  -2.8497   0.0726
 AYT  C17  C  CH1   0  -0.176   -2.0285  -0.7503  -0.1508
 AYT  C18  C  CH2   0  -0.455   -1.6509   0.3175  -1.2175
 AYT  C19  C  CH2   0  -0.450   -0.1358   0.1983  -1.4606
 AYT  C20  C  CT    0   0.211   -3.2250  -0.3325   0.7409
 AYT  C21  C  CH2   0  -0.447   -4.4614  -0.1755  -0.1742
 AYT  C22  C  CH3   0  -0.681   -3.5186  -1.3749   1.8135
 AYT  C23  C  CH2   0  -0.426   -5.6903   0.4587   0.4695
 AYT  O24  O  OH1   0  -0.676   -2.9806   0.8749   1.4458
 AYT  C25  C  CH2   0  -0.393   -6.8434   0.5790  -0.5206
 AYT  C26  C  CH1   0  -0.231   -8.1161   1.2177   0.0407
 AYT  C27  C  CH3   0  -0.659   -7.8824   2.6533   0.5019
 AYT  C28  C  CH3   0  -0.651   -9.2272   1.1747  -1.0042
 AYT  C29  C  CH3   0  -0.655   -0.1719  -0.1608   1.5164
 AYT  H1   H  HCH2  0   0.244    6.5104  -1.3027   0.2846
 AYT  H2   H  HCH2  0   0.236    7.1383  -0.3713  -1.0781
 AYT  H3   H  HCH1  0   0.197    6.4069   0.7732   1.6420
 AYT  H4   H  H     0   0.232    4.3245  -1.7967   0.0372
 AYT  H5   H  H     0   0.238    3.9936   0.8161  -3.0067
 AYT  H6   H  H     0   0.236    4.3291   2.6168  -2.7818
 AYT  H7   H  H     0   0.233    2.4201   0.3685  -1.1103
 AYT  H8   H  HCH1  0   0.230   -0.1541  -1.9207  -1.4463
 AYT  H9   H  HCH2  0   0.231   -1.1769  -2.7059   1.9356
 AYT  H10  H  HCH2  0   0.211   -1.0525  -3.2722   0.2848
 AYT  H11  H  HCH2  0   0.223    1.2502  -2.4860   2.1341
 AYT  H12  H  HCH2  0   0.234    0.8493  -4.0909   1.5769
 AYT  H13  H  HCH2  0   0.244    7.3502   2.8833   0.7528
 AYT  H14  H  HCH2  0   0.226    7.6194   2.1151  -0.8092
 AYT  H15  H  HCH2  0   0.239    4.9282   2.5631   0.5615
 AYT  H16  H  HCH2  0   0.249    5.5113   3.4093  -0.8626
 AYT  H17  H  HOH1  0   0.448    8.4190  -0.3342   1.5709
 AYT  H18  H  HCH2  0   0.231    1.4713  -3.5637  -0.7067
 AYT  H19  H  HCH2  0   0.244    2.7882  -3.1044   0.3502
 AYT  H20  H  HCH1  0   0.218   -2.3784  -1.6360  -0.6957
 AYT  H21  H  HCH2  0   0.239   -2.2091   0.1479  -2.1382
 AYT  H22  H  HCH2  0   0.211   -1.8999   1.3336  -0.9020
 AYT  H23  H  HCH2  0   0.224    0.3959   1.0346  -1.0021
 AYT  H24  H  HCH2  0   0.237    0.1191   0.2084  -2.5214
 AYT  H25  H  HCH2  0   0.233   -4.1943   0.4289  -1.0476
 AYT  H26  H  HCH2  0   0.216   -4.7237  -1.1621  -0.5711
 AYT  H27  H  HCH3  0   0.236   -2.7173  -1.4422   2.5488
 AYT  H28  H  HCH3  0   0.239   -4.4346  -1.1326   2.3532
 AYT  H29  H  HCH3  0   0.222   -3.6490  -2.3613   1.3683
 AYT  H30  H  HCH2  0   0.211   -6.0236  -0.1251   1.3334
 AYT  H31  H  HCH2  0   0.215   -5.4245   1.4469   0.8500
 AYT  H32  H  HOH1  0   0.438   -2.8238   1.5822   0.8126
 AYT  H33  H  HCH2  0   0.201   -6.5156   1.1595  -1.3925
 AYT  H34  H  HCH2  0   0.211   -7.0900  -0.4190  -0.8998
 AYT  H35  H  HCH1  0   0.208   -8.4388   0.6271   0.9071
 AYT  H36  H  HCH3  0   0.210   -7.5069   3.2662  -0.3223
 AYT  H37  H  HCH3  0   0.224   -8.8087   3.1093   0.8558
 AYT  H38  H  HCH3  0   0.227   -7.1599   2.7162   1.3159
 AYT  H39  H  HCH3  0   0.222   -9.4452   0.1522  -1.3175
 AYT  H40  H  HCH3  0   0.223  -10.1533   1.6086  -0.6234
 AYT  H41  H  HCH3  0   0.211   -8.9401   1.7395  -1.8951
 AYT  H42  H  HCH3  0   0.229   -0.7654  -0.2102   2.4286
 AYT  H43  H  HCH3  0   0.224    0.8668  -0.3517   1.7866
 AYT  H44  H  HCH3  0   0.225   -0.2245   0.8674   1.1586
 AYT  C8   C  C2    0  -0.591    4.3911   1.6098  -2.3867

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 AYT  C27  C26  single  1.526  0.020  1.526
 AYT  C28  C26  single  1.526  0.020  1.526
 AYT  C26  C25  single  1.531  0.020  1.531
 AYT  C25  C23  single  1.525  0.020  1.525
 AYT  C23  C21  single  1.525  0.020  1.525
 AYT  C21  C20  single  1.546  0.020  1.546
 AYT  C29  C13  single  1.530  0.020  1.530
 AYT  O24  C20  single  1.419  0.020  1.419
 AYT  C15  C14  single  1.530  0.020  1.530
 AYT  C15  C16  single  1.535  0.020  1.535
 AYT  C8   C3   double  1.332  0.020  1.332
 AYT  C14  C13  single  1.533  0.020  1.533
 AYT  C20  C17  single  1.550  0.020  1.550
 AYT  C20  C22  single  1.524  0.020  1.524
 AYT  C13  C17  single  1.552  0.020  1.552
 AYT  C13  C12  single  1.552  0.020  1.552
 AYT  C3   C4   single  1.477  0.020  1.477
 AYT  C3   C2   single  1.507  0.020  1.507
 AYT  C5   C4   single  1.505  0.020  1.505
 AYT  C5   C6   single  1.532  0.020  1.532
 AYT  C1   C2   single  1.529  0.020  1.529
 AYT  C1   C6   single  1.520  0.020  1.520
 AYT  C4   C7   double  1.345  0.020  1.345
 AYT  C16  C11  single  1.504  0.020  1.504
 AYT  C7   C10  single  1.450  0.020  1.450
 AYT  C6   O9   single  1.411  0.020  1.411
 AYT  C17  C18  single  1.556  0.020  1.556
 AYT  C10  C11  double  1.343  0.020  1.343
 AYT  C11  C12  single  1.496  0.020  1.496
 AYT  C12  C19  single  1.518  0.020  1.518
 AYT  C18  C19  single  1.539  0.020  1.539
 AYT  C5   H1   single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C5   H2   single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C6   H3   single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C7   H4   single  0.930  0.020  1.080
 AYT  C8   H5   single  0.930  0.020  1.080
 AYT  C8   H6   single  0.930  0.020  1.080
 AYT  C10  H7   single  0.930  0.020  1.080
 AYT  C12  H8   single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C14  H9   single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C14  H10  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C15  H11  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C15  H12  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C1   H13  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C1   H14  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C2   H15  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C2   H16  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  O9   H17  single  0.850  0.020  0.980
 AYT  C16  H18  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C16  H19  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C17  H20  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C18  H21  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C18  H22  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C19  H23  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C19  H24  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C21  H25  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C21  H26  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C22  H27  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C22  H28  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C22  H29  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C23  H30  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C23  H31  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  O24  H32  single  0.850  0.020  0.980
 AYT  C25  H33  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C25  H34  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C26  H35  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C27  H36  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C27  H37  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C27  H38  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C28  H39  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C28  H40  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C28  H41  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C29  H42  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C29  H43  single  0.970  0.020  1.090
 AYT  C29  H44  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 AYT  C3   C4   C7   124.98  3.000
 AYT  C7   C4   C5   121.36  3.000
 AYT  C3   C4   C5   113.55  3.000
 AYT  H2   C5   H1   107.44  3.000
 AYT  H2   C5   C6   107.89  3.000
 AYT  H1   C5   C6   110.39  3.000
 AYT  H2   C5   C4   109.79  3.000
 AYT  H1   C5   C4   110.23  3.000
 AYT  C6   C5   C4   111.02  3.000
 AYT  H3   C6   O9   110.50  3.000
 AYT  H3   C6   C1   108.40  3.000
 AYT  O9   C6   C1   108.17  3.000
 AYT  H3   C6   C5   107.88  3.000
 AYT  O9   C6   C5   111.79  3.000
 AYT  C1   C6   C5   110.05  3.000
 AYT  H4   C7   C10  117.37  3.000
 AYT  H4   C7   C4   116.15  3.000
 AYT  C10  C7   C4   126.45  3.000
 AYT  H7   C10  C11  117.55  3.000
 AYT  H7   C10  C7   116.04  3.000
 AYT  C11  C10  C7   126.40  3.000
 AYT  C16  C11  C12  111.20  3.000
 AYT  C12  C11  C10  122.75  3.000
 AYT  C16  C11  C10  126.04  3.000
 AYT  H8   C12  C19  106.87  3.000
 AYT  H8   C12  C13  105.28  3.000
 AYT  C19  C12  C13  104.34  3.000
 AYT  H8   C12  C11  106.14  3.000
 AYT  C19  C12  C11  120.90  3.000
 AYT  C13  C12  C11  112.24  3.000
 AYT  C29  C13  C17  112.60  3.000
 AYT  C17  C13  C14  115.67  3.000
 AYT  C29  C13  C14  110.79  3.000
 AYT  C17  C13  C12   99.66  3.000
 AYT  C14  C13  C12  106.91  3.000
 AYT  C29  C13  C12  110.45  3.000
 AYT  H10  C14  H9   106.25  3.000
 AYT  H10  C14  C15  109.13  3.000
 AYT  H9   C14  C15  108.95  3.000
 AYT  H10  C14  C13  108.60  3.000
 AYT  H9   C14  C13  111.61  3.000
 AYT  C15  C14  C13  112.11  3.000
 AYT  H12  C15  H11  106.01  3.000
 AYT  H12  C15  C16  109.05  3.000
 AYT  H11  C15  C16  109.10  3.000
 AYT  H12  C15  C14  109.37  3.000
 AYT  H11  C15  C14  109.87  3.000
 AYT  C16  C15  C14  113.18  3.000
 AYT  H14  C1   H13  107.26  3.000
 AYT  H14  C1   C2   109.57  3.000
 AYT  H13  C1   C2   109.76  3.000
 AYT  H14  C1   C6   109.14  3.000
 AYT  H13  C1   C6   110.03  3.000
 AYT  C2   C1   C6   111.00  3.000
 AYT  H16  C2   H15  106.84  3.000
 AYT  H16  C2   C3   110.50  3.000
 AYT  H15  C2   C3   108.69  3.000
 AYT  H16  C2   C1   110.30  3.000
 AYT  H15  C2   C1   108.78  3.000
 AYT  C3   C2   C1   111.59  3.000
 AYT  C2   C3   C8   122.63  3.000
 AYT  C2   C3   C4   113.81  3.000
 AYT  C8   C3   C4   123.50  3.000
 AYT  H17  O9   C6   108.20  3.000
 AYT  H19  C16  H18  106.28  3.000
 AYT  H19  C16  C15  109.55  3.000
 AYT  H18  C16  C15  108.62  3.000
 AYT  H19  C16  C11  112.60  3.000
 AYT  H18  C16  C11  108.17  3.000
 AYT  C15  C16  C11  111.40  3.000
 AYT  H20  C17  C20  104.90  3.000
 AYT  H20  C17  C18  106.92  3.000
 AYT  C20  C17  C18  113.39  3.000
 AYT  H20  C17  C13  105.30  3.000
 AYT  C18  C17  C13  104.27  3.000
 AYT  C20  C17  C13  121.09  3.000
 AYT  H22  C18  H21  105.77  3.000
 AYT  H22  C18  C19  110.00  3.000
 AYT  H21  C18  C19  111.02  3.000
 AYT  H22  C18  C17  112.64  3.000
 AYT  H21  C18  C17  110.37  3.000
 AYT  C19  C18  C17  107.10  3.000
 AYT  H24  C19  H23  106.69  3.000
 AYT  H24  C19  C18  112.51  3.000
 AYT  H23  C19  C18  110.72  3.000
 AYT  H24  C19  C12  112.29  3.000
 AYT  H23  C19  C12  111.33  3.000
 AYT  C18  C19  C12  103.39  3.000
 AYT  O24  C20  C22  105.39  3.000
 AYT  C22  C20  C21  109.38  3.000
 AYT  O24  C20  C21  110.20  3.000
 AYT  C22  C20  C17  111.67  3.000
 AYT  O24  C20  C17  112.47  3.000
 AYT  C21  C20  C17  107.71  3.000
 AYT  H26  C21  H25  105.45  3.000
 AYT  H26  C21  C23  109.54  3.000
 AYT  H25  C21  C23  107.67  3.000
 AYT  H26  C21  C20  108.34  3.000
 AYT  H25  C21  C20  109.45  3.000
 AYT  C23  C21  C20  115.89  3.000
 AYT  H29  C22  H28  107.62  3.000
 AYT  H29  C22  H27  107.92  3.000
 AYT  H28  C22  H27  107.31  3.000
 AYT  H29  C22  C20  110.76  3.000
 AYT  H28  C22  C20  110.98  3.000
 AYT  H27  C22  C20  112.05  3.000
 AYT  H31  C23  H30  106.37  3.000
 AYT  H31  C23  C25  109.82  3.000
 AYT  H30  C23  C25  108.92  3.000
 AYT  H31  C23  C21  109.11  3.000
 AYT  H30  C23  C21  110.89  3.000
 AYT  C25  C23  C21  111.60  3.000
 AYT  H32  O24  C20  109.06  3.000
 AYT  H34  C25  H33  105.91  3.000
 AYT  H34  C25  C26  108.65  3.000
 AYT  H33  C25  C26  108.60  3.000
 AYT  H34  C25  C23  108.85  3.000
 AYT  H33  C25  C23  109.37  3.000
 AYT  C26  C25  C23  115.06  3.000
 AYT  H35  C26  C28  108.15  3.000
 AYT  H35  C26  C27  108.23  3.000
 AYT  C28  C26  C27  110.18  3.000
 AYT  H35  C26  C25  108.03  3.000
 AYT  C28  C26  C25  110.03  3.000
 AYT  C27  C26  C25  112.09  3.000
 AYT  H38  C27  H37  107.23  3.000
 AYT  H38  C27  H36  107.63  3.000
 AYT  H37  C27  H36  107.56  3.000
 AYT  H38  C27  C26  112.42  3.000
 AYT  H37  C27  C26  111.17  3.000
 AYT  H36  C27  C26  110.62  3.000
 AYT  H41  C28  H40  107.57  3.000
 AYT  H41  C28  H39  107.61  3.000
 AYT  H40  C28  H39  107.64  3.000
 AYT  H41  C28  C26  110.63  3.000
 AYT  H40  C28  C26  111.58  3.000
 AYT  H39  C28  C26  111.62  3.000
 AYT  H44  C29  H43  107.01  3.000
 AYT  H44  C29  H42  106.94  3.000
 AYT  H43  C29  H42  107.67  3.000
 AYT  H44  C29  C13  112.29  3.000
 AYT  H43  C29  C13  111.35  3.000
 AYT  H42  C29  C13  111.31  3.000
 AYT  H6   C8   H5   116.83  3.000
 AYT  H6   C8   C3   121.29  3.000
 AYT  H5   C8   C3   121.88  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 AYT  Var_01  C1   C2   C3   C4     50.35  30.0  1
 AYT  Var_02  C2   C3   C4   C5    -50.42  30.0  1
 AYT  Var_03  C3   C4   C5   C6     53.02  30.0  1
 AYT  Var_04  C3   C2   C1   C6    -53.97  30.0  1
 AYT  Var_05  C14  C15  C16  C11    50.08  30.0  1
 AYT  Var_06  C15  C16  C11  C12   -53.31  30.0  1
 AYT  Var_07  C17  C18  C19  C12    12.96  30.0  1
 AYT  Var_08  C16  C15  C14  C13   -52.79  30.0  1
 AYT  Var_09  C11  C10  C7   C4    179.97  30.0  2
 AYT  Var_10  C10  C7   C4   C5    175.79  30.0  2
 AYT  Var_11  C16  C11  C10  C7     -0.44  30.0  2
 AYT  Var_12  H5   C8   C3   C4      0.93  30.0  2
 AYT  Var_13  C25  C23  C21  C20   179.42  30.0  2
 AYT  Var_14  C26  C25  C23  C21  -179.51  30.0  1
 AYT  Var_15  C27  C26  C25  C23    61.75  30.0  2
 AYT  Var_16  H36  C27  C26  C25    57.93  30.0  3
 AYT  Var_17  H39  C28  C26  C25    58.50  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 AYT  chir_01  C6   C5   C1   O9   positiv
 AYT  chir_02  C12  C13  C11  C19  positiv
 AYT  chir_03  C13  C14  C17  C12  positiv
 AYT  chir_04  C17  C18  C13  C20  negativ
 AYT  chir_05  C20  C22  C17  C21  negativ

