# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 15 07:30:02 2020
#   Inital geometry file: a 88 line input string
#   Ligand name: 2-[(2-fluorophenyl)amino]-6-propylpyrimidin-4(3H)-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCC1=CC(=O)NC(=N1)Nc2ccccc2F
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 AQ1  AQ1  2-[(2-fluorophenyl)amino]-6-propylpyrimidin-4(3H)-one  ligand  32  18  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_AQ1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 AQ1  N1   N  N     0  -0.520   0.9768   0.1653   0.2825
 AQ1  C4   C  CR16  0  -0.536   3.1045  -0.9218   0.1404
 AQ1  C5   C  CR6   0   0.551   2.4878  -2.1949  -0.0763
 AQ1  C6   C  CR6   0   0.769   0.3977  -0.9803   0.0820
 AQ1  C7   C  CR6   0   0.211  -1.9355  -0.1315   0.1377
 AQ1  C8   C  CR16  0  -0.307  -1.7226   1.2398   0.2817
 AQ1  C10  C  CR16  0  -0.258  -4.1053   1.6498   0.2949
 AQ1  C12  C  CR6   0   0.465  -3.2622  -0.5653   0.0767
 AQ1  C11  C  CR16  0  -0.402  -4.3376   0.2877   0.1510
 AQ1  C9   C  CR16  0  -0.258  -2.8012   2.1122   0.3582
 AQ1  N2   N  NH1   0  -0.790  -0.9494  -1.1119   0.0407
 AQ1  N    N  NR16  0  -0.736   1.0978  -2.1302  -0.0964
 AQ1  O    O  O     0  -0.492   3.0499  -3.2685  -0.2407
 AQ1  C3   C  CR6   0   0.343   2.3339   0.1901   0.3039
 AQ1  C2   C  CH2   0  -0.485   2.9395   1.5447   0.5003
 AQ1  C1   C  CH2   0  -0.427   2.6432   2.4892  -0.6664
 AQ1  C    C  CH3   0  -0.665   3.2399   3.8712  -0.4458
 AQ1  H1   H  HCR6  0   0.266   4.1833  -0.8641   0.1646
 AQ1  H2   H  HCR6  0   0.310  -0.7151   1.6172   0.3351
 AQ1  H3   H  HCR6  0   0.267  -4.9390   2.3353   0.3555
 AQ1  H4   H  HCR6  0   0.284  -5.3418  -0.1118   0.0954
 AQ1  H5   H  HCR6  0   0.263  -2.6072   3.1708   0.4677
 AQ1  H6   H  HNH1  0   0.424  -1.2948  -2.0503  -0.0933
 AQ1  H7   H  HNR6  0   0.426   0.6084  -2.9999  -0.2690
 AQ1  H8   H  HCH2  0   0.246   2.5368   1.9765   1.4218
 AQ1  H9   H  HCH2  0   0.243   4.0188   1.4494   0.6343
 AQ1  H10  H  HCH2  0   0.225   3.0401   2.0571  -1.5891
 AQ1  H11  H  HCH2  0   0.231   1.5623   2.5690  -0.8011
 AQ1  H12  H  HCH3  0   0.220   2.8329   4.3389   0.4527
 AQ1  H13  H  HCH3  0   0.220   4.3238   3.8215  -0.3290
 AQ1  H14  H  HCH3  0   0.232   3.0277   4.5313  -1.2870
 AQ1  F    F  F     0  -0.319  -3.4822  -1.8873  -0.0657

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 AQ1  C    C1   single    1.521  0.020  1.521
 AQ1  C1   C2   single    1.530  0.020  1.530
 AQ1  C2   C3   single    1.497  0.020  1.497
 AQ1  C4   C3   double    1.363  0.020  1.363
 AQ1  C4   C5   single    1.431  0.020  1.431
 AQ1  O    C5   double    1.223  0.020  1.223
 AQ1  C3   N1   single    1.357  0.020  1.357
 AQ1  C5   N    single    1.392  0.020  1.392
 AQ1  N1   C6   double    1.299  0.020  1.299
 AQ1  N    C6   single    1.358  0.020  1.358
 AQ1  C6   N2   single    1.354  0.020  1.354
 AQ1  N2   C7   single    1.394  0.020  1.394
 AQ1  C8   C7   aromatic  1.395  0.020  1.395
 AQ1  C8   C9   aromatic  1.389  0.020  1.389
 AQ1  C7   C12  aromatic  1.397  0.020  1.397
 AQ1  C9   C10  aromatic  1.385  0.020  1.385
 AQ1  C12  F    single    1.348  0.020  1.348
 AQ1  C12  C11  aromatic  1.375  0.020  1.375
 AQ1  C10  C11  aromatic  1.389  0.020  1.389
 AQ1  C4   H1   single    0.930  0.020  1.080
 AQ1  C8   H2   single    0.930  0.020  1.080
 AQ1  C10  H3   single    0.930  0.020  1.080
 AQ1  C11  H4   single    0.930  0.020  1.080
 AQ1  C9   H5   single    0.930  0.020  1.080
 AQ1  N2   H6   single    0.860  0.020  1.020
 AQ1  N    H7   single    0.860  0.020  1.020
 AQ1  C2   H8   single    0.970  0.020  1.090
 AQ1  C2   H9   single    0.970  0.020  1.090
 AQ1  C1   H10  single    0.970  0.020  1.090
 AQ1  C1   H11  single    0.970  0.020  1.090
 AQ1  C    H12  single    0.970  0.020  1.090
 AQ1  C    H13  single    0.970  0.020  1.090
 AQ1  C    H14  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 AQ1  C3   N1   C6   117.66  3.000
 AQ1  H1   C4   C3   121.22  3.000
 AQ1  H1   C4   C5   118.76  3.000
 AQ1  C3   C4   C5   120.02  3.000
 AQ1  O    C5   N    119.87  3.000
 AQ1  N    C5   C4   113.03  3.000
 AQ1  O    C5   C4   127.10  3.000
 AQ1  N    C6   N2   115.24  3.000
 AQ1  N2   C6   N1   122.27  3.000
 AQ1  N    C6   N1   122.49  3.000
 AQ1  N2   C7   C12  116.77  3.000
 AQ1  C12  C7   C8   117.04  3.000
 AQ1  N2   C7   C8   126.20  3.000
 AQ1  H2   C8   C9   120.22  3.000
 AQ1  H2   C8   C7   119.48  3.000
 AQ1  C9   C8   C7   120.29  3.000
 AQ1  H3   C10  C9   120.79  3.000
 AQ1  H3   C10  C11  119.91  3.000
 AQ1  C9   C10  C11  119.31  3.000
 AQ1  C11  C12  F    119.12  3.000
 AQ1  C11  C12  C7   123.22  3.000
 AQ1  F    C12  C7   117.66  3.000
 AQ1  H4   C11  C12  119.61  3.000
 AQ1  H4   C11  C10  121.50  3.000
 AQ1  C12  C11  C10  118.89  3.000
 AQ1  H5   C9   C10  120.01  3.000
 AQ1  H5   C9   C8   118.74  3.000
 AQ1  C10  C9   C8   121.25  3.000
 AQ1  H6   N2   C7   114.91  3.000
 AQ1  H6   N2   C6   115.79  3.000
 AQ1  C7   N2   C6   129.29  3.000
 AQ1  H7   N    C6   120.03  3.000
 AQ1  H7   N    C5   116.44  3.000
 AQ1  C6   N    C5   123.53  3.000
 AQ1  C2   C3   C4   121.70  3.000
 AQ1  C4   C3   N1   123.26  3.000
 AQ1  C2   C3   N1   115.03  3.000
 AQ1  H9   C2   H8   107.15  3.000
 AQ1  H9   C2   C1   109.81  3.000
 AQ1  H8   C2   C1   109.10  3.000
 AQ1  H9   C2   C3   109.70  3.000
 AQ1  H8   C2   C3   108.58  3.000
 AQ1  C1   C2   C3   112.35  3.000
 AQ1  H11  C1   H10  106.50  3.000
 AQ1  H11  C1   C    109.86  3.000
 AQ1  H10  C1   C    109.81  3.000
 AQ1  H11  C1   C2   109.32  3.000
 AQ1  H10  C1   C2   109.22  3.000
 AQ1  C    C1   C2   111.97  3.000
 AQ1  H14  C    H13  107.67  3.000
 AQ1  H14  C    H12  107.64  3.000
 AQ1  H13  C    H12  107.57  3.000
 AQ1  H14  C    C1   111.21  3.000
 AQ1  H13  C    C1   111.33  3.000
 AQ1  H12  C    C1   111.24  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 AQ1  CONST_01  C10  C9   C8   C7     0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_02  C10  C11  C12  C7     0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_03  C11  C12  C7   C8     0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_04  C11  C10  C9   C8     0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_05  C9   C8   C7   C12    0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_06  C9   C10  C11  C12    0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_07  C5   N    C6   N1     0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_08  C6   N    C5   C4     0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_09  C3   N1   C6   N      0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_10  F    C12  C7   C8   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_11  F    C12  C11  C10  180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_12  N2   C7   C12  C11  180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_13  N2   C7   C8   C9   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_14  C7   N2   C6   N1     0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_15  C8   C7   N2   C6     0.00   0.0  0
 AQ1  CONST_16  C12  C7   N2   C6   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_17  N    C6   N2   C7   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_18  N2   C6   N    C5   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_19  O    C5   N    C6   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_20  C3   N1   C6   N2   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_21  H5   C9   C8   C7   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_22  H4   C11  C12  C7   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_23  H3   C10  C9   C8   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_24  H2   C8   C9   C10  180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_25  H7   N    C6   N1   180.00   0.0  0
 AQ1  CONST_26  H6   N2   C7   C8   180.00   0.0  0
 AQ1  Var_01    C1   C2   C3   N1   -64.92  30.0  2
 AQ1  Var_02    C    C1   C2   C3   178.91  30.0  2
 AQ1  Var_03    H12  C    C1   C2   -60.44  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 AQ1  plan-1  C7   0.020
 AQ1  plan-1  C8   0.020
 AQ1  plan-1  C10  0.020
 AQ1  plan-1  C12  0.020
 AQ1  plan-1  C11  0.020
 AQ1  plan-1  C9   0.020
 AQ1  plan-1  N2   0.020
 AQ1  plan-1  H2   0.020
 AQ1  plan-1  H3   0.020
 AQ1  plan-1  H4   0.020
 AQ1  plan-1  H5   0.020
 AQ1  plan-1  F    0.020
 AQ1  plan-2  N1   0.020
 AQ1  plan-2  C4   0.020
 AQ1  plan-2  C5   0.020
 AQ1  plan-2  C6   0.020
 AQ1  plan-2  C7   0.020
 AQ1  plan-2  N2   0.020
 AQ1  plan-2  N    0.020
 AQ1  plan-2  O    0.020
 AQ1  plan-2  C3   0.020
 AQ1  plan-2  C2   0.020
 AQ1  plan-2  H1   0.020
 AQ1  plan-2  H6   0.020
 AQ1  plan-2  H7   0.020

