# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 15 04:37:12 2020
#   Inital geometry file: a 58 line input string
#   Ligand name: D-allose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 AOS  AOS  'D-allose                 '  D-saccharide  24  12  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_AOS
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 AOS  C1   C  C1    0   0.143   0.3699  -4.9854   3.7786
 AOS  O1   O  O     0  -0.379  -0.4431  -5.6168   4.4080
 AOS  C2   C  CH1   0  -0.054   1.0438  -3.7621   4.3403
 AOS  O2   O  OH1   0  -0.670   0.6352  -3.5201   5.6579
 AOS  C3   C  CH1   0  -0.031   0.7201  -2.5221   3.4853
 AOS  O3   O  OH1   0  -0.663  -0.6746  -2.3292   3.4454
 AOS  C4   C  CH1   0  -0.032   1.1914  -2.6279   2.0254
 AOS  O4   O  OH1   0  -0.657   2.3558  -3.4064   1.8759
 AOS  C5   C  CH1   0  -0.032   1.3988  -1.2500   1.3754
 AOS  O5   O  OH1   0  -0.663   0.3963  -0.3130   1.7038
 AOS  C6   C  CH2   0  -0.159   1.5299  -1.3763  -0.1402
 AOS  O6   O  OH1   0  -0.668   1.7846  -0.1378  -0.7562
 AOS  H1   H  H     0   0.227   0.6721  -5.2873   2.7651
 AOS  H2   H  HCH1  0   0.255   2.1247  -3.9529   4.3071
 AOS  HO2  H  HOH1  0   0.449  -0.0248  -4.1861   5.8926
 AOS  H3   H  HCH1  0   0.245   1.2258  -1.6737   3.9699
 AOS  HO3  H  HOH1  0   0.456  -0.9753  -2.0838   4.3269
 AOS  H4   H  HCH1  0   0.243   0.4111  -3.1668   1.4731
 AOS  HO4  H  HOH1  0   0.453   3.0984  -2.9472   2.2847
 AOS  H5   H  HCH1  0   0.233   2.3298  -0.8264   1.7752
 AOS  HO5  H  HOH1  0   0.447  -0.4689  -0.7280   1.6165
 AOS  H61  H  HCH2  0   0.191   0.6156  -1.8437  -0.5370
 AOS  H62  H  HCH2  0   0.224   2.3608  -2.0379  -0.3887
 AOS  HO6  H  HOH1  0   0.443   1.0918   0.4705  -0.4774

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 AOS  C1  O1   double  1.207  0.020  1.207
 AOS  C1  C2   single  1.505  0.020  1.505
 AOS  C1  H1   single  0.930  0.020  1.080
 AOS  C2  O2   single  1.401  0.020  1.401
 AOS  C2  C3   single  1.541  0.020  1.541
 AOS  C2  H2   single  0.970  0.020  1.090
 AOS  O2  HO2  single  0.850  0.020  0.980
 AOS  C3  O3   single  1.409  0.020  1.409
 AOS  C3  C4   single  1.538  0.020  1.538
 AOS  C3  H3   single  0.970  0.020  1.090
 AOS  O3  HO3  single  0.850  0.020  0.980
 AOS  C4  O4   single  1.409  0.020  1.409
 AOS  C4  C5   single  1.538  0.020  1.538
 AOS  C4  H4   single  0.970  0.020  1.090
 AOS  O4  HO4  single  0.850  0.020  0.980
 AOS  C5  O5   single  1.411  0.020  1.411
 AOS  C5  C6   single  1.526  0.020  1.526
 AOS  C5  H5   single  0.970  0.020  1.090
 AOS  O5  HO5  single  0.850  0.020  0.980
 AOS  C6  O6   single  1.407  0.020  1.407
 AOS  C6  H61  single  0.970  0.020  1.090
 AOS  C6  H62  single  0.970  0.020  1.090
 AOS  O6  HO6  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 AOS  H1   C1  C2   116.36  3.000
 AOS  H1   C1  O1   121.48  3.000
 AOS  C2   C1  O1   122.15  3.000
 AOS  H2   C2  C3   109.26  3.000
 AOS  H2   C2  O2   110.22  3.000
 AOS  C3   C2  O2   108.77  3.000
 AOS  H2   C2  C1   106.75  3.000
 AOS  C3   C2  C1   110.66  3.000
 AOS  O2   C2  C1   111.15  3.000
 AOS  HO2  O2  C2   107.98  3.000
 AOS  H3   C3  C4   109.29  3.000
 AOS  H3   C3  O3   111.22  3.000
 AOS  C4   C3  O3   106.63  3.000
 AOS  H3   C3  C2   106.24  3.000
 AOS  C4   C3  C2   114.02  3.000
 AOS  O3   C3  C2   109.51  3.000
 AOS  HO3  O3  C3   108.55  3.000
 AOS  H4   C4  C5   108.85  3.000
 AOS  H4   C4  O4   105.25  3.000
 AOS  C5   C4  O4   109.81  3.000
 AOS  H4   C4  C3   107.08  3.000
 AOS  C5   C4  C3   112.40  3.000
 AOS  O4   C4  C3   113.09  3.000
 AOS  HO4  O4  C4   109.17  3.000
 AOS  H5   C5  C6   108.70  3.000
 AOS  H5   C5  O5   105.16  3.000
 AOS  C6   C5  O5   110.31  3.000
 AOS  H5   C5  C4   107.82  3.000
 AOS  C6   C5  C4   110.93  3.000
 AOS  O5   C5  C4   113.63  3.000
 AOS  HO5  O5  C5   109.32  3.000
 AOS  H62  C6  H61  107.04  3.000
 AOS  H62  C6  O6   107.24  3.000
 AOS  H61  C6  O6   111.49  3.000
 AOS  H62  C6  C5   109.99  3.000
 AOS  H61  C6  C5   108.77  3.000
 AOS  O6   C6  C5   112.18  3.000
 AOS  HO6  O6  C6   107.40  3.000

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 AOS  chir_01  C2  C1  O2  C3  positiv
 AOS  chir_02  C3  O3  C2  C4  negativ
 AOS  chir_03  C4  O4  C3  C5  negativ
 AOS  chir_04  C5  O5  C4  C6  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 AOS  plan-1  C1  0.020
 AOS  plan-1  O1  0.020
 AOS  plan-1  C2  0.020
 AOS  plan-1  H1  0.020

