# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 15 05:41:23 2020
#   Inital geometry file: a 97 line input string
#   Ligand name: N,N,N',N'-tetramethylacridin-10-ium-3,6-diamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN(C)c1ccc2cc3ccc(cc3[nH+]c2c1)N(C)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 AO  AO  N,N,N',N'-tetramethylacridin-10-ium-3,6-diamine  ligand  40  20  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_AO
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 AO  C1    C  CR16  0  -0.291   2.4772  -1.9469  -0.0340
 AO  C2    C  CR16  0  -0.337   3.6364  -1.2421  -0.0229
 AO  C3    C  CR6   0   0.436   3.6278   0.1935   0.0083
 AO  C4    C  CR16  0  -0.481   2.3888   0.8501   0.0226
 AO  C5    C  CR16  0  -0.481  -2.3776   0.8513   0.0296
 AO  C6    C  CR6   0   0.436  -3.6169   0.1954   0.0111
 AO  C7    C  CR16  0  -0.338  -3.6260  -1.2401  -0.0229
 AO  C8    C  CR16  0  -0.291  -2.4671  -1.9452  -0.0345
 AO  C9    C  CR16  0  -0.175   0.0049  -1.9802  -0.0304
 AO  N10   N  NR16  1  -0.785   0.0060   0.7485   0.0290
 AO  C11   C  CR66  0   0.458   1.2097   0.1197   0.0122
 AO  C12   C  CR66  0   0.014  -1.2052  -1.2998  -0.0165
 AO  C13   C  CR66  0   0.015   1.2155  -1.3011  -0.0171
 AO  C14   C  CR66  0   0.458  -1.1985   0.1210   0.0151
 AO  N15   N  NT    0  -0.494   4.7842   0.8780   0.0230
 AO  CX7   C  CH3   0  -0.546   6.0589   0.1859  -0.0062
 AO  CX8   C  CH3   0  -0.546   4.7667   2.3262   0.0470
 AO  N16   N  NT    0  -0.494  -4.7731   0.8803   0.0239
 AO  CXH   C  CH3   0  -0.546  -6.0478   0.1885  -0.0124
 AO  CXI   C  CH3   0  -0.547  -4.7550   2.3284   0.0567
 AO  H1    H  HCR6  0   0.277   2.5066  -3.0287  -0.0568
 AO  H2    H  HCR6  0   0.291   4.5711  -1.7824  -0.0381
 AO  H4    H  HCR6  0   0.296   2.3238   1.9288   0.0401
 AO  H5    H  HCR6  0   0.296  -2.3140   1.9298   0.0522
 AO  H7    H  HCR6  0   0.291  -4.5609  -1.7797  -0.0405
 AO  H8    H  HCR6  0   0.277  -2.4968  -3.0270  -0.0591
 AO  H9    H  HCR6  0   0.288   0.0043  -3.0641  -0.0531
 AO  H10   H  HNR6  0   0.432   0.0079   1.7597   0.0525
 AO  H151  H  HCH3  0   0.269   6.8603   0.9159   0.0344
 AO  H152  H  HCH3  0   0.252   6.1754  -0.4828   0.8481
 AO  H153  H  HCH3  0   0.252   6.1833  -0.3969  -0.9207
 AO  H154  H  HCH3  0   0.270   5.7859   2.6982   0.0633
 AO  H155  H  HCH3  0   0.250   4.2714   2.7377  -0.8355
 AO  H156  H  HCH3  0   0.251   4.2554   2.7060   0.9343
 AO  H161  H  HCH3  0   0.252  -6.1771  -0.4680   0.8498
 AO  H162  H  HCH3  0   0.269  -6.8490   0.9196   0.0052
 AO  H163  H  HCH3  0   0.252  -6.1594  -0.4072  -0.9201
 AO  H164  H  HCH3  0   0.250  -4.2572   2.7451  -0.8219
 AO  H165  H  HCH3  0   0.271  -5.7741   2.7008   0.0723
 AO  H166  H  HCH3  0   0.251  -4.2462   2.7027   0.9477

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 AO  C1   C2    aromatic  1.357  0.020  1.357
 AO  C1   C13   aromatic  1.417  0.020  1.417
 AO  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 AO  C2   C3    aromatic  1.436  0.020  1.436
 AO  C2   H2    single    0.930  0.020  1.080
 AO  C3   C4    aromatic  1.402  0.020  1.402
 AO  C3   N15   single    1.344  0.020  1.344
 AO  C4   C11   aromatic  1.387  0.020  1.387
 AO  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 AO  C5   C6    aromatic  1.402  0.020  1.402
 AO  C5   C14   aromatic  1.387  0.020  1.387
 AO  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 AO  C6   C7    aromatic  1.436  0.020  1.436
 AO  C6   N16   single    1.344  0.020  1.344
 AO  C7   C8    aromatic  1.357  0.020  1.357
 AO  C7   H7    single    0.930  0.020  1.080
 AO  C8   C12   aromatic  1.417  0.020  1.417
 AO  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 AO  C9   C12   aromatic  1.388  0.020  1.388
 AO  C9   C13   aromatic  1.388  0.020  1.388
 AO  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 AO  N10  C11   aromatic  1.358  0.020  1.358
 AO  N10  C14   aromatic  1.358  0.020  1.358
 AO  N10  H10   single    0.860  0.020  1.020
 AO  C11  C13   aromatic  1.421  0.020  1.421
 AO  C12  C14   aromatic  1.421  0.020  1.421
 AO  N15  CX7   single    1.451  0.020  1.451
 AO  N15  CX8   single    1.448  0.020  1.448
 AO  CX7  H151  single    0.970  0.020  1.090
 AO  CX7  H152  single    0.970  0.020  1.090
 AO  CX7  H153  single    0.970  0.020  1.090
 AO  CX8  H154  single    0.970  0.020  1.090
 AO  CX8  H155  single    0.970  0.020  1.090
 AO  CX8  H156  single    0.970  0.020  1.090
 AO  N16  CXH   single    1.451  0.020  1.451
 AO  N16  CXI   single    1.449  0.020  1.449
 AO  CXH  H161  single    0.970  0.020  1.090
 AO  CXH  H162  single    0.970  0.020  1.090
 AO  CXH  H163  single    0.970  0.020  1.090
 AO  CXI  H164  single    0.970  0.020  1.090
 AO  CXI  H165  single    0.970  0.020  1.090
 AO  CXI  H166  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 AO  H1    C1   C13   118.67  3.000
 AO  H1    C1   C2    119.75  3.000
 AO  C13   C1   C2    121.58  3.000
 AO  H2    C2   C3    120.38  3.000
 AO  H2    C2   C1    118.66  3.000
 AO  C3    C2   C1    120.96  3.000
 AO  N15   C3   C4    121.45  3.000
 AO  N15   C3   C2    120.28  3.000
 AO  C4    C3   C2    118.27  3.000
 AO  H4    C4   C11   118.32  3.000
 AO  H4    C4   C3    121.37  3.000
 AO  C11   C4   C3    120.30  3.000
 AO  H5    C5   C14   118.40  3.000
 AO  H5    C5   C6    121.28  3.000
 AO  C14   C5   C6    120.32  3.000
 AO  N16   C6   C7    120.28  3.000
 AO  N16   C6   C5    121.45  3.000
 AO  C7    C6   C5    118.27  3.000
 AO  H7    C7   C8    118.67  3.000
 AO  H7    C7   C6    120.37  3.000
 AO  C8    C7   C6    120.95  3.000
 AO  H8    C8   C12   118.67  3.000
 AO  H8    C8   C7    119.75  3.000
 AO  C12   C8   C7    121.59  3.000
 AO  H9    C9   C13   119.32  3.000
 AO  H9    C9   C12   119.32  3.000
 AO  C13   C9   C12   121.35  3.000
 AO  H10   N10  C14   117.63  3.000
 AO  H10   N10  C11   117.48  3.000
 AO  C14   N10  C11   124.89  3.000
 AO  C13   C11  N10   117.83  3.000
 AO  C13   C11  C4    121.54  3.000
 AO  N10   C11  C4    120.64  3.000
 AO  C14   C12  C9    119.08  3.000
 AO  C14   C12  C8    117.36  3.000
 AO  C9    C12  C8    123.55  3.000
 AO  C11   C13  C9    119.06  3.000
 AO  C11   C13  C1    117.35  3.000
 AO  C9    C13  C1    123.59  3.000
 AO  C12   C14  N10   117.79  3.000
 AO  C12   C14  C5    121.51  3.000
 AO  N10   C14  C5    120.70  3.000
 AO  CX8   N15  CX7   119.20  3.000
 AO  CX8   N15  C3    119.93  3.000
 AO  CX7   N15  C3    120.86  3.000
 AO  H153  CX7  H152  108.46  3.000
 AO  H153  CX7  H151  107.84  3.000
 AO  H152  CX7  H151  107.71  3.000
 AO  H153  CX7  N15   111.82  3.000
 AO  H152  CX7  N15   111.74  3.000
 AO  H151  CX7  N15   109.10  3.000
 AO  H156  CX8  H155  108.24  3.000
 AO  H156  CX8  H154  107.96  3.000
 AO  H155  CX8  H154  107.99  3.000
 AO  H156  CX8  N15   111.52  3.000
 AO  H155  CX8  N15   111.64  3.000
 AO  H154  CX8  N15   109.37  3.000
 AO  CXI   N16  CXH   119.22  3.000
 AO  CXI   N16  C6    119.94  3.000
 AO  CXH   N16  C6    120.84  3.000
 AO  H163  CXH  H162  107.81  3.000
 AO  H163  CXH  H161  108.46  3.000
 AO  H162  CXH  H161  107.76  3.000
 AO  H163  CXH  N16   111.77  3.000
 AO  H162  CXH  N16   109.09  3.000
 AO  H161  CXH  N16   111.79  3.000
 AO  H166  CXI  H165  107.95  3.000
 AO  H166  CXI  H164  108.24  3.000
 AO  H165  CXI  H164  107.98  3.000
 AO  H166  CXI  N16   111.53  3.000
 AO  H165  CXI  N16   109.38  3.000
 AO  H164  CXI  N16   111.64  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 AO  CONST_01  C4    C3   C2   C1      0.00   0.0  0
 AO  CONST_02  C12   C9   C13  C1    180.00   0.0  0
 AO  CONST_03  C4    C11  C13  C1      0.00   0.0  0
 AO  CONST_04  N10   C11  C13  C1    180.00   0.0  0
 AO  CONST_05  C9    C13  C1   C2    180.00   0.0  0
 AO  CONST_06  C11   C13  C1   C2      0.00   0.0  0
 AO  CONST_07  C11   C4   C3   C2      0.00   0.0  0
 AO  CONST_08  C13   C1   C2   C3      0.00   0.0  0
 AO  CONST_09  N10   C11  C4   C3    180.00   0.0  0
 AO  CONST_10  C13   C11  C4   C3      0.00   0.0  0
 AO  CONST_11  C14   N10  C11  C4    180.00   0.0  0
 AO  CONST_12  C9    C13  C11  C4    180.00   0.0  0
 AO  CONST_13  C8    C7   C6   C5      0.00   0.0  0
 AO  CONST_14  C11   N10  C14  C5    180.00   0.0  0
 AO  CONST_15  C8    C12  C14  C5      0.00   0.0  0
 AO  CONST_16  C9    C12  C14  C5    180.00   0.0  0
 AO  CONST_17  N10   C14  C5   C6    180.00   0.0  0
 AO  CONST_18  C12   C14  C5   C6      0.00   0.0  0
 AO  CONST_19  C12   C8   C7   C6      0.00   0.0  0
 AO  CONST_20  C14   C5   C6   C7      0.00   0.0  0
 AO  CONST_21  C9    C12  C8   C7    180.00   0.0  0
 AO  CONST_22  C14   C12  C8   C7      0.00   0.0  0
 AO  CONST_23  C13   C9   C12  C8    180.00   0.0  0
 AO  CONST_24  N10   C14  C12  C8    180.00   0.0  0
 AO  CONST_25  N10   C14  C12  C9      0.00   0.0  0
 AO  CONST_26  N10   C11  C13  C9      0.00   0.0  0
 AO  CONST_27  C12   C14  N10  C11     0.00   0.0  0
 AO  CONST_28  C12   C9   C13  C11     0.00   0.0  0
 AO  CONST_29  C14   C12  C9   C13     0.00   0.0  0
 AO  CONST_30  C14   N10  C11  C13     0.00   0.0  0
 AO  CONST_31  N15   C3   C2   C1    180.00   0.0  0
 AO  CONST_32  N16   C6   C7   C8    180.00   0.0  0
 AO  CONST_33  N15   C3   C4   C11   180.00   0.0  0
 AO  CONST_34  N16   C6   C5   C14   180.00   0.0  0
 AO  CONST_35  H9    C9   C13  C1      0.00   0.0  0
 AO  CONST_36  H4    C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 AO  CONST_37  H1    C1   C2   C3    180.00   0.0  0
 AO  CONST_38  H2    C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 AO  CONST_39  H10   N10  C11  C4      0.00   0.0  0
 AO  CONST_40  H7    C7   C6   C5    180.00   0.0  0
 AO  CONST_41  H8    C8   C7   C6    180.00   0.0  0
 AO  CONST_42  H5    C5   C6   C7    180.00   0.0  0
 AO  CONST_43  CX7   N15  C3   C2      0.00   0.0  0
 AO  CONST_44  CX8   N15  C3   C2    180.00   0.0  0
 AO  CONST_45  CX7   N15  C3   C4    180.00   0.0  0
 AO  CONST_46  CX8   N15  C3   C4      0.00   0.0  0
 AO  CONST_47  CXH   N16  C6   C5    180.00   0.0  0
 AO  CONST_48  CXI   N16  C6   C5      0.00   0.0  0
 AO  CONST_49  CXH   N16  C6   C7      0.00   0.0  0
 AO  CONST_50  CXI   N16  C6   C7    180.00   0.0  0
 AO  Var_01    H151  CX7  N15  C3   -178.75  30.0  3
 AO  Var_02    H154  CX8  N15  C3    179.60  30.0  3
 AO  Var_03    H161  CXH  N16  C6     60.93  30.0  3
 AO  Var_04    H164  CXI  N16  C6     61.10  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 AO  plan-1  C1   0.020
 AO  plan-1  C2   0.020
 AO  plan-1  C3   0.020
 AO  plan-1  C4   0.020
 AO  plan-1  C5   0.020
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 AO  plan-1  C9   0.020
 AO  plan-1  N10  0.020
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 AO  plan-1  H1   0.020
 AO  plan-1  H2   0.020
 AO  plan-1  H4   0.020
 AO  plan-1  H5   0.020
 AO  plan-1  H7   0.020
 AO  plan-1  H8   0.020
 AO  plan-1  H9   0.020
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 AO  plan-2  C3   0.020
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 AO  plan-3  C6   0.020
 AO  plan-3  N16  0.020
 AO  plan-3  CXH  0.020
 AO  plan-3  CXI  0.020

