# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 29 13:32:48 2020
#   Inital geometry file: a 50 line input string
#   Ligand name: (2S,3Z)-2-amino-4-methoxybut-3-enoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CO\C=C/[C@H](N)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 AMB  AMB  '(2S,3Z)-2-amino-4-methoxybut-3-enoic acid'  ligand  18  9  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_AMB
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 AMB  CB   C  C1    0  -0.369  -0.5895  -0.8249   0.3384
 AMB  CG   C  C1    0   0.078  -0.1291  -0.8182   1.5866
 AMB  OD   O  O2    0  -0.453   0.4776   0.2462   2.1410
 AMB  CE   C  CH3   0  -0.411   0.5970   0.2140   3.5526
 AMB  C    C  C     0   0.546   0.4525   0.0798  -1.6890
 AMB  O    O  O     0  -0.442   0.1940  -0.1996  -2.8320
 AMB  OXT  O  OH1   0  -0.588   1.6896   0.1533  -1.2143
 AMB  N    N  NH2   0  -0.777  -1.8587   0.6335  -1.2296
 AMB  CA   C  CH1   0  -0.260  -0.5791   0.3472  -0.6093
 AMB  HB   H  H     0   0.266  -1.0200  -1.7501  -0.0271
 AMB  HG   H  H     0   0.245  -0.2140  -1.7052   2.2112
 AMB  HE3  H  HCH3  0   0.246   1.2263   1.0519   3.8423
 AMB  HE2  H  HCH3  0   0.227  -0.3750   0.3150   4.0418
 AMB  HE1  H  HCH3  0   0.226   1.0676  -0.7114   3.8949
 AMB  HO   H  HOH1  0   0.480   2.3245  -0.0659  -1.9125
 AMB  H2   H  HNH2  0   0.345  -2.2201  -0.1980  -1.6818
 AMB  H1   H  HNH2  0   0.354  -2.5216   0.8627  -0.4998
 AMB  HA   H  HCH1  0   0.286  -0.2614   1.2446  -0.0720

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 AMB  CB   CG   double  1.330  0.020  1.330
 AMB  CB   CA   single  1.507  0.020  1.507
 AMB  CB   HB   single  0.930  0.020  1.080
 AMB  CG   OD   single  1.345  0.020  1.345
 AMB  CG   HG   single  0.930  0.020  1.080
 AMB  OD   CE   single  1.417  0.020  1.417
 AMB  CE   HE3  single  0.970  0.020  1.090
 AMB  CE   HE2  single  0.970  0.020  1.090
 AMB  CE   HE1  single  0.970  0.020  1.090
 AMB  C    O    double  1.205  0.020  1.205
 AMB  C    OXT  single  1.327  0.020  1.327
 AMB  C    CA   single  1.517  0.020  1.517
 AMB  OXT  HO   single  0.850  0.020  0.980
 AMB  N    CA   single  1.451  0.020  1.451
 AMB  N    H2   single  0.890  0.020  1.040
 AMB  N    H1   single  0.890  0.020  1.040
 AMB  CA   HA   single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 AMB  HB   CB   CA   117.03  3.000
 AMB  HB   CB   CG   117.27  3.000
 AMB  CA   CB   CG   125.70  3.000
 AMB  HG   CG   OD   116.35  3.000
 AMB  HG   CG   CB   120.49  3.000
 AMB  OD   CG   CB   123.16  3.000
 AMB  CE   OD   CG   115.51  3.000
 AMB  HE1  CE   HE2  108.72  3.000
 AMB  HE1  CE   HE3  108.65  3.000
 AMB  HE2  CE   HE3  108.92  3.000
 AMB  HE1  CE   OD   111.56  3.000
 AMB  HE2  CE   OD   111.65  3.000
 AMB  HE3  CE   OD   107.26  3.000
 AMB  CA   C    OXT  111.69  3.000
 AMB  CA   C    O    124.77  3.000
 AMB  OXT  C    O    123.52  3.000
 AMB  HO   OXT  C    109.91  3.000
 AMB  H1   N    H2   105.91  3.000
 AMB  H1   N    CA   108.31  3.000
 AMB  H2   N    CA   110.09  3.000
 AMB  HA   CA   N    107.72  3.000
 AMB  HA   CA   C    107.27  3.000
 AMB  N    CA   C    109.28  3.000
 AMB  HA   CA   CB   109.35  3.000
 AMB  N    CA   CB   114.60  3.000
 AMB  C    CA   CB   108.37  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 AMB  CONST_01  HO   OXT  C   O     0.00   0.0  0
 AMB  Var_01    CA   CB   CG  OD   -3.57   0.0  2
 AMB  Var_02    HE3  CE   OD  CG  171.88  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 AMB  chir_01  CA  CB  C  N  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 AMB  plan-1  C    0.020
 AMB  plan-1  O    0.020
 AMB  plan-1  OXT  0.020
 AMB  plan-1  CA   0.020
 AMB  plan-1  HO   0.020
 AMB  plan-2  CB   0.020
 AMB  plan-2  CG   0.020
 AMB  plan-2  OD   0.020
 AMB  plan-2  CA   0.020
 AMB  plan-2  HB   0.020
 AMB  plan-2  HG   0.020

