# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 14 23:41:11 2020
#   Inital geometry file: a 50 line input string
#   Ligand name: (2S,3Z)-2-amino-4-methoxybut-3-enoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CO\C=C/[C@H](N)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 AMB  AMB  '(2S,3Z)-2-amino-4-methoxybut-3-enoic acid'  ligand  17  9  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_AMB
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 AMB  CB   C  C1     0  -0.348  -0.5088  -0.8078   0.3697
 AMB  CG   C  C1     0   0.042  -0.0682  -0.8313   1.6245
 AMB  OD   O  O2     0  -0.460   0.5371   0.2219   2.2214
 AMB  CE   C  CH3    0  -0.407   0.4658   0.2283   3.6334
 AMB  C    C  C      0   0.403   0.4566   0.0189  -1.7470
 AMB  O    O  O      0  -0.611  -0.0637  -0.5559  -2.7247
 AMB  OXT  O  OC    -1  -0.609   1.6593   0.3020  -1.5994
 AMB  N    N  NH2    0  -0.797  -1.8166   0.7080  -1.0729
 AMB  CA   C  CH1    0  -0.237  -0.4893   0.3661  -0.5696
 AMB  HB   H  H      0   0.242  -0.9297  -1.7328  -0.0114
 AMB  HG   H  H      0   0.230  -0.1535  -1.7323   2.2305
 AMB  HE3  H  HCH3   0   0.240   1.1187   1.0219   3.9908
 AMB  HE2  H  HCH3   0   0.220  -0.5503   0.4231   3.9873
 AMB  HE1  H  HCH3   0   0.219   0.8037  -0.7210   4.0599
 AMB  H2   H  HNH2   0   0.328  -2.0778   0.0107  -1.7596
 AMB  H1   H  HNH2   0   0.330  -2.4933   0.6409  -0.3225
 AMB  HA   H  HCH1   0   0.215  -0.0795   1.2352  -0.0496

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 AMB  CB  CG   double  1.330  0.020  1.330
 AMB  CB  CA   single  1.504  0.020  1.504
 AMB  CB  HB   single  0.930  0.020  1.080
 AMB  CG  OD   single  1.353  0.020  1.353
 AMB  CG  HG   single  0.930  0.020  1.080
 AMB  OD  CE   single  1.414  0.020  1.414
 AMB  CE  HE3  single  0.970  0.020  1.090
 AMB  CE  HE2  single  0.970  0.020  1.090
 AMB  CE  HE1  single  0.970  0.020  1.090
 AMB  C   O    deloc   1.248  0.020  1.248
 AMB  C   OXT  deloc   1.244  0.020  1.244
 AMB  C   CA   single  1.550  0.020  1.550
 AMB  N   CA   single  1.460  0.020  1.460
 AMB  N   H2   single  0.890  0.020  1.040
 AMB  N   H1   single  0.890  0.020  1.040
 AMB  CA  HA   single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 AMB  HB   CB  CA   116.81  3.000
 AMB  HB   CB  CG   116.40  3.000
 AMB  CA   CB  CG   126.79  3.000
 AMB  HG   CG  OD   115.68  3.000
 AMB  HG   CG  CB   120.90  3.000
 AMB  OD   CG  CB   123.40  3.000
 AMB  CE   OD  CG   114.93  3.000
 AMB  HE1  CE  HE2  108.38  3.000
 AMB  HE1  CE  HE3  108.62  3.000
 AMB  HE2  CE  HE3  108.75  3.000
 AMB  HE1  CE  OD   111.70  3.000
 AMB  HE2  CE  OD   111.77  3.000
 AMB  HE3  CE  OD   107.52  3.000
 AMB  CA   C   OXT  116.67  3.000
 AMB  CA   C   O    116.36  3.000
 AMB  OXT  C   O    126.92  3.000
 AMB  H1   N   H2   106.53  3.000
 AMB  H1   N   CA   109.67  3.000
 AMB  H2   N   CA   107.88  3.000
 AMB  HA   CA  N    108.59  3.000
 AMB  HA   CA  C    108.12  3.000
 AMB  N    CA  C    110.21  3.000
 AMB  HA   CA  CB   109.18  3.000
 AMB  N    CA  CB   112.72  3.000
 AMB  C    CA  CB   107.92  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 AMB  Var_01  CA   CB  CG  OD   -3.41   0.0  2
 AMB  Var_02  HE3  CE  OD  CG  170.90  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 AMB  chir_01  CA  CB  C  N  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 AMB  plan-1  C    0.020
 AMB  plan-1  O    0.020
 AMB  plan-1  OXT  0.020
 AMB  plan-1  CA   0.020
 AMB  plan-2  CB   0.020
 AMB  plan-2  CG   0.020
 AMB  plan-2  OD   0.020
 AMB  plan-2  CA   0.020
 AMB  plan-2  HB   0.020
 AMB  plan-2  HG   0.020

