# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar  9 10:12:11 2022
#   Inital geometry file: a 52 line input string
#   Ligand name: (3S)-3-(sulfooxy)-L-serine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H]([C@@H](O)O[S](O)(=O)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ALS  ALS  (3S)-3-(sulfooxy)-L-serine  L-peptide  17  12  .  2016-04-22  2022-03-11
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_ALS
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ALS  C    C  C      0   0.401  29.8503  11.1666  26.8569
 ALS  O    O  O      0  -0.603  28.7229  10.9264  26.3835
 ALS  CA   C  CH1    0  -0.244  29.9484  11.2243  28.4051
 ALS  N    N  NH2    0  -0.813  30.6252  10.0222  28.8830
 ALS  CB   C  CH1    0   0.297  30.7557  12.4323  28.8433
 ALS  OG   O  OH1    0  -0.661  30.1336  13.5797  28.3764
 ALS  OS1  O  OC2    0  -0.635  30.7830  12.4264  30.2711
 ALS  S    S  S      0   1.562  32.0959  13.0868  31.0108
 ALS  OS2  O  OS     0  -0.737  33.1548  12.0819  30.8975
 ALS  OS3  O  OS     0  -0.743  32.3761  14.3226  30.2662
 ALS  OS4  O  OS    -1  -0.727  31.5931  13.2869  32.3674
 ALS  OXT  O  OC    -1  -0.602  30.9113  11.3340  26.2261
 ALS  HA   H  HCH1   0   0.186  28.9317  11.3310  28.8132
 ALS  H2   H  HNH2   0   0.338  30.5677   9.9834  29.8930
 ALS  H    H  HNH2   0   0.342  30.1283   9.2045  28.5524
 ALS  HB   H  HCH1   0   0.188  31.7759  12.3325  28.4546
 ALS  HG   H  HOH1   0   0.451  30.7292  14.3242  28.5206

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ALS  O    C    deloc   1.231  0.020  1.231
 ALS  C    CA   single  1.525  0.021  1.525
 ALS  OG   CB   single  1.386  0.020  1.386
 ALS  CA   CB   single  1.521  0.033  1.521
 ALS  CA   N    single  1.458  0.019  1.458
 ALS  CB   OS1  single  1.428  0.020  1.428
 ALS  OS1  S    single  1.645  0.020  1.645
 ALS  OS3  S    deloc   1.470  0.020  1.470
 ALS  OS2  S    deloc   1.464  0.020  1.464
 ALS  S    OS4  deloc   1.461  0.020  1.461
 ALS  C    OXT  deloc   1.246  0.020  1.246
 ALS  CA   HA   single  0.970  0.020  0.970
 ALS  N    H2   single  0.890  0.020  1.040
 ALS  N    H    single  0.860  0.020  0.860
 ALS  CB   HB   single  0.970  0.020  1.090
 ALS  OG   HG   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ALS  OXT  C    CA   116.50  3.000
 ALS  OXT  C    O    127.17  3.000
 ALS  CA   C    O    120.80  1.700
 ALS  HA   CA   CB   109.00  3.000
 ALS  HA   CA   N    110.00  3.000
 ALS  CB   CA   N    110.40  1.500
 ALS  HA   CA   C    109.00  3.000
 ALS  N    CA   C    111.00  2.800
 ALS  CB   CA   C    110.50  1.500
 ALS  H    N    H2   105.49  3.000
 ALS  H    N    CA   114.00  3.000
 ALS  H2   N    CA   109.38  3.000
 ALS  HB   CB   OS1  109.65  3.000
 ALS  HB   CB   OG   111.93  3.000
 ALS  OS1  CB   OG   110.41  3.000
 ALS  HB   CB   CA   108.67  3.000
 ALS  OS1  CB   CA   107.20  3.000
 ALS  OG   CB   CA   108.84  3.000
 ALS  HG   OG   CB   108.15  3.000
 ALS  S    OS1  CB   117.59  3.000
 ALS  OS4  S    OS3  114.89  3.000
 ALS  OS4  S    OS2  114.51  3.000
 ALS  OS3  S    OS2  113.58  3.000
 ALS  OS4  S    OS1  101.41  3.000
 ALS  OS2  S    OS1  105.48  3.000
 ALS  OS3  S    OS1  105.18  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ALS  Var_01  OS3  S  OS1  CB  42.80  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ALS  chir_01  CA  C   CB   N   positiv
 ALS  chir_02  CB  OG  OS1  CA  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 ALS  plan-1  C    0.020
 ALS  plan-1  O    0.020
 ALS  plan-1  CA   0.020
 ALS  plan-1  OXT  0.020

