# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar  9 09:05:51 2022
#   Inital geometry file: a 53 line input string
#   Ligand name: dihydroxy[(2S,3R,4S)-2-methyldihydrofuran-2,3,3,4(2H)-tetrolato(2-)-kappa~2~O~2~,O~3~]borate(1-) (non-preferred name)
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@]12OC[C@H](O)[C@@]1(O)O[B-](O)(O)O2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 AI2  AI2  'dihydroxy[(2S,3R,4S)-2-methyldihydrofuran-2,3,3,4(2H)-tetrolato(2-)-kappa~2~O~2~,O~3~]borate(1-) (non-preferred name)'  ligand  23  13  .  2022-03-11  2022-03-11
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_AI2
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 AI2  O1    O  OC2    0  -0.587  -1.1928   0.3332   0.7200
 AI2  B2    B  B     -1   0.459  -0.3475  -0.2298   1.7985
 AI2  O9    O  OB     0  -0.723  -0.6074   0.3730   3.0893
 AI2  O10   O  OB     0  -0.734  -0.5940  -1.6563   1.8771
 AI2  O3    O  OC2    0  -0.592   1.0366   0.1112   1.3367
 AI2  C4    C  CT     0   0.481   1.0448   0.4331   0.0138
 AI2  C11   C  CH3    0  -0.681   1.9023   1.6626  -0.2414
 AI2  O5    O  O2     0  -0.523   1.5779  -0.6549  -0.7554
 AI2  C6    C  CH2    0  -0.212   0.8197  -0.7854  -1.9351
 AI2  C7    C  CH1    0  -0.022  -0.6172  -0.5788  -1.4776
 AI2  O12   O  OH1    0  -0.682  -1.5098  -0.1819  -2.4883
 AI2  C8    C  CT     0   0.406  -0.4561   0.5386  -0.4203
 AI2  O13   O  OH1    0  -0.682  -0.7224   1.7847  -0.9858
 AI2  H9    H  H      0   0.432  -0.3544   1.2992   3.0799
 AI2  H10   H  H      0   0.431  -0.1191  -2.0408   2.6181
 AI2  H111  H  HCH3   0   0.224   2.9181   1.4768   0.1142
 AI2  H112  H  HCH3   0   0.218   1.9610   1.9150  -1.3003
 AI2  H113  H  HCH3   0   0.221   1.5182   2.5342   0.2889
 AI2  H61   H  HCH2   0   0.193   1.0867  -0.0302  -2.6894
 AI2  H62   H  HCH2   0   0.232   1.0061  -1.7709  -2.3667
 AI2  H7    H  HCH1   0   0.229  -0.9678  -1.4857  -0.9736
 AI2  H12   H  HOH1   0   0.464  -1.8008  -0.9591  -2.9733
 AI2  H13   H  HOH1   0   0.447  -1.4703   1.6924  -1.5890

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 AI2  O1   B2    single  1.481  0.020  1.481
 AI2  O1   C8    single  1.373  0.020  1.373
 AI2  B2   O9    single  1.448  0.020  1.448
 AI2  B2   O10   single  1.450  0.020  1.450
 AI2  B2   O3    single  1.498  0.020  1.498
 AI2  O9   H9    single  0.850  0.020  0.980
 AI2  O10  H10   single  0.850  0.020  0.980
 AI2  O3   C4    single  1.362  0.020  1.362
 AI2  C4   C11   single  1.521  0.020  1.521
 AI2  C4   O5    single  1.435  0.020  1.435
 AI2  C4   C8    single  1.566  0.020  1.566
 AI2  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 AI2  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 AI2  C11  H113  single  0.970  0.020  1.090
 AI2  O5   C6    single  1.408  0.020  1.408
 AI2  C6   C7    single  1.522  0.020  1.522
 AI2  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 AI2  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 AI2  C7   O12   single  1.406  0.020  1.406
 AI2  C7   C8    single  1.547  0.020  1.547
 AI2  C7   H7    single  0.970  0.020  1.090
 AI2  O12  H12   single  0.850  0.020  0.980
 AI2  C8   O13   single  1.394  0.020  1.394
 AI2  O13  H13   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 AI2  C8    O1   B2    110.81  3.000
 AI2  O3    B2   O10   113.43  3.000
 AI2  O3    B2   O9    110.23  3.000
 AI2  O10   B2   O9    109.31  3.000
 AI2  O3    B2   O1    102.48  3.000
 AI2  O10   B2   O1    108.44  3.000
 AI2  O9    B2   O1    112.85  3.000
 AI2  H9    O9   B2    110.22  3.000
 AI2  H10   O10  B2    110.59  3.000
 AI2  C4    O3   B2    111.03  3.000
 AI2  C8    C4   O5    104.99  3.000
 AI2  C8    C4   C11   116.07  3.000
 AI2  O5    C4   C11   108.27  3.000
 AI2  C8    C4   O3    106.23  3.000
 AI2  O5    C4   O3    110.11  3.000
 AI2  C11   C4   O3    110.95  3.000
 AI2  H113  C11  H112  107.83  3.000
 AI2  H113  C11  H111  107.78  3.000
 AI2  H112  C11  H111  107.79  3.000
 AI2  H113  C11  C4    111.48  3.000
 AI2  H112  C11  C4    112.37  3.000
 AI2  H111  C11  C4    109.41  3.000
 AI2  C6    O5   C4    108.61  3.000
 AI2  H62   C6   H61   107.88  3.000
 AI2  H62   C6   C7    113.74  3.000
 AI2  H61   C6   C7    109.99  3.000
 AI2  H62   C6   O5    108.84  3.000
 AI2  H61   C6   O5    112.33  3.000
 AI2  C7    C6   O5    104.12  3.000
 AI2  H7    C7   C8    108.48  3.000
 AI2  H7    C7   O12   111.19  3.000
 AI2  C8    C7   O12   110.71  3.000
 AI2  H7    C7   C6    109.15  3.000
 AI2  C8    C7   C6    101.84  3.000
 AI2  O12   C7   C6    114.94  3.000
 AI2  H12   O12  C7    109.07  3.000
 AI2  O13   C8   C7    110.40  3.000
 AI2  O13   C8   C4    110.84  3.000
 AI2  C7    C8   C4    103.93  3.000
 AI2  O13   C8   O1    111.60  3.000
 AI2  C7    C8   O1    113.81  3.000
 AI2  C4    C8   O1    105.90  3.000
 AI2  H13   O13  C8    108.43  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 AI2  Var_01  C7  C6  O5  C4  -41.10  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 AI2  chir_01  C4  O3   O5  C8  negativ
 AI2  chir_02  C7  O12  C6  C8  negativ
 AI2  chir_03  C8  O1   C4  C7  negativ

