# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 14 22:31:37 2020
#   Inital geometry file: a 124 line input string
#   Ligand name: N-benzyl-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)benzamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@H]1O[C@H](Oc2cccc(c2)C(=O)NCc3ccccc3)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 AI1  AI1  N-benzyl-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)benzamide  ligand  51  28  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_AI1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 AI1  C1    C  CH1   0   0.209  -0.4407   0.9454  -3.2842
 AI1  O1    O  O2    0  -0.496  -0.6557   0.1553  -2.1405
 AI1  C2    C  CH1   0  -0.014  -1.3048   0.3599  -4.4056
 AI1  O2    O  OH1   0  -0.666  -2.6472   0.2130  -4.0200
 AI1  C3    C  CH1   0   0.004  -0.7699  -1.0035  -4.8262
 AI1  O3    O  OH1   0  -0.675  -1.4506  -1.5064  -5.9504
 AI1  C4    C  CH1   0  -0.009   0.7079  -0.8870  -5.1938
 AI1  O4    O  OH1   0  -0.673   0.8968  -0.0970  -6.3422
 AI1  C5    C  CH1   0  -0.017   1.4651  -0.2615  -4.0313
 AI1  O5    O  O2    0  -0.491   0.8964   0.9866  -3.6536
 AI1  C6    C  CH2   0  -0.158   2.9243  -0.0223  -4.3546
 AI1  O6    O  OH1   0  -0.667   3.5971   0.3230  -3.1671
 AI1  C1'   C  CR6   0   0.416  -0.2664   0.5958  -0.9228
 AI1  C2'   C  CR16  0  -0.356   0.5281   1.7180  -0.6982
 AI1  C3'   C  CR16  0  -0.231   0.8454   2.0735   0.6064
 AI1  C4'   C  CR16  0  -0.314   0.4131   1.3188   1.6840
 AI1  C5'   C  CR6   0  -0.024  -0.3668   0.1863   1.4543
 AI1  C6'   C  CR16  0  -0.382  -0.7169  -0.1584   0.1566
 AI1  C7'   C  C     0   0.535  -0.8900  -0.6700   2.5652
 AI1  O1'   O  O     0  -0.487  -1.9467  -1.2758   2.4511
 AI1  N1'   N  NH1   0  -0.641  -0.1182  -0.7234   3.6643
 AI1  C1B   C  CH2   0  -0.345  -0.4483  -1.4815   4.8494
 AI1  C2B   C  CR6   0   0.099  -0.2690  -0.6674   6.1046
 AI1  C3B   C  CR16  0  -0.289  -0.8800   0.5783   6.2377
 AI1  C4B   C  CR16  0  -0.240  -0.7328   1.3138   7.4040
 AI1  C5B   C  CR16  0  -0.267   0.0283   0.8141   8.4550
 AI1  C6B   C  CR16  0  -0.240   0.6421  -0.4237   8.3293
 AI1  C7B   C  CR16  0  -0.311   0.4949  -1.1573   7.1578
 AI1  H1    H  HCH1  0   0.260  -0.7338   1.9833  -3.0848
 AI1  H2    H  HCH1  0   0.240  -1.2113   1.0444  -5.2574
 AI1  HO2   H  HOH1  0   0.462  -3.1004   1.0515  -4.1477
 AI1  H3    H  HCH1  0   0.222  -0.8530  -1.7003  -3.9800
 AI1  HO3   H  HOH1  0   0.455  -2.3979  -1.4500  -5.7846
 AI1  H4    H  HCH1  0   0.238   1.1084  -1.9012  -5.3422
 AI1  HO4   H  HOH1  0   0.453   0.3170  -0.4350  -7.0334
 AI1  H5    H  HCH1  0   0.240   1.4169  -0.9707  -3.1942
 AI1  HC61  H  HCH2  0   0.207   3.0142   0.7612  -5.1151
 AI1  HC62  H  HCH2  0   0.202   3.3253  -0.9456  -4.7931
 AI1  HO6   H  HOH1  0   0.455   4.5101   0.5216  -3.3928
 AI1  H2'   H  HCR6  0   0.288   0.9147   2.3149  -1.5114
 AI1  H3'   H  HCR6  0   0.268   1.4469   2.9564   0.7776
 AI1  H4'   H  HCR6  0   0.258   0.6632   1.6344   2.6884
 AI1  H6'   H  HCR6  0   0.267  -1.3403  -1.0242  -0.0281
 AI1  HN'1  H  HNH1  0   0.408   0.7991  -0.3078   3.6330
 AI1  H1'1  H  HCH2  0   0.270  -1.4829  -1.8118   4.7583
 AI1  H1'2  H  HCH2  0   0.262   0.1681  -2.3828   4.9025
 AI1  H3B   H  HCR6  0   0.251  -1.4761   0.9771   5.4254
 AI1  H4B   H  HCR6  0   0.256  -1.2145   2.2788   7.4957
 AI1  H5'   H  HCR6  0   0.256   0.1414   1.3892   9.3649
 AI1  H6B   H  HCR6  0   0.256   1.2410  -0.8188   9.1397
 AI1  H7'   H  HCR6  0   0.253   0.9828  -2.1204   7.0617

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 AI1  C1   O1    single    1.407  0.020  1.407
 AI1  C1   C2    single    1.532  0.020  1.532
 AI1  C1   O5    single    1.388  0.020  1.388
 AI1  C1   H1    single    0.970  0.020  1.090
 AI1  O1   C1'   single    1.352  0.020  1.352
 AI1  C2   O2    single    1.404  0.020  1.404
 AI1  C2   C3    single    1.524  0.020  1.524
 AI1  C2   H2    single    0.970  0.020  1.090
 AI1  O2   HO2   single    0.850  0.020  0.980
 AI1  C3   O3    single    1.407  0.020  1.407
 AI1  C3   C4    single    1.527  0.020  1.527
 AI1  C3   H3    single    0.970  0.020  1.090
 AI1  O3   HO3   single    0.850  0.020  0.980
 AI1  C4   O4    single    1.407  0.020  1.407
 AI1  C4   C5    single    1.522  0.020  1.522
 AI1  C4   H4    single    0.970  0.020  1.090
 AI1  O4   HO4   single    0.850  0.020  0.980
 AI1  C5   O5    single    1.423  0.020  1.423
 AI1  C5   C6    single    1.514  0.020  1.514
 AI1  C5   H5    single    0.970  0.020  1.090
 AI1  C6   O6    single    1.408  0.020  1.408
 AI1  C6   HC61  single    0.970  0.020  1.090
 AI1  C6   HC62  single    0.970  0.020  1.090
 AI1  O6   HO6   single    0.850  0.020  0.980
 AI1  C1'  C2'   aromatic  1.393  0.020  1.393
 AI1  C1'  C6'   aromatic  1.392  0.020  1.392
 AI1  C2'  C3'   aromatic  1.389  0.020  1.389
 AI1  C2'  H2'   single    0.930  0.020  1.080
 AI1  C3'  C4'   aromatic  1.385  0.020  1.385
 AI1  C3'  H3'   single    0.930  0.020  1.080
 AI1  C4'  C5'   aromatic  1.394  0.020  1.394
 AI1  C4'  H4'   single    0.930  0.020  1.080
 AI1  C5'  C6'   aromatic  1.388  0.020  1.388
 AI1  C5'  C7'   single    1.497  0.020  1.497
 AI1  C6'  H6'   single    0.930  0.020  1.080
 AI1  C7'  O1'   double    1.223  0.020  1.223
 AI1  C7'  N1'   single    1.344  0.020  1.344
 AI1  N1'  C1B   single    1.445  0.020  1.445
 AI1  N1'  HN'1  single    0.860  0.020  1.020
 AI1  C1B  C2B   single    1.507  0.020  1.507
 AI1  C1B  H1'1  single    0.970  0.020  1.090
 AI1  C1B  H1'2  single    0.970  0.020  1.090
 AI1  C2B  C3B   aromatic  1.394  0.020  1.394
 AI1  C2B  C7B   aromatic  1.390  0.020  1.390
 AI1  C3B  C4B   aromatic  1.387  0.020  1.387
 AI1  C3B  H3B   single    0.930  0.020  1.080
 AI1  C4B  C5B   aromatic  1.391  0.020  1.391
 AI1  C4B  H4B   single    0.930  0.020  1.080
 AI1  C5B  C6B   aromatic  1.387  0.020  1.387
 AI1  C5B  H5'   single    0.930  0.020  1.080
 AI1  C6B  C7B   aromatic  1.390  0.020  1.390
 AI1  C6B  H6B   single    0.930  0.020  1.080
 AI1  C7B  H7'   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 AI1  H1    C1   O5    106.12  3.000
 AI1  H1    C1   C2    110.12  3.000
 AI1  O5    C1   C2    111.10  3.000
 AI1  H1    C1   O1    110.05  3.000
 AI1  O5    C1   O1    112.36  3.000
 AI1  C2    C1   O1    107.12  3.000
 AI1  C1'   O1   C1    120.35  3.000
 AI1  H2    C2   C3    108.30  3.000
 AI1  H2    C2   O2    111.10  3.000
 AI1  C3    C2   O2    108.53  3.000
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 AI1  C3    C2   C1    110.24  3.000
 AI1  O2    C2   C1    112.22  3.000
 AI1  HO2   O2   C2    108.84  3.000
 AI1  H3    C3   C4    107.87  3.000
 AI1  H3    C3   O3    110.60  3.000
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 AI1  H3    C3   C2    109.15  3.000
 AI1  C4    C3   C2    109.75  3.000
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 AI1  HO3   O3   C3    108.50  3.000
 AI1  H4    C4   C5    107.50  3.000
 AI1  H4    C4   O4    111.01  3.000
 AI1  C5    C4   O4    109.02  3.000
 AI1  H4    C4   C3    108.32  3.000
 AI1  C5    C4   C3    109.21  3.000
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 AI1  H5    C5   C6    107.89  3.000
 AI1  H5    C5   O5    110.28  3.000
 AI1  C6    C5   O5    107.67  3.000
 AI1  H5    C5   C4    107.16  3.000
 AI1  C6    C5   C4    112.42  3.000
 AI1  O5    C5   C4    111.38  3.000
 AI1  C5    O5   C1    115.45  3.000
 AI1  HC62  C6   HC61  107.11  3.000
 AI1  HC62  C6   O6    111.63  3.000
 AI1  HC61  C6   O6    111.77  3.000
 AI1  HC62  C6   C5    107.73  3.000
 AI1  HC61  C6   C5    109.90  3.000
 AI1  O6    C6   C5    108.62  3.000
 AI1  HO6   O6   C6    107.85  3.000
 AI1  C6'   C1'  C2'   119.74  3.000
 AI1  C6'   C1'  O1    115.38  3.000
 AI1  C2'   C1'  O1    124.87  3.000
 AI1  H2'   C2'  C3'   118.93  3.000
 AI1  H2'   C2'  C1'   121.85  3.000
 AI1  C3'   C2'  C1'   119.21  3.000
 AI1  H3'   C3'  C4'   119.68  3.000
 AI1  H3'   C3'  C2'   118.99  3.000
 AI1  C4'   C3'  C2'   121.33  3.000
 AI1  H4'   C4'  C5'   121.27  3.000
 AI1  H4'   C4'  C3'   119.42  3.000
 AI1  C5'   C4'  C3'   119.29  3.000
 AI1  C7'   C5'  C6'   117.63  3.000
 AI1  C7'   C5'  C4'   122.54  3.000
 AI1  C6'   C5'  C4'   119.80  3.000
 AI1  H6'   C6'  C5'   120.23  3.000
 AI1  H6'   C6'  C1'   119.17  3.000
 AI1  C5'   C6'  C1'   120.60  3.000
 AI1  N1'   C7'  O1'   123.54  3.000
 AI1  N1'   C7'  C5'   115.39  3.000
 AI1  O1'   C7'  C5'   121.06  3.000
 AI1  HN'1  N1'  C1B   116.73  3.000
 AI1  HN'1  N1'  C7'   118.76  3.000
 AI1  C1B   N1'  C7'   124.08  3.000
 AI1  H1'2  C1B  H1'1  106.82  3.000
 AI1  H1'2  C1B  C2B   109.74  3.000
 AI1  H1'1  C1B  C2B   110.27  3.000
 AI1  H1'2  C1B  N1'   110.10  3.000
 AI1  H1'1  C1B  N1'   107.90  3.000
 AI1  C2B   C1B  N1'   111.87  3.000
 AI1  C7B   C2B  C3B   118.92  3.000
 AI1  C7B   C2B  C1B   120.40  3.000
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 AI1  H3B   C3B  C4B   119.58  3.000
 AI1  H3B   C3B  C2B   119.91  3.000
 AI1  C4B   C3B  C2B   120.52  3.000
 AI1  H4B   C4B  C5B   119.99  3.000
 AI1  H4B   C4B  C3B   119.80  3.000
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 AI1  H5'   C5B  C6B   120.27  3.000
 AI1  H5'   C5B  C4B   120.11  3.000
 AI1  C6B   C5B  C4B   119.62  3.000
 AI1  H6B   C6B  C7B   119.80  3.000
 AI1  H6B   C6B  C5B   120.18  3.000
 AI1  C7B   C6B  C5B   120.03  3.000
 AI1  H7'   C7B  C6B   119.74  3.000
 AI1  H7'   C7B  C2B   119.55  3.000
 AI1  C6B   C7B  C2B   120.70  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 AI1  CONST_01  C4'   C3'  C2'  C1'     0.00   0.0  0
 AI1  CONST_02  C4'   C5'  C6'  C1'     0.00   0.0  0
 AI1  CONST_03  C5'   C6'  C1'  C2'     0.00   0.0  0
 AI1  CONST_04  C5'   C4'  C3'  C2'     0.00   0.0  0
 AI1  CONST_05  C6'   C1'  C2'  C3'     0.00   0.0  0
 AI1  CONST_06  C6'   C5'  C4'  C3'     0.00   0.0  0
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 AI1  CONST_08  C5B   C6B  C7B  C2B     0.00   0.0  0
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 AI1  CONST_11  C7B   C2B  C3B  C4B     0.00   0.0  0
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 AI1  CONST_27  H3B   C3B  C4B  C5B   180.00   0.0  0
 AI1  CONST_28  C1B   N1'  C7'  C5'   180.00   0.0  0
 AI1  CONST_29  HN'1  N1'  C7'  C5'     0.00   0.0  0
 AI1  CONST_30  C1B   N1'  C7'  O1'     0.00   0.0  0
 AI1  Var_01    C2'   C1'  O1   C1     -9.93  30.0  2
 AI1  Var_02    O1'   C7'  C5'  C4'   149.67  30.0  2
 AI1  Var_03    C3B   C2B  C1B  N1'    52.99  30.0  2
 AI1  Var_04    C2B   C1B  N1'  C7'  -132.50  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 AI1  chir_01  C1  O1  C2  O5  positiv
 AI1  chir_02  C2  O2  C1  C3  negativ
 AI1  chir_03  C3  O3  C2  C4  positiv
 AI1  chir_04  C4  O4  C5  C3  negativ
 AI1  chir_05  C5  O5  C4  C6  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 AI1  plan-1  O1    0.020
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 AI1  plan-1  C5'   0.020
 AI1  plan-1  C6'   0.020
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 AI1  plan-1  H4'   0.020
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 AI1  plan-2  H3B   0.020
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 AI1  plan-2  H5'   0.020
 AI1  plan-2  H6B   0.020
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 AI1  plan-3  C5'   0.020
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 AI1  plan-3  O1'   0.020
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 AI1  plan-3  C1B   0.020
 AI1  plan-3  HN'1  0.020

