# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Apr 12 23:34:08 2020
#   Inital geometry file: a 69 line input string
#   Ligand name: [4-(pyrazol-1-ylmethyl)phenyl]methanol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OCc1ccc(Cn2cccn2)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9VQ  9VQ  '[4-(pyrazol-1-ylmethyl)phenyl]methanol'  ligand  26  14  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_9VQ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9VQ  C10  C  CR15  0  -0.519   3.8536   0.8638   0.9984
 9VQ  N12  N  N     0  -0.283   2.5835   0.7321  -0.8574
 9VQ  C13  C  CR16  0  -0.290  -0.7428  -0.7380  -1.4807
 9VQ  O01  O  OH1   0  -0.667  -4.1382   1.3370   1.0391
 9VQ  C03  C  CR6   0   0.059  -2.6004  -0.0997  -0.0728
 9VQ  C04  C  CR16  0  -0.271  -1.7870  -0.2960   1.0435
 9VQ  C05  C  CR16  0  -0.273  -0.4749  -0.7124   0.8960
 9VQ  C06  C  CR6   0   0.124   0.0629  -0.9395  -0.3692
 9VQ  C07  C  CH2   0  -0.397   1.4921  -1.3861  -0.5243
 9VQ  N08  N  NR5   0  -0.254   2.4317  -0.3618  -0.1191
 9VQ  C09  C  CR15  0   0.047   3.1677  -0.3289   1.0076
 9VQ  C11  C  CR15  0  -0.050   3.4460   1.4819  -0.1947
 9VQ  C14  C  CR16  0  -0.291  -2.0604  -0.3209  -1.3330
 9VQ  H23  H  HCR5  0   0.261   4.5455   1.2302   1.7379
 9VQ  H25  H  HCR6  0   0.254  -0.3425  -0.9020  -2.4741
 9VQ  H15  H  HOH1  0   0.458  -5.0599   1.4111   1.3022
 9VQ  H16  H  HCH2  0   0.220  -4.6169  -0.5768   0.3983
 9VQ  H17  H  HCH2  0   0.211  -4.4398   0.6063  -0.8897
 9VQ  H18  H  HCR6  0   0.252  -2.1798  -0.1263   2.0376
 9VQ  H19  H  HCR6  0   0.250   0.1354  -0.8649   1.7794
 9VQ  H20  H  HCH2  0   0.281   1.6930  -2.2664   0.0869
 9VQ  H21  H  HCH2  0   0.282   1.6991  -1.6551  -1.5601
 9VQ  H22  H  HCR5  0   0.292   3.1555  -1.1415   1.7156
 9VQ  H24  H  HCR5  0   0.258   3.7533   2.4377  -0.5910
 9VQ  H26  H  HCR6  0   0.252  -2.6698  -0.1613  -2.2151
 9VQ  C02  C  CH2   0  -0.209  -4.0396   0.3031   0.0861

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9VQ  C11  N12  aromatic  1.321  0.020  1.321
 9VQ  C11  C10  aromatic  1.404  0.020  1.404
 9VQ  N12  N08  aromatic  1.328  0.020  1.328
 9VQ  C13  C14  aromatic  1.390  0.020  1.390
 9VQ  C13  C06  aromatic  1.388  0.020  1.388
 9VQ  C14  C03  aromatic  1.389  0.020  1.389
 9VQ  C10  C09  aromatic  1.376  0.020  1.376
 9VQ  N08  C07  single    1.448  0.020  1.448
 9VQ  N08  C09  aromatic  1.346  0.020  1.346
 9VQ  O01  C02  single    1.410  0.020  1.410
 9VQ  C07  C06  single    1.505  0.020  1.505
 9VQ  C06  C05  aromatic  1.393  0.020  1.393
 9VQ  C03  C02  single    1.503  0.020  1.503
 9VQ  C03  C04  aromatic  1.395  0.020  1.395
 9VQ  C05  C04  aromatic  1.384  0.020  1.384
 9VQ  C10  H23  single    0.930  0.020  1.080
 9VQ  C13  H25  single    0.930  0.020  1.080
 9VQ  O01  H15  single    0.850  0.020  0.980
 9VQ  C02  H16  single    0.970  0.020  1.090
 9VQ  C02  H17  single    0.970  0.020  1.090
 9VQ  C04  H18  single    0.930  0.020  1.080
 9VQ  C05  H19  single    0.930  0.020  1.080
 9VQ  C07  H20  single    0.970  0.020  1.090
 9VQ  C07  H21  single    0.970  0.020  1.090
 9VQ  C09  H22  single    0.930  0.020  1.080
 9VQ  C11  H24  single    0.930  0.020  1.080
 9VQ  C14  H26  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9VQ  H23  C10  C11  128.33  3.000
 9VQ  H23  C10  C09  127.63  3.000
 9VQ  C11  C10  C09  104.04  3.000
 9VQ  C11  N12  N08  105.26  3.000
 9VQ  H25  C13  C14  119.55  3.000
 9VQ  H25  C13  C06  119.87  3.000
 9VQ  C14  C13  C06  120.59  3.000
 9VQ  H15  O01  C02  107.97  3.000
 9VQ  C14  C03  C04  118.49  3.000
 9VQ  C04  C03  C02  120.76  3.000
 9VQ  C14  C03  C02  120.73  3.000
 9VQ  H18  C04  C05  119.28  3.000
 9VQ  H18  C04  C03  120.09  3.000
 9VQ  C05  C04  C03  120.64  3.000
 9VQ  H19  C05  C06  119.97  3.000
 9VQ  H19  C05  C04  119.27  3.000
 9VQ  C06  C05  C04  120.77  3.000
 9VQ  C07  C06  C05  120.56  3.000
 9VQ  C05  C06  C13  118.66  3.000
 9VQ  C07  C06  C13  120.78  3.000
 9VQ  H21  C07  H20  107.37  3.000
 9VQ  H21  C07  N08  108.50  3.000
 9VQ  H20  C07  N08  107.14  3.000
 9VQ  H21  C07  C06  110.57  3.000
 9VQ  H20  C07  C06  110.90  3.000
 9VQ  N08  C07  C06  112.17  3.000
 9VQ  C09  N08  C07  127.33  3.000
 9VQ  C09  N08  N12  112.49  3.000
 9VQ  C07  N08  N12  120.08  3.000
 9VQ  H22  C09  N08  121.68  3.000
 9VQ  H22  C09  C10  131.57  3.000
 9VQ  N08  C09  C10  106.75  3.000
 9VQ  H24  C11  N12  120.28  3.000
 9VQ  H24  C11  C10  128.26  3.000
 9VQ  N12  C11  C10  111.46  3.000
 9VQ  H26  C14  C03  119.77  3.000
 9VQ  H26  C14  C13  119.38  3.000
 9VQ  C03  C14  C13  120.85  3.000
 9VQ  H17  C02  H16  106.41  3.000
 9VQ  H17  C02  C03  109.22  3.000
 9VQ  H16  C02  C03  108.59  3.000
 9VQ  H17  C02  O01  111.90  3.000
 9VQ  H16  C02  O01  111.03  3.000
 9VQ  C03  C02  O01  109.58  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9VQ  CONST_01  N08  N12  C11  C10     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_02  N12  N08  C09  C10     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_03  C09  C10  C11  N12     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_04  C04  C03  C14  C13     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_05  C04  C05  C06  C13     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_06  C06  C13  C14  C03     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_07  C06  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_08  C14  C13  C06  C05     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_09  C14  C03  C04  C05     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_10  C11  C10  C09  N08     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_11  C11  N12  N08  C09     0.00   0.0  0
 9VQ  CONST_12  C07  N08  C09  C10   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_13  C02  C03  C14  C13   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_14  C05  C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_15  C07  C06  C05  C04   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_16  C11  N12  N08  C07   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_17  C14  C13  C06  C07   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_18  H23  C10  C11  N12   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_19  H22  C09  N08  N12   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_20  H19  C05  C06  C13   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_21  H25  C13  C14  C03   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_22  H26  C14  C03  C04   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_23  H18  C04  C05  C06   180.00   0.0  0
 9VQ  CONST_24  H24  C11  N12  N08   180.00   0.0  0
 9VQ  Var_01    C06  C07  N08  N12   -70.49  30.0  2
 9VQ  Var_02    N08  C07  C06  C13   112.56  30.0  2
 9VQ  Var_03    C14  C03  C02  O01  -136.38  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9VQ  plan-1  C10  0.020
 9VQ  plan-1  N12  0.020
 9VQ  plan-1  C07  0.020
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 9VQ  plan-1  H23  0.020
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 9VQ  plan-2  C13  0.020
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 9VQ  plan-2  H19  0.020
 9VQ  plan-2  H26  0.020
 9VQ  plan-2  C02  0.020

