# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Apr 12 05:43:44 2020
#   Inital geometry file: a 92 line input string
#   Ligand name: 2-fluoranyl-3-[6-(4-fluoranyl-3-oxidanyl-phenoxy)pyridin-2-yl]phenol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Oc1cc(Oc2cccc(n2)c3cccc(O)c3F)ccc1F
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9MB  9MB  2-fluoranyl-3-[6-(4-fluoranyl-3-oxidanyl-phenoxy)pyridin-2-yl]phenol  ligand  34  23  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_9MB
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9MB  O05  O  O2    0  -0.522   1.6122  -2.2628  -0.3271
 9MB  C02  C  CR6   0   0.236   3.5223   0.4881   1.0952
 9MB  C20  C  CR16  0  -0.297   2.1723  -0.1335  -1.2823
 9MB  C21  C  CR16  0  -0.407   2.8381   1.0755  -1.1531
 9MB  C22  C  CR6   0   0.429   3.4978   1.3700   0.0201
 9MB  F23  F  F     0  -0.323   4.1519   2.5421   0.1481
 9MB  C04  C  CR6   0   0.366   2.1890  -1.0197  -0.2164
 9MB  C03  C  CR16  0  -0.415   2.8461  -0.7203   0.9643
 9MB  C06  C  CR6   0   0.492   0.2665  -2.3681  -0.4031
 9MB  C07  C  CR16  0  -0.382  -0.2475  -3.6283  -0.7107
 9MB  C08  C  CR16  0  -0.145  -1.6202  -3.7421  -0.7758
 9MB  C09  C  CR16  0  -0.346  -2.4188  -2.6255  -0.5473
 9MB  C10  C  CR6   0   0.233  -1.7957  -1.4240  -0.2457
 9MB  C11  C  CR6   0  -0.147  -2.5909  -0.2078   0.0246
 9MB  C12  C  CR16  0  -0.300  -3.7070  -0.2608   0.8629
 9MB  C13  C  CR16  0  -0.248  -4.4451   0.8812   1.1184
 9MB  C14  C  CR16  0  -0.375  -4.0919   2.0942   0.5425
 9MB  C15  C  CR6   0   0.218  -2.9919   2.1704  -0.3024
 9MB  O16  O  OH1   0  -0.623  -2.5858   3.2954  -0.9148
 9MB  C17  C  CR6   0   0.467  -2.2590   1.0105  -0.5450
 9MB  F18  F  F     0  -0.296  -1.2263   1.1028  -1.3920
 9MB  N19  N  N     0  -0.443  -0.4677  -1.3108  -0.1711
 9MB  H1   H  HOH1  0   0.478   4.6061   1.6045   2.2153
 9MB  H2   H  HCR6  0   0.274   1.6572  -0.3765  -2.2010
 9MB  H3   H  HCR6  0   0.289   2.8469   1.7899  -1.9658
 9MB  H4   H  HCR6  0   0.287   2.8488  -1.4251   1.7864
 9MB  H5   H  HCR6  0   0.281   0.4061  -4.4702  -0.8923
 9MB  H6   H  HCR6  0   0.279  -2.0730  -4.6941  -1.0184
 9MB  H7   H  HCR6  0   0.273  -3.4955  -2.6901  -0.6160
 9MB  H8   H  HCR6  0   0.265  -3.9776  -1.1995   1.3280
 9MB  H9   H  HCR6  0   0.267  -5.3011   0.8353   1.7776
 9MB  H10  H  HCR6  0   0.284  -4.6735   2.9858   0.7473
 9MB  H11  H  HOH1  0   0.480  -3.1760   4.0249  -0.6950
 9MB  O01  O  OH1   0  -0.627   4.1620   0.7491   2.2472

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9MB  F18  C17  single    1.339  0.020  1.339
 9MB  O16  C15  single    1.344  0.020  1.344
 9MB  C17  C15  aromatic  1.393  0.020  1.393
 9MB  C17  C11  aromatic  1.385  0.020  1.385
 9MB  C15  C14  aromatic  1.389  0.020  1.389
 9MB  O05  C06  single    1.352  0.020  1.352
 9MB  O05  C04  single    1.375  0.020  1.375
 9MB  C07  C06  aromatic  1.395  0.020  1.395
 9MB  C07  C08  aromatic  1.379  0.020  1.379
 9MB  C06  N19  aromatic  1.308  0.020  1.308
 9MB  C08  C09  aromatic  1.392  0.020  1.392
 9MB  N19  C10  aromatic  1.335  0.020  1.335
 9MB  C09  C10  aromatic  1.387  0.020  1.387
 9MB  C10  C11  single    1.478  0.020  1.478
 9MB  C11  C12  aromatic  1.397  0.020  1.397
 9MB  C03  C04  aromatic  1.384  0.020  1.384
 9MB  C03  C02  aromatic  1.391  0.020  1.391
 9MB  C14  C13  aromatic  1.388  0.020  1.388
 9MB  C04  C20  aromatic  1.386  0.020  1.386
 9MB  O01  C02  single    1.343  0.020  1.343
 9MB  C02  C22  aromatic  1.391  0.020  1.391
 9MB  C12  C13  aromatic  1.384  0.020  1.384
 9MB  C20  C21  aromatic  1.386  0.020  1.386
 9MB  C22  C21  aromatic  1.378  0.020  1.378
 9MB  C22  F23  single    1.348  0.020  1.348
 9MB  O01  H1   single    0.850  0.020  0.980
 9MB  C20  H2   single    0.930  0.020  1.080
 9MB  C21  H3   single    0.930  0.020  1.080
 9MB  C03  H4   single    0.930  0.020  1.080
 9MB  C07  H5   single    0.930  0.020  1.080
 9MB  C08  H6   single    0.930  0.020  1.080
 9MB  C09  H7   single    0.930  0.020  1.080
 9MB  C12  H8   single    0.930  0.020  1.080
 9MB  C13  H9   single    0.930  0.020  1.080
 9MB  C14  H10  single    0.930  0.020  1.080
 9MB  O16  H11  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9MB  C06  O05  C04  119.51  3.000
 9MB  C03  C02  C22  118.01  3.000
 9MB  C22  C02  O01  123.24  3.000
 9MB  C03  C02  O01  118.75  3.000
 9MB  H2   C20  C04  121.03  3.000
 9MB  H2   C20  C21  120.27  3.000
 9MB  C04  C20  C21  118.69  3.000
 9MB  H3   C21  C22  119.64  3.000
 9MB  H3   C21  C20  120.64  3.000
 9MB  C22  C21  C20  119.72  3.000
 9MB  F23  C22  C21  119.93  3.000
 9MB  F23  C22  C02  117.99  3.000
 9MB  C21  C22  C02  122.08  3.000
 9MB  C03  C04  C20  121.56  3.000
 9MB  C20  C04  O05  120.74  3.000
 9MB  C03  C04  O05  117.61  3.000
 9MB  H4   C03  C04  120.53  3.000
 9MB  H4   C03  C02  119.53  3.000
 9MB  C04  C03  C02  119.93  3.000
 9MB  N19  C06  C07  124.21  3.000
 9MB  N19  C06  O05  119.07  3.000
 9MB  C07  C06  O05  116.71  3.000
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 9MB  H5   C07  C06  121.17  3.000
 9MB  C08  C07  C06  116.85  3.000
 9MB  H6   C08  C09  120.18  3.000
 9MB  H6   C08  C07  119.99  3.000
 9MB  C09  C08  C07  119.82  3.000
 9MB  H7   C09  C10  120.89  3.000
 9MB  H7   C09  C08  120.88  3.000
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 9MB  C17  C11  C12  118.14  3.000
 9MB  C12  C11  C10  120.56  3.000
 9MB  C17  C11  C10  121.30  3.000
 9MB  H8   C12  C13  120.22  3.000
 9MB  H8   C12  C11  119.39  3.000
 9MB  C13  C12  C11  120.38  3.000
 9MB  H9   C13  C14  119.43  3.000
 9MB  H9   C13  C12  119.99  3.000
 9MB  C14  C13  C12  120.58  3.000
 9MB  H10  C14  C15  119.65  3.000
 9MB  H10  C14  C13  120.25  3.000
 9MB  C15  C14  C13  120.11  3.000
 9MB  C17  C15  O16  117.30  3.000
 9MB  C17  C15  C14  118.48  3.000
 9MB  O16  C15  C14  124.22  3.000
 9MB  H11  O16  C15  110.17  3.000
 9MB  F18  C17  C15  117.29  3.000
 9MB  C15  C17  C11  122.31  3.000
 9MB  F18  C17  C11  120.38  3.000
 9MB  C10  N19  C06  118.69  3.000
 9MB  H1   O01  C02  111.30  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9MB  CONST_01  C20  C04  C03  C02    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_02  C20  C21  C22  C02    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_03  C03  C04  C20  C21    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_04  C03  C02  C22  C21    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_05  C04  C03  C02  C22    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_06  C04  C20  C21  C22    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_07  C09  C08  C07  C06    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_08  C09  C10  N19  C06    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_09  C11  C10  N19  C06  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_10  C10  N19  C06  C07    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_11  C10  C09  C08  C07    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_12  N19  C06  C07  C08    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_13  N19  C10  C09  C08    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_14  C11  C10  C09  C08  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_17  C15  C17  C11  C10  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_18  C13  C12  C11  C10  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_19  C14  C15  C17  C11    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_20  C14  C13  C12  C11    0.00   0.0  0
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 9MB  CONST_23  C15  C14  C13  C12    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_24  C17  C15  C14  C13    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_25  C17  C11  C12  C13    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_27  C08  C07  C06  O05  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_28  C10  N19  C06  O05  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_29  C02  C03  C04  O05  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_30  C21  C20  C04  O05  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_31  C04  C03  C02  O01  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_32  C21  C22  C02  O01  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_33  F23  C22  C21  C20  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_34  C03  C02  C22  F23  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_35  F18  C17  C11  C10    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_36  O16  C15  C17  C11  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_37  F18  C17  C11  C12  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_38  O16  C15  C14  C13  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_39  F18  C17  C15  C14  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_40  H3   C21  C22  C02  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_41  H4   C03  C04  C20  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_42  H2   C20  C21  C22  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_43  H6   C08  C07  C06  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_44  H7   C09  C08  C07  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_45  H5   C07  C08  C09  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_46  H8   C12  C11  C10    0.00   0.0  0
 9MB  CONST_47  H9   C13  C12  C11  180.00   0.0  0
 9MB  CONST_48  H10  C14  C13  C12  180.00   0.0  0
 9MB  Var_01    C07  C06  O05  C04  170.84  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9MB  plan-1  O05  0.020
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 9MB  plan-1  C20  0.020
 9MB  plan-1  C21  0.020
 9MB  plan-1  C22  0.020
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 9MB  plan-1  H2   0.020
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 9MB  plan-1  H4   0.020
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