# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 29 02:03:49 2020
#   Inital geometry file: a 89 line input string
#   Ligand name: 3-iodanyl-2-oxidanyl-5-prop-2-enoxy-4-pyrrol-1-yl-benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1cc(OCC=C)c(n2cccc2)c(I)c1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9GT  9GT  '3-iodanyl-2-oxidanyl-5-prop-2-enoxy-4-pyrrol-1-yl-benzoic acid'  ligand  32  20  .  2022-07-24  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_9GT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9GT  C10  C  C2    0  -0.513   5.7867   2.3366   0.3450
 9GT  C13  C  CR15  0  -0.359  -0.3792   3.9075  -0.7000
 9GT  C01  C  CR16  0  -0.422   2.0181  -1.2643  -0.1071
 9GT  C02  C  CR6   0   0.405   1.7186   0.0838  -0.0824
 9GT  C03  C  CR6   0   0.264   0.3712   0.4782  -0.0425
 9GT  C04  C  CR6   0  -0.384  -0.6381  -0.4686  -0.0278
 9GT  C05  C  CR6   0   0.417  -0.3482  -1.8385  -0.0560
 9GT  C06  C  CR6   0  -0.209   1.0004  -2.2231  -0.0947
 9GT  C07  C  C     0   0.611   1.3164  -3.6621  -0.1184
 9GT  C08  C  CH2   0  -0.250   3.9902   0.7447  -0.2861
 9GT  C09  C  C1    0  -0.190   4.7460   2.0236  -0.4150
 9GT  C11  C  CR15  0  -0.056  -0.0353   2.6174   1.1072
 9GT  C12  C  CR15  0  -0.359  -0.3205   3.8985   0.7194
 9GT  C14  C  CR15  0  -0.054  -0.1279   2.6317  -1.1263
 9GT  I01  I  I     0   0.121  -2.6394   0.1281   0.0368
 9GT  N01  N  NR5   0  -0.487   0.0744   1.8523  -0.0209
 9GT  O01  O  OH1   0  -0.609  -1.3582  -2.7005  -0.0436
 9GT  O02  O  OH1   0  -0.577   2.6018  -3.9352  -0.1454
 9GT  O03  O  O     0  -0.478   0.4578  -4.5290  -0.1123
 9GT  O04  O  O2    0  -0.451   2.6208   1.0759  -0.0878
 9GT  H1   H  H     0   0.249   6.3334   3.2587   0.2004
 9GT  H2   H  H     0   0.247   6.1340   1.6818   1.1356
 9GT  H4   H  HCR6  0   0.310   3.0463  -1.5953  -0.1333
 9GT  H5   H  HCH2  0   0.243   4.0973   0.1479  -1.2001
 9GT  H6   H  HCH2  0   0.242   4.3746   0.1493   0.5495
 9GT  H7   H  H     0   0.259   4.4203   2.6981  -1.2005
 9GT  H8   H  HCR5  0   0.279   0.0941   2.1841   2.0857
 9GT  H9   H  HCR5  0   0.244  -0.4707   4.7374   1.3805
 9GT  H10  H  HCR5  0   0.279  -0.0797   2.2116  -2.1179
 9GT  H11  H  HOH1  0   0.485  -0.9826  -3.6082  -0.0632
 9GT  H12  H  HOH1  0   0.498   2.7444  -4.8944  -0.1550
 9GT  H3   H  HCR5  0   0.244  -0.5841   4.7549  -1.3351

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9GT  C10  C09  double    1.326  0.020  1.326
 9GT  C09  C08  single    1.491  0.020  1.491
 9GT  C08  O04  single    1.423  0.020  1.423
 9GT  O03  C07  double    1.220  0.020  1.220
 9GT  O04  C02  single    1.341  0.020  1.341
 9GT  C01  C02  aromatic  1.381  0.020  1.381
 9GT  C01  C06  aromatic  1.398  0.020  1.398
 9GT  C07  C06  single    1.474  0.020  1.474
 9GT  C07  O02  single    1.314  0.020  1.314
 9GT  C02  C03  aromatic  1.405  0.020  1.405
 9GT  C06  C05  aromatic  1.403  0.020  1.403
 9GT  C03  N01  single    1.406  0.020  1.406
 9GT  C03  C04  aromatic  1.384  0.020  1.384
 9GT  C05  C04  aromatic  1.400  0.020  1.400
 9GT  C05  O01  single    1.328  0.020  1.328
 9GT  N01  C14  aromatic  1.368  0.020  1.368
 9GT  N01  C11  aromatic  1.367  0.020  1.367
 9GT  C04  I01  single    2.089  0.020  2.089
 9GT  C14  C13  aromatic  1.368  0.020  1.368
 9GT  C11  C12  aromatic  1.369  0.020  1.369
 9GT  C13  C12  aromatic  1.421  0.020  1.421
 9GT  C10  H1   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C10  H2   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C13  H3   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C01  H4   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C08  H5   single    0.970  0.020  1.090
 9GT  C08  H6   single    0.970  0.020  1.090
 9GT  C09  H7   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C11  H8   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C12  H9   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C14  H10  single    0.930  0.020  1.080
 9GT  O01  H11  single    0.850  0.020  0.980
 9GT  O02  H12  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9GT  H2   C10  H1   116.78  3.000
 9GT  H2   C10  C09  121.80  3.000
 9GT  H1   C10  C09  121.42  3.000
 9GT  H3   C13  C14  125.73  3.000
 9GT  H3   C13  C12  126.95  3.000
 9GT  C14  C13  C12  107.32  3.000
 9GT  H4   C01  C06  118.87  3.000
 9GT  H4   C01  C02  120.38  3.000
 9GT  C06  C01  C02  120.75  3.000
 9GT  O04  C02  C03  115.97  3.000
 9GT  C03  C02  C01  118.85  3.000
 9GT  O04  C02  C01  125.18  3.000
 9GT  N01  C03  C04  120.97  3.000
 9GT  C04  C03  C02  120.52  3.000
 9GT  N01  C03  C02  118.51  3.000
 9GT  I01  C04  C05  118.57  3.000
 9GT  I01  C04  C03  120.23  3.000
 9GT  C05  C04  C03  121.20  3.000
 9GT  O01  C05  C06  123.60  3.000
 9GT  O01  C05  C04  118.51  3.000
 9GT  C06  C05  C04  117.88  3.000
 9GT  C07  C06  C05  118.31  3.000
 9GT  C05  C06  C01  120.79  3.000
 9GT  C07  C06  C01  120.89  3.000
 9GT  O03  C07  O02  122.73  3.000
 9GT  O02  C07  C06  114.39  3.000
 9GT  O03  C07  C06  122.88  3.000
 9GT  H6   C08  H5   107.79  3.000
 9GT  H6   C08  O04  110.97  3.000
 9GT  H5   C08  O04  109.68  3.000
 9GT  H6   C08  C09  110.75  3.000
 9GT  H5   C08  C09  110.19  3.000
 9GT  O04  C08  C09  107.47  3.000
 9GT  H7   C09  C08  116.33  3.000
 9GT  H7   C09  C10  120.23  3.000
 9GT  C08  C09  C10  123.41  3.000
 9GT  H8   C11  N01  120.95  3.000
 9GT  H8   C11  C12  131.19  3.000
 9GT  N01  C11  C12  107.86  3.000
 9GT  H9   C12  C11  125.69  3.000
 9GT  H9   C12  C13  126.99  3.000
 9GT  C11  C12  C13  107.32  3.000
 9GT  H10  C14  N01  120.99  3.000
 9GT  H10  C14  C13  131.15  3.000
 9GT  N01  C14  C13  107.86  3.000
 9GT  C14  N01  C11  109.64  3.000
 9GT  C11  N01  C03  125.20  3.000
 9GT  C14  N01  C03  125.15  3.000
 9GT  H11  O01  C05  107.99  3.000
 9GT  H12  O02  C07  110.46  3.000
 9GT  C08  O04  C02  118.42  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9GT  CONST_01  C03  N01  C14  C13   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_02  C11  N01  C14  C13     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_03  N01  C11  C12  C13     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_04  N01  C03  C02  C01   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_05  C04  C03  C02  C01     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_06  C04  C05  C06  C01     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_07  C05  C06  C01  C02     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_10  C05  C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_11  C06  C01  C02  C03     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_12  C12  C11  N01  C03   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_13  C06  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_16  N01  C03  C04  C05   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_17  C14  C13  C12  C11     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_18  C14  N01  C11  C12     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_19  N01  C14  C13  C12     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_20  O01  C05  C06  C01   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_21  C07  C06  C01  C02   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_22  I01  C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_23  O01  C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_24  O04  C02  C03  C04   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_25  C07  C06  C05  C04   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_26  O04  C02  C01  C06   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_27  I01  C04  C05  C06   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_28  N01  C03  C04  I01     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_29  O04  C02  C03  N01     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_30  H8   C11  C12  C13   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_31  H4   C01  C02  C03   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_32  H10  C14  N01  C03     0.00   0.0  0
 9GT  CONST_33  H3   C13  C12  C11   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_34  H9   C12  C13  C14   180.00   0.0  0
 9GT  CONST_35  H12  O02  C07  C06   180.00   0.0  0
 9GT  Var_01    O03  C07  C06  C01  -179.79  30.0  2
 9GT  Var_02    C09  C08  O04  C02   173.19  30.0  1
 9GT  Var_03    O04  C08  C09  C10   124.87  30.0  3
 9GT  Var_04    H1   C10  C09  C08   177.81   0.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9GT  plan-1  C13  0.020
 9GT  plan-1  C03  0.020
 9GT  plan-1  C11  0.020
 9GT  plan-1  C12  0.020
 9GT  plan-1  C14  0.020
 9GT  plan-1  N01  0.020
 9GT  plan-1  H8   0.020
 9GT  plan-1  H9   0.020
 9GT  plan-1  H10  0.020
 9GT  plan-1  H3   0.020
 9GT  plan-2  C01  0.020
 9GT  plan-2  C02  0.020
 9GT  plan-2  C03  0.020
 9GT  plan-2  C04  0.020
 9GT  plan-2  C05  0.020
 9GT  plan-2  C06  0.020
 9GT  plan-2  C07  0.020
 9GT  plan-2  I01  0.020
 9GT  plan-2  N01  0.020
 9GT  plan-2  O01  0.020
 9GT  plan-2  O04  0.020
 9GT  plan-2  H4   0.020
 9GT  plan-3  C06  0.020
 9GT  plan-3  C07  0.020
 9GT  plan-3  O02  0.020
 9GT  plan-3  O03  0.020
 9GT  plan-3  H12  0.020
 9GT  plan-4  C10  0.020
 9GT  plan-4  C08  0.020
 9GT  plan-4  C09  0.020
 9GT  plan-4  H1   0.020
 9GT  plan-4  H2   0.020
 9GT  plan-4  H7   0.020

