# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 17:03:44 2020
#   Inital geometry file: a 89 line input string
#   Ligand name: 3-iodanyl-2-oxidanyl-5-prop-2-enoxy-4-pyrrol-1-yl-benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1cc(OCC=C)c(n2cccc2)c(I)c1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9GT  9GT  '3-iodanyl-2-oxidanyl-5-prop-2-enoxy-4-pyrrol-1-yl-benzoic acid'  ligand  31  20  .  2022-07-24  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_9GT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9GT  C10  C  C2     0  -0.515   5.7899   2.3271   0.3656
 9GT  C13  C  CR15   0  -0.363  -0.3887   3.9193  -0.6825
 9GT  C01  C  CR16   0  -0.440   2.0041  -1.2567  -0.0697
 9GT  C02  C  CR6    0   0.383   1.7023   0.0961  -0.0500
 9GT  C03  C  CR6    0   0.245   0.3586   0.4875  -0.0120
 9GT  C04  C  CR6    0  -0.393  -0.6464  -0.4707   0.0063
 9GT  C05  C  CR6    0   0.408  -0.3511  -1.8373  -0.0139
 9GT  C06  C  CR6    0  -0.260   1.0005  -2.2176  -0.0526
 9GT  C07  C  C      0   0.506   1.3573  -3.6875  -0.0743
 9GT  C08  C  CH2    0  -0.242   3.9738   0.7530  -0.2601
 9GT  C09  C  C1     0  -0.190   4.7397   2.0267  -0.3867
 9GT  C11  C  CR15   0  -0.057  -0.0809   2.6270   1.1288
 9GT  C12  C  CR15   0  -0.362  -0.3593   3.9095   0.7375
 9GT  C14  C  CR15   0  -0.055  -0.1267   2.6425  -1.1026
 9GT  I01  I  I      0   0.076  -2.6567   0.1098   0.0620
 9GT  N01  N  NR5    0  -0.480   0.0532   1.8627   0.0045
 9GT  O01  O  OH1    0  -0.642  -1.3209  -2.7401   0.0024
 9GT  O02  O  OC    -1  -0.540   2.5440  -4.0136  -0.1098
 9GT  O03  O  O      0  -0.626   0.3709  -4.4884  -0.0538
 9GT  O04  O  O2     0  -0.457   2.6101   1.0920  -0.0584
 9GT  H1   H  H      0   0.247   6.3422   3.2463   0.2231
 9GT  H2   H  H      0   0.245   6.1394   1.6641   1.1483
 9GT  H5   H  HCH2   0   0.237   4.0780   0.1574  -1.1757
 9GT  H6   H  HCH2   0   0.236   4.3599   0.1523   0.5713
 9GT  H7   H  H      0   0.257   4.4128   2.7101  -1.1642
 9GT  H8   H  HCR5   0   0.274   0.0277   2.1938   2.1100
 9GT  H9   H  HCR5   0   0.241  -0.5254   4.7471   1.3967
 9GT  H10  H  HCR5   0   0.274  -0.0572   2.2228  -2.0931
 9GT  H11  H  HOH1   0   0.466  -0.8035  -3.6348  -0.0170
 9GT  H3   H  HCR5   0   0.241  -0.5810   4.7658  -1.3228
 9GT  H4   H  HCR6   0   0.286   3.0291  -1.6015  -0.0951

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9GT  C10  C09  double    1.326  0.020  1.326
 9GT  C09  C08  single    1.492  0.020  1.492
 9GT  C08  O04  single    1.420  0.020  1.420
 9GT  O03  C07  deloc     1.271  0.020  1.271
 9GT  O04  C02  single    1.348  0.020  1.348
 9GT  C01  C02  aromatic  1.386  0.020  1.386
 9GT  C01  C06  aromatic  1.390  0.020  1.390
 9GT  C07  C06  single    1.513  0.020  1.513
 9GT  C07  O02  deloc     1.231  0.020  1.231
 9GT  C02  C03  aromatic  1.400  0.020  1.400
 9GT  C06  C05  aromatic  1.405  0.020  1.405
 9GT  C03  N01  single    1.409  0.020  1.409
 9GT  C03  C04  aromatic  1.389  0.020  1.389
 9GT  C05  C04  aromatic  1.398  0.020  1.398
 9GT  C05  O01  single    1.325  0.020  1.325
 9GT  N01  C14  aromatic  1.366  0.020  1.366
 9GT  N01  C11  aromatic  1.366  0.020  1.366
 9GT  C04  I01  single    2.093  0.020  2.093
 9GT  C14  C13  aromatic  1.369  0.020  1.369
 9GT  C11  C12  aromatic  1.370  0.020  1.370
 9GT  C13  C12  aromatic  1.420  0.020  1.420
 9GT  C10  H1   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C10  H2   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C13  H3   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C01  H4   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C08  H5   single    0.970  0.020  1.090
 9GT  C08  H6   single    0.970  0.020  1.090
 9GT  C09  H7   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C11  H8   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C12  H9   single    0.930  0.020  1.080
 9GT  C14  H10  single    0.930  0.020  1.080
 9GT  O01  H11  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9GT  H2   C10  H1   116.76  3.000
 9GT  H2   C10  C09  121.77  3.000
 9GT  H1   C10  C09  121.47  3.000
 9GT  H3   C13  C14  125.71  3.000
 9GT  H3   C13  C12  127.05  3.000
 9GT  C14  C13  C12  107.24  3.000
 9GT  H4   C01  C06  117.66  3.000
 9GT  H4   C01  C02  121.17  3.000
 9GT  C06  C01  C02  121.16  3.000
 9GT  O04  C02  C03  116.11  3.000
 9GT  C03  C02  C01  118.83  3.000
 9GT  O04  C02  C01  125.07  3.000
 9GT  N01  C03  C04  121.10  3.000
 9GT  C04  C03  C02  120.13  3.000
 9GT  N01  C03  C02  118.77  3.000
 9GT  I01  C04  C05  118.31  3.000
 9GT  I01  C04  C03  120.27  3.000
 9GT  C05  C04  C03  121.42  3.000
 9GT  O01  C05  C06  121.34  3.000
 9GT  O01  C05  C04  120.73  3.000
 9GT  C06  C05  C04  117.92  3.000
 9GT  C07  C06  C05  119.37  3.000
 9GT  C05  C06  C01  120.54  3.000
 9GT  C07  C06  C01  120.09  3.000
 9GT  O03  C07  O02  125.57  3.000
 9GT  O02  C07  C06  119.02  3.000
 9GT  O03  C07  C06  115.40  3.000
 9GT  H6   C08  H5   107.58  3.000
 9GT  H6   C08  O04  111.20  3.000
 9GT  H5   C08  O04  109.84  3.000
 9GT  H6   C08  C09  110.58  3.000
 9GT  H5   C08  C09  110.12  3.000
 9GT  O04  C08  C09  107.54  3.000
 9GT  H7   C09  C08  116.35  3.000
 9GT  H7   C09  C10  120.13  3.000
 9GT  C08  C09  C10  123.49  3.000
 9GT  H8   C11  N01  120.96  3.000
 9GT  H8   C11  C12  131.06  3.000
 9GT  N01  C11  C12  107.98  3.000
 9GT  H9   C12  C11  125.72  3.000
 9GT  H9   C12  C13  127.05  3.000
 9GT  C11  C12  C13  107.24  3.000
 9GT  H10  C14  N01  120.92  3.000
 9GT  H10  C14  C13  131.09  3.000
 9GT  N01  C14  C13  107.99  3.000
 9GT  C14  N01  C11  109.55  3.000
 9GT  C11  N01  C03  125.24  3.000
 9GT  C14  N01  C03  125.19  3.000
 9GT  H11  O01  C05  102.89  3.000
 9GT  C08  O04  C02  118.13  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9GT  CONST_01  C03  N01  C14  C13  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_02  C11  N01  C14  C13    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_03  N01  C11  C12  C13    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_04  N01  C03  C02  C01  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_05  C04  C03  C02  C01    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_06  C04  C05  C06  C01    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_07  C05  C06  C01  C02    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_10  C05  C04  C03  C02    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_11  C06  C01  C02  C03    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_12  C12  C11  N01  C03  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_13  C06  C05  C04  C03    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_16  N01  C03  C04  C05  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_17  C14  C13  C12  C11    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_18  C14  N01  C11  C12    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_19  N01  C14  C13  C12    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_20  O01  C05  C06  C01  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_21  C07  C06  C01  C02  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_22  I01  C04  C03  C02  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_23  O01  C05  C04  C03  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_24  O04  C02  C03  C04  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_25  C07  C06  C05  C04  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_26  O04  C02  C01  C06  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_27  I01  C04  C05  C06  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_28  N01  C03  C04  I01    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_29  O04  C02  C03  N01    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_30  H8   C11  C12  C13  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_31  H4   C01  C02  C03  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_32  H10  C14  N01  C03    0.00   0.0  0
 9GT  CONST_33  H3   C13  C12  C11  180.00   0.0  0
 9GT  CONST_34  H9   C12  C13  C14  180.00   0.0  0
 9GT  Var_01    O03  C07  C06  C01  179.88  30.0  3
 9GT  Var_02    C09  C08  O04  C02  173.46  30.0  1
 9GT  Var_03    O04  C08  C09  C10  125.31  30.0  3
 9GT  Var_04    H1   C10  C09  C08  177.89   0.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9GT  plan-1  C13  0.020
 9GT  plan-1  C03  0.020
 9GT  plan-1  C11  0.020
 9GT  plan-1  C12  0.020
 9GT  plan-1  C14  0.020
 9GT  plan-1  N01  0.020
 9GT  plan-1  H8   0.020
 9GT  plan-1  H9   0.020
 9GT  plan-1  H10  0.020
 9GT  plan-1  H3   0.020
 9GT  plan-2  C01  0.020
 9GT  plan-2  C02  0.020
 9GT  plan-2  C03  0.020
 9GT  plan-2  C04  0.020
 9GT  plan-2  C05  0.020
 9GT  plan-2  C06  0.020
 9GT  plan-2  C07  0.020
 9GT  plan-2  I01  0.020
 9GT  plan-2  N01  0.020
 9GT  plan-2  O01  0.020
 9GT  plan-2  O04  0.020
 9GT  plan-2  H4   0.020
 9GT  plan-3  C06  0.020
 9GT  plan-3  C07  0.020
 9GT  plan-3  O02  0.020
 9GT  plan-3  O03  0.020
 9GT  plan-4  C10  0.020
 9GT  plan-4  C08  0.020
 9GT  plan-4  C09  0.020
 9GT  plan-4  H1   0.020
 9GT  plan-4  H2   0.020
 9GT  plan-4  H7   0.020

