# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 15:40:36 2020
#   Inital geometry file: a 72 line input string
#   Ligand name: N-(hydroxyacetyl)-beta-D-glucopyranosylamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@H]1O[C@@H](NC(=O)CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9GP  9GP  N-(hydroxyacetyl)-beta-D-glucopyranosylamine  D-saccharide  31  16  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_9GP
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9GP  O2   O  OH1   0  -0.663   0.0785   2.7212   0.3243
 9GP  C2   C  CH1   0  -0.029  -0.4557   1.5633  -0.2649
 9GP  C3   C  CH1   0  -0.005  -1.8789   1.3982   0.2493
 9GP  O3   O  OH1   0  -0.671  -2.7247   2.4314  -0.1950
 9GP  C4   C  CH1   0   0.036  -2.4787   0.0796  -0.2260
 9GP  O4   O  OH1   0  -0.672  -3.7250  -0.1602   0.3787
 9GP  C5   C  CH1   0  -0.015  -1.5413  -1.0716   0.1406
 9GP  C6   C  CH2   0  -0.156  -2.0346  -2.4001  -0.3925
 9GP  O6   O  OH1   0  -0.670  -1.1670  -3.4147   0.0535
 9GP  O5   O  O2    0  -0.488  -0.2622  -0.8330  -0.4080
 9GP  C1   C  CH1   0   0.212   0.3593   0.3220   0.1057
 9GP  N1   N  NH1   0  -0.690   1.6757   0.4066  -0.4317
 9GP  C7   C  C     0   0.513   2.7762  -0.0759   0.1987
 9GP  O7   O  O     0  -0.467   2.7633  -0.5370   1.3212
 9GP  C9   C  CH2   0  -0.271   4.0405   0.0361  -0.6324
 9GP  O9   O  OH1   0  -0.657   5.1110  -0.4654   0.1095
 9GP  HO2  H  HOH1  0   0.456   0.8871   2.9628  -0.1380
 9GP  H2   H  HCH1  0   0.227  -0.4845   1.6475  -1.3626
 9GP  H3   H  HCH1  0   0.217  -1.8419   1.3712   1.3505
 9GP  HO3  H  HOH1  0   0.457  -2.4704   3.2478   0.2464
 9GP  H4   H  HCH1  0   0.213  -2.5702   0.1134  -1.3236
 9GP  HO4  H  HOH1  0   0.455  -4.3188   0.5594   0.1408
 9GP  H5   H  HCH1  0   0.221  -1.4742  -1.1323   1.2396
 9GP  H6   H  HCH2  0   0.213  -3.0583  -2.5564  -0.0377
 9GP  H6A  H  HCH2  0   0.196  -2.0760  -2.3510  -1.4897
 9GP  HO6  H  HOH1  0   0.457  -1.5208  -4.2584  -0.2417
 9GP  H1   H  HCH1  0   0.232   0.4386   0.2593   1.1985
 9GP  HN1  H  HNH1  0   0.406   1.7661   0.6853  -1.3989
 9GP  H9   H  HCH2  0   0.239   3.8796  -0.5140  -1.5700
 9GP  H9A  H  HCH2  0   0.240   4.1749   1.0900  -0.9117
 9GP  HO9  H  HOH1  0   0.463   5.9043  -0.3771  -0.4264

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9GP  O2  C2   single  1.405  0.020  1.405
 9GP  O2  HO2  single  0.850  0.020  0.980
 9GP  C3  C2   single  1.522  0.020  1.522
 9GP  C2  C1   single  1.530  0.020  1.530
 9GP  C2  H2   single  0.970  0.020  1.090
 9GP  O3  C3   single  1.407  0.020  1.407
 9GP  C3  C4   single  1.525  0.020  1.525
 9GP  C3  H3   single  0.970  0.020  1.090
 9GP  O3  HO3  single  0.850  0.020  0.980
 9GP  O4  C4   single  1.406  0.020  1.406
 9GP  C4  C5   single  1.529  0.020  1.529
 9GP  C4  H4   single  0.970  0.020  1.090
 9GP  O4  HO4  single  0.850  0.020  0.980
 9GP  C5  C6   single  1.514  0.020  1.514
 9GP  C5  O5   single  1.412  0.020  1.412
 9GP  C5  H5   single  0.970  0.020  1.090
 9GP  O6  C6   single  1.408  0.020  1.408
 9GP  C6  H6   single  0.970  0.020  1.090
 9GP  C6  H6A  single  0.970  0.020  1.090
 9GP  O6  HO6  single  0.850  0.020  0.980
 9GP  C1  O5   single  1.409  0.020  1.409
 9GP  C1  N1   single  1.424  0.020  1.424
 9GP  C1  H1   single  0.970  0.020  1.090
 9GP  N1  C7   single  1.357  0.020  1.357
 9GP  N1  HN1  single  0.860  0.020  1.020
 9GP  C7  O7   double  1.214  0.020  1.214
 9GP  C7  C9   single  1.517  0.020  1.517
 9GP  O9  C9   single  1.396  0.020  1.396
 9GP  C9  H9   single  0.970  0.020  1.090
 9GP  C9  H9A  single  0.970  0.020  1.090
 9GP  O9  HO9  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9GP  HO2  O2  C2  108.97  3.000
 9GP  H2   C2  C1  108.50  3.000
 9GP  H2   C2  C3  108.69  3.000
 9GP  C1   C2  C3  109.15  3.000
 9GP  H2   C2  O2  111.41  3.000
 9GP  C1   C2  O2  111.38  3.000
 9GP  C3   C2  O2  107.65  3.000
 9GP  H3   C3  C4  107.67  3.000
 9GP  H3   C3  O3  110.71  3.000
 9GP  C4   C3  O3  107.47  3.000
 9GP  H3   C3  C2  107.98  3.000
 9GP  C4   C3  C2  110.87  3.000
 9GP  O3   C3  C2  112.06  3.000
 9GP  HO3  O3  C3  108.62  3.000
 9GP  H4   C4  C5  108.23  3.000
 9GP  H4   C4  O4  111.11  3.000
 9GP  C5   C4  O4  108.17  3.000
 9GP  H4   C4  C3  108.46  3.000
 9GP  C5   C4  C3  109.58  3.000
 9GP  O4   C4  C3  111.23  3.000
 9GP  HO4  O4  C4  108.24  3.000
 9GP  H5   C5  O5  109.96  3.000
 9GP  H5   C5  C6  108.81  3.000
 9GP  O5   C5  C6  107.85  3.000
 9GP  H5   C5  C4  108.52  3.000
 9GP  O5   C5  C4  109.57  3.000
 9GP  C6   C5  C4  112.11  3.000
 9GP  H6A  C6  H6  107.15  3.000
 9GP  H6A  C6  O6  111.83  3.000
 9GP  H6   C6  O6  111.76  3.000
 9GP  H6A  C6  C5  108.94  3.000
 9GP  H6   C6  C5  108.41  3.000
 9GP  O6   C6  C5  108.67  3.000
 9GP  HO6  O6  C6  107.97  3.000
 9GP  C1   O5  C5  113.36  3.000
 9GP  H1   C1  N1  108.20  3.000
 9GP  H1   C1  O5  110.37  3.000
 9GP  N1   C1  O5  108.60  3.000
 9GP  H1   C1  C2  109.02  3.000
 9GP  N1   C1  C2  110.65  3.000
 9GP  O5   C1  C2  109.99  3.000
 9GP  HN1  N1  C7  118.05  3.000
 9GP  HN1  N1  C1  117.39  3.000
 9GP  C7   N1  C1  123.58  3.000
 9GP  C9   C7  O7  122.93  3.000
 9GP  C9   C7  N1  113.27  3.000
 9GP  O7   C7  N1  123.79  3.000
 9GP  H9A  C9  H9  106.33  3.000
 9GP  H9A  C9  O9  112.71  3.000
 9GP  H9   C9  O9  112.71  3.000
 9GP  H9A  C9  C7  108.18  3.000
 9GP  H9   C9  C7  107.96  3.000
 9GP  O9   C9  C7  108.75  3.000
 9GP  HO9  O9  C9  107.68  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9GP  CONST_01  O7   C7  N1  C1    0.00   0.0  0
 9GP  CONST_02  C9   C7  N1  C1  180.00   0.0  0
 9GP  CONST_03  HN1  N1  C7  O7  180.00   0.0  0
 9GP  Var_01    O9   C9  C7  N1  179.09  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 9GP  chir_01  C2  O2  C3  C1  positiv
 9GP  chir_02  C3  O3  C2  C4  positiv
 9GP  chir_03  C4  O4  C5  C3  positiv
 9GP  chir_04  C5  O5  C4  C6  negativ
 9GP  chir_05  C1  O5  N1  C2  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9GP  plan-1  C1   0.020
 9GP  plan-1  N1   0.020
 9GP  plan-1  C7   0.020
 9GP  plan-1  O7   0.020
 9GP  plan-1  C9   0.020
 9GP  plan-1  HN1  0.020

