# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Jul 20 23:16:45 2021
#   Inital geometry file: a 71 line input string
#   Ligand name: 2'-amino[1,1'-biphenyl]-2,3-diol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1ccccc1c2cccc(O)c2O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9G0  9G0  2'-amino[1,1'-biphenyl]-2,3-diol  ligand  26  15  .  2022-03-11  2022-07-24
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_9G0
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9G0  N1   N  NH2   0  -0.853   -6.7197  18.1813  4.9625
 9G0  CB2  C  CR6   0   0.294   -6.2121  18.9436  5.9866
 9G0  CB3  C  CR16  0  -0.322   -5.0713  19.7320  5.7816
 9G0  CB4  C  CR16  0  -0.253   -4.5132  20.4594  6.8173
 9G0  CB5  C  CR16  0  -0.280   -5.0707  20.4265  8.0902
 9G0  CB6  C  CR16  0  -0.270   -6.2023  19.6533  8.3009
 9G0  CB1  C  CR6   0  -0.085   -6.7844  18.9141  7.2729
 9G0  CA1  C  CR6   0  -0.085   -8.0080  18.1109  7.5250
 9G0  CA6  C  CR16  0  -0.299   -7.9500  16.7259  7.6931
 9G0  CA5  C  CR16  0  -0.261   -9.1062  15.9988  7.9069
 9G0  CA4  C  CR16  0  -0.384  -10.3364  16.6469  7.9532
 9G0  CA3  C  CR6   0   0.288  -10.4131  18.0203  7.7899
 9G0  OA3  O  OH1   0  -0.629  -11.5705  18.7142  7.8224
 9G0  CA2  C  CR6   0   0.251   -9.2405  18.7583  7.5755
 9G0  OA2  O  OH1   0  -0.613   -9.3790  20.0912  7.4163
 9G0  H1   H  HNH2  0   0.382   -7.6689  17.8600  5.0648
 9G0  H2   H  HNH2  0   0.383   -6.5205  18.5011  4.0286
 9G0  H3   H  HCR6  0   0.257   -4.6213  19.7634  4.7961
 9G0  H4   H  HCR6  0   0.254   -3.6319  21.0588  6.6273
 9G0  H5   H  HCR6  0   0.248   -4.6348  20.9951  8.9002
 9G0  H6   H  HCR6  0   0.254   -6.6506  19.6128  9.2868
 9G0  H7   H  HCR6  0   0.250   -6.9865  16.2325  7.6861
 9G0  H8   H  HCR6  0   0.255   -9.0601  14.9264  8.0431
 9G0  H9   H  HCR6  0   0.271  -11.2436  16.0768  8.1206
 9G0  H10  H  HOH1  0   0.474  -12.3091  18.1140  7.9720
 9G0  H11  H  HOH1  0   0.473   -8.5101  20.4875  7.2693

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9G0  N1   CB2  single    1.374  0.020  1.374
 9G0  CB3  CB2  aromatic  1.402  0.020  1.402
 9G0  CB3  CB4  aromatic  1.383  0.020  1.383
 9G0  CB2  CB1  aromatic  1.408  0.020  1.408
 9G0  OA2  CA2  single    1.350  0.020  1.350
 9G0  CB4  CB5  aromatic  1.390  0.020  1.390
 9G0  OA3  CA3  single    1.350  0.020  1.350
 9G0  CA2  CA3  aromatic  1.402  0.020  1.402
 9G0  CA2  CA1  aromatic  1.393  0.020  1.393
 9G0  CB1  CA1  single    1.485  0.020  1.485
 9G0  CB1  CB6  aromatic  1.394  0.020  1.394
 9G0  CA3  CA4  aromatic  1.385  0.020  1.385
 9G0  CA1  CA6  aromatic  1.396  0.020  1.396
 9G0  CA4  CA5  aromatic  1.391  0.020  1.391
 9G0  CB5  CB6  aromatic  1.387  0.020  1.387
 9G0  CA6  CA5  aromatic  1.382  0.020  1.382
 9G0  N1   H1   single    0.890  0.020  1.040
 9G0  N1   H2   single    0.890  0.020  1.040
 9G0  CB3  H3   single    0.930  0.020  1.080
 9G0  CB4  H4   single    0.930  0.020  1.080
 9G0  CB5  H5   single    0.930  0.020  1.080
 9G0  CB6  H6   single    0.930  0.020  1.080
 9G0  CA6  H7   single    0.930  0.020  1.080
 9G0  CA5  H8   single    0.930  0.020  1.080
 9G0  CA4  H9   single    0.930  0.020  1.080
 9G0  OA3  H10  single    0.850  0.020  0.980
 9G0  OA2  H11  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9G0  H2   N1   H1   112.45  3.000
 9G0  H2   N1   CB2  116.23  3.000
 9G0  H1   N1   CB2  116.70  3.000
 9G0  CB1  CB2  CB3  118.43  3.000
 9G0  CB1  CB2  N1   121.27  3.000
 9G0  CB3  CB2  N1   120.25  3.000
 9G0  H3   CB3  CB4  119.88  3.000
 9G0  H3   CB3  CB2  119.15  3.000
 9G0  CB4  CB3  CB2  120.97  3.000
 9G0  H4   CB4  CB5  120.02  3.000
 9G0  H4   CB4  CB3  119.22  3.000
 9G0  CB5  CB4  CB3  120.76  3.000
 9G0  H5   CB5  CB6  120.56  3.000
 9G0  H5   CB5  CB4  120.78  3.000
 9G0  CB6  CB5  CB4  118.66  3.000
 9G0  H6   CB6  CB1  118.58  3.000
 9G0  H6   CB6  CB5  119.78  3.000
 9G0  CB1  CB6  CB5  121.64  3.000
 9G0  CA1  CB1  CB6  120.38  3.000
 9G0  CB6  CB1  CB2  119.53  3.000
 9G0  CA1  CB1  CB2  120.08  3.000
 9G0  CA2  CA1  CA6  119.56  3.000
 9G0  CA6  CA1  CB1  121.51  3.000
 9G0  CA2  CA1  CB1  118.93  3.000
 9G0  H7   CA6  CA5  120.38  3.000
 9G0  H7   CA6  CA1  119.23  3.000
 9G0  CA5  CA6  CA1  120.37  3.000
 9G0  H8   CA5  CA4  119.68  3.000
 9G0  H8   CA5  CA6  120.34  3.000
 9G0  CA4  CA5  CA6  119.98  3.000
 9G0  H9   CA4  CA3  119.54  3.000
 9G0  H9   CA4  CA5  120.00  3.000
 9G0  CA3  CA4  CA5  120.46  3.000
 9G0  CA2  CA3  OA3  116.75  3.000
 9G0  CA2  CA3  CA4  119.58  3.000
 9G0  OA3  CA3  CA4  123.67  3.000
 9G0  H10  OA3  CA3  109.93  3.000
 9G0  OA2  CA2  CA3  116.88  3.000
 9G0  CA3  CA2  CA1  120.05  3.000
 9G0  OA2  CA2  CA1  123.06  3.000
 9G0  H11  OA2  CA2  109.31  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9G0  CONST_01  CB5  CB4  CB3  CB2    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_04  CB5  CB6  CB1  CB2    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_05  CA1  CB1  CB2  CB3  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_06  CB6  CB1  CB2  CB3    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_07  CB6  CB5  CB4  CB3    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_08  CB1  CB2  CB3  CB4    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_09  CB1  CB6  CB5  CB4    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_10  CA1  CB1  CB6  CB5  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_13  CA3  CA2  CA1  CB1  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_14  CA5  CA6  CA1  CB1  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_15  CA4  CA3  CA2  CA1    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_16  CA4  CA5  CA6  CA1    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_17  CA3  CA2  CA1  CA6    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_18  CA3  CA4  CA5  CA6    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_19  CA2  CA3  CA4  CA5    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_20  CA2  CA1  CA6  CA5    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_21  CB4  CB3  CB2  N1   180.00  0.0  0
 9G0  CONST_22  CA1  CB1  CB2  N1     0.00  0.0  0
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 9G0  CONST_24  OA2  CA2  CA1  CB1    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_25  OA3  CA3  CA2  CA1  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_26  OA2  CA2  CA1  CA6  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_27  OA3  CA3  CA4  CA5  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_28  OA2  CA2  CA3  CA4  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_29  H4   CB4  CB3  CB2  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_30  H6   CB6  CB1  CB2  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_31  H5   CB5  CB4  CB3  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_32  H3   CB3  CB4  CB5  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_33  H7   CA6  CA1  CB1    0.00  0.0  0
 9G0  CONST_34  H8   CA5  CA6  CA1  180.00  0.0  0
 9G0  CONST_35  H9   CA4  CA5  CA6  180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9G0  plan-1  N1   0.020
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 9G0  plan-1  CB3  0.020
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 9G0  plan-3  N1   0.020
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