# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Apr 12 21:41:52 2020
#   Inital geometry file: a 187 line input string
#   Ligand name: N-{2-[(6-{[(2,6-dichloro-3,5-dimethoxyphenyl)carbamoyl](methyl)amino}pyrimidin-4-yl)amino]-5-(4-ethylpiperazin-1-yl)phenyl}propanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCN1CCN(CC1)c2ccc(Nc3cc(ncn3)N(C)C(=O)Nc4c(Cl)c(OC)cc(OC)c4Cl)c(NC(=O)CC)c2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9ES  9ES  N-{2-[(6-{[(2,6-dichloro-3,5-dimethoxyphenyl)carbamoyl](methyl)amino}pyrimidin-4-yl)amino]-5-(4-ethylpiperazin-1-yl)phenyl}propanamide  ligand  79  43  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_9ES
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9ES  C2   C   CH2   0  -0.279   -8.6366  -3.2850   1.2395
 9ES  C3   C   CH2   0  -0.314   -7.4362  -2.4825   1.7057
 9ES  C4   C   CH2   0  -0.302   -8.4189  -0.5286   0.7020
 9ES  C5   C   CH2   0  -0.288   -9.6018  -1.3670   0.2591
 9ES  C6   C   CR6   0   0.410   -5.9909  -0.6930   0.9026
 9ES  C9   C   CR6   0   0.199   -3.4974   0.6051   0.9364
 9ES  C10  C   CR6   0   0.539   -1.0936   0.6922   0.5300
 9ES  C11  C   CR16  0  -0.495    0.1390   1.2987   0.7972
 9ES  C12  C   CR6   0   0.568    1.2692   0.6484   0.3238
 9ES  C13  C   CR16  0   0.058   -0.0344  -0.9704  -0.5509
 9ES  C21  C   CR6   0   0.505    7.9726   0.5538  -1.0311
 9ES  C22  C   CH3   0  -0.445    9.8973   1.1298  -2.2903
 9ES  C25  C   C     0   0.553   -4.8334   2.5622  -1.9011
 9ES  C26  C   CH2   0  -0.587   -4.0459   3.5935  -2.6824
 9ES  C27  C   CH3   0  -0.659   -4.9182   4.5036  -3.5288
 9ES  C24  C   CR6   0   0.361   -4.4708   0.9766  -0.0071
 9ES  C28  C   CR16  0  -0.448   -5.7003   0.3289  -0.0142
 9ES  N1   N   NT    0  -0.522   -7.2188  -1.3418   0.8390
 9ES  N    N   NT    0  -0.418   -9.8269  -2.4636   1.1782
 9ES  C1   C   CH2   0  -0.267  -11.0000  -3.2530   0.8461
 9ES  C    C   CH3   0  -0.681  -12.3064  -2.4967   1.0239
 9ES  C8   C   CR16  0  -0.241   -3.7854  -0.4048   1.8340
 9ES  C7   C   CR16  0  -0.394   -5.0101  -1.0510   1.8350
 9ES  N2   N   NH1   0  -0.785   -2.2471   1.2706   0.9565
 9ES  N4   N   N     0  -0.464   -1.1830  -0.4468  -0.1578
 9ES  N3   N   N     0  -0.466    1.1800  -0.5071  -0.3481
 9ES  N5   N   NT    0  -0.598    2.5327   1.1300   0.5837
 9ES  C15  C   C     0   0.664    3.6479   0.6132  -0.0962
 9ES  O    O   O     0  -0.434    3.6752   0.3881  -1.2819
 9ES  N6   N   NH1   0  -0.755    4.7186   0.4248   0.7253
 9ES  C16  C   CR6   0   0.544    5.9716   0.0496   0.2312
 9ES  C23  C   CR6   0  -0.273    6.7176   0.9270  -0.5477
 9ES  CL1  CL  CL    0  -0.086    6.1160   2.5013  -0.8993
 9ES  C20  C   CR16  0  -0.565    8.4877  -0.6974  -0.7042
 9ES  C18  C   CR6   0   0.510    7.7601  -1.5770   0.0907
 9ES  C17  C   CR6   0  -0.286    6.4953  -1.1995   0.5440
 9ES  CL   CL  CL    0  -0.083    5.5777  -2.3035   1.4973
 9ES  O1   O   O2    0  -0.454    8.1856  -2.7899   0.4484
 9ES  C19  C   CH3   0  -0.445    9.4622  -3.2236   0.0098
 9ES  H1   H   HCH2  0   0.193   -8.4025  -3.7416   0.2620
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 9ES  H4   H   HCH2  0   0.252   -6.5641  -3.1358   1.6748
 9ES  H5   H   HCH2  0   0.253   -8.2654   0.2565  -0.0342
 9ES  H6   H   HCH2  0   0.218   -8.6627  -0.0402   1.6565
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 9ES  H19  H   HCH3  0   0.230   -5.5917   5.0989  -2.9130
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 9ES  H21  H   HCH3  0   0.231   -5.5204   3.9391  -4.2387
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 9ES  H25  H   HCH2  0   0.189  -10.9401  -3.6536  -0.1803
 9ES  H26  H   HCH2  0   0.227  -11.0070  -4.1194   1.5123
 9ES  H27  H   HCH3  0   0.223  -12.3692  -2.0643   2.0231
 9ES  H28  H   HCH3  0   0.226  -12.4328  -1.6934   0.2983
 9ES  H29  H   HCH3  0   0.234  -13.1481  -3.1780   0.8981
 9ES  H30  H   HCR6  0   0.260   -3.0358  -0.6855   2.5633
 9ES  H31  H   HCR6  0   0.268   -5.1879  -1.8163   2.5757
 9ES  H32  H   HNH1  0   0.407   -2.1553   2.0737   1.5612
 9ES  H33  H   HNH1  0   0.421    4.5653   0.3463   1.7202
 9ES  H34  H   HCR6  0   0.322    9.4628  -0.9849  -1.0686
 9ES  H35  H   HCH3  0   0.270    9.5988  -4.2227   0.4139
 9ES  H36  H   HCH3  0   0.238    9.5207  -3.2709  -1.0799
 9ES  H37  H   HCH3  0   0.239   10.2591  -2.5775   0.3851
 9ES  N7   N   NH1   0  -0.744   -4.1163   1.9859  -0.8993
 9ES  O2   O   O2    0  -0.455    8.6147   1.4528  -1.7797
 9ES  C14  C   CH3   0  -0.562    2.6956   2.2616   1.4856
 9ES  O3   O   O     0  -0.467   -5.9852   2.2722  -2.1679

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9ES  C1   C    single    1.520  0.020  1.520
 9ES  C1   N    single    1.452  0.020  1.452
 9ES  C2   N    single    1.447  0.020  1.447
 9ES  C2   C3   single    1.517  0.020  1.517
 9ES  N    C5   single    1.448  0.020  1.448
 9ES  C3   N1   single    1.449  0.020  1.449
 9ES  O3   C25  double    1.217  0.020  1.217
 9ES  C4   C5   single    1.516  0.020  1.516
 9ES  C4   N1   single    1.456  0.020  1.456
 9ES  N1   C6   single    1.390  0.020  1.390
 9ES  C25  C26  single    1.515  0.020  1.515
 9ES  C25  N7   single    1.360  0.020  1.360
 9ES  C28  C6   aromatic  1.403  0.020  1.403
 9ES  C28  C24  aromatic  1.390  0.020  1.390
 9ES  C6   C7   aromatic  1.400  0.020  1.400
 9ES  C26  C27  single    1.518  0.020  1.518
 9ES  N7   C24  single    1.393  0.020  1.393
 9ES  C24  C9   aromatic  1.406  0.020  1.406
 9ES  C7   C8   aromatic  1.385  0.020  1.385
 9ES  C9   C8   aromatic  1.382  0.020  1.382
 9ES  C9   N2   single    1.416  0.020  1.416
 9ES  C14  N5   single    1.456  0.020  1.456
 9ES  N2   C10  single    1.359  0.020  1.359
 9ES  C11  C10  aromatic  1.399  0.020  1.399
 9ES  C11  C12  aromatic  1.387  0.020  1.387
 9ES  C10  N4   aromatic  1.334  0.020  1.334
 9ES  N5   C12  single    1.377  0.020  1.377
 9ES  N5   C15  single    1.405  0.020  1.405
 9ES  C12  N3   aromatic  1.340  0.020  1.340
 9ES  N4   C13  aromatic  1.322  0.020  1.322
 9ES  O    C15  double    1.207  0.020  1.207
 9ES  C15  N6   single    1.363  0.020  1.363
 9ES  N3   C13  aromatic  1.315  0.020  1.315
 9ES  CL   C17  single    1.723  0.020  1.723
 9ES  N6   C16  single    1.398  0.020  1.398
 9ES  C17  C16  aromatic  1.390  0.020  1.390
 9ES  C17  C18  aromatic  1.396  0.020  1.396
 9ES  C16  C23  aromatic  1.390  0.020  1.390
 9ES  O1   C18  single    1.334  0.020  1.334
 9ES  O1   C19  single    1.418  0.020  1.418
 9ES  C18  C20  aromatic  1.391  0.020  1.391
 9ES  C23  CL1  single    1.722  0.020  1.722
 9ES  C23  C21  aromatic  1.396  0.020  1.396
 9ES  C20  C21  aromatic  1.392  0.020  1.392
 9ES  C21  O2   single    1.335  0.020  1.335
 9ES  O2   C22  single    1.418  0.020  1.418
 9ES  C2   H1   single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C2   H2   single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C3   H3   single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C3   H4   single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C4   H5   single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C4   H6   single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C5   H7   single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C5   H8   single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C11  H9   single    0.930  0.020  1.080
 9ES  C13  H10  single    0.930  0.020  1.080
 9ES  C14  H11  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C14  H12  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C14  H13  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C22  H14  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C22  H15  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C22  H16  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C26  H17  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C26  H18  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C27  H19  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C27  H20  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C27  H21  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  N7   H22  single    0.860  0.020  1.020
 9ES  C28  H23  single    0.930  0.020  1.080
 9ES  C1   H25  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C1   H26  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C    H27  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C    H28  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C    H29  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C8   H30  single    0.930  0.020  1.080
 9ES  C7   H31  single    0.930  0.020  1.080
 9ES  N2   H32  single    0.860  0.020  1.020
 9ES  N6   H33  single    0.860  0.020  1.020
 9ES  C20  H34  single    0.930  0.020  1.080
 9ES  C19  H35  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C19  H36  single    0.970  0.020  1.090
 9ES  C19  H37  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9ES  H2   C2   H1   107.22  3.000
 9ES  H2   C2   N    109.29  3.000
 9ES  H1   C2   N    111.81  3.000
 9ES  H2   C2   C3   108.21  3.000
 9ES  H1   C2   C3   108.84  3.000
 9ES  N    C2   C3   111.31  3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
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 9ES  Var_06    N    C2   C3   N1    -56.90  30.0  1
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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 9ES  plan-2  H9   0.020
 9ES  plan-2  H10  0.020
 9ES  plan-3  C6   0.020
 9ES  plan-3  C9   0.020
 9ES  plan-3  C24  0.020
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 9ES  plan-3  N1   0.020
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 9ES  plan-3  C7   0.020
 9ES  plan-3  N2   0.020
 9ES  plan-3  H23  0.020
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 9ES  plan-3  H31  0.020
 9ES  plan-3  N7   0.020
 9ES  plan-4  C21  0.020
 9ES  plan-4  N6   0.020
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 9ES  plan-4  C23  0.020
 9ES  plan-4  CL1  0.020
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 9ES  plan-4  CL   0.020
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 9ES  plan-5  O    0.020
 9ES  plan-5  N6   0.020
 9ES  plan-5  C16  0.020
 9ES  plan-5  H33  0.020
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